第55回全日本大学野球選手権大会（だい55かいぜんにっぽんだいがくやきゅうせんしゅけんたいかい）は、2006年（平成18年）6月6日から6月13日まで明治神宮野球場と東京ドームで開催された全日本大学野球選手権大会である。

代表校 連盟代表校出場回数北海道学生野球連盟東京農業大学生物産業学部2年連続10回目札幌学生野球連盟浅井学園大学初出場北東北大学野球連盟青森大学3年ぶり9回目仙台六大学野球連盟東北学院大学24年ぶり20回目南東北大学野球連盟石巻専修大学4年ぶり2回目千葉県大学野球連盟国際武道大学2年ぶり14回目関甲新学生野球連盟上武大学2年ぶり7回目東京新大学野球連盟創価大学3年連続14回目東京六大学野球連盟法政大学5年ぶり19回目東都大学野球連盟青山学院大学2年連続5回目首都大学野球連盟東海大学9年連続29回目神奈川大学野球連盟関東学院大学2年連続25回目愛知大学野球連盟名城大学11年ぶり4回目東海地区大学野球連盟日本大学国際関係学部2年連続2回目北陸大学野球連盟福井工業大学3年連続33回目関西学生野球連盟近畿大学2年連続25回目関西六大学野球連盟龍谷大学2年ぶり12回目阪神大学野球連盟大阪体育大学3年ぶり12回目近畿学生野球連盟阪南大学3年連続7回目京滋大学野球連盟京都学園大学5年ぶり2回目広島六大学野球連盟広島経済大学2年ぶり8回目中国地区大学野球連盟徳山大学2年ぶり10回目四国地区大学野球連盟松山大学2年ぶり28回目九州六大学野球連盟福岡大学3年ぶり21回目福岡六大学野球連盟第一経済大学初出場九州地区大学野球連盟九州東海大学2年ぶり10回目

組み合わせ・試合結果 1回戦 - 準決勝

決勝 6月13日（明治神宮野球場）

個人表彰 最高殊勲選手賞：村田透（大阪体育大学・3年） 最優秀防御率投手賞：大隣憲司（近畿大学・4年） 首位打者賞：富永裕也（大阪体育大学・1年） 敢闘賞：田仲勝治（青山学院大学・4年） 功労賞：佐々木邦明（大阪体育大学・4年、主務）

脚注

関連項目 第37回明治神宮野球大会