Stagione In Erste Liga la squadra termina all'ultimo posto, occupato stabilmente dalla decima all'ultima giornata. In ogni caso, la rinuncia alla licenza professionistica da parte del Lustenau consente al Blau-Weiß Linz di evitare la retrocessione diretta.
A fine stagione viene disputato lo spareggio contro il Parndorf, vincitore della Regionalliga Ost; la vincitrice dello spareggio disputerà la Erste Liga 2013-2014, la perdente scivolerà in Regionalliga.
In ÖFB-Cup viene eliminato nel primo turno per mano dell'Union St. Florian (2-1).
Organico Staff tecnico Allenatore: Edmund StöhrAllenatore in seconda: Thomas SagederMassaggiatore: Pavel IvanovTeam manager: Helmuth Klaffenböck Rosa Aggiornata al 1º luglio 2012.
Note