藤井 直樹（ふじい なおき、1961年〈昭和36年〉1月23日 - ）は、日本の運輸・国土交通官僚。
経歴 岡山県生まれ。灘高等学校を経て、1983年3月東京大学法学部卒業。国家公務員採用上級甲種試験(法律)に合格し、1983年運輸省入省。
2015年7月31日に自動車局長、2017年7月7日に鉄道局長、2018年7月31日に大臣官房長、2019年7月9日に国土交通審議官に就任した。
2022年6月28日から国土交通事務次官を務める。2023年7月4日に退官。
2025年6月20日、成田国際空港株式会社代表取締役社長に就任。次官級の代表取締役社長への起用は18年ぶり「成田空港、藤井社長が就任 機能強化で「競争力高く」 １８年ぶり元国交次官、鉄道輸送力改善も強調」『日本経済新聞』2025年6月21日、地方経済面 千葉 39ページ。。次官級の藤井が起用された要因に滑走路を延伸・新設する計画への進捗への危機感があり、C滑走路新設とB滑走路の延伸に取り組む。
年譜 2013年7月までの経歴の出典 1983年4月：運輸省入省 1989年4月：運輸省国際運輸・観光局外航課専門官（休職・財団法人海事産業研究所） 1990年12月：運輸省大臣官房文書課専門官 1991年7月：運輸省運輸政策局観光部旅行業課補佐官 1992年9月：運輸省航空局監理部航空事業課補佐官 1994年10月：運輸省運輸政策局総合計画課補佐官 1996年6月：運輸省鉄道局総務課補佐官 11月：運輸省大臣官房文書課補佐官（総理府行政改革会議事務局調査員） 1997年12月：（兼）運輸省大臣官房文書課補佐官（内閣官房内閣内政審議室（中央省庁再編等基本法案(仮称)準備室）） 2000年6月：運輸省大臣官房文書課企画官（大臣官房人事課） 2001年1月：国土交通省大臣官房人事課企画官 2002年7月：国土交通省大臣官房付（米・ハーバード大学/シラキュース大学Maxwell行政大学院留学） 2004年7月：国土交通省総合政策局国際観光推進課長 2006年 7月：国土交通省総合政策局国際観光課長 7月：国土交通省自動車交通局保障課長 9月：国土交通省大臣官房付（内閣官房拉致問題対策本部事務局参事官） 2007年4月：内閣官房内閣参事官（内閣総務官室）（内閣官房拉致問題対策本部事務局参事官） 2008年7月：国土交通省航空局空港部首都圏空港課長 2009年10月：国土交通省大臣官房付（内閣官房内閣参事官（内閣総務官室）） 2010年9月：内閣官房内閣参事官（内閣総務官室） 2011年9月：国土交通省総合政策局政策課長 2012年9月11日：国土交通省大臣官房審議官（総合政策局、鉄道局担当） 2013年8月1日：国土交通省総合政策局公共交通政策部長 2015年7月31日：国土交通省自動車局長 2017年7月7日：国土交通省鉄道局長 2018年7月31日：国土交通省大臣官房長・大臣官房広報戦略室長 2019年7月9日：国土交通審議官 2022年6月28日：国土交通事務次官 2023年7月4日：退職 2025年6月20日：成田国際空港株式会社代表取締役社長「「ハブ空港として向上を」 ＮＡＡ藤井新社長 会見＝千葉」『読売新聞』2025年6月21日、千葉 東京朝刊 千葉2 28ページ。
脚注