Il Grote Prijs Jef Scherens 2006, quarantesima edizione della corsa, valido come evento dell'UCI Europe Tour 2006, si svolse il 3 settembre 2006 per un percorso di 183,3 km. Fu vinto dal tedesco Marcel Sieberg, che giunse al traguardo in 4h 25' 15" alla media di 41,46 km/h.
Furono 33 i ciclisti che portarono a termine la competizione.
Ordine d'arrivo (Top 10) CorridoreSquadraTempo1 Marcel SiebergWiesenhof4h25'15"2 Dirk MüllerSparkassea 14"3 Sergej LagutinNavigators Ins.s.t.4 Frédéric AmorisonLandbouwkrediets.t.5 Danilo HondoLamontaa 40"6 Johan CoenenUnibet.coma 46"7 Robert RetschkeWiesenhof s.t.8 Nico SijmensLandbouwkrediets.t.9 Bert ScheirlinckxJartazis.t.10 William BonnetCrédit Agricoles.t.
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