Carriera Subito dopo il suo ritiro da calciatore, avvenuto nell'estate del 2011, Silva è diventato l'allenatore dell'Estoril Praia, all'epoca militante nella Liga de Honra (seconda divisione portoghese). Al termine della stagione 2011-2012 ha conquistato la promozione in Primeira Liga vincendo il campionato di seconda divisione. Nell'annata successiva l'Estoril ha chiuso il campionato con un incredibile 5º posto, qualificandosi così in Europa League per la prima volta nella sua storia. Nella stagione 2013-2014 è riuscito a migliorare il proprio piazzamento in campionato, chiudendo al 4º posto, mentre in Europa League è stato eliminato nella fase a gironi.

Il 21 maggio 2014 ha firmato un contratto triennale con lo Sporting Lisbona, rimpiazzando Leonardo Jardim, che nel frattempo si era portato alla guida dei francesi del Monaco. Il 31 maggio 2015 ha vinto la Coppa di Portogallo ai calci di rigore contro lo Sporting Braga, tuttavia cinque giorni più tardi è stato esonerato a causa di alcuni screzi con la dirigenza.

Il 7 luglio 2015 è diventato il nuovo tecnico dei greci dell'Olympiakos. Alla guida del club bianco-rosso ha vinto il campionato con 85 punti in classifica su 90 (record assoluto per il campionato greco), segnalandosi soprattutto per le 17 vittorie consecutive ottenute tra agosto e gennaio. In Europa League è stato eliminato ai sedicesimi di finale dall'Anderlecht (sconfitta per 0-1 all'andata e per 1-2 al ritorno), mentre in Coppa di Grecia ha perso la finale contro l'AEK Atene (1-2). Al termine della stagione ha annunciato le sue dimissioni per motivi personali.

Il 3 gennaio 2017 è stato nominato nuovo allenatore degli inglesi dell'Hull City, subentrando all'esonerato Mike Phelan, con la squadra ferma all'ultimo posto in classifica; alla fine del campionato i Tigers sono retrocessi in Football League Championship. Il successivo 27 maggio è stato ingaggiato dal Watford, che ha guidato per 24 partite di campionato (7 vittorie, 5 pareggi e 12 sconfitte). Il 21 gennaio 2018 è stato esonerato dopo la sconfitta per 0-2 contro il Leicester City.

Il 1º giugno dello stesso anni è diventato il nuovo allenatore dell'Everton. È stato esonerato il 5 dicembre 2019 dopo la sconfitta per 2-5 in casa del Liverpool, con la squadra al terzultimo posto in campionato.

Il 1º luglio 2021, dopo un anno e mezzo senza squadra, torna su una panchina firmando per il , con cui vince la Championship. In Premier si piazza 10º nel 2022-2023 e 13° l'anno seguente. Dopo due undicesimi posti, nell'estate del 2026 torna in patria firmando per il Benfica.

Statistiche Statistiche da allenatore Statistiche aggiornate al 10 febbraio 2026. In grassetto le competizioni vinte.

StagioneSquadraCampionatoCoppe nazionaliCoppe continentaliAltre coppeTotale% VittoriePiazzamento Comp G V N P Comp G V N P Comp G V N P Comp G V N P G V N P % set. 2011-2012 Estoril Praia SL 25 15 6 4 CP+CdL 3+5 2+1 1+1 0+3 - - - - - - - - - - Sub., 1º (prom.)Direttore sportivo fino al 27 settembre 2012-2013 PL 30 13 6 11 CP+CdL 1+5 0+1 0+3 1+1 - - - - - - - - - - 5º 2013-2014 PL 30 15 9 6 CP+CdL 4+3 3+1 0+1 1+1 UEL 104 nei turni preliminari 3 4 3 - - - - - 4ºTotale Estoril Praia 85 43 21 21 21 8 6 7 10 3 4 3 - - - - 2014-2015 Sporting Lisbona PL 34 22 10 2 CP+CdL 7+4 5+2 2+1 0+1 UCL+UEL 6+2 2+0 1+1 3+1 - - - - - 3º 2015-2016 Olympiakos SL 30 28 1 1 CG 102 gare a tavolino. 72 vittorie a tavolino. 2 1 UCL+UEL 6+2 3+0 0+0 3+2 - - - - - 1º gen.-giu. 2017 Hull City PL 18 6 3 9 FACup+CdL 2+2 1+1 0+0 1+1 - - - - - - - - - - Sub. 18º (retr.) 2017-gen. 2018 Watford PL 24 7 5 12 FACup+CdL 1+1 1+0 0+0 0+1 - - - - - - - - - - Eson. 2018-2019 PL 38 15 9 14 FACup+CdL 2+2 1+1 0+1 0+1 - - - - - - - - - - 8º 2019-gen. 2020 PL 15 4 2 9 FACup+CdL 0+3 0+3 0+0 0+0 - - - - - - - - - - Eson.Totale Everton 53 19 11 23 7 5 1 1 - - - - - - - - 2021-2022 FLC 46 27 9 10 FACup+CdL 2+2 1+1 0+1 1+0 - - - - - - - - - - 1º (prom.) 2022-2023 PL 38 15 7 16 FACup+CdL 5+1 3+0 1+0 1+1 - - - - - - - - - - 10° 2023-2024 PL 38 13 8 17 FACup+CdL 2+6 1+2 0+3 1+1 - - - - - - - - - - 13° 2024-2025 PL 38 15 9 14 FACup+CdL 4+2 2+1 1+1 1+0 - - - - - - - - - - 11° 2025-2026 PL 38 15 7 16 FACup+CdL 3+4 2+2 0+1 1+1 - - - - - - - - - - 11°Totale Fulham 198 85 40 73 30 15 8 8 - - - - - - - - 2026-2027 PL 6 5 1 0 CP+CdL 0+0 0+0 0+0 0+0 UEL 66 nei turni preliminari. 4 1 1 - - - - - Totale carriera 448 215 92 141 86 45 20 21 32 12 7 13 - - - -

Palmarès Allenatore Club Competizioni nazionali

Estoril Praia: 2011-2012

Sporting Lisbona: 2014-2015

Olympiakos: 2015-2016

Fulham: 2021-2022

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