Le lotte interne dei Selgiuchidi permisero ad al-Muqtafi non solo di mantenere la sua autorità su Baghdad, ma anche di estenderla su tutta la Mesopotamia.
Al-Muqtafi riuscì a difendere la capitale da vari attacchi, ma fece l'errore di sostenere la ribellione di Suleyman Shah, governatore di Hamadan e figlio del sultano selgiuchide Muhammad I, quando quest'ultimo sedò la ribellione del figlio marciò contro Baghdad e la sottopose ad un assedio di tre mesi prima di doversi ritirare a causa di problemi che si erano venuti a creare nei confini orientali del suo regno. Si riconciliò con i Selgiuchidi dopo che salì al trono Malik Shah III, sposando la figlia di Muhammad, Fatimah Khatun.
Durante il suo califfato la seconda crociata infuriava furiosamente, e Zangi, il governatore di Mosul e fondatore della dinastia zengide, chiese un aiuto militare al califfo. Il sultano selgiuchide e il califfo abbaside spedirono un esercito di 20.000 uomini a Zangi.
Al-Muqtafi venne lodato dagli storici musulmani dell'epoca come un regnante virtuoso, capace e coraggioso.
Una carta di protezione accordata da al-Muqtafi nel 1139 al patriarca nestoriano Abdisho III è stata pubblicata nel 1926 dallo studioso caldeo Alphonse Mingana.Mingana, A., 'A Charter of Protection Granted to the Nestorian Church in AD 1138 by Muktafi II, Caliph of Baghdad', Bulletin of the John Rylands Library, 10 (1926), 126-33
Morì il 12 marzo 1160 e gli succedette il figlio al-Mustanjid.
Note
Bibliografia The Caliphate, its rise, decline and fall, by William Muir Chapter LXXVI, Buweihid Dynasty, Bagdad under Seljuks, Toghril Beg, Al-Muktadi and four following Caliphs, Crusades, Capture of Jerusalem, End of Fatimids Dictionnaire historique de l'islam, Janine et Dominique Sourdel, Éd. PUF.
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