水俣病（みなまたびょう）は、熊本県水俣湾周辺の化学工場などから海や河川に排出されたメチル水銀化合物（有機水銀）により汚染された海産物を住民が長期にわたり日常的に食べたことで水銀中毒が集団発生した公害病である環境省 水俣病センター「水俣病のあらまし（水俣病の発生およびその概要）」。有機水銀病とも言われる。
第二次世界大戦後の日本における高度経済成長期の負の側面である四大公害病の一つである。「公害の原点」ともいわれ、工業災害における犠牲者の多さでも知られる。また、水俣病と全く同じ原因そして同じ症状の患者が新潟県阿賀野川下流域で集団発生した（第二水俣病）。
1956年（昭和31年）5月1日、熊本県水俣市の新日本窒素肥料（現:チッソ）水俣工場附属病院長の細川一が水俣保健所に患者の発生を報告し、公式に確認された。1958年（昭和33年）頃から「水俣病」の名称が使われ始め、1968年（昭和43年）9月26日、厚生省は、水俣病の原因物質をチッソ水俣工場の廃液に含まれたメチル水銀化合物であると認定した。
1997年（平成9年）7月29日、熊本県知事が水俣湾の安全宣言を行い、同年10月には湾周辺の仕切り網が撤去され、湾内での漁が再開された。
2026年現在、何らかの被害を訴えた人は7万人を越えるが、名乗り出ていないままの人も多いとみられる。
概要
1931年（昭和6年）、熊本県葦北郡水俣町（現:水俣市）にある日本窒素肥料株式会社（現:チッソ。現在のチッソ株式会社は持株会社で主要事業はJNC株式会社が担っている。）水俣工場の技術者の橋本彦七らは、炭化カルシウムからアセチレンを作り、これと水銀触媒を合わせてアセトアルデヒドに変える一連の合成方法を発明し、特許原簿に登録した。1932年（昭和7年）から同工場で操業開始。アセトアルデヒドを原料とするブタノール、酢酸、酢酸エチル、無水酢酸、酢酸繊維素、酢酸ビニールなどの製品化に成功した水俣病の悲劇を繰り返さないために −水俣病の経験から学ぶもの−国立水俣病総合研究センター。1938年（昭和13年）、橋本は水俣工場長に就任。1941年（昭和16年）、チッソは日本で初めてアセチレンから塩化ビニルへの合成に成功した。チッソは日本最大の化学メーカーに成長、高度成長期には肥料やビニール加工原料となるアセトアルデヒド等を主に製造していた。橋本は第二次世界大戦後、水俣市長を通算4期務めた。
チッソは、アセチレンの付加反応に金属水銀や昇汞（塩化水銀II）を用いており、目的の反応生成物を取り除いた後の工業廃水を水俣湾に排出していた。そのため、これに含まれていたアルキル化水銀が環境中の魚介類の食物連鎖によって生物濃縮し、これらの魚介類が汚染されていると知らずに摂取した八代海沿岸の熊本県および鹿児島県の住民の一部にメチル水銀中毒症がみられ、これが水俣病と呼ばれることとなった。環境汚染の食物連鎖で起きた人類史上最初の大規模有機水銀中毒でかつ世界中に知れわたった公害病とされる。
有機水銀は自然界海中に海底火山から噴出された水銀をもとにごく微量存在し、すべての魚介類は有機水銀を含み、魚介類を食する人間は日常的に有機水銀を摂取している。日常の食事などからの摂取が一定の範囲内であれば、適切に排出され問題はないが、大量に摂取した場合は排出しきれず蓄積され、激しい中毒症状を引き起こす場合がある。妊婦などには、胎盤を通じて胎児に影響が出ないよう、マグロやカジキといった水銀含有量の多い魚の摂取について注意喚起が行われている。
後年わかるように、水俣病は昭和20年代後半から30年代前半に、触媒の変更によってアルキル化水銀が海中に放出され、環境中でそれを摂取した魚類が適切に排出できずに食物連鎖するうちに蓄積し、さらにそれを食べた人間に有機水銀中毒症状が発生したものである。水俣病はいわば量的問題で起こったものであり、自然界における摂取と排出のバランスの崩壊で発生したものであった。
当初は原因が分からず「奇病」と呼ばれていたが、地名をとって「水俣病」と呼ばれるようになった。原因が解明されたあとは、同様の公害病の呼称にも用いられた。水俣病は、第二水俣病（新潟水俣病）、イタイイタイ病、四日市ぜんそくと合わせて四大公害病と呼ばれている。
+主なメチル水銀中毒症の集団発生水俣病の悲劇を繰り返さないために －水俣病の経験から学ぶもの－（環境省国立水俣病総合研究センター）（熊本学園大学水俣学研究センター 水俣病公式確認60年国際シンポジウム 2017年2月18日-19日）聖バーソロミュー病院1865年の症候群 入口紀男、2016年発生源ヒトへの経路集団発生地確認年呼称聖バーソロミュー病院併設医科大学メチル水銀製造実験中の曝露（技術者3名が中毒、うち2名死亡）ロンドン 1865年聖バーソロミュー病院1865年の症候群農薬工場作業中の直接曝露（職業病）ロンドン郊外 1940年ハンター・ラッセル症候群チッソ水俣工場（）工業廃水→食物連鎖（公害病）八代海沿岸 1956年水俣病昭和電工鹿瀬工場（）阿賀野川流域 1965年新潟水俣病（第二水俣病）ドライデン製紙工場・流域 1970年オンタリオ水俣病（カナダ水俣病）2年続いた旱魃（かんばつ）のため輸入された種子麦非食用の種子麦をパンに加工して摂取（食中毒）イラク北部ほか 1971年（邦訳不定）
有機水銀であるメチル水銀への曝露によって中毒となった場合、主に中枢神経系が障害され、「メチル水銀中毒症」が病名となる。ただし、その曝露が同物質による公害によって引き起こされた、すなわち公害病と認定された場合は特に「水俣病」（）と呼ばれる。公害病では、環境に排出されたアルキル化水銀が環境中で食物連鎖されるうちに生物濃縮され、それを経口摂取することで発症するが、妊婦が摂取した場合、胎盤を経由して胎児にも影響し、（先天的に）同様な障害を持つ児が生まれることがある（なお、これはいわゆる遺伝の事例ではない）。この場合は「胎児性水俣病」と呼ばれる。
なお、職業病の場合は「水俣病」とは呼ばない。また、主に腎臓が障害される無機水銀中毒症、あるいは、企図振戦、歯肉炎・口内炎、精神症状が3大主徴の金属水銀中毒症も、病態が異なるため「水俣病」とは呼ばない。ただし、環境中に排出された無機水銀が環境中でメチル化され、生物濃縮をしている例が世界各地で確認されているため、水銀汚染の公害病の議論の中で、これらが水俣病とともに語られることがある。
年表
1932年：日本窒素肥料（現・チッソ）水俣工場で、水銀触媒によるアセトアルデヒド製造の操業開始。 1945年：日本窒素肥料がアセトアルデヒド、酢酸工場の排水を無処理で水俣湾へ排出。 1949年頃：水俣湾でタイ、エビ、イワシ、タコなどが獲れなくなる。 1950年：日本窒素肥料は、新日本窒素肥料（新日窒）として再発足。 1952年：熊本県水俣で最も早期の認定胎児性患者が出生。ただし認定は20年後。 1953年：熊本県水俣湾で魚が浮上し、ネコの狂死が相次ぐ。以後、急増。 1954年 8月1日：『熊本日日新聞』が「ネコ100余匹が次々と狂い死にした」と報道。これが水俣病の初報とされる朝日新聞2009年12月14日、夕刊、8頁。。 熊本県水俣でのちに水俣病と認定された患者が12人発生。ほかに5人死亡。 1956年 5歳11か月の女児が新日窒水俣工場付属病院小児科に入院。この年、50人が発病し11人が死亡。 5月1日：水俣保健所が「原因不明の奇病発生」として水俣病を公表。のちに水俣病の「公式確認」となる。 1957年 1月25日：熊本大学医学部公衆衛生学教室（主任：喜田村正次）は前年9月から開始した現地調査の報告書を『熊本医学会雑誌』に発表した。 熊本大学の依頼による水俣保健所（伊藤蓮雄所長）の実験で、水俣湾内で獲れた魚介類を与えた7匹のネコ全てが1週間から40日で奇病が発生。原因が水俣湾の魚介と証明されたと考えられた。 8月、熊本県庁は水俣湾の魚介類規制のために厚生省に食品衛生法を適用できるかを確認、厚生省は水俣湾の魚介全てが有毒化している明らかな証拠がないとして適用はできないと回答した。 1958年 新日本窒素肥料社長に吉岡喜一が就任。 9月25日：新日窒水俣工場は、アセトアルデヒド酢酸製造設備の排水経路を、水俣湾百間港から八代海に面した水俣川河口の八幡プールへ変更。 熊本大学の喜田村正次教授が水俣湾周辺で心身に異常を持つ乳児が次々に生まれているとの報告を行った。 1959年 7月：熊本大学水俣病研究班が「水俣病の原因は有機水銀であることがほぼ確定的になった」と発表。また、その発生源は工場が疑われるとした。 9月28日：日本化学工業協会の専務理事の大島竹治が旧日本軍が戦時中に投棄した「爆薬説」を発表第3章 水俣病の原因究明及び発生源確定の過程（その2）国立水俣病総合研究センター。 11月2日：不知火海沿岸漁民総決起大会と漁師2千名の水俣市内デモ行進。それに続く工場への乱入と警官隊との衝突により、100余名の負傷者が出る。この頃から病気で生活に行き詰った患者・家族らの工場前での補償を求めての座り込みが始まる。 12月30日：水俣病患者と家族でつくる「水俣病患者家庭互助会」と新日本窒素肥料が「見舞金契約」を結んだ。チッソは工場が原因と認めず、原因が工場でないと分かれば見舞金は打ち切るとする一方で、将来において工場が原因と判明しても新たな補償要求は一切行わないとするものであった。この契約はのちに水俣病第1次訴訟判決（1973年3月20日）で「公序良俗に反する」として無効とされた。 1960年 1月：政府が経済企画庁、通商産業省、厚生省、水産庁からなる「水俣病総合調査研究連絡協議会」を設置。 1月：泥・廃水プールでの廃水処理（排泥にメチル水銀を吸着させて除去）が開始『水俣病の科学』（日本評論社）第3章。 4月8日：日本化学工業協会が塩化ビニール酢酸特別委員会の付属機関として、日本医学会会長の田宮猛雄を委員長とするいわゆる「田宮委員会」（水俣病研究懇談会）を設置【判例ID】27422554 損害賠償請求併合事件 新潟地方裁判所 昭和46年9月29日判決。。 4月12日：東京工業大学教授の清浦雷作が「有機アミン説」を発表。 8月、精留塔ドレーン（廃液）のリサイクル（循環方式）の実施。 1961年 3月：水俣市で女児（3歳）死亡。病理解剖で胎児性水俣病と確認。 4月：東邦大学教授の戸木田菊次が「腐敗アミン説」を発表。 5月：熊本大学の神経精神科教室（立津政順教授）においても数人の若手医師の院生を水俣に派遣して水俣病の臨床疫学的調査に着手。 1962年 熊本大学の神経精神科教室（立津政順教授）が水俣で多発した、乳児の脳性マヒ様の症状の調査にも着手。 8月：熊本大学教授の入鹿山且朗が「新日窒水俣工場のアセトアルデヒド工程の反応管から採取した水銀スラッジから、塩化メチル水銀を抽出した」と論文で発表。 11月29日：水俣病審査会が脳性小児マヒ患者16人を胎児性水俣病と認定。 1963年 2月16日：入鹿山且朗は、熊本大学研究班の第2回班会議で「新日窒水俣工場アセトアルデヒド酢酸設備内の水銀スラッジから有機水銀塩を検出した」と発表リンク先：「水俣病：民主主義と正義への困難な道のり」 P8下段参照）。。 2月20日：熊本大学研究班は入鹿山の研究発表をもとに、「水俣病の原因物質はメチル水銀化合物である」「メチル水銀化合物は水俣湾内の貝および新日窒水俣工場の酢酸スラッジ（泥）からも抽出された」と正式に発表。 1964年 1月：東京大学医学部教授の白木博次が、入鹿山らの研究結果を論拠に、水俣病の原因がメチル水銀であることを確定する論文を発表。これが1968年9月の厚生省による水俣病とメチル水銀化合物との因果関係の公式認定につながることとなった。 1965年 1月1日：新日本窒素肥料が社名を「チッソ株式会社」に改称。 5月31日：新潟大学の椿忠雄と植木幸明が「原因不明の水銀中毒患者が阿賀野川下流沿岸部落に散発」と新潟県庁に報告。これが「新潟水俣病（第二水俣病）」発生の公式確認とされる新潟水俣病 20の疑問 新潟県ホームページ。 1968年 5月18日：チッソ水俣工場はアセトアルデヒドの製造を停止。 9月26日：厚生省は水俣病を公害病であると認定。「熊本における水俣病は、新日本窒素肥料水俣工場のアセトアルデヒド製造工程で副生されたメチル水銀化合物が原因である」と発表。 1969年 6月14日：第一次民事訴訟提訴。 1971年 9月29日：新潟水俣病第1次訴訟で新潟地方裁判所が原告勝訴の判決を下した。企業の過失責任を前提とする損害賠償を認めた画期的な判決となった。 1972年 6月：スウェーデンの首都ストックホルムで国際連合人間環境会議が開催。医師の原田正純、環境学者の宇井純、水俣病患者の濱元二徳、坂本フジエ、坂本しのぶらが出席第16期 水俣学講義「胎児性・小児性水俣病患者～被害を訴え続ける～」熊本学園大学水俣学研究センター。 同月：写真家のユージン・スミスが妻との連名で『ライフ』に「入浴する智子と母」などを含むフォトエッセイを寄稿。実態を世界に告発。 1973年3月20日：水俣病第一次民事訴訟、熊本地裁判決。患者勝訴。 1974年4月：患者の支援や水俣病に関する資料・記憶の伝承に取り組む水俣病センター相思社が発足水俣病センター相思社 設立50年／公害の原点 拾い集め続けて／「ネコ実験の小屋」引き寄せた民間の力『朝日新聞』夕刊2024年4月27日（社会面）。 1997年 7月29日：熊本県知事の福島譲二が水俣湾の安全宣言を行った。 10月15日：水俣市漁業協同組合（漁協）が24年ぶりに水俣湾での操業を再開。 2010年 10月10日：水銀および水銀を使用した製品の製造と輸出入を規制する「水銀に関する水俣条約」が採択される。92か国（EU含む）が署名水銀に関する水俣条約の概要 環境省。 2024年 3月22日：水俣病被害者救済法で救済されなかったのは不当だとして、水俣病の被害を訴えている熊本・鹿児島両県在住の原告144人が損害賠償を求めている訴訟で、熊本地方裁判所（品川英基裁判長）は原告全員の請求を棄却した。
原因物質の特定 。
しかし翌1959年7月22日、熊本大学水俣病研究班は、武内忠男や徳臣晴比古らの研究に基づいて、「水俣病の原因は有機水銀であることがほぼ確定的になった」という発表を行った。これは、排水口周辺の海底に堆積するヘドロや魚介類、患者の体内から水銀が検出されたことによる。
チッソは、密かに新日本窒素肥料水俣工場附属病院長で院長を務めていた細川一に院内でネコを使った動物実験を行なわせ、同年10月、細川はアセトアルデヒド酢酸製造工場の排水を混ぜた餌を与えたネコ（実験番号400号）が水俣病を発症していることを確認し、工場責任者に報告している（この時点ではメチル水銀の抽出までには至っていない）。しかし、チッソは、実験を中止して結果を公表しないよう細川に命じた。後にNHK取材（1995年）に当時の担当だった技術部次長は、実験例が一つしかなく結果が正しいかわからないから、もっと実験を重ねてから見解書に載せましょうと言って、見解書から外したと語っている。細川が使った「ネコ実験の小屋」は相思社が譲り受け、「水俣病歴史考証館」で展示されている。
1962年8月11日、当時は東京大学工学部大学院生であった宇井純は、写真家の桑原史成とともに水俣工場附属病院の医師小嶋照和を訪ねた際、ネコを使った実験に関するノートを発見。桑原は小嶋が中座した隙に接写レンズでノートを撮影『朝日新聞』1995年5月27日29頁（特設ニュース面）。1963年3月、宇井は、現代技術史研究会『技術史研究』に富田八郎（とんだやろう）のペンネームで「水俣病」の連載を開始新・宇井純物語 盛大に告別式環っ波。連載は1967年8月の第38号まで13回にわたり国立国会図書館のデータベースによる。、水俣病とチッソの関係が多くの論文、データとともに明かされた。
公式見解としてメチル水銀化合物と断定したのは、1968年9月26日であった。アセトアルデヒドの製造が中止される、この年まで工場排水が流される。
当時の経済企画庁の水質調査課課長であった汲田卓蔵は、高度成長期に入る当時は役所自体が経済成長の妨げとなるようなことが言えるような空気ではなく、それに負けて乗っかった確信犯だと語っている。
なお当時の文献や、それを引用した文献では、原因物質は単に「有機水銀」と表記されていることがある。
臨床所見
水俣病はメチル水銀による中毒性中枢神経疾患であり、その主要な症状としては、四肢末梢神経の感覚障害、運動失調、求心性視野狭窄、聴力障害、平衡機能障害、言語障害、振戦（手足の震え）などがある。患者には重症例から軽症例まで多様な形態が見られ、症状が重篤なときは、狂騒状態から意識不明をきたしたり、さらには死亡したりする場合もある。一方、比較的軽症の場合には、頭痛、疲労感、味覚・嗅覚の異常、耳鳴りなども見られる。
メチル水銀で汚染されていた時期にその海域・流域で捕獲された魚介類をある程度の頻度で摂食していた場合は、上記症状があればメチル水銀の影響の可能性が考えられる。典型的な水俣病の重症例では、まず口のまわりや手足がしびれ、やがて言語障害、歩行障害、求心性視野狭窄、難聴などの症状が現れ、それが徐々に悪化して歩行困難などに至ることが多い。これらは、メチル水銀により脳・神経細胞が破壊された結果であるが、血管、臓器、その他組織等にも作用してその機能に影響を及ぼす可能性も指摘されている。また、胎盤を通じて胎児の段階でメチル水銀に侵された胎児性水俣病も存在する。
上記のうち、いくつかの症状が同時に現れるものもあるが、軽度の場合には、臨床症状だけでほかの病気と識別診断するのは一般に困難である。このような症状の程度は、一般にメチル水銀の曝露量に依存すると考えられるが、メチル水銀は既に体内に残留していないため、過去に遡って曝露量を推定することは困難である。発症後急激に症状が悪化し、激しい痙攣や神経症状を呈した末に死亡する劇症型は、高濃度汚染時期に大量のメチル水銀を摂取し続けたものにみられる。この臨床症状は典型的なメチル水銀中毒であるハンター・ラッセル症候群（有機水銀を使用する労働者に見られた有機水銀中毒症）とよく一致し、これが水俣病原因物質究明の決め手となった。劇症型には至らないレベルのメチル水銀に一定期間曝露した場合には、軽度の水俣病や、慢性型の水俣病を発症する可能性がある。
一方、長らくの間、ハンター・ラッセル症候群という水俣病患者のうち最も重篤な患者、いわば「頂点」に水俣病像を限定してしまい、その「中腹」「すそ野」である慢性型や軽症例を見逃す結果を招いてしまったとの批判がある関礼子『新潟水俣病をめぐる制度・表象・地域』（東信堂、2003年）などに詳しい。。人体では、メチル水銀自体は比較的排泄されやすい化学物質の一つであるが、中枢神経系などに入り込みやすく、胎盤を通過しやすいという化学的な性質を有しており、その毒性作用は神経細胞に生じた障害によるものである。いったん生じた脳・神経細胞の障害の多くは不可逆的であり、完全な回復は今のところ望めないが、リハビリテーションによりある程度症状が回復した例は多数存在する。一方で、若いころに健康であった者が、加齢に伴う体力低下などにより水俣病が顕在化する場合も考えられる。
重症例はもちろん、軽症であっても、感覚障害のため日常生活に様々な支障が出てしまう。たとえば、細かい作業ができず、あるいは作業のスピードが落ちる。けがをしても気づかず、傷口が広がったり菌が侵入したりする原因となる。こうしたことから、「危なくて雇えない」などと言われ、職を失ったとする証言は判決文や出版物中に複数存在する。水俣病公式発見前後、劇症型の激しい症状は、「奇病」「伝染病」などといった差別の対象となった。こうした差別のため、劇症型以外の患者が名乗り出にくい雰囲気が生まれ、熊本大学研究班に送られてくる症例は劇症患者ないしそれに近いものだけとなり、ますます水俣病像＝ハンター・ラッセル症候群という固定観念が強くなってしまった。
従来、明瞭な身体機能・感覚機能の障害が主に注目されてきたが、近年、胎児期に低濃度であっても水銀被害を受けた人々には記憶・言語・注意力に悪影響をもたらすことがあることがわかり、多くの人々が診断もされないまま記憶力・思考力等の認知機能の障害が見過ごされていたことがあらためて指摘されている。その他、発生地域の発生時期には発症していない母親からの流産・死産が多かったが、その時期に生まれた子世代にも、全般的な体調不良が25.6%と多く（他地域4.2%）、とくに女性には高血圧や卵巣・子宮異状が高率で見られ、流産・死産の経験者も多い。
発見 原因究明への動き
日本で水俣病とされる病気が集団発生した例は過去に2回ある。そのうちの一つは、新日本窒素肥料（現:チッソ）水俣工場が、アセトアルデヒドの生産に触媒として使用した無機水銀（硫酸水銀）から発生したとするメチル水銀である。アセトアルデヒドは、アセチレンを希硫酸溶液に吹き込み、触媒下で水と反応させることにより生産される。工場は触媒の反応過程で副生された水銀化合物を排水とし、特に1950年代から60年代にかけて水俣湾（八代海）に廃棄した。それが環境中で魚に生体濃縮が起こってメチル水銀が蓄積された、これを日常的に多量に摂取した沿岸部住民などへの被害が発生した。
1960年には新潟県阿賀野川流域でも同様の患者の発生が確認され、新潟水俣病と呼ばれる。これは、阿賀野川上流の昭和電工鹿瀬工場が廃棄した無機水銀による。
1940年、イギリスでメチル水銀中毒が世界で初めて報告された。このときはアルキル水銀の農薬工場における、従業員の中毒例であった。ハンターとラッセルによって、運動失調、構音障害、求心性視野狭窄がメチル水銀中毒の3つの主要な臨床症状とされたことから、ハンター・ラッセル症候群と呼ばれた。
1959年7月に有機水銀説が熊本大学や厚生省食品衛生調査会から出されると、チッソは「工場で使用しているのは無機水銀であり、有機水銀と工場は無関係」と主張し、さらに化学工業界を巻き込んで有機水銀説に異を唱えた。これは当時は、無機水銀から有機水銀が発生する機序（メカニズム）が理論的に解明されていなかったことによる。しかし、排水と水俣病との因果関係が証明されない限り工場に責任はないとする考え方は、被害の拡散を防ぐための有効な手段をほとんど打てずに経年していくという重大な問題を抱えることになり、結果として大量の被害者を生みだし、地域社会はもとより補償の増大などで企業側にとっても重篤な損害を生むもとになった。
原因の特定が困難となった要因の一つとして、チッソ水俣工場と同じ製法でアセトアルデヒドを製造していた工場が当時国内に7か所、海外に20か所以上あり、水銀を未処理で排出していた場所もほかに存在したにもかかわらず、これほどの被害を引き起こしたのは水俣のみであり、かつ終戦後になってからという事実がある。この事実が化学工業界の有機水銀起源説の反証として利用されて研究が進まず、発生メカニズムの特定をとことんまで遅らせることとなった。
チッソ水俣工場では、第二次世界大戦前からアセトアルデヒドの生産を行っていたにもかかわらず、なぜ1950年過ぎから有機水銀中毒が大量発生したようにみえるのかは、長期にわたってその原因が不明とされてきた。現在でも決定的な理論はまだ出現していない。しかし、生産量の増大ならびにチッソが1951年に行った生産方法の一部（助触媒）の変更により廃液中に含まれる水銀触媒のアルキル化生成物の量が増大したことが患者の大量発生になんらかの形で関係したと考えられている。
この生産方法の変更は、白石宗城社長時代に行われた（1951年～58年在任）。白石は日本領朝鮮にあった朝鮮チッソの幹部を経て戦前以来長く役員を務める。在任中に初の水俣病公式認定患者が出る。
生産工程の変更は、アセトアルデヒド合成反応器内の硫酸水銀触媒の活性維持のために助触媒としてそれまで使用していた二酸化マンガンをより安価な硫化第二鉄に変更（近年の研究で二酸化マンガンが有機水銀の中間体の生成を抑えることが明らかになりつつある）したことにより、アルキル化水銀を多く発生させることとなり、それが含まれたまま工場排水として流された可能性がある。
また、チッソ水俣工場がアセトアルデヒド生産を開始したのは1932年からで、年間生産量は1954年までは209〜9,159トンであったが、1950年代中ごろから増産が続き、1956年には前年度の約1.5倍の15,919トンとなり、1960年には45,244トンで最高となった。また、当時の生産設備は老朽化が進んでいたが、経費削減で更新を怠ったため、廃液の流出が年々加速度的に増えつつあったことが当時の薬剤購入量から示されている。このように、この時期の生産量の急激な増大や、老朽設備運転による廃液量の増加に代表される利益至上主義による化学プラントプロセス管理の無視、助触媒の変更などが組み合わさった結果、最終的には水俣病の発生につながったと考えられている。最近の研究によると、工場から海域へ廃棄されたメチル水銀の量は0.6〜6トンに達したと推定がある。また化学工業界が反証として利用していた事実、すなわち、自然の海域には無機水銀をメチル水銀に変換する天然の細菌が存在するが、それらが生成するメチル水銀については定説がなく、熊本県は微量と主張している。
このように、「水俣病発生当時、工場はメチル水銀を流していたか」「自然の海域で無機水銀から生成した有機水銀が水俣病の原因となった」などの主張には科学的には決定的な根拠はなかった。当時世界中で採用されていたアセチレン法アセトアルデヒド工法では「経験的」に効率よい水銀の安定回収ができる工法と考えられており、理論的に有機水銀の中間体ができるかどうかについても知見はなかった。
発見に関わる経過 水俣病は1956年5月1日に最初の患者が公式確認されているが（後述）、水俣病らしき症例が見られたとされるのは1942年頃からである。1952年頃には水俣湾周辺の漁村地区を中心に、猫・カラスなどの不審死が多数発生し、同時に特異な神経症状を呈して死亡する住民がみられるようになった。この頃は「猫踊り病」と呼ばれていた。
1954年8月1日、『熊本日日新聞』が「猫てんかんで全滅／水俣市茂道部落／ねずみの激増に悲鳴」と社会面3段で報じた。約120戸の漁村で、猫100余匹が次々と「気が狂つたようにキリキリ舞して」ほとんど全滅。ネズミの急増に手を焼いた住民が市役所に駆除を依頼し、居合わせた『熊本日日新聞』の記者が記事にしたというものだった。これが水俣病の初報とされる。
当初、患者の多くは漁師の家庭から出た。漁師らは八代海で漁をしていた。水俣近海産の魚介類の市場価値は失われ、水俣の漁民たちは貧困に陥るとともに、食糧を魚介類に依らざるをえなかったため、被害が拡大されていくことになった。原因が分からなかったため、当初は「奇病」などと呼ばれ、水俣病患者と水俣出身者への差別も起こった。そのことが、現在も差別や風評被害につながっている。
水俣市では新日本窒素肥料（新日窒／チッソ）に勤務する労働者も多いことから、漁民たちへの誹謗中傷が行われたり、新日窒への批判を行う者を差別したりすることも多かった。水俣市はチッソによって発展した、いわゆる企業城下町である。当時も住民の約7割がチッソと何らかの関係を持っていたとされる。
水俣病患者ではっきりとした最古の症例とされる症例は、1953年当時5歳11か月だった女児が発症した例である。この女児は1953年12月頃から、様々な症状（よだれ・嘔吐・歩行障害・言語障害・痙攣）を発するようになった。女児は1956年3月15日に死亡し、のちに「水俣病公式認定患者第1号」に認定された『水俣病事件四十年』pp.99-100。しかし、國學院大學法学部教授の廣瀬美佳は、「確認できる範囲でも、1941年頃には既にいたと考えられている」とする。