Figlio unico dell'attore Sam Waterston e della fotografa Barbara Rutledge Johns, i suoi genitori divorziarono quando lui aveva 6 anni.
È sposato dal 2000 con Line Lillevik e ha due figli.
Filmografia parziale Cinema L'attimo fuggente (Dead Poets Society), regia di Peter Weir (1989)
Televisione E.R. - Medici in prima linea (ER) - serie TV, episodio 9x03 (2002) Law & Order - Unità vittime speciali (Law & Order: Special Victims Unit) - serie TV, 2 episodi (2009-2017) Red Oaks - serie TV, 5 episodi (2015) Chicago Fire - serie TV, episodio 4x15 (2016) The Politician - serie TV, 2 episodi (2020)
Doppiatori italiani Nelle versioni in italiano delle opere in cui ha recitato, James Waterston è stato doppiato da: Riccardo Niseem Onorato ne L'attimo fuggente, The Good Wife Vittorio Guerrieri in Red Oaks, Chicago Fire Andrea Zalone in Law & Order: Criminal Intent Alessio Cigliano in Law & Order - Unità vittime speciali (ep. 9x03) Roberto Certomà in Law & Order - Unità vittime speciali (ep. 18x17)
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