基部系統（きぶけいとう）は系統樹の基部で分岐した系統を呼ぶ用語で、ある分類群の進化史において、その初期に他の構成要素から分かれている系統である。そういった分類群 ()は基部分類群（きぶぶんるいぐん、）と呼ばれる。そういった系統上の位置は、「基部の ()」と表現され、「最も初期に分岐した」とも表現される。化石脊椎動物の文脈では、「基盤的」と訳されることも多い。

意味と用法 基部で分岐した末端群を基部系統と呼ぶのは分岐学においては厳密には適切ではないため、そのような用い方に対しが論説にて問題提起した。

「基部」に意味はあるのか 有根系統樹には、「基部 ()」が生じる。系統樹において、分岐する枝はそれぞれ同等であり、回転（相互に交換）可能である。そのため、最も分岐の基部に位置する枝の左右両方が「基部系統群」である。そのため、1つのクレードのみが最も基部とはなり得ない。ある姉妹群において、一方のクレードを基部系統だとすると、他方のクレードは「派生的なクレード」となる。種数が多い方の群が「より派生的な」クレードだとすると、確かにより多くの種が含まれるが、これは本質的には意味がない。系統樹の各枝に含まれる分類群の数はそのデータの集め方によって変わり、現生で種数が少ない基部のクレードでも、絶滅したより多くの種を含んでいたかもしれないためである。系統分類学や分岐学においては、系統樹の各クレードに重みづけをする理由はない。 + 昆虫の一群、新翅類の系統樹の例 新翅類は多新翅類と新性類からなり系統樹において、これらは相互に交換可能である 新性類をメインのクレードとすると、多新翅類は「基部系統」となる 系統樹の枝は回転可能であるため、多新翅類をメインのクレードとして、新性類を「基部系統」と見なすこともできる

適切な用法 基部に近い節や分岐は「基部節 ()」または「基部分岐 ()」である。「基部の枝 ()」は最も基部の節（対象とする群のうち最も古い共通祖先）の間にある枝である。「基部単系統群 ()」は、2つ以上の末端分類群（末端節にある分類群）の前の節で終わる木の一部分である。「基部分類群 ()」はあくまで（仮説上の）祖先種、つまり分岐図におけるステムの種であり、末端分類群ではない。それ以外の「基部」の用法はすべて間違っており、誤解を招く。しかし、分岐学における方法では祖先を特定できないため、「"正しい"基部分類群」であっても、系統分類における議論ではあまり意味がない。同様に「"正しい"基部単系統群」も末端分類群の関係を議論する上ではあまり意味がない。そのため一般に、「基部」は系統学的な議論において、現状よりもはるかに少ない頻度で使われるべきものである。

以下の用法は、上記の説明における「"適切な用法の"基部系統」には当たらないが、よく用いられ、系統樹における位置関係を示すのに有用であるためここで解説する。

「原始的」

系統樹の基部で分岐した群は「原始的 ()」系統と呼ばれることもあるが、これは誤りである。基部で分岐した群はその末裔である現生種が古い形質（= 原始的な形質）を保持しているとは限らない。系統樹が示すのは、共通祖先から進化したことであり、一方の群から他方が進化したことを示すわけではない。そのため、基部系統であることが故に原始的と言うことはできない。

以下の図は、およびによるキジカクシ目 の系統樹である。キジカクシ目において、最も基部で分岐した群はラン科 である。しかし、キジカクシ目の共通祖先の花の形態はラン科とは大きく異なっていたと考えられており、ラン科の花形態はラン科の祖先が分岐した後で進化し、獲得されたものであると考えられる。

基部系統の例 コケ植物 現生陸上植物の最基部で分岐したのはコケ植物であると推定されている。そのため、コケ植物は基部陸上植物と呼ばれる。形態形質の分岐学的解析から側系統群であると考えられたが、分子系統解析により最近では単系統となる解析結果も得られている。以下にによる系統樹を示す。

基部被子植物

アンボレラは被子植物の初期に最も分岐した群であり、これを含む、被子植物の系統進化の初期に分岐した側系統群は基部被子植物（）と呼ばれる。

APG IV (2016)による系統樹は以下の通りである。

また、真正双子葉類のうち基部に位置するものは基部真正双子葉類 ()と呼ばれる。キンポウゲ科 やハス科 、ヤマグルマ科 が含まれる。

無翅昆虫類

六脚類 の中でも、翅をもたないカマアシムシ目、トビムシ目、コムシ目（以上三群は内顎類と呼ばれる）、イシノミ目、シミ目の5群は基部系統であり、翅を獲得しておらず、原始的な形質を保持していると考えられている。以下にによる六脚類の系統樹を示す。和名は『岩波生物学辞典 第5版』(2013)より。

脚注

注釈

出典

参考文献

関連項目 クラウングループ（冠群、）とステムグループ（基幹群、） 段階群（進化的段階群、グレード、） 姉妹群（）