Mostra subito un grande talento vincendo a 17 anni il titolo di "Miglior nuovo artista" ad un concorso del periodico Weekly Shōnen Sunday con la storia Kikai. Dopo aver completato gli studi, si dedica totalmente ai fumetti, pubblicando nel 1988 il fumetto horror Kaiyosei. Ottenendo un enorme consenso da pubblico e critica inizia a pubblicare storie brevi per le case editrici Shōgakukan e Kadokawa Shoten.
Nel 1990 inizia la stesura di Alita l'angelo della battaglia (Gunnm) che viene pubblicato nel 1991 ottenendo uno straordinario successo. La Viz Comics subito traduce il fumetto in inglese per il mercato statunitense, col nome di Battle Angel Alita, ottenendo un ampio successo. Prosegue la collaborazione con la casa editrice Shūeisha continuando a produrre circa 2 manga ogni anno. Nel 1995 inizia a lavorare ai fumetti Ashen Victor (Haisha) e Aqua Knight, quest'ultimo poi sospeso da Kishiro stesso per dedicarsi al seguito di Alita l'angelo della battaglia, Alita Last Order.
Opere Kikai (1984) Kaiyosei (1988) Hito (1988) Dai-Majin (1989) Mirai Tokyo Headman (1989) Uchū Kaizoku Shōnendan (1990) Alita l'angelo della battaglia (Gunnm) (1991-1995) Ashen Victor (Haisha) (1997) Alita Altre storie (1997) Aqua Knight (1998) Alita Last Order (2000-2014) Alita: Mars Chronicle (2014-2025) Battle Angel Alita: Panzer Kunst Chronicle (GUNNM: Kikō-Jutsu Senki) (2026-in corso)
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