ヒトに対する病原性細菌の分類（びょうげんせいさいきんのぶんるい）を示す。
この分類は、List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (命名法に則った原核生物名のリスト)にしたがった。
2020年代のこの分類法の大きな変化は、2021年、真性細菌に正式に門（Phylum)の名称が使われ、42門が定義されたOren A, Garrity GM. Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes. Int J Syst Evol Microbiol 2021; 71:5056こと、また2024年には4界（kingdom)に分類されたGoker M, Oren A, Valid publication of names of two domains and seven kingdoms of prokaryotes. Int J Syst Evol Microbiol 2024; 74:6242ことである。
遺伝子の類似性を指標としているので、球菌・桿菌、好気性・嫌気性などによる分類と異なる。
病原性細菌をふくむ門は、細菌全体に比べて少なく、10門前後である。 非病原性菌もふくめた分類は英語版Wikipediaの にゆずる。
バシラス界 Bacillati 2024年に界として定義された。グラム陽性菌のほとんどが入る。ヒトへの病原菌は以下の3つの門にふくまれる。 バシラス門 Bacillota （2021年まではFirmicutes門と呼ばれた）
バシラス綱 Bacilli バシラス目ブドウ球菌科 ブドウ球菌属Staphylococcus バシラス目リステリア科 リステリア属Listeria バシラス目バシラス科 バシラス属Bacillus (セレウス菌、炭疽菌など)
ラクトバシラス目レンサ球菌科 レンサ球菌属Streptococcus (肺炎球菌など) ラクトコッカス属Lactococcus ラクトバシラス目エンテロコッカス科 エンテロコッカス属Enterococcus （腸球菌) ラクトバシラス目ラクトバシラス科 属 ラクトバシラス目アエロコックス科 属 Caryophanales目Gemella科 属
クロストリジウム綱 Clostridia ユーバクテリウム目クロストリジウム科 クロストリジウム属Clostridium （破傷風菌、ボツリヌス菌、ウェルシュ菌（ガス壊疽菌）) クロストリディオイデス属Clostridioides （クロストリディオイデス・ディフィシル ) ユーバクテリウム目ユーバクテリウム科 ユーバクテリウム属Eubacterium ユーバクテリウム目ペプトコッカス科 属 ペプトストレプトコッカス目ペプトストレプトコッカス科 属 Tissierellates目Peptoniphilaceae科 属 属
エリュシペロトリクス綱 Erysipelotrichia エリシュペロトリクス目エリシュペロトリクス科 属 (豚丹毒菌など)
ネガティウィクテス綱 Negativicutes ベイロネラ目ベイロネラ科 ベイロネラ属Veillonella 属
放線菌門 Actinomycetota 2021年にActinobacteriaから改称された。
放線菌綱 Actinomycetes 放線菌目放線菌科 アクチノマイセス属 Actinomyces 属
マイクロコッカス目マイクロコッカス科 マイクロコッカス属Micrococcus コクリア属Kocuria 属 マイクロコッカス目Brevibacteria科 属 マイクロコッカス目Tropheryma科 属 （菌など)
マイコバクテリウム目マイコバクテリウム科 マイコバクテリウム属Mycobacterium （結核菌、らい菌、非結核菌抗酸菌など) マイコバクテリウム目ノカルディア科 ノカルディア属Nocardia マイコバクテリウム目コリネバクテリウム科 コリネバクテリウム属Corynebacterium （ジフテリア菌など)
プロピオニバクテリウム目プロピオニバクテリウム科 Cutibacterium属 （2016年に属名変更。 Cutibacterium.acnes がにきび菌) ビフィドバクテリウム目ビフィドバクテリウム科 属 （膣内常在菌)
マイコプラズマ門 Mycoplasmatota 2021年にTenericutesから改称された。 モリクテス綱 Mollicutes マイコプラズマ目マイコプラズマ科 マイコプラズマ属
シュードモナス界 Pseudomonadati 2024年に提唱された。ヒトへの病原菌は以下の5つの門にふくまれる。 シュードモナス門 Pseudomonadola 2021年以前はプロテオバクテリア門と呼ばれた。グラム陰性菌。
アルファプロテオバクテリア綱 Alphaproteobacteria リケッチア目リケッチア科 リケッチア属Rickettsia （日本紅斑熱、発疹チフス) オリエンティア属Orientia （ツツガムシ病菌) リケッチア目エールリキア科 エールリキア属 （エーリキア症) アナプラズマ属Anaplasma ヒホミクロビアレス目（リゾビウム目)バルトネラ科 バルトネラ属Bartonella （猫ひっかき病) ヒホミクロビアレス目（リゾビウム目)ブルセラ科 ブルセラ属Brucella （ブルセラ症) Rhodospirillales目Acetobacterace科 属
ベータプロテオバクテリア綱 Betaproteobacteria ナイセリア目ナイセリア科 ナイセリア属Neisseria （髄膜炎菌、淋菌など) クロモバクテリウム属Chromobacterium エイケネラ属Eikenella キンゲラ属Kingella バークホルデリア目アルカリゲネス科 ボルデテラ属Bordetella （百日咳菌など ) 属 バークホルデリア目バークホルデリア科 バークホルデリア属Burkholderia （鼻疽菌類鼻疽菌など)
ガンマプロテオバクテリア綱 Gammaproteobacteria エンテロバクター目腸内細菌科 エスケリキア属Eschericia （大腸菌など) クレブシエラ属Klebsiela エンテロバクター属Enterobacter シトロバクター属Citrobacter サルモネラ属Salmonella (チフス菌を含む) 赤痢菌属Shigella （遺伝子上は大腸菌と同属。臨床医学目的に属名を残した。) クロノバクター属Cronobacter プレシオモナス属Plesiomonas エンテロバクター目エルシニア科 （2016年に腸内細菌科から独立した科) エルシニア属Yersinia (ペスト菌など) セラチア属Serratia エンテロバクター目モルガネラ科 （2016年に腸内細菌科から独立した科) モルガネラ属Morganella プロテウス属Proteus プロビデンシア属Providencia エンテロバクター目ハフニア科 （2016年に腸内細菌科から独立した科) ハフニア属Hafnia エドワージエラ属Edwardsiella
パスツレラ目パスツレラ科 パスツレラ属Pasteurella ヘモフィルス属Haemophilus （インフルエンザ桿菌など) 属 属
ビブリオ目ビブリオ科 ビブリオ属Vibrio （腸炎ビブリオ、コレラ菌など) エロモナス目エロモナス科 エロモナス属Aeromonas
アルテロモナス目シェワネラ科 シェワネラ属Shewanella
シュードモナス目シュードモナス科 シュードモナス属Pseudomonas（緑膿菌など) シュードモナス目モラクセラ科 モラクセラ属Moraxella アシネトバクター属Acinetobacter
リソバクテリア目リソバクテリア科 属（Stenotrophomonas maltophiliaなど)
レジオネラ目レジオネラ科 レジオネラ属Legionella レジオネラ目コクシエラ科 コクシエラ属Coxiella (Q熱菌など)
ティオトリカレス目フランシセラ科 フランシセラ属Franscisella （野兎病菌など)
カルディオバクテリウム目カルディオバクテリウム科 カルディオバクテリウム属Cardiobacterium
カンピロバクター門 Campylobacterota 2021年までイプシロンプロテオバクテリア綱と呼ばれていた。 カンピロバクター綱 Campylobacteria カンピロバクター目カンピロバクター科 カンピロバクター属Campylobacter カンピロバクター目アルコバクター科 属 カンピロバクター目ヘリコバクター科 ヘリコバクター属Helicobacter
バクテロイデス門 Bacteroidota バクテロイデス綱 Bacteroidia バクテロイデス目バクテロイデス科 バクテロイデス属Bacteroides バクテロイデス目Prevotella科 属 バクテロイデス目Porphyromonas科 属 （歯周病菌)
フラボバクテリウム綱 Flavobacteriia フラボバクテリウム目フラボバクテリウム科 属 属 フラボバクテリウム目Weekselacea科 属
クラミジア門 Chlamydiota クラミジア綱 Chlamydiia クラミジア目クラミジア科 (クラミジア肺炎、オウム病、トラコーマ、性器クラミジア感染症)
スピロヘータ門 Spirochaetota スピロヘータ綱 Spirochaetia スピロヘータ目トレポネーマ科 トレポネーマ属 （梅毒トレポネーマなど) スピロヘータ目ボレリア科 Borrelia （ライム病菌など) レプトスピラ目レプトスピラ科 レプトスピラ属Leptospira （ワイル病など)
フソバクテリウム界 Fusobacteriati 下記の単一門からなる界。 フソバクテリウム門 Fusobacteriota フソバクテリウム綱 Fusobacteria フソバクテリウム目フソバクテリウム科 フソバクテリウム属Fusobacterium (レミエール症候群菌) フソバクテリウム目レプトトリキア科 属 （鼠咬症菌など)
脚注 注釈
出典