La Tre Valli Varesine 2006, ottantaseiesima edizione della corsa e valida come evento dell'UCI Europe Tour 2006 categoria 1.HC, si svolse il 15 agosto 2006 su un percorso di 199 km. La vittoria fu appannaggio dell'italiano Stefano Garzelli, che completò il percorso in 5h19'15", precedendo i connazionali Rinaldo Nocentini e Raffaele Ferrara.
Sul traguardo di Campione d'Italia 74 ciclisti, sui 126 partiti da Varese, portarono a termine la competizione.
Ordine d'arrivo (Top 10) CorridoreSquadraTempo1 Stefano GarzelliLiquigas5h19'15"2 Rinaldo NocentiniAcqua & Sapones.t.3 Raffaele Ferrara3C-Andronia 3"4 Giuliano FiguerasLampre-Fonditala 4"5 Luca MazzantiPanariaa 6"6 Santo AnzàSelle Italias.t.7 Mauricio SolerAcqua & Sapones.t.8 Andrea TontiAcqua & Sapones.t.9 Fabio GilioliUniversal Caffèa 11"10 Sergio BarberoSelle Italiaa 15"
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Categoria:Tre Valli Varesine Categoria:Ciclismo nel 2006