石黒荘（いしくろのしょう）とは、越中国砺波郡南西部（現在の富山県南砺市平野部一帯）に存在した荘園。
もとは後三条天皇の御願寺たる円宗寺の荘園であったが、円宗寺の衰微に伴って仁和寺菩提院・醍醐寺遍智院等に分割領有された。鎌倉時代から室町時代にかけて小矢部川水運を通じて放生津湊（現新湊港）と結びつき経済的に繁栄したが、戦国時代に一向一揆による支配が進んだことによって実態を失った。
石黒荘の範囲は旧西礪波郡福光町一帯を中心として、旧東砺波郡城端町・井口村・福野町中西部にまで及び、現在の南砺市平野部の大部分に相当する。鎌倉時代以後は「十郷」から成るとされ、石黒上郷・中郷・下郷で1荘、山田郷・弘瀬郷で1荘、吉江郷・太海郷・院林郷・直海郷・大光寺郷で1荘の、「石黒三箇荘」とも呼ばれていた。
歴史 石黒荘の成立 200px|thumb|後三条天皇の肖像画 石黒荘は後三条天皇の御願寺として建立された円明寺（のち円宗寺と改称）の法会料所として、1078年（承暦2年）8月23日に白河天皇の意を受けた宣旨によって成立した。後三条天皇は財政再建策として延久の荘園整理令を実施した人物であり、円宗寺はその政策推進の象徴として1070年（延久2年）に造営されていた。後三条天皇の死により改革は挫折したが、死後に円宗寺で法華会（1072年/延久4年10月25日開始）・最勝会（1082年/永保2年2月19日開始）の両会を始めるための法会料所として石黒荘が設置されたと伝えられている。もっとも、白河天皇は当初こそ後三条天皇の路線を受け継いでいたが、1086年（応徳3年）に天皇位を譲り院政を始めてからは独自路線を進んだ。このため後三条天皇政策の象徴たる円宗寺も後盾を失って徐々に力を失ってしまい、このような経緯が後の石黒荘の経営不安定化・分割領有に繋がったと考えられている。
一方、石黒荘の成立した越中国砺波郡は古代より地方豪族である利波臣一族が強い影響力を有しており、特に奈良時代には般若荘（現砺波市東部）に大荘園を築いて東大寺造営時に寄進したことなどで知られている。石黒荘の成立とともに登場する石黒一族について、その出自については諸説あるが、利波臣一族の末裔であるとする説が有力である。ただし、「越中石黒系図」には石黒権大夫光久なる人物が加賀の林貞光の娘を娶って「藤原氏と改めた（改藤原氏）」との記述があり、現存するほとんどの石黒氏系図では藤原利仁を始祖とする藤原氏を称している。石黒荘設立に石黒一族がどう関わったかについては全く記録が残っていないが、これは後に石黒一族が木曽義仲や承久の乱の宮方についたことにより敗者として記録を失ったためで、石黒荘と石黒一族は本来は密接な関係を有していたと想定される。
円宗寺の衰退によって不安定な状態にあった石黒荘は、後白河院政の頃から分割統治化が進められ、まず山田郷・弘瀬郷が円宗寺に隣接する仁和寺菩提院の行遍に引き継がれた。また院林郷・太海郷は仁和寺とも縁のある成賢により醍醐寺遍智院に受け継がれたようで、成賢が清浄光院再建にあてた「越州両庄上分」とはまさに院林・太海両郷を指すと考えられる。仁和寺菩提院の行遍は後白河院の息女宣陽門院の庇護を受けており、醍醐寺遍智院の成賢も宣陽門院と密接な関係を有していたことから、これらの伝領は後白河院・宣陽門院の意を受けて行われたようである。また、石黒荘の設立経緯から特に鎮護国家の祈祷を行う寺院が選ばれて石黒荘の領家職を委ねられたとも指摘されている。恐らく石黒三郷（上郷・中郷・下郷）は石黒氏が直接管理したとみられ、それ以外の吉江郷・直海郷・大光寺郷については後白河院政期に記録がないが、石黒荘の分割領有の流れは鎌倉時代に入って以後も受け継がれることとなる。
源平合戦から承久の乱まで 鎌倉時代の半ば、1278年（弘安元年）に弘瀬郷の地頭職にかかる争論が和解を遂げ、和解のため作成された和与状（関東下知状）が現存している。この史料には治承・寿永の内乱期から鎌倉時代半ばに至る弘瀬郷の領有状況が克明に記載されており、石黒荘のみならず越中国全体にとっても貴重な史料と位置付けられている。以下、主に関東下知状の記録に基づいて石黒荘の変遷を記載する。
木曾義仲による支配 thumb|義仲館の銅像。巴御前と並ぶ 12世紀後半に治承・寿永の内乱が勃発すると、木曽義仲が信濃国で挙兵し、1181年（治承5年）の横田河原の戦いに勝利したことで北陸道まで勢力を拡大した。『平家物語』には横田河原の勝利に呼応して「北陸道七ヶ国の兵共」ら北陸の武士団が木曽義仲勢への参加を表明したと記され、九条兼実の日記である『玉葉』にも治承5年7月末時点で越中・加賀・能登の国人が「東国と意を同じくし」 反平家の動きを見せていることが伝えられている。これと連動するように、石黒荘弘瀬郷では藤原定直がまず1181年（治承5年）付けで留守所（＝越中国衙）より、また1182年（治承6年）付けで木曽佐馬頭（＝義仲）より、それぞれ地頭職の安堵を受けたと「関東下知状」に記されている。
この二つの安堵状は当時の北陸情勢を窺う上で極めて重要な史料であり、古くから研究者の注目を集めてきた。まず、留守所（＝越中国衙）からの安堵状については、同年11月に能登国の武士が国衙を占領した上で義仲の安堵を受けた記録があることから、越中においても義仲方の武士（石黒武士団）が国衙を掌握した上で安堵状を出させたものと古くは解釈されてきた。しかし石黒党の国衙掌握は明確な史料的裏付けがなく、近年では久保尚文が当時の越中では待賢門院兄弟の閑院流諸家の領主が多くの荘園（般若野荘・高瀬荘）を有していたことを指摘し、越中国衙はそもそも荘園領主たる院近臣を通じて義仲に協力的であったため、主体的に安堵状を出したものと解釈している。次に、治承6年付けの義仲からの安堵状は、先述した能登国の武士に対するものにつぐものであり、石黒武士団がかなり早い段階から義仲を主君として仰いでいたことが窺える。
『平家物語』には石黒党の首領である石黒光弘が倶利伽羅峠の戦いをはじめ北陸道における義仲の戦いに大きく貢献したことが記されるが、結局木曽義仲は源頼朝と対立した末に1198年（寿永2年）1月に殺され、義仲による北陸支配の具体的様相は後世に伝わらないまま終わりを迎えている。なお、『源平盛衰記』等には和田合戦での敗北後の巴御前が石黒氏を頼って越中に下向したとの伝承もあるが、この伝承は石黒荘・石黒党が反北条・反鎌倉政権的傾向を有していたことを背景にしているのではないか、と考えられている。
比企氏による支配 300px|thumb|比企一族の墓 義仲の没落後、1184年（寿永3年）4月に源頼朝は比企朝宗なる人物を北陸道勧農使に任命したが、これはいわゆる「寿永二年十月宣旨」で除外されていた北陸道にまで頼朝の支配が広がったことを意味していた。しかし比企朝宗の進出は北陸道諸国に混乱を呼び、越前国川合田荘や石黒荘に隣接する越中国高瀬荘では荘園領主より比企配下の武士の「溢妨」を排除するよう鎌倉に要請が行われた。更に、1186年（文治2年）6月17日に越中国般若荘の領主である内大臣徳大寺実定が武士の押妨の排除を要求したことが決定打となり、1186年（文治2年）6月21日に頼朝より地頭停止令が発令されることとなった。
この結果、石黒荘山田郷でも同年6月16日付「右大将家（源頼朝）御教書」により飯埜三郎康家の地頭職が廃止されている。一方、比企藤内朝重（比企朝宗と同一人物か）は6月14日付け下文で「庄屋は鎌倉殿の仰せに従って山田郷を治めるべきであり、弘瀬郷については僻事である（間違い）」と述べ、藤原定直の弘瀬郷における下司職を安堵した。ただし、弘瀬郷地頭であった藤原定直は1192年（建久3年）に領家に対し名簿を提出しているが、これは領家に臣従を誓うことを意味し、この時点では領家が明確に優位にあったことを示すものと考えられている。
1199年（建久10年）には鎌倉幕府で将軍の代替わりがあり、二代将軍源頼家の舅であった比企能員が権勢を強めていた。上述した地頭停止令は源頼朝が京の朝廷に対して妥協した結果発令されたものであるが、比企氏はこの協定を覆す形で北陸道諸国の再掌握を図り、越中では比企氏の分家と見られる太田朝季が越中守護（もしくは守護代）を標榜した。これを受けて、石黒荘では1201年（正治3年）7月前頃に山田郷で新□惟憲なる人物が地頭に補任され、1202年（建仁2年）閏10月付け文書で太田朝季が藤原定直に対して「地頭沙汰事」を安堵している。一連の比企氏の動きは頼朝時代の地頭停止令を一方的に無視するものであり、弘瀬・山田郷地頭領家の仁和寺より抗議を受けた源頼家が、1203年7月4日付請文で山田郷地頭補任を否定する事態にまで至っている。
比企の変後の処分 300px|thumb|北条朝時（名越朝時）像。 一連の強引な比企氏による勢力拡大は、対外的には朝廷との対立をもたらし、幕府内部では北条氏に代表される幕閣の反発を呼んだ。このような情勢の中で、1203年（建仁3年）9月2日には比企能員が北条時政らによって謀殺され、比企一族も皆殺しにされるという大事件が起きた（比企の変）。越中国でも「朝季とその郎従が謀反を企んでいる」ことが問題視され、政変を主導した北条時政は比企氏残党を殲滅すべく、越中の国人に対しても招集をかけた。この翌年、山田郷地頭の惟憲が「科」があったことを理由に仁和寺の申し入れによって地頭職を停止された事、太海・院林両郷の地頭職も停止された事は、まさに太田朝季に加担したことに起因すると考えられている。
一方、弘瀬郷地頭の定直は折あしく上京中であったが、急ぎ9月8日に越中に帰国し、国人仲間のとりなしを得て起請文を出し、同年11月3日に引き続き本領を安堵することを認められたという。ただしこの後、定直は領家に対して起請文を出して「山田庄弘瀬郷下使」と自称しており、比企の変を経て領家の優位が復活したようである。なお、西国ではこの時点で本領安堵地頭は存在しないため、この時点で越中国石黒荘は東国扱いであったことが分かる。
比企氏滅亡後の越中守護の扱いについては史料上に明記がないが、同じく比企氏勢力圏にあった越後国と同様に、北条義時が継承したものとみられる。その後、越中守護職は義時の息子北条朝時（名越朝時）に継承されるが、朝時の母親は比企一族出身の女性であり、特に比企朝宗の娘であったと推定される。比企氏そのものは滅亡したものの、比企朝宗⇒朝宗女⇒北条朝時⇒名越家という流れで北陸における比企氏の所領は相続されたものと考えられる。
以上、「関東下知状」に記される弘瀬郷の状況から分かるように、石黒荘の武士は越中国守護となった比企一族の安堵を受けて領家優位の体制を崩そうと図ったが、比企の変の勃発によって再び劣位に置かれたようである。
承久の乱後の鎌倉幕府支配 承久の乱 300px|thumb|承久の乱における幕府軍進路。越中国砺波郡での戦場について、『吾妻鏡』は般若野、『承久記』は砺波山とする。
1219年（承久元年）に三代将軍源実朝が暗殺された後、鎌倉幕府と京の朝廷の関係は急速に悪化し、1221年（承久3年）には後鳥羽上皇が北条義時追討の院宣を出すに至った（承久の乱）。これを受けて、過去の経緯により鎌倉よりも京の朝廷との繋がりが強かった越中の武士団は、宮崎定範・石黒三郎らを代表として京方につくことを表明した。「関東下知状」の「定朝今京方事」条によれば弘瀬郷地頭の藤原定直の孫定朝も京方についていたとされるが、乱後に定直の地頭職が没収されていない事から、一族全体が京方について幕府軍に逆らったわけではないようである。
一方、鎌倉では北条政子・義時姉弟が「義時の追討」を「鎌倉幕府の危機」であると摺りかえることで御家人の支持を集め、大軍を編成して東海道・東山道・北陸道の三方面に派遣した。北陸道方面軍は比企一族の北陸における権益を継承した北条朝時が総大将を務め、5月30日には宮崎定範の守関を破って越中国に入った。しかし、越中国射水郡では多くの武士が戦わずして北条朝時に降ったとの記録もあり（朽木家文書）、孤立した石黒三郎は般若野で戦いを挑むも敗れて投降した。
承久の乱における石黒一族の敗戦は、石黒荘の情勢に多大な影響を残した。まず、京方についた中心人物であった石黒浄覚（石黒三郎）は孫娘の婿に北条朝時配下の合田左衛門入道を迎え存続を図るも失敗し、結局は津軽方面に移住することとなった。代わりに石黒地方に入ってきたのが相模国波多野荘を本貫とする波多野時光で、久保尚文は石黒浄覚が領有していた石黒下郷が波多野時光に与えられ、以後この地方は「野尻郷」と改名されたものと推定している。また、院林・太海両郷の公文政家も承久の乱で京方についた科により地位を没収された。一方、弘瀬郷の藤原定直は承久3年6・8月に遠江入道生西（北条朝時）より所領の安堵を受け、これによってかえって地頭としての地位を確固たるものとしている。
以上のように、承久の乱において石黒荘の武士団は京方として北条朝時軍に敗れ、石黒一族の中には地頭職を没収され関東出身の御家人に与えられてしまう者もいた。一方で、石黒一族全体が京方についたわけではなく、藤原定直を筆頭に承久の乱後も地頭職を安堵された武士もおり、これら石黒武士団残党を野尻地方に入った波多野氏が威圧・監視する体制が鎌倉時代を通じて続くこととなった。
地頭職をめぐる相論 200px|thumb|琵琶湖周辺の港。石黒荘の物産は日本海交易-敦賀港-琵琶湖水運を通じて京まで運ばれたと考えられる。 承久の乱を経て鎌倉幕府による支配は盤石なものとなったが、一方で戦後処理の一環として各地に新補地頭が多数成立したことにより、全国的に領家と地頭の紛争が頻発した。石黒荘においては、まず1231年（寛喜3年）8月28日、成賢が譲状にて太海郷は賢実を、院林郷は成実を、それぞれ預所とするよう定めていたが、1期の後は遍智院道教に渡すよう申し送りをして亡くなった。
1248年（法治2年）には、弘瀬郷地頭の藤原定朝が頼朝の時代に「新田事、可為地頭分（新田は地頭の持ち分とすべきである）」との原則が諸国に命じられていたということを根拠に、新田の領有を主張したが、預所幸円はその文書が現存しないことを指摘し訴えは退けられた。しかし、1238年(暦仁元年)の下総国の関東下知状では「上総・下総国両国地頭等、雖開作新田、預所不及交沙汰」とあるように、実際に預所が明確に新田の検注権を否定された事例もあり、藤原定朝の主張した諸国諸荘の下地(地頭)領掌権は全く根拠のないことではなかった。ただし、同じ下知状内でも「国々の例、必不一様」とあるように実態は国ごとで一様でなく、東国と西国の丁度中間である越中では東国並の下地領掌権は認められなかったのが実状のようである。
また1257年（正嘉元年）8月には、院林郷における領家の任命した雑掌右衛門尉家時と地頭小野沢実綱・同実重・同盛実らの争いを幕府が裁決し、3名の地頭職を停止するとの判決が出された記録が残っている。
1261年（弘長元年）には上述した弘瀬郷地頭職を巡る預所幸円と地頭定朝らとの相論が発生し、翌1262年（弘長2年）に幕府による裁決が「弘長二年関東下知状」として交付された。一方、弘瀬郷地頭職を巡って長年藤原家と争った領家の行遍は、訴訟に莫大な費用がかかったためか安東蓮聖なる北条氏の御内人に150貫文の借金をしていた。行遍が亡くなった後に返済が滞ったことにより、安東蓮聖は1271年（文永8年）3月、山門の悪僧尋らとともに近江国堅田浦で山田郷年貢の運上船を点定（差し押さえ）したとの記録が残されている。この史料は、石黒荘で産出された物産が、小矢部川水運-放生津湊-日本海交易-琵琶湖水運を経て京まで運ばれていたことを立証する、貴重な記録とも位置付けられる。
また、13世紀後半からは弘瀬郷以外の郷についても言及されるようになる。1280年代に京の朝廷では鷹司兼平が亀山院（大覚寺統の祖）の治世下で藤氏長者を務め、鷹司家を確立するに至った。恐らくこの頃に直海郷・大光寺郷は鷹司家に伝領されたようで、1286年（弘安9年）11月5日には太政大臣鷹司基忠の要請により伊勢外宮による役夫工米催促対象から直海郷が除外されたとの記録が残されている（「造宮所下知状案」）。また、1308年（延慶元年）11月付け関東下知状には「太海院林郷地頭左衛門尉法師家吽」なる人物について記載されており、14世紀初頭までに院林氏が院林・太海両郷の地頭職を得ていたようである。こうして、鎌倉時代後半には石黒上・中・下郷は石黒氏領、弘瀬・山田郷は仁和寺領（地頭は藤原氏）、院林・太海郷は醍醐寺領（地頭は院林氏）、直海・大光寺郷は鷹司家領（地頭は井口氏？）、という領有状況が確定し南北朝時代を迎えることとなる。
南北朝時代 建武の乱と院林氏の活躍 300px|thumb|井口氏の居城であった井口城址。南北朝時代には桃井直常派の有力な拠点であったとみられる。
14世紀前半、元弘の乱に始まる南北朝の争乱によって日本全体が混迷した状況に陥ったが、石黒荘も内乱に巻き込まれ頻繁に領主が交代する状況に陥った。1333年（元弘3年）、鎌倉幕府の滅亡によって建武の新政が始まると、後醍醐天皇は遍智院門跡を聖助法親王に安堵したが、これによってそれまで院林・太海両郷の地頭であった院林了法は地頭職を召し上げられてしまった。このように鎌倉時代以来の領地でありながら、建武の新政下で没収されてしまった土地のことを歴史学上では「元弘没収地」と呼称している。
これに不満を抱いた院林了法は当時後醍醐天皇に反旗を翻していた足利尊氏を頼り、1336年（建武3年）2月に地頭職安堵を求める言上状を提出して尊氏より安堵を認められている。しかし、同年２月に北畠顕家らに敗れた足利尊氏は京から九州に落ちのびたため、院林了法も尊氏の東上を助けて各地を転戦することになった。同年4月には丹後国夜久野の合戦で功績を挙げ、6月の比叡山無動寺の合戦では激戦の末息子の院林又六郎光利が戦死するに至ったことが軍忠状によって知られている。
院林了法も含む諸将の活躍により足利尊氏は同年6月に光厳上皇らとともに入京し、8月には光明天皇を即位させた上で『建武式目』を定めた（=室町幕府の成立）。幕府成立の直後、足利尊氏は醍醐寺座主賢俊に三宝院鎮荘園の保護を約束し、賢俊を三宝院に置いた上で、同年9月には院林了法の院林・太海両郷の知行安堵手続きを行っている。しかし、院林郷では三宝院方の武士である青柳二郎・今村十郎らが院林了法の入部を拒んだため、院林了法は越中守護吉見頼隆の使節沼田家秀らの援助を得て1337年（建武4年）4月にようやく院林郷への復帰を果たした。
これに対し、三宝院の領家職はまず1337年（建武4年）に能登権の息左衛門が雑掌の派遣を妨げると訴え出、更に1338年（暦応元年）には河合入道・院林平六（院林了法か）らが妨害を行うと北朝に訴え出た。このような中で、幕府は院林・太海両郷を闕所地として細河掃部助に与えてしまったが、三宝院は1340年（暦応3年）3月にこれに強く抗議した。この時の言弁状では院林・太海両郷を開所地として与えたことのみならず、「院林・太海両郷は醍醐寺遍智院累代の寺領であるのに、院林六郎左衛門入道了法が庄務を妨げている」とも主張している。
越中守護桃井直常の支配 一方、この頃桃井直常が新たに越中国守護に任命されており、院林了法の度重なる上申を受けて1344年（康永3年）に三方院の地頭職乱暴をやめさせよとの御教書が直常に下った。ところが、この時桃井忠常はまだ在京していて越中本国に下向しておらず、三方院の働きかけを受けて1346年（貞和2年）に幕府奉書通りに巡行することはできないと執事の高師直に報告している。そこで、1347年（貞和3年）5月に両者を召し出して直接対決させることとなったが、幕府は延慶元年関東下知状の内容に基づき一旦は院林了法の地頭職を安堵した。しかし、同年8月に三方院側は元久二年八月二七日付け関東下知状を提出し、鎌倉時代より地頭職が設置されていなかったことを主張した。この訴えを受け、幕府引付頭人の上杉朝定は同年8月28日に、三方院の主張を認める旨桃井直常に通達し、院林了法の地頭職は再び停止されてしまった。
三方院の主張を認めた桃井直常・上杉朝定は足利尊氏の弟足利直義の与党であり、尊氏の地頭職安堵を覆すような判決は、尊氏・直義兄弟の対立の先駆けであったと評される。実際に、この2年後の1349年（貞和5年）より足利直義と高師直の対立が激化し、やがて観応の擾乱が勃発するに至ることとなる。一方、この訴訟を最後に院林了法に言及する史料はなくなり、以後院林家に関する記録自体がなくなるため、院林了法の代を以て院林家は没落してしまったようである。
一方、直海郷・大光寺郷方面では南朝の影響が及んだことが断片的な記録から窺える。誓願寺心定の『受法用心集』には「心定が越中国細野（旧城端町蓑谷地域で、直海郷の一部）で阿聖なる師から口伝を受けた」との記述があり、南北朝時代に後醍醐天皇の信奉した真言宗立川流が直海郷に広まっていたようである。また直海郷と関係の深い大光寺郷について、1341年（興国2年）に後村上天皇綸旨によって大光寺地頭職知行が侍従房弁祐に給付されたことも、この方面に南朝の勢威が及んでいた傍証となる。また、『太平記』には大光寺を拠点としたとみられる「井口氏」が中先代の乱に呼応して挙兵した名越時兼に味方したことや、桃井直常の下に馳せ参じたことなどが記されている。『太平記』には桃井直常が独断で「井口ノ城」に赴こうとしたことが敗北に繋がったとの記録もあり、南北朝時代後期には南朝残党が桃井派に合流し幕府への抵抗を続けたようである。
越中守護斯波義将による平定 350px|thumb|伝越中守護桃井直常墓五輪塔（富山市） 院林了法が争論を行っていた頃、越中本国では桃井直常が南朝方勢力の平定を進め、国衙機能を掌握しつつあった。1350年代より観応の擾乱が勃発すると、桃井直常は直義派の強力な与党として各地で活躍したが、直常の活躍は越中の国人勢力掌握に成功したことに裏付けられていると評されている。桃井直常による支配が行き届き幕府支配から断絶していたためか、この頃の石黒荘支配にかかる記録はほとんどない。
1366年（貞治5年）には貞治の変によって細川頼之が管領に起用され、斯波義将・高経父子は執事の地位を失うこととなった。この政変に連動し、1367年（貞治6年）には桃井直常の弟直信が越中守護に起用され、この年9月21日に石黒荘では桃井直和（直常の孫）が三方院領院林郷にかかる文書を京極（＝佐々木道誉）に送った記録が残されている。しかし、皮肉にも桃井直和は新たな幕府の方針に則って越中国人の権益を否定する政策を推進せざるを得ず、僅か1年ほどの直和の守護就任期間にかえって越中における桃井家の信望は下落したと評される。
1367年末には足利義詮の死を受けて再び桃井直常が幕府に反旗を翻し、桃井直和も守護職を罷免され、新たに越中守護となった斯波義将が桃井一族を討伐することになった。「越中石黒系図」には石黒家内部で桃井派と斯波派に分かれて相争っていたことが記されており、1360年代から1370年代にかけて幕府派（斯波方）と反幕府派（桃井方）の戦闘が石黒荘においても繰り広げられたようである。1370年代前半には既に桃井氏の劣勢は決定的となっていたが、1377年（永和3年）には斯波方に敗れた越中国人が越中国太田保（細川頼之の所領）に逃れ、斯波方がこれを攻撃しようとする事件が起こっている。この事件に見られるように、南北朝時代末期には幕府内部の対立関係も越中に持ち込まれ、石黒荘一帯でも野尻（波多野）氏・井口氏といった反幕府の武士（＝桃井直常残党）が細川家を頼って最後まで斯波義将に抗っていたようである。三管領家（細川・斯波・畠山）が相次いで守護職を務めたのは越中国を措いて他にないが、これはまさしく越中国内の争乱が室町幕府内部の争乱と結びついていたことの現れであった。
南北朝時代末期の石黒荘情勢は不明な点が多いが、1379年（康暦元年）の細川頼之失脚（康暦の政変）頃までには斯波義将によって軍事的に制圧されていたようである。1377年（永和3年）4月16日に広瀬信定という人物が石黒荘弘瀬郷西方領家仁和寺菩提院から所務（年貢徴収）を請け負っているのは、まさに斯波方による平定によって幕府支配が浸透した現れであった。なお、ほぼ同時期に砺波郡糸岡荘・新川郡井見荘・堀江荘・小佐味荘の荘務にかかる文書も発給されており、越中史研究者の久保尚文は康暦の政変（1379年）前後こそが室町幕府支配下における越中再編の起点であると見なしている。
室町時代 日野家の進出と瑞泉寺の建立 300px|thumb|現在の井波瑞泉寺本堂。 上述したように、1370年代後半には室町幕府による越中支配が確立しつつあり、このような越中再編の流れの中で足利義満側近の日野資康が越中荘園の再興を担うようになった。日野家ではまず同母弟の三光院光助が婦負郡吉河東西の安堵を受け、日野資康自身は石黒荘山田郷の年貢徴収業務を請け負っている。
一方、日野家出身の親鸞が開いた浄土真宗本願寺は、1375年（永和元年）に4代善如より5代綽如に代替わりしていた。この頃日野家の当主であった日野時光は娘（日野業子）を足利義満に嫁がせて権勢を振るっていたが、先祖累代の縁により綽如を猶子としていた。従来、綽如が越中国に下向した目的は純粋に教線を拡大するためであると考えられてきたが、久保尚文は6年前に日野資康が石黒荘山田郷の年貢徴収業務を請け負ったことこそが理由であるとする説を提唱している。
すなわち、久保は日野資康の意を受けて綽如は石黒荘山田郷の年貢徴収業務の代官を務めることとなり、1384年2月28日に息子巧如に譲状を与えた上で越中国に下向したものと推定する。そして、『賢心物語』によると後小松天皇の治世中に中国皇帝からの国書の解釈に寄与したことから、「山田郷の付与を検討された」が、綽如は出家の身であることから辞退し、代わりに阿弥陀堂の建立（＝井波瑞泉寺の前身）を認められたという。まさしく、綽如は石黒荘を巡る縁に導かれて井波地方に至り、瑞泉寺を建立することになったと言える。砺波郡に下向した綽如は野尻地方に住まう杉谷慶善なる人物に助けられたと伝えられるが、この人物も本来は京と石黒荘をつなぐ流通関連業者で、荘園の実務経営面で綽如を助けたものと考えられる。
畠山統治下の石黒荘 300px|thumb|15世紀半ばの日本地図。オレンジ色に塗られた越中・能登・紀伊・河内が畠山家の守護領であった。 足利義満の下で室町幕府による支配が安定期を迎える中、越中では康暦の政変により管領となった斯波義将に代わって、畠山基国が守護に任命された。それまで頻繁に守護が交替していた越中では以後畠山家による支配が固定し、遊佐氏・神保氏といった畠山被官の武士が新たに越中国内に土着した。特に遊佐氏は越中国の守護代を務めて荘務にも携わり、後に神保氏が射水・婦負郡守護代に、椎名氏が新川郡守護代になって以後も砺波郡守護代の地位を保ち、石黒荘の経営に大きな影響力を有し続けた。
1419年（応永26年）には、弘瀬郷の領家である仁和寺が「それまで代官請負を行っていた二宮信濃入道是信の没後、その後を継いだ代官が違乱に及んでいる（所定の年貢を納入しない）」ことを幕府に訴えるという事件が起こった。この訴えについて、当時の管領である細川勝元は「下地の沙汰付」を10月17日に越中守護の畠山満家に伝達し、畠山満家はこれを守護代の遊佐国盛に伝達し、更に遊佐国盛は小守護代の遊佐加賀守に伝達した記録が残されている。この記録により、この頃の越中には管領（在京）→守護（在京）→守護代（在京）→小守護代（越中）という命令系統が確立していたことが窺える。なお、室町時代前半には越中に在国する守護代にさえ越中国人が起用された形跡がなく、畠山氏による守護領国の中枢から土着の国人は排除されていたようである。