神道の歴史（しんとうのれきし）では、日本の宗教である神道の歴史について概説する。
そもそも「神道とは何か」「どこまでの範囲を神道に含めるのか」といったことは、専門家の間でも定説を見ておらず、「神道の歴史がどこから始まるか」についても定説は存在しない。神道学者の岡田莊司は、神道の「神道」の成立時期については、 7世紀に律令体制とともに成立したとする説（岡田莊司ら） 8-9世紀に朝廷において「神道」の自覚が生まれ成立したとする説（高取正男ら） 11-12世紀の院政期に地方に神道意識が浸透して成立したとする説（井上寛司ら） 15世紀に吉田神道の創始をもって成立したとする説（黒田俊雄ら） の、主として4説が存在するとしている。ここでは、特定の説に依拠しない立場に基づき、神道以前の本の神信仰からその歴史を俯瞰する。4つの通説全てで神道以前である律令時代以前の日本の神信仰以外は、便宜的に神道として扱う。
概要 宗教としての神道の成立時期に定まった一つの定説はない。日本列島における神道以前の神（神祇）に対する信仰自体は、日本列島に人間が暮らし始め祈りを始めた時まで遡り得るであろうと思われる。ただし、それが現在までそのまま連綿と続いているとは考えられず、時間が経過し異文化を摂取する中で変化したと考えるのが妥当である。日本列島では、縄文時代の終わりから弥生時代にかけて稲作が伝来すると、稲作に基づく自然信仰も生じた。古墳時代には大和王権の祭祀が国家祭祀として列島各地に広められた。4世紀後半には、最初期の神社である宗像大社や大神神社で祭祀が開始されており、この時期に後の神道の直接の原型が形成されたと考えられる。なお、学術的に見て「神道」とは祭祀体系を伴うものであり、縄文時代、弥生時代、古墳時代といった祭祀体系成立以前は「神道」の成立には至っていないとする見解が主流である。
飛鳥時代に入ると律令の整備に伴い祭祀制度・社殿・祭式の整備が進み、行政機関として神祇官が関与する律令祭祀が形成される。祭祀制度における祭祀の管理や運営の規定などは唐の祀令が参考にされた。常設の神殿を持つ宗教施設・祭祀施設である神社は神道に欠かせない要素であるが、神社が初めて作られたのはこの時期であり、7世紀後半の律令制の成立にともなって、中央政府の命令で全国規模で創られた新たな宗教施設官社が神社の始まりである。これ以降、神社は続々と創建されたと推定されている。祭祀と天皇家が結びつけられ、続く奈良時代にかけて国史とともに日本神話として『古事記』『日本書紀』が編纂された。さらに、平安時代には律令制の弛緩に伴い、神祇官を介さずに天皇やその近臣が直接地方の神社の祭祀に関与するようになった。このほか、古代の日本ではこうした神に対する信仰に仏教信仰が融合する神仏習合という現象が起きたが、一方で祭祀儀礼の面では仏教と一線を画す神仏隔離（神仏の棲み分け）の思想も見られた（廃仏思想ではない）。また、修験道や陰陽道といった信仰が日本に成立し、これらも神道に影響を与えた。
中世には、神道の教義化・内面化の動きが広まる。鎌倉時代には、鎌倉幕府の崇敬によって各地の神社が保護され、庶民の間では古代に盛んだった地域ごとの信仰に代わって熊野、八幡、稲荷、伊勢、天神といった神々が地域を越えて広く信仰されるようになった。こうした神道の普及の中で、知識階層では密教僧による両部神道に端を発して仏教理論を用いた神道の解釈が試みられ、神は仏の化身であるとする本地垂迹説などが唱えられた。これに対し、危機感を抱く神社の側からは、元寇勝利後の神国思想の高まりを背景に神を仏よりも優位に置いた神本仏迹説などの体系化が図られ、神道五部書を基本経典とする伊勢神道が成立した。さらに、室町時代に起こった応仁の乱によって多くの古典籍を喪失した吉田兼倶は、これを機に経典の偽作などを通じて仏教から独立した独自の教義・経典・祭祀を持つはじめての神道説である吉田神道を創り上げることに成功した。吉田神道は戦乱の時代の社会不安も手伝って急速に台頭し、上流階級を中心に広く受け入れられ、神道界の中心となった。戦国時代から安土桃山時代には、戦国大名を神として祀る神社の創建に吉田神道が関わった。
日本における近世の大部分をなす江戸時代には、江戸幕府によって神社行政が再編され、治安や交通の改善によって庶民の伊勢神宮などへの参詣や庶民祭礼が活発化した。一方、国教的な地位についた仏教は、思想としては停滞期にあった。こうした中で、江戸時代前期には仏教を批判する立場から主流の神道説は儒教の朱子学との結びつきを強め、垂加神道などの儒家神道へと移行した。江戸時代中期になると歌学や言語学といった日本の古典の実証的研究に神道を統合した国学が発展し、儒家神道に代わって隆盛をみせた。国学者の本居宣長は、中国由来の仏教や儒教の教義に寄せて神道を解釈することを強く批判し、実証的に神典を研究することを主張した。こうした宣長の神学は、江戸時代後期になると平田篤胤の復古神道に批判的に継承された。復古神道では、キリスト教から影響を受けて死後の世界を重視したほか、中国神話、インド神話、キリスト教神話など世界各地の神話は日本神話の訛りであると主張し、その後の王政復古に関わった。一方、水戸藩では、儒教を排した宣長を批判し、忠孝仁義といった儒教の倫理観に国学を統合した後期水戸学が展開された。後期水戸学は、儒教と神道とを結びつけることで天皇による日本の統治を主張し、幕末の志士たちの思想の苗床となった。
倒幕運動によって日本が近代へ向けて歩みだすと、王政復古の大号令により、神道と政治とを結びつける祭政一致が新政府の目標とされた。大教宣布の詔に基づいて神道の布教が行われたほか、神仏判然令によって神仏分離が図られ、一部では寺院や仏像の破毀による廃仏毀釈が行われた。続いて明治政府は、国家の宗祀として国家が神社を管理する国家神道体制を形成した。その後、政教分離の観点から祭政一致派が追放されると、神社は宗教ではないという定義づけによって公的な性格を付与する神社非宗教論が採られ、さらには地方の神社は公的支出から切り離されていった。これに対し、神職らは全国神職会を組織し、政府に対して公的支出などを求める神祇官興復運動を起こした。また、神社を非宗教として神道思想の表明を放棄させた国家神道体制に対しては、在野の神職や神道思想家から非難の声が上がり、民間の神道集団として教派神道13派が勢力を築いた。第二次世界大戦終結後、GHQによる神道指令によって、国家主義的イデオロギーの根源とされた国家神道体制が解体され、神社は神社本庁を包括団体とする宗教法人へと移行した。こうして神社は現代において公的な立場を失ったものの、その後は自由な宗教活動によって経済的な繁栄を手にする神社も現れ、日本の年中行事や人生儀礼において神道は一定の役割を果たしている。
古代 律令祭祀以前 縄文時代晩期から弥生時代にかけて、日本列島に稲作が伝わると、同時に稲作に基づく自然信仰も生じた。それは、自然と神を一体とみなし、神が自然災害という形で祟りを起こさないよう、捧げものを捧げたり祭祀を行うというものであった。
弥生時代には、新たな墓制である方形周溝墓、荒神谷遺跡などに代表される青銅器の祭祀、池上曽根遺跡の例のように後の神社建築と共通する独立棟持柱を持つ大規模な建物など、神社との連続性が指摘される事物が出土するとともに、鹿などの骨を焼いて占う卜骨が広範囲で出土したり、副葬品として鏡・剣・玉が用いられるなど、古事記や日本書紀に見られる神道信仰と明らかに連続性を持つ要素が見られるようになる。
3世紀ごろ、大和地方の三輪山に纏向遺跡が営まれはじめるとともに、箸墓古墳など初期の大規模な前方後円墳が登場してくることから、この頃に大和王権が成立したと考えられる。この3世紀という年代は、鏡作坐天照御魂神社に伝わる三角縁神獣鏡や石上神宮から発掘された鉄製大刀が制作された年代と推定されており、記紀で語られる宝鏡や神剣のイメージと重なり、その後の神道信仰につながる要素が次第に明確になっていった。
さらにその後、4世紀には最初期の神道の国家祭祀が確認でき、福岡県宗像市沖ノ島の宗像大社では、銅鏡や鉄製武器など、4世紀後半の大和周辺の古墳副葬品と共通する祭器が大量に出土することから、この時期までには大和王権による沖ノ島での祭祀が開始されたと考えられる。また、銅製小型鏡など宗像大社と一致する祭器が三輪山でも出土しており、沖ノ島での祭祀とほぼ同時期に、後の大神神社に繋がる三輪山での祭祀がはじまった可能性が高く、最初期の神社である宗像大社や大神神社での祭祀が開始された4世紀後半が、後の神道の直接の原型が形成された時期であると考えられる。
5世紀に入ると、大和地方での祭祀と共通する石製模造品を用いた祭祀跡が全国的に見つかり、大和王権の祭祀が日本列島各地に広がったと考えられる。特に東国では、茨城県鹿嶋市の宮中条里大船津地区や、千葉県南房総市の小滝涼源寺遺跡などから多数の土師器、高杯、勾玉などの石製模造品が出土しており、大和王権による祭祀が行われていたと推定される。これらの地域における祭祀は、後に朝廷から重んじられて神郡が設置された鹿嶋神社や安房神社に繋がるものと思われる。
また、この5世紀代の捧げものとして、古墳副葬品であった鉄製品に加えて、千葉県の千足台遺跡や愛媛県の出作遺跡などから、須恵器や布帛も出土するようになっており、現在の神道における幣帛に繋がる捧げ物もこの頃に成立したと考えられる。
6世紀には、古墳の葬送儀礼の変化や、竪穴式石室から横穴式石室への変化が見られるようになる。古墳の儀礼においては、武器や武具を使う人や、捧げ物となる獣、貴人が騎乗する馬など、具体的なイメージを表現した形象埴輪を用いた葬送儀礼が確立した。そして、竪穴式石室から横穴式石室への変化に伴い、遺体と霊魂を分離して考える霊魂観が成立したと推定され、このようなことが記紀神話に見られる、人格的な神観の形成に影響を与えたと考えられる。
律令祭祀・神社の形成
7世紀に入ると、日本では天武朝・持統朝を中心に律令の整備が始まり、これに伴い神道も大きく変革期を迎えた。古墳時代以来の歴史の中で形成された信仰形態をベースとしつつ、外来信仰などの要素も加味して、祭祀制度の整備、社殿の整備、祭式の整備などが進み、神道の体系化や祭祀の行政組織化が進んでいくことになる。
律令国家による公的祭祀制度は、律令の中の神祇令を基軸に展開された。神祇令は、飛鳥浄御原令制定の段階で規定されたものであると考えられており、唐の祀令が参考にされた。岡田莊司は、祭祀の管理や運営の規定などに関しては祀令のものが踏襲されたが、祭祀の内容についてはほぼ日本独自のものとなっており、神祇令は日本独自の神祇信仰を祀令に基づいて再整理したものであると理解することが穏当とみなしている。
神祇令に基づいて設置された祭祀行政の実務機関が神祇官であり、神祇伯という長官職も設置された。この神祇官の関与の下、祈年祭、鎮花祭、神衣祭、三枝祭、大忌祭、龍田祭、鎮火祭、道饗祭、月次祭、神嘗祭、相嘗祭、鎮魂祭、大嘗祭（新嘗祭）の13種類の祭祀が国家祭祀として季節に応じて催行される規定となった。旧暦2月に豊作を予祝する祈年祭を行い、旧暦3月に散る花に寄せて悪霊退散を祈願する鎮花祭を行い、旧暦の4月と7月に台風の風害が無いよう祈る龍田祭と水害がないように祈る大忌祭を行い、旧暦11月に新穀を感謝する新嘗祭を行うといったように、稲作と密接に結びつき、季節の巡行に合わせて、農耕に必要な自然の恵みに感謝することが律令祭祀の特質となっている。祭祀が行われる前後には、官人に対して斎戒を行うことが規定され、律令祭祀においては斎戒は致斎（まいみ）、散斎（あらいみ）の二種類が定められた。致斎は、一切の職務を放棄して潔斎に入り祭祀の準備のみに専念することで、散斎は職務は行いつつ「六色の禁法」のみを行わないものである。「六色の禁法」とは、喪を弔うこと、病を問うこと、宍（四足歩行の哺乳類のこと）を食べること、死刑の執行と罪人の結罰を行うこと、音楽をなすこと、穢汚に触れることの六つの禁止事項で、これを破ると罰せられることとなっていた。この致斎と散斎を行う期間の長さに応じて、律令祭祀は大祀、中祀、小祀に分類され、例えば大祀（践祚大嘗祭のみが該当）は散斎が1ヶ月、致斎が3日となっている。
律令国家祭祀のうち、祈年祭・月次祭・大嘗祭では、班幣という他国には見られない日本独自の祭祀形態がとられた。これは、神祇官が官社と認定した全国の神社の神職を神祇官に参集させて、そこで中臣氏が祝詞を奏上して斎部氏（忌部氏）が幣帛を神職に配り、これをそれぞれの神社の神に捧げさせるというものである。大祓の祭式も整備され、まず天皇に中臣氏が御祓麻を、東漢氏と西文氏が祓刀を奉って大祓詞を奏上し、次に、百官の男女が朱雀門の祓所に集まり、中臣氏が祓詞を読んで卜部氏が解除（はらえ）を行った。
神道に不可欠な要素として神社があるが、神社が創始されたのがこの時期である。神社とは常設の神殿を持つ宗教施設・祭祀施設であり、常時そこに鎮座する神（祭神）を信仰の対象として諸々の祭礼・儀礼を執行するものである。神社とは、7世紀後半の律令制の成立にともなって、中央政府の命にもとづいて創建された常設神殿を持った新たな宗教施設官社に始まるもので、井上寛司によると、神社の成立を天武天皇朝以前に遡ることはできず、在地社会で仮設の神殿から常設の神殿に自然に移行したわけでもない。神社は律令期以降に続々と創建されたと推定されている。
さらに、神階の制度もこの時期に整備され、霊験を示した神社には神封や神階、神位が与えられたほか、殊に崇敬の篤い神社の存する地域には、神郡も設置された。また、一部の神社にはその神社の経済基盤を支えるための神戸や神田が設置された。官社と認定されなかった地域の民間祭祀については、引き続き社殿を持たない形式が続き、祝（はふり）という祭祀者が選ばれて、春の田植えや秋の収穫の際に神へ感謝する農耕祭祀が行われていたが、次第に祭祀の場に郡司が立ち会って国の法律を告げるなど公的性を帯びるようになり、社殿を設置することも全国的に広がっていった。
また、この時期には伊勢神宮の祭祀制度も整備され、天武天皇の時代には卜定によって悠紀・主基を決め、伊勢の方角を向いて天皇が天照大御神と食事を共にするという現在の形での大嘗祭が成立するとともに、未婚の皇族女性を神宮に派遣する斎宮の制度がはじめられた上、持統天皇の時代には式年遷宮もはじめられた。
さらに、天武天皇の時代に構想されて元明天皇の時代に結実する国史編纂事業にも神道が影響を与えた。8世紀に編纂された国史『古事記』『日本書紀』には、日本神話として神代の物語と神武天皇の建国についての物語が記され、天皇家が正統な支配者であることを基礎づけた。このほか、宗像大社の祭神を天照大御神が生み出した女神であるとする（宗像三女神）など、古い祭祀と皇祖神を結びつけることが図られ、中臣氏や忌部氏、猿女君などの朝廷における祭祀氏族の起源を神話の世界に求めた。
律令祭祀の変容と平安祭祀 平安時代に入ると、律令制の弛緩に伴って律令祭祀制度も変容していった。
798年（延暦17年）には、全国の官社への班幣という制度が維持できなくなり、官社を、以前の通り神祇官より班幣を行う官幣社と、国府から班幣を行う国幣社に二分することとなった。また、大社・小社の分類も行われ、特に霊験の大きな神社は名神大社とされた。それらの区分は、後述する927年（延長5年）の延喜式神名帳にまとめられている。
また、律令制の弛緩に伴う天皇内廷機構の伸長により、神祇官が関与せず天皇や近臣が直接関与して、関係の強い特定神社の恒例祭祀を国家公的の性格を付与して行う公祭という祭祀が、奈良時代後期から平安時代初期に生じた。称徳天皇朝に藤原光明子らが先導して藤原氏の氏神を祀る春日神社の恒例祭を公祭化したのが始まりである。さらに、天皇権の伸長によるものとして、臨時祭が行われるようになる。臨時祭とは、恒例祭祀を除く特定神祇への祭祀であり、天皇が直接祭使を派遣して行う形式である。その初例は宇多天皇朝に宇多天皇が受けた神託に基づいて行われた賀茂臨時祭であり、後に恒例化するものも含めて臨時祭と呼称された。
昇殿制が整備された宇多天皇朝においては、天皇が内裏で毎朝石灰壇と呼ばれる台で伊勢神宮を遥拝する毎朝の御拝や、特定神社へ神宝を送る一代一度の大神宝使の制度が始められるなど、天皇や近臣が直接関与する祭祀が一層拡大した。また、朱雀天皇朝には最も丁重な天皇御願祭祀である行幸が初めて行われた。今までの祭祀では、天皇はあくまで宮中にとどまって祭使を派遣するのみであったが、行幸では天皇が直接神社の行宮まで赴いて、そこから祭使を派遣するという点が今までにない形態である。
また、この頃には貴族内で氏神祭祀に関する関心が高まり、斎部広成が斎部氏（忌部氏）の伝承について記述し中臣氏に対抗した『古語拾遺』や、物部氏によって作られたと考えられる各氏の伝承をまとめた『先代旧事本紀』、さらに各氏の出自や伝承などをまとめた官選の『新撰姓氏録』も作られ、各氏が、神代に連なる「神別氏族」、皇族から枝分かれした「皇別氏族」、外国に出自を持つ「諸蕃」、出自が不詳の「未定雑姓」に分類された。
神道に関する法令としては、延喜式が927年（延長5年）に完成し、その巻1から巻10までが神道に関する法令に当てられた。この10巻を総称して「神祇式」とも呼ぶが、巻1・2は四時祭上・下、巻3は臨時祭、巻4は伊勢大神宮、巻5は斎宮寮、巻6は斎院寮、巻7は践祚大嘗祭、巻8は祝詞、巻9・10は神名上・下について記載された。
また、名神大社への奉幣も維持できなくなったことから、その中でも特に崇敬の厚い神社に対して特別の奉幣を行う祈年穀奉幣が行われるようになり、それが後に十六社奉幣へと展開し、随時追加されて二十二社制度へと収斂した。二十二社への奉幣は、中世後期の1449年（宝徳元年）まで行われた。
地方の祭祀においては、派遣された国司がそれぞれの国において国内の神社を序列化して参拝する神社の順序を定めた一宮制度が発達した。国司が参拝する神社は国内神名帳にまとめられ、後には二宮以下の神社を一つにまとめた総社も見られるようになる。
神仏習合と神仏隔離
6世紀に仏教が公伝すると、物部氏と蘇我氏の仏教受容をめぐる抗争を経て、日本にも仏教が広がるようになった。しかし、当初は仏が「蕃神（あだしくにのかみ）」と呼称されたり、司馬達等の娘嶋など女性が出家者となって巫女のように仏像の管理を行うなど、仏教は在地の神祇信仰的に取り入れられ、質的に違いがあるとは認識されなかった。その後、7世紀に入ると日本の神々もまた、天部にあって人と同じく解脱を目指している存在として捉える「神身離脱説」が生じ、神前読経などを行うための施設として神社内に神宮寺が建立されるようになった。満願によって建立された多度神社の多度神宮寺などがその初期の例である。また、寺院の側からも神道に接近する動きが見られ、神々を仏法を鎮護する存在とみなす護法善神説が生じ、寺院内にも鎮守社が設けられるようになった。
平安時代に入ると、神仏双方の要素を持つ御霊信仰や、熊野を浄土とみなす熊野信仰など、神仏習合に基づく様々な信仰形態が生じ、仏像の影響のもと神像も作成されるようになる。時代が進むと、神仏習合思想はさらに展開し、神は仏が衆生を救済するために仮に現れた姿であるとみなす「本地垂迹説」が生じ、菩薩や権現といった仏教的神号の使用や、神体である鏡の裏に本地である仏の像を刻む御正体の作成などが行われるようになる。
他方、朝廷や神宮においては神仏隔離の思想も見られるようになる。『貞観儀式』『儀式』などの規定によって、大嘗祭の期間は中央及び五畿の官吏が仏事を行うことが禁じられ、中祀および内裏の斎戒を伴う小祀には、僧尼の代理への参内を禁じ、内裏の仏事が禁じられた。平安時代中期以降には、新嘗祭、月次祭、神嘗祭などの天皇自らが斎戒を行う祭においては、斎戒の期間中内裏の仏事をやめ、官人も仏法を忌避することとなった。伊勢神宮でも、境内では「仏」を「中子」、「僧侶」を「髪長」に言い換えるなどの忌詞の制が敷かれ、斎宮でもこれに準じて忌詞が用いられた。このように、神仏習合は信仰ベースで進みつつも、祭祀儀礼は神道と仏教が別体系で存在したのである。
修験道・陰陽道の成立 奈良時代頃には、古来日本では山中他界とされ、足を踏み入れることのなかった山中が、密教、陰陽道、神祇信仰など様々な要素の影響を受けて、修行場となりはじめた。その草創期の人物として役小角などが上げられるが、平安時代末期に入るとそういった山岳修行が組織化されていき、金峯山、熊野三山、出羽三山、戸隠山などが代表的な霊山とされ、修験道が形成されていった。さらに後には、天台宗系の本山派と、真言宗系の当山派、出羽三山を拠点とする羽黒派、英彦山に拠点を置く英彦山派などの修験道各派が成立していく。
平安時代には、朝廷において陰陽道も成立した。陰陽道は、中国から輸入された陰陽五行説をもとに、日本で独自に発展したものである。陰陽道の成立は神道にも影響を与え、神祇官が行なっていた大祓や道饗祭などの祭祀が陰陽寮の儀礼として行われるようになり、中臣氏が奏上していた大祓（中臣祓）も「中臣祭文」に改まり、陰陽師に用いられるようになった。この違いは、中臣祓は宣読体であったものが、祭文では奏上体になっていることである。ただし、神道祭祀が国家的なものであるのに対して、陰陽道は貴族たちの疫病退散や立身出世など、現世利益の要求が高まる中で行われていったものである。10世紀からは、安倍氏や賀茂氏が中心になって陰陽寮が世襲されるようになった。
中世 幕府の神祇制度 鎌倉幕府が開かれると、幕政の下神社制度も再編された。幕府を開いた源頼朝は神道の崇敬が厚く、伊勢神宮の神領を安堵した他、伊豆山神社、箱根神社、三島神社の崇敬も厚く、特に伊豆箱根二所権現には歴代将軍が毎年1月に参詣するのが恒例となり、現在の初詣に繋がったとする指摘もある。また、1194年（建久5年）には寺社奉行を設置した。源頼朝の崇敬心を引き継いだ鎌倉幕府は、1232年（貞永元年）制定の「御成敗式目」において第1条に「神社を修理し、祭祀を専らにすべき事」「神は人の敬いによって威を増し、人は神の徳によって運を添う」と神道についての定めを規定した。また、幕府が出した「関東新制」には神社の神事興行、神人乱行の停止など各種の規制が見える。社務ではなく行事をはからう官職として祈祷奉行や神事奉行も設置され、室町時代には千秋氏が祈祷奉行を世襲した。
朝廷においては、神社の訴訟などを天皇に奏する寺社伝奏が置かれて問題の処理を担当したが、幕府勢力の台頭後は幕府と連絡を取り合い裁可を仰ぐことがその務めとなった。また、上皇による熊野大社への行幸も院政期に盛んに行われるようになった。幕府成立による朝廷の権威の衰微に伴い、かえって朝廷では神祇祭祀が強く意識されるようになり、順徳院は『禁秘抄』で「神事を先にし他事を後にす」と述べている。
中世の庶民信仰 中世に入ると、庶民の神道信仰においても変化が見られるようになる。古代においては地域ごとに氏神を祀り共同体の繁栄を祈る祭りが中心であったが、中世に入ると霊威ある神が地域を越えて各地に勧請され、個人の禍福を祈る勧請型神社の系統が増加した。
特に、広く信仰されるようになったのは、熊野、八幡、稲荷、伊勢、天神である。熊野は、もともと死者の霊魂が行く山中他界と考えられていたが、神仏習合思想の流行によって、熊野は現世に出現した浄土と考えられるようになり、本宮大社の本地も阿弥陀如来とされるようになった。人々は、来世往生と現世利益の個人祈願のために、こぞって熊野大社へ詣で、「蟻の熊野詣」とまで呼ばれるようになった。朝廷でも、上皇による熊野行幸が院政期に盛んに行われた。八幡は、石清水八幡宮が清和天皇の守護神として宇佐から勧請されたという経緯もあり、清和源氏の氏神として仰がれ、源義家は鎌倉に鶴岡八幡宮を勧請した。源頼朝が鎌倉幕府を開くと、鎌倉幕府に従った全国の御家人も自らの所領に八幡神を勧請したことで、全国的に八幡信仰が広がっていった。稲荷は、もともと秦氏の氏神であったが、平安時代に入ると東寺の守護神として仰がれ荼枳尼天と習合し、農業の神として各地に伝播していった。伏見稲荷大社の祭日である初午には、多くの庶民が群参したが、この初午は田の神信仰において山の神が里に降りて田の神になる時期に当たるものであり、農民の素朴な田の神信仰が稲荷と結びつく形で稲荷信仰が広がっていったものと考えられる。
元来は天皇以外の幣帛や祈願が禁止されていた伊勢神宮も、律令国家による経済基盤を失った中世以降は、御師が中心となり初穂料や造営費を集めるため全国の荘園に積極的に布教や私祈祷を行うようになり、はじめ荘園領主や武士層から、次第に庶民にまで伊勢信仰が広がった。また、熊野詣の際に伊勢路を通ると必ず伊勢神宮を通ることになるため、そこで多くの人が伊勢神宮を参拝するようになったという側面もあり、先行する熊野信仰も伊勢信仰の拡大に寄与した。鎌倉時代の『勘仲記』には1287年（弘安10年）の外宮遷宮に際して「参詣人幾千万なるを知らず」と記されるなど、多くの庶民が伊勢神宮に参詣するようになった。
これらの神社の信仰の高まりにより、その本社を村々へ勧請する動きが広がったほか、荘園制の展開に伴って荘園の本所の社寺の祭神が各地に勧請されるようになったこともあり、現在の全国の神社の3分の1が八幡・伊勢・天神・稲荷・熊野の五つの系統に占められるようになった。
また都市部での庶民祭礼も発展し、朝廷が863年（貞観5年）に神泉苑で都市の住民が自由に参加できる形での公的な御霊会を催行して以降、庶民により祇園祭が行われるようになった。御霊会は、神輿迎えから還幸の祭礼まで神輿の巡幸が行われ、これにより霊験が高まると考えられていた。神輿の巡幸では、京都の住人たちが御旅所を用意して祭の準備をして祭が行われたため、朝廷の公的関与は少なく、京都住人の在地性や独自性が極めて高い庶民祭礼であった。この他、平安中期までに北野御霊会、松尾祭、今宮祭、稲荷祭などの京中祭礼が成立した。
また、各荘園では村落の自治が高まり惣が形成され、祭りの編成組織として神事運営のための宮座が重視された。宮座は、オトナ・年寄と呼ばれる古老が取り仕切り、若者衆が神事の奉仕に当たった。また、村の取り決めには起請文を記して神に誓約し、一揆の時には一味神水が行われるなど、神社が村民の精神的拠り所となった。村民たちは日常の農耕生活の中でも神社に寄り合い、村民の中から一年交代で年番神主が選ばれていた。
神道の理論化と本地垂迹説 国家儀礼から生じた祓の儀礼は中世には習俗化し簡略化していったが、中核には律令期の国家祭祀である大祓の祝詞、大祓詞を改編した中臣祓があり、そのため陰陽師や僧侶が担っても神道儀礼（神祇儀礼）として理解されていた。呪文化した中臣祓は日本固有のものと捉えられ、「日本」研究の古典、一種の「神道古典」と解釈され研究され、中臣祓注釈から様々な神道説が生まれた。陰陽師・僧侶・神職それぞれの立場から多くの中臣祓の注釈書が書かれたが、初期の注釈書はほぼ仏教側によるものであり、初期の神道思想は、天台宗・真言宗（顕密仏教、旧仏教）の高僧たちの教学研究から生まれた。神道の思想史的展開は仏教側から始まったが、古代律令国家の解体が進み混沌とする時代の中、当時の新仏教ともいえる浄土宗に対する顕密仏教側の高僧たちの危機感、末法という時代意識が出発点となっている。岡田莊司は「神道の理論的形成は、古代末期の律令的秩序の崩壊と価値大系の変動に起因する仏教革新運動の一環として位置づけられる。」と述べている。
中世神道説の嚆矢は、平安時代中期ごろより密教僧が密教的語彙により形成した両部神道説であり、その最初期の例である真言宗の僧・成尊が11世紀に著した『真言付法纂要抄』では天照大御神と大日如来が一体であり、日本こそが密教流布に相応しい地であると主張され、中世神道説における主要な概念がここから導き出されることとなった。