蝦夷（えみし、えびす、えぞ）は、大和朝廷から続く歴代の中央政権から見て、日本列島の東方や北方（現在の東北地方や北海道）などに住む人々の呼称である。「エミシ（蝦夷）」と「エゾ（蝦夷）」という2つの呼称に大別される。
歴代の朝廷は8世紀までに東西へ平和裏に領土拡大を図った一方で、軍を率いて9世紀初頭に征服した東国の蝦夷（エミシ）を俘囚と呼び、他地域へ移配すなわち移住させるなどした。
語源と用字 蝦夷は古くは愛瀰詩と書き（神武東征紀）、次に毛人と表され、ともに「えみし」と読んだ。後に「えびす」とも呼ばれ、「えみし」からの転訛と言われる。「えぞ」が使われ始めたのは11世紀か12世紀である。
えみし、毛人・蝦夷の語源については、以下に紹介する様々な説が唱えられているものの、いずれも確たる証拠はないが、エミシ（愛瀰詩）の初見は神武東征紀であり、神武天皇によって滅ぼされた畿内の先住勢力とされている。「蝦夷」表記の初出は、日本書紀の景行天皇条である。そこでは、武内宿禰が北陸及び東方諸国を視察して、「東の夷の中に、日高見国有り。その国の人、男女並に椎結け身を文（もどろ）けて、人となり勇みこわし。是をすべて蝦夷という。また土地沃壌えて広し、撃ちて取りつべし」と述べており、5世紀頃とされる景行期には、蝦夷が現在の東北地方だけではなく関東地方を含む広く東方にいたこと、蝦夷は「身を文けて」、つまり入れ墨（文身）をしていたことが分かっている。
古歌で「えみしを 一人 百な人 人は言へども 手向かいもせず」（えみしは一人で百人と人は言うが、我が軍には手向かいもしない）『日本書紀』神武天皇即位前紀。 と歌われたこと、蘇我蝦夷、小野毛人、佐伯今毛人、鴨蝦夷のように大和朝廷側の貴族の名に使われたこと、平安時代後期には権威付けのために蝦夷との関連性を主張する豪族（安倍氏や清原氏）が登場していることから、「えみし」には強さや勇敢さという語感があったと推測されている。そこから、直接その意味で用いられた用例はないものの、本来の意味は「田舎の（辺境の）勇者」といったものではないかという推測もある。
他方でアイヌ語に語源があると考えた金田一京助は、アイヌ語の雅語に人を「エンチュ (enchu, enchiu)」というのが、日本語で「えみし」になったか、あるいはアイヌ語の古い形が「えみし」であったと説いた。
文献的に最古の例は毛人で、5世紀の倭王武から宋への上表文に「東に毛人を征すること五十五国。西に衆夷を服せしむこと六十六国」とある。蝦夷の字をあてたのは、斉明天皇5年（659年）の遣唐使派遣の頃ではないかと言われる。後代に人名に使う場合、ほとんど毛人の字を使った。蘇我蝦夷は『日本書紀』では蝦夷だが、『上宮聖徳法王帝説』では蘇我豊浦毛人と書かれている。毛人の毛が何を指しているかについても諸説あるが、一つは体毛が多いことをいったのだとして、後のアイヌとの関連性をみる説である。また、中国の地理書『山海経』に出てくる毛民国を意識して、中華の辺境を表すように字を選んだという説もある『山海経』第9海外東経（平凡社ライブラリー 132-133頁）。。
人名に使った場合であっても、佐伯今毛人が勤務評定で今蝦夷（正確には夷の字に虫偏がつく蛦）と書かれた例がある。蝦夷の蝦の字については、あごひげが長いのをエビに見たてて付けたのだとする説がある。夷の字を分解すると「弓人」、上代日本語で（ユミシ）になり、これが蝦夷の特徴なのだという説もある。
喜田貞吉は、意味ではなく音「かい」が蝦夷の自称民族名だった松浦武四郎『天塩日記』のではないかと説いた。アイヌ人はモンゴル人など中国東北部の民族からは「骨嵬（クギ、クイ）」、ロシア人からは「クリル」と呼ばれた。千島列島のロシア語名はクリル諸島である。斉明天皇5年の遣使の際に、聞き取った唐人が蝦夷の字をあて、それを日本が踏襲したという。平安初期の「弘仁私記」の序文には、蝦夷に「カイ」とルビをふっている。平安末期の「伊呂波字類抄」にも、カイの条に「蝦夷」とある正宗敦夫編『[ 日本古典全集 伊呂波字類抄 第三]』、昭和3年。秋田藩の藩士であった人見蕉雨によって1798年（寛政10年）頃に著された『黒甜瑣語』には、蝦夷（夷は大と弓の上下の合字になっている）のルビを「かい」としている。そこでは「ダケカンバと思える植物をタッチラと唱える」という記述からも、これがアイヌの事を指している事がわかる人見蕉雨『[ 黒甜瑣語. 第3編]』、人見寛吉、明治29年。明治政府は開拓使の設置に伴い蝦夷地の名称の変更を検討。1869年（明治2年）蝦夷地探査やアイヌとの交流を続けていた松浦武四郎は政府に建白書を提出し、「日高見道」「北加伊道」「海北道」「海島道」「東北道」「千島道」の6案を提示した。明治政府は「北加伊道」を基本とし「加伊」を「海」に改めた「北海道」とすることを決定。明治2年8月15日太政官布告により「蝦夷地自今北海道ト被稱 十一ヶ国ニ分割國名郡名等別紙之通被 仰出候事」と周知された。松浦は建白書において「北加伊道」案はアイヌが自らを「カイ」と呼んでいることから考案したと説明している。青森県の伝承を集めた中道等の『奥隅奇譚』では「蝦夷崎」のルビを「かいざき」としている。
金田一京助は喜田らの説を批判し、「えび」の古い日本語「えみ」が「えみし」に通じるとして付けたとする説を唱えた。
諸説ある中で唯一定まっているのは、「夷」が東の異民族（東夷）を指す字で、中華思想を日本中心にあてはめたものだということである。「夷」単独なら『古事記』などにも普通にあるが、その場合古訓で「ひな」と読む。多くの学者は用字の変化を異族への蔑視の表れとし、蘇我毛人を蘇我蝦夷としたのも『日本書紀』編者が彼を卑しめたものとする。だが、佐伯今毛人や小野毛人の例を引いてこれに反対する意見もある。
用字については、『日本書紀』では蝦夷の夷の字に虫偏をつけた箇所も散見される。蝦夷の字の使用とほぼ同じ頃から、北の異民族を現す「狄」の字も使われた。「蝦狄」と書いて「えみし」と読んだらしい。毛人と結合して「毛狄」と書かれた例もある『日本後紀』延暦16年2月己巳（13日）条。。一字で「夷」と「狄」を使い分けることもよくあった。これは管轄する国（令制国）による人工的区分で、越後国（後に出羽国）所轄の日本海側と北海道のえみしを蝦狄・狄、陸奥国所轄の太平洋側のえみしを蝦夷・夷としたのである。
のちにエミシと訓じられる「毛人（もうじん・えみし）」という漢字が文献に最初に見られるのは、中国の歴史書『宋書』倭国条（478年）である。倭王武（雄略天皇か）が南朝の宋に送った上表文（478年）の中に、「東は毛人を征すること五十五国」という記述がある。これが、ヤマト王権の東方にいた異質な集団（のちのエミシ）を指す最古の文字記録とされる。
はっきりと「エミシ」と訓むべき形で登場する国内最古の文献は、720年に成立した『日本書紀』神武紀、即位前紀（戊午年十月条）である。歌謡「久米歌」の一節に、「愛（え）みしを」という言葉がある。「……愛（え）みしをひとりひとびといひはふども……」。この段階での「えみし」は、東北地方の特定の民を指す言葉ではなく、「武勇に優れた荒ぶる人」「強い人」といったニュアンス（あるいは一種の敬称）として用いられていたと考えられている。
「蝦夷」という漢字の組み合わせが国内の文献で最初に登場するのは、『日本書紀』景行紀、天皇27年2月条である。武内宿禰が東国から戻り、天皇に報告するさいに、「東の夷（ひな）の中に、日高見国有り。…… 是を総（す）べて蝦夷（えみし）と曰（い）う。……」。ヤマト王権が「東方に住む、文化や従わない毛色の違う人々」を本格的に「蝦夷」と定義して書き表した、実質的な初出とされる。
蝦夷（えみし） 古代の蝦夷（えみし）は、本州東部とそれ以北に居住し、政治的・文化的に、大和朝廷やその支配下に入った地域への帰属や同化を拒否していた集団を指した。統一した政治勢力をなさず、積極的に朝廷に接近する集団や敵対した集団が記録に残っている。しかし、次第に影響力を増大させていく大和朝廷により、征服・吸収されていった。
朝廷側の人間とは異なる「夷語（いご）」を話しているため、訳語（通訳）を必要とした。
「えみし」は朝廷側からの他称であり、蝦夷側の民族集団としての自覚の有無に触れた史料はない。蝦夷に統一的なアイデンティティーは無かったと解するか、朝廷側との交渉の中で民族意識が形成されたであろうと想定するかは、研究者の間で意見が分かれている。
歴史 弥生時代 概ね新潟県北部から東北地方、北海道にかけて、広く日本列島の東方に住んでいたと考えられている。
東北地方北部（青森県津軽地方が北限とされる）へも水田・稲作が一時的に伝わったが放棄され、狩猟・採集文化が伝統として続いた。 また東北地方の弥生土器は接触式と呼ばれ、それ以前の縄文土器と西日本の弥生土器の中間の形態をしていた函館市編『函館市史』 p. 706。このことから在来の縄文文化と東進してきた弥生文化が入り混じった独自の文化があったようである。
北海道では本州以南と違い、縄文文化が弥生文化に移行せずに続いていた。これを続縄文文化と呼び、4世紀以降津軽海峡の南岸から東北地方へ進出する札幌市編『新札幌市史』。これにより東北地方では古墳を特徴とする古墳文化が北上しなかった代わりに縄文土器の系統で北海道を起源とする続縄文土器（後北式土器）が使用されるようになり、それまでの弥生土器は姿を消していく。 このことから東北地方北部は弥生時代から続縄文時代に移行したことになり、それまでの弥生文化と南下してきた続縄文文化が混ざり合って独自に発展した弘前市編『新編弘前市史』。
東北北部ではかつて弥生時代に砂沢遺跡や垂柳遺跡で水田による稲作が行われていたが続縄文文化に移行したことにより狩猟採集文化に回帰した。これは世界的に見ても珍しい例で、弥生時代末期から古墳時代にかけての寒冷化（古墳寒冷期）が原因とされている。再び雑穀などによる農耕が再開されるのは7世紀から8世紀にかけてで、大規模な水田による稲作が行われるようになるのは平安時代に入ってからである。 また7世紀以降、朝廷は関東以西から農民を開拓民として移住させて柵戸を作らせたため、東北地方の農耕遺跡がどこまで蝦夷そのもののものなのかはっきりとわからなくしている。
+主要な文化及び時代区分(古墳時代から平安時代にかけてを中心に、括弧書きは土器文化土器の編年については弘前市編『新編弘前市史』など。東北南部以南と樺太は簡略)西暦本州北海道樺太東北南部以南東北北部道南道央道東道北2世紀弥生（弥生土器・天王山式）続縄文（恵山式土器）続縄文（下田の沢式土器）続縄文（宇津内式土器）3世紀古墳（須恵器・土師器、以下同）続縄文（後北式土器）鈴谷4世紀続縄文（北大式土器）5世紀オホーツク（十和田式土器）6世紀7世紀飛鳥末期古墳（東北北部型土師器などの土師器や須恵器など、以下同）擦文※オホーツクの南下オホーツク（オホーツク土器）8世紀奈良9世紀平安・律令国家トビニタイ擦文10世紀平安・王朝国家東北における戦乱期・防御性集落の時代11世紀東北における戦乱期・防御性集落の時代 擦文文化の南下青苗擦文12世紀平安・王朝国家、奥州藤原氏による東北統一13世紀鎌倉鎌倉・蝦夷管領初期アイヌ文化成立時期（内耳土器）14世紀室町安藤氏渡党日ノモト唐子ギレミ ※石狩平野周辺に東北の末期古墳が飛地として分布
古墳時代 蝦夷は強兵の民族として大和政権に認識されていたが、大和政権による支配・服属も進んだ。
5世紀の中国の歴史書『宋書』倭国伝に、478年（順帝昇明2年）倭王武が宋 (南朝)に届けた上表文として以下の記述がある。
古墳の分布 古墳の分布は和人文化の範囲を示し、蝦夷との境界が北限となる。これまでの発掘調査により、古墳時代前期における最古級の前方後円墳の北限は、現在の新潟県・越後平野中部、福島県・会津盆地、宮城県・仙台平野であったと考えられている。同時代の終末期までに北限は、日本海側沿岸ではほとんど北進せずむしろ中越地方に後退するが、日本海側内陸では山形県・村山地方中部まで、太平洋側では岩手県・北上盆地南部まで北進した。
+前方後円墳の北限, 日本海側太平洋側島嶼沿岸内陸佐渡新潟県（佐渡除く）山形県（庄内除く）福島県会津岩手県宮城県最北端なし菖蒲塚古墳（）坊主窪古墳群第1号墳（）角塚古墳（）最大菖蒲塚古墳（）全長：53m亀ヶ森古墳（）全長：127m雷神山古墳（）全長：168m最古級稲場塚古墳（）杵ガ森古墳（）かめ塚古墳（）
古墳時代以降、東北以北では東北以南の古墳文化の終期（終末期古墳）と入れ替わる形で古墳が建造されるようになる（末期古墳）。 末期古墳の南限はそれ以前の前方後円墳の北限と概ね一致する。
神武東征伝説 蝦夷「えみし」についての形式上最も古い言及は『日本書紀』神武東征紀中に詠まれている来目歌の一つに愛濔詩として登場する。 えみしを ひたりももなひと ひとはいへども たむかひもせず （訳：えみしを、1人で100人に当たる強い兵だと、人はいうけれど、抵抗もせず負けてしまった） 「愛瀰詩烏 毗儾利 毛々那比苔 比苔破易陪廼毛 多牟伽毗毛勢儒」下線部「「毗」は田へんに「比」の一文字、「儾」は「」（にんべん）に「囊（嚢）」の一文字。 しかし、この来目歌がどの程度史実を反映するものかどうかは判然とせず、またここで登場する「えみし」が後の「蝦夷」を意味するかどうかも判然としないため、古い時代の蝦夷の民族的性格や居住範囲については諸説があり確かなことはわかっていない。
『日本書紀』景行天皇条には、武内宿禰（実在不明）が北陸及び東方諸国を視察した際の記述として「東の夷（あずまえびす）の中に、日高見国有り。その国の人、男女並に椎結け身を文けて、人となり勇みこわし。是をすべて蝦夷という」とあり、荒々しく勇猛な者、情を理解せず教養や文化に欠ける者としている。40年条には、天皇が日本武尊に東夷の征討を命じる際、蝦夷の特徴として「冬は穴居、夏は樹上家屋の生活」「山に登るときは飛ぶ鳥のように速く、草原を走るときは逃げる獣のように速い」「束ねた髪の中に矢を隠し、刀は衣の中に隠し持つ」「攻撃すると草原に隠れてしまい、追いかけると山中に逃げてしまう」と記述がある。
飛鳥時代 蝦夷は、引き続きその優れた弓術（和人の伝統の長弓に比べると短弓を用いた）が和人に認識された。
蝦夷は現在の宮城県中部から山形県以北の東北地方と、北海道の大部分に及ぶ広範囲に住んでいた。平時には和人と交易を行い、昆布・馬・毛皮・羽根などの特産物と引き換えに、米・布・鉄器・工芸品を得ていた。大和政権が支配領域を北に拡大するにつれて、しばしば防衛のために戦い、反乱を起こし、また和人の築いた城柵を襲撃したため、日本書紀には襲撃や討伐の記録が記録されている。
蝦夷と接する地域（陸奥国・出羽国・越後国）では、国内の行政・司法・軍事を管掌する国司の守と介が饗給（慰撫）、征討、斥候などの外交・軍事も担当していた。特に陸奥国は面積が広く軍事的衝突が頻繁におきるため、陸奥国司には大宝律令が定める特例が多く、自らの判断で征討に出ることも許されていた。なお同じ辺境でも西国の国司は、征討のかわりに防守、饗給ではなく蕃客（外国使節の接待）と帰化が任務であった（鎮西府）。
当初は大和側では秋田城などの城柵で儀礼的な会食（饗応）や物資の提供を行い服属を促していたが、蝦夷には中央政権が無いため恭順する集団と支配に抵抗し襲撃を行う集団が混在し、長期間にわたり交易と征伐が並行して行われる事態となった。
『日本書紀』斉明天皇元年（655年）7月11日条には、難波朝（難波京の朝廷）で北蝦夷99人と東蝦夷95人を饗応したとある。そこでは「北」と「東」にそれぞれ「北越」「東陸奥」と注があり、北は越の方面、東は陸奥の方面と解せる。このうち越国は陸奥国の西に位置するが、越（高志）は都からみて北に位置するので北蝦夷としている。これらの語は当時の蝦夷が二大集団に分かれていたという意ではなく、応対する国（令制国）の管轄によって朝廷が用いた分類であると考えられている。この区別は後に出羽国と陸奥国の管轄になって平安時代まで踏襲されたが、字は北の異民族を指す「狄」に変わり「蝦狄」とも書かれるようになった。
『日本書紀』斉明天皇4年（658年）4月には阿倍比羅夫が水軍180隻を率いて蝦夷を討伐している。また日付は不明であるが同年には渡島に渡り粛慎の討伐とヒグマの献上を受けた記録がある。この渡島（渡嶋）とは外が浜（陸奥湾沿岸の一部）から海を渡った先にある島（北海道）と推定される。粛慎と呼ばれる集団の詳細は不明であるが、鳥の羽を木にかけて旗印にするなどの風俗から、大陸北東部に住み、そこから樺太、北海道北部に渡ってきたツングース系部族の一部の可能性がある。
『日本書紀』斉明天皇5年（659年）には朝廷に従った蝦夷が遣唐使に同行し唐の高宗に紹介されている。ここで引用された『伊吉連博徳書』によると、熟蝦夷（にきえみし、にぎえみし。おとなしい蝦夷）が最も近く、麁蝦夷（あらえみし。荒々しい蝦夷）がそれより遠く、最遠方に都加留（つかる、つがる。津軽）がおり、連れてきたのは毎年入貢している熟蝦夷であること、蝦夷は肉食で五穀を食べず、家を建てずに樹の下に住んでいるなどを説明したところ、高宗は珍しく思ったと感想を述べたとしている。 しかしこのような生活は他の史料にある記述や現在の考古学的知見とも矛盾し、蝦夷を野蛮人と誇張しこれを従える大和の力を誇示するための創作と思われる。 信憑性に欠けるこの説明から推測されるのは、稲作を行わず狩猟を中心とした食生活、北に行くほど恭順しない勢力が強く、都加留が固有名をあげられるほどの有力集団として存在したことである。続けて引用された『難波吉士男人書』では遣唐使の蝦夷の頭上に瓢を乗せ、40歩離れた位置から別の蝦夷が射るという実演をしたところ、百発百中で瓢を射貫いたという記述があり、弓術に優れていたことがうかがえる。また齶田（あきた、あぎた。秋田）蝦夷の長であった恩荷は阿倍比羅夫に降伏した際、弓矢は武器ではなく狩猟の道具だと証言している。
『日本書紀』斉明天皇6年3月には、阿倍臣が粛慎を討伐する際、陸奥の蝦夷を自分の船に乗せて河を越え渡島に渡ったが、到着後に渡島に住む蝦夷から粛慎の水軍が多数襲来するので、河を渡って朝廷に仕えたいと申し出る記述があり、この時代には熟蝦夷の一部が朝廷軍として働いていたと見られている。
飛鳥時代後期より、馬を和人からり取り入れ組合せ戦闘術を強化した（古代の馬産は青森県青森市、上北地方南東部まで確認されている）。
蝦夷は、産馬、産金の地である陸奥で経済力および戦闘力を付けていったのに対し、朝廷は産出物に依存する形となるなど、次第にその王権外の存在が問題視され、完全に大和化する政策に次第に舵が切られていった（蝦夷征討）。
奈良時代 高度な騎射の技を磨き狩猟に用い、騎乗武器（蕨手刀を和人から取り入れた）も改良・発達させ、和人は強兵として認識した。これらの強力な戦闘術は逆に和人へ取り入られた。
大和政権に帰順した蝦夷の集団は俘囚と呼ばれ、関東地方などへ移住させられた他、西日本で防人と同じく軍務を勤めるなどした（移配）。また逆に東北地方へ関東などの住民を開拓民として入植（柵戸）させる住民交換を行った。
『扶桑略記』養老2年(718年)8月14日、出羽と渡嶋の蝦夷が78人が馬1000頭を献納したので位と録を授けた記録があるただし渡嶋については、北海道南西部は、考古学的に古代の馬の骨は発見されておらず（青森県青森市､上北地方南東部までは発見されている）、詳細は不明である。。
光仁天皇以降、蝦夷征討政策が本格化した。蝦夷も組織的に朝廷軍と戦うようになっていった。774年の桃生城襲撃事件を契機に三十八年戦争が開始された。
宝亀11年（780年）には多賀城を一時陥落させた宝亀の乱の伊治呰麻呂、延暦8年（789年）に巣伏の戦いで遠征軍を壊滅させた阿弖流為（アテルイ）らの名がその指導者として伝わる。
延暦6年（787年）の記録に「蝦夷に横流しされた綿で敵が綿冑を作っている」という記述『類聚三代格』巻19 があり、不正な交易が行われていたことがうかがえる。
平安時代以降 延暦20年（801年）には征夷大将軍坂上田村麻呂が遠征し勝利した。延暦21年（802年）に胆沢城を築き、その周辺の蝦夷との戦いは記録に残っている中でも最大である。延暦22年（803年）には志波城を築城し、蝦夷征討の目的がほぼ達成されたと見なされた。
その後、朝廷は蝦夷に対する積極的な征服政策を転じ、民衆の負担を減らすことととし、朝廷の支配領域の拡大は現在の岩手県と秋田県のそれぞれ中部付近を北限として停止する。延暦24年（805年）、藤原緒嗣から蝦夷征討と平安京の造営の一時中止を奏上され、桓武天皇は蝦夷への遠征を中止した（徳政相論）。また軍団を廃止し健児制へと移行したが、陸奥・出羽のみ蝦夷対策として軍団が維持された。
その後は、現地の朝廷官僚や、大和に帰順した俘囚の長たちが蝦夷の部族紛争に関与することなどにより、徐々に大和化が進行していったものと思われる。一方で878年には元慶の乱が発生し、以後東北地方に関する朝廷の記録は断片的になることから律令制そのものの終焉と安倍氏や清原氏といった土着の豪族の台頭とともに朝廷は東北地方への直接的な実効支配を失っていったようである。
10世紀以降には後述する火山噴火と蝦夷社会の急変と前後して北海道の日本海側に東北地方の影響が強い青苗文化が成立したことから朝廷の勢力の北進や後述する東北地方の混乱により東北地方の蝦夷の一部が津軽海峡の対岸の渡島（北海道）へ北上していったようである。この青苗文化は後のアイヌ文化との関連が指摘されている。
10世紀初頭の延喜15年(915年)に十和田火山が火山爆発指数5の有史以来の国内の火山噴火としては史上最大規模の噴火を、天慶9年(946年)に朝鮮半島北部の白頭山が火山爆発指数7の破局噴火を起こし、それぞれ大量の火山灰が北海道から東北地方にかけての地域に降下し灰の層を形成した。この二層になった灰の層の時期に飛鳥時代から続いてきた末期古墳や集落遺跡が終期を迎えることことからこの時期にそれまでの蝦夷の社会や文化は終焉を迎えることになった。一方で上述した青苗文化のようにこの時期に本州に起源を持つ文化が津軽海峡の北岸へ進出する動きもみられた。
10世紀以降には前九年の役、後三年の役などが勃発し、平安後期の東北北部は戦乱の時代であった。当事者のうち安倍氏や清原氏は俘囚の長を自称し蝦夷との系譜的関連性を主張しているが、他方、源氏は蝦夷の系譜とは関係なく東北に乗り込んでいる。平安末期になると、蝦夷との血縁的・系譜的関係を主張する奥州藤原氏の支配が東北北部まで及ぶことになる。
藤原氏3代は中尊寺金色堂でミイラになっている。「東夷之遠酋」や「俘囚之上頭」を自称する藤原氏のミイラの調査は注目された。調査の結果、このミイラには指紋には渦紋が多く頭は丸顔で歯のかみ合わせも日本人的であり、藤原氏の骨格は日本人の骨格であるとされた。また、ミイラには内臓や脳漿は全く無く、腹部は湾曲状に切られ後頭部に穴が開いていた。ただ、裂け目にネズミの歯形が付いており、長谷部言人はミイラは自然発生したと主張し藤原3代は日本人であったとした。それに対し、古畑種基はミイラの人工加工説を主張した。木棺3個とも後頭部と肛門にあたる板に穴が開けられていたが、切り口は綺麗で汚物が流出した跡は無く、また男性生殖器は切断されており、加工の跡は歴然だとした。これは極めてアイヌ的な慣行で、樺太アイヌは偉大な酋長が死ぬと近親者は遺体の脳漿と内臓を除去し、何度か塩水を付けて天日で乾かしウフイ（ミイラ）を作る。森嘉兵衛は、和人との何代かにわたる婚姻で骨格は日本人化していたが、精神や葬祭の慣行はアイヌ的なものが変わらず残っていたのではないかとしている。
奥州藤原氏が源頼朝率いる関東地方の鎌倉政権によって滅ぼされると、幕府は東北地方各地に東国武士を派遣し、ここに蝦夷の系譜ではなく、朝廷の系譜による鎌倉幕府（関東政権）による支配がはじめて東北北部まで及び、大和化が成ったことになる。相前後して蝦夷、俘囚などと言った民族的諸概念は文献から姿を消し、次項に述べる「エゾ」に置き換わる。
なお14世紀初頭には出羽で蝦夷の反乱（安藤氏の乱）が発生し、これが本州・東北地方における“蝦夷”による大規模な反乱としては最後のものとなったがこれがどのような集団によって引き起こされたのかは不明。
異伝
曽我物語などの中世日本紀には「かつて日本は鬼王安日が支配していたが神武天皇に退治されたため東北地方に逃れ、蝦夷の祖になった」という、（記紀神話とは異なる、民間に由来する）起源説話が載っており、また安日が安倍氏の祖となったという伝承もあったため、安東氏やその後裔の秋田氏は安倍氏とその祖たる安日の末裔を自称していた。
言語
前述の通り、当時朝廷のあった畿内で話されていた日本語（上代日本語）とは異なる「夷語（いご）」を話していたため、朝廷の役人は蝦夷と意思疎通をする際には訳語（通訳）を必要とした。当時の朝廷は夷語についてほとんど記録を残さなかったため、蝦夷の言語についてはアヤカス、アテルイ、モレなどの幾人かの人名と、当時からあるいくつかの地名ぐらいしか手がかりが残されていない。後述するように蝦夷が特定の民族では無く複数の集団の総称だった場合、統一された言語としての「蝦夷語」は無かったことになる。
民族系統
蝦夷の2集団（東北地方の蝦夷と渡島の蝦夷）のうち、渡島（北海道）の蝦夷については考古学の発掘調査で続縄文文化が擦文文化を経て和人やオホーツク文化の影響を受けながらアイヌ文化が成立していく過程が明らかになっており、問題となるのは東北地方の蝦夷となる。
東北地方の蝦夷（えみし）の民族系統については、後のアイヌとの関係を中心に、江戸時代から二種類の学説に分かれている。蝦夷をアイヌ人とする蝦夷アイヌ説と、蝦夷を和人の一部とする蝦夷辺民説である菊池徹夫 蝦夷論の系譜と東北考古学 配布資料、とうほう・みんなの文化センター。
戦前は攘夷の観点からのアイヌ説が多かった（逆に国家主義からの非アイヌ説もあった）。戦後から1960年代には辺民説が優勢となるが、1970年代に実証的なネオ・アイヌ説が登場し論争となっていた。その後、どちらともしない中間説が登場する。また戦前から戦後の時期にはツングース説があったが現在ではあまり有力な説では無い。
蝦夷アイヌ説
サムネイル|300px|東日本におけるアイヌ語と日本語の言語接触を地図にしたもの
蝦夷と日本の他の民族群との正確な民族関係については多くの学説が存在するが、そのうちの一つは蝦夷がアイヌ民族と関連しているとするものである。 蝦夷アイヌ説では、続縄文文化の担い手が東北地方に残り蝦夷（えみし）となったと考えられている。この理論は、考古学からする文化圏の検討と、北東北にアイヌ語で説明できる地名（アイヌ語地名）が集中していることから、少なくとも飛鳥時代（7世紀）以降の蝦夷について、アイヌとの連続性を認める説が有力である。
少なくとも蝦夷の諸集団のうち、「渡島の蝦夷」はほぼ確実に北海道（渡島）の続縄文文化や擦文文化の担い手となった人々のことだとされており、渡島の集団と本州東北地方の集団がどちらも朝廷から蝦夷とされたことから近い系統の民族と見做すのが自然な解釈となる。 またある時期までは北海道と東北地方両方で同一の土器（続縄文土器）が出土することから土器文化についてはかなり似通ったものだったようである。
言語面では、中央政府側に通訳がついていたことから夷語が日本語と相当異なっていたこと、前述の通りアイヌ語系の地名が東北北部に数多く残っていることから、アイヌ語系統の言葉を話していたと推定される。