Il Challenger Ciudad de Guayaquil 2006 è stato un torneo di tennis facente parte della categoria ATP Challenger Series nell'ambito dell'ATP Challenger Series 2006. Il torneo si è giocato a Guayaquil in Ecuador dal 13 al 19 novembre 2006 su campi in terra rossa.
Vincitori Singolare
Sergio Roitman ha battuto in finale Mariano Zabaleta con il punteggio di 6–3, 4–6, 6–1.
Doppio
Juan Pablo Brzezicki / Leonardo Mayer hanno battuto in finale Marcel Felder / Fernando Vicente con il punteggio di 1–6, 7–5, [14–12].
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