『リンダキューブ』 (Linda³) は、1995年10月13日にNECホームエレクトロニクスより発売されたPCエンジンSUPER CD-ROM²用コンピュータゲーム及びその他機種への移植を含めたシリーズである。
ジャンルは公式サイトにおいて「サイコスリラー＋ハンティングRPG」と表記され、一般にはロールプレイングゲームに分類される。ゲーム内容は主人公「ケン」を操作し、巨大隕石の衝突が迫る惑星ネオ・ケニアより脱出する事を目的としている。しかしただ脱出すれば良いのではなく、期間内に惑星中を回って後述する目的を果たさなければならない。
ゲームデザインは桝田省治、キャラクターデザインはカナビス、開発は株式会社アルファ・システム。ゲーム誌『電撃PCエンジン』（メディアワークス）誌上でモンスターデザインが公募され、一部ゲーム内で採用されている。
後にリメイク版としてPlayStation用ソフト『リンダキューブ アゲイン』（1997年）、セガサターン用ソフト『リンダキューブ 完全版』（1998年）が発売されている。また、『アゲイン』は2007年にPlayStation 3およびPlayStation Portable用ソフトとしてゲームアーカイブスにて配信された。
特徴 8年という制限時間の中で、100種類以上に及ぶ動物（モンスター）を収集する事がゲームの目的である。動物は種類や性別によって生息地、出現条件や捕獲方法も多種多様であり、プレイヤーは試行錯誤を重ねる事となる。また、捕獲した動物は装備やアイテムに加工したり調教して仲間に加えるなどの行動も可能であり、後年の『ポケットモンスター』のような収集ゲームや『モンスターハンター』のような狩猟ゲームの要素を併せ持つ内容となっている。桝田自身はこれらを「時間制限つき、動く宝捜しゲーム」と表現しているLinda リンダはどんなゲームか？ （概要説明） （Nifty SM-FANパティオの発言より） 1996年1月1日。
桝田省治が公式ホームページにおいて述べている通り桝田省治の製作ノート ～Making of Linda3～（PCE版リンダ初回特典「リンダの秘密」より）、『リンダキューブ』は 主人公は勇者ではない 魔王やそれに類する世界の脅威となる「敵」が存在しない 惑星の滅亡を阻止する事は無理だからそれが出来ない。 といったストーリー上の特徴を持ち、一般的な（特に『ドラゴンクエスト』のような正統派ファンタジー系を名乗る）RPGとは主人公がなすべき目的が全く異なることを説明書においても解説漫画付きで強調している。
また、後述するようにシステム面でも当時として他に例を見ないほどに先進的かつ斬新な作りとなっている。
上記のような特徴になった理由として、桝田省治は直前に係わっていた『天外魔境II 卍MARU』（1992年）でいわゆる「王道」のRPG制作に3年携わり、その「王道」を作り続けたストレスからアンチテーゼとしてリンダキューブを作ったと語っているDESIGNER'S NOTE 親愛なるプレイヤーの皆様へ（PCエンジン版、PS版リンダ解説書より）1995年6月29日。その生々しい作風には、当時のアダルトビデオやサイコスリラー映画の空気が意図的に盛り込まれている。
ゲーム内容 基本システム ルール プレイヤーの目的は舞台となる惑星に生息する動物を可能な限り捕獲し、惑星を脱出することである。動物の種類はPCE版では100種類。リメイク版では120種類。制限時間は8年で、ゲーム中では12時間ほど。シナリオ毎の条件を満たすと箱舟が飛ばせるようになり、飛ばした場合はその時点でゲームクリアとなる。 後述の通りシナリオは3種類存在し、ゲーム開始時に選択する。シナリオAとBはストーリー性が強く、シナリオCは自由度が高い。シナリオAとBでも規定数の動物を捕獲且つ、箱舟が飛び立つ条件が揃っていれば途中でクリアが可能となっているが、大抵はストーリーを最後まで進めなければ条件が満たせない。 フィールド移動 オープニングイベントが終わると箱舟への登録に向かい、以降は自由に行動可能。一部のシナリオ制限を除けば全エリアに最初から行けるようになっている。当然、明らかにレベルが桁外れの敵と遭遇する場合もある。町以外では走ると体力が減少する。 フィールドやダンジョンでは動物が視覚化されているシンボルエンカウント形式。PCE版では戦ってみるまで強さが判らなかったが、リメイク版では戦闘前に図鑑で動物の情報を参照可能であり、現時点で勝てそうもない相手とは戦闘を避けるといった戦略も登場した。ただし、図鑑にも載らないような未知の動物は捕獲するまで情報が得られない。 各町には「バードライン」という有料移動サービスが存在し、最初からどの町へも飛べる。PCE版では乗り継ぎが必要だったが、リメイク版では目的地に直行するチャーター便が可能になり、乗り継ぎは値下げされた。また、指定の位置へ落とす「シュートサービス」と回収を依頼する「ピックアップサービス」が追加された。 動物登録 ゲーム開始地点であるハーディアのすぐ側に存在する箱舟にて、捕獲した動物を登録する。登録が必要なのは各動物一種類につき雌雄一匹ずつ。雌雄を登録した動物は保護完了となり、以降は捕獲しても全てプレイヤーの自由に出来る。雄を登録すると主人公の、雌を登録するとヒロインの能力値が上昇し、種類によっては戦闘中に獣人化が可能になったり新たな技を会得する場合もある。 時間経過 8年の年月はセミ・リアルタイムで進行する。1年は春夏秋冬の四季に分かれており、フィールドやダンジョンを探索しているうちに時間が経過し、一定時間が経過してフィールドに出るか野営をした時点で季節の進行が行われる。町の中では時間が進まない。季節の変化に伴ってフィールドの地形(水位)や移動速度、動物の分布も微妙に変化する。アイテムの中には季節が進むと腐ったり枯れて使い物にならなくなるものもある。また、時が進むにつれて住民の脱出は進み、最後の年にはほとんどの住民がマップ上から姿を消してしまう。当然、店などの各施設も利用不可となっていく。 野営 フィールドやダンジョンのどこでも野営して回復するが、野生動物に襲われる危険もある。そのため、野営時には見張りを立てるか寝るか選択可能で、回復するのは寝た者のみ。時折、仲間キャラ（ヒロインに限らず）と会話が発生する場合がある。 加工 捕獲した動物は店に持ち込むことで食肉や装備に加工が可能。ステータスが上昇すれば、店に行かずとも野営時に自分で行えるようになる。 猟犬 戦闘で共に戦う猟犬。所有できるのは10匹までで、戦闘に参加させられるのは2匹。猟犬は買うか、捕まえた野生の「イヌ」を調教すれば登録できる。ゲーム開始直後にはハーディアにいる少女から1匹譲られる。条件を満たせば「イヌ」以外の動物も登録可能。名前は付けられるが二文字まで。 戦闘時は基本的に自身の意思で勝手に行動する。ピンチになると逃げ出してしまう場合がある（戦闘後に復帰）。戦闘不能になった場合は獣医に診せれば蘇生可能だが、状態に応じて治療費が変わる。
戦闘 動物と接触すると戦闘が始まる。敵を全滅させれば勝利、主人公であるケンが戦闘不能になると敗北する。敗北した場合は所持している動物が雌雄各1匹ずつ失われ、ハーディアのレンジャー隊本部に戻される。敵は前後左右の4つのブロックに配置され、多くの場合は敵に囲まれた状況で戦う。戦う場所に応じて各ブロックの地形が変化し、動物の能力に影響する。
戦闘に参加するのはケンとヒロインのリンダに猟犬2匹を加えた最大4人。リンダはストーリー上離脱する場合があり、代わりに別のキャラクターが加入することもある。
敵を倒すには必ずしも体力を削り切る必要はなく、残り体力が僅かになっても抵抗をやめる。抵抗をやめた動物はトランスカーゴに収容され、捕獲扱いとなる。捕獲対象ではない敵とも戦うが、その場合は抵抗をやめるのみ。ただし、一撃で敵の最大HPを大きく上回るダメージを与えると体が飛び散ってしまい、捕獲とならず経験値も入らない。強過ぎても弱過ぎてもいけないという、強さのバランスを考慮する必要がある。
ケンとリンダは箱舟に登録した動物の力を引き出し、獣人への変身が可能。地形の影響を受けつつパラメーターが変動する。
シナリオ A、B、Cの3シナリオ（PS版、SS版ではシナリオDを含めた4シナリオ）が存在し、それぞれ全く違うストーリー展開となる。このうち特にA、Bのシナリオは猟奇的な表現が含まれており、このためにPCエンジン版は18歳以上推奨指定で発売された。桝田は企画当初はシナリオCにあたる部分のみであったが、システム部分の取っ付きが悪かったために練習用としてシナリオA、Bを追加したと語っているオープニングムービーに騙されて『リンダ』を買うんじゃないゾ！ Tech-PlayStation コラム原稿 1997年9月16日。
3つのシナリオは目的はすべて同じで登場人物もほぼ同じだが、彼らを取り巻く境遇はすべて違っている。例えば、あるシナリオでは凶悪な殺人鬼だった人物が、別のシナリオでは自分を犠牲にして他人に尽くしていたりする。ヒロインのリンダの設定もシナリオごとに異なっている。シナリオAから順にクリアすることで、ゲームに隠された謎が明らかになっていく。
シナリオA 「MERRY XMAS」 ケンの双子の弟・ネクが物語の軸となるシナリオ。動物捕獲数のノルマはPCE版は20種類、リメイク版は30種類。南エリアに行く事は出来ない。タイトルコールはネク。 シナリオB 「HAPPY CHILD」 エモリ博士と娘のサチコを中心に展開するシナリオ。動物捕獲数のノルマはPCD版は40種類、リメイク版は50種類。西エリアに行く事は出来ない。タイトルコールはサチコ。 シナリオAとBは一般的なRPG同様、シナリオに沿ってストーリーが展開するため進行上の制約が多く、行ける地域も遭遇可能な動物の数も限られている。桝田省治が練習用と位置付けている通り、まずはA、Bのシナリオでストーリーを追いながら本作の要領を掴み、自由度が高いシナリオCで動物集めに専念する事を推奨している。 シナリオC 「ASTRO ARK」 動物集めをメインとしたシナリオ。動物捕獲数のノルマはPCE版は90種類、リメイク版は100種類。120種類全ての動物が捕獲可能であり、全ての地域が解禁されている。ただし、シナリオ上の事情により制限期間は1年少ない7年間となっている。タイトルコールはリンダ。 フリーシナリオであるためストーリー的な縛りが殆ど無く、自由度は極めて高い。A、Bのシナリオのような凄惨な事件は起こらず、各地から依頼されるお遣いや小さな事件程度のイベントが年月に応じて発生し、これらを自由に体験する事が出来る。同時に物語の核心が明かされる重要なシナリオであり、エンディング後にはエピローグも存在する。ラストボスにあたる敵は存在せず、規定数以上の動物を集めて箱舟を動かせばクリアとなる。 A、Bをクリアせずに始める事も可能だが、別シナリオで悲惨な末路を辿った人物が幸せになっていたり、別シナリオの台詞や演出のセルフパロディが盛り込まれるといったサービス的な要素が有り、先のシナリオと比較してコメディ要素が強くなっている。シナリオ選択画面でこちらを先に選択しようとすると「ABを先にクリアしよう」と忠告が入るため、前述の通り練習の意味も含めて先にA、Bをクリアしておく事が推奨される。 シナリオD 「LAST YEAR」 PS版、SS版にて条件を満たすと出現する。シナリオCと同様に全ての動物に遭遇可能だが、イベントが存在せず、制限期間が僅か一年しかない所謂タイムトライアルモードとなっている。動物捕獲数のノルマは100種類。タイトルコールはミーム。 短い期間で厳しいノルマに挑戦出来るようにレベル、所持金などが高く、全ての能力を備えた状態からスタートする。それに伴い、能力取得に必要な動物と最終年では捕獲不可の動物は最初から登録されている。一方、店は全て閉店済みで利用不可。
その他 PCエンジン版は初回出荷版において不具合が発覚し、ソフトの店頭回収と購入者への交換対応が実施された。 具体的には、本来28トラック収録されるべきCD-ROMに27トラックまでしか収録されておらず、シナリオBにおいてBGMとして使用される28トラック目のCD-DAにアクセスする際にフリーズしてしまうというもの。 非公式ではあるが回避方法は存在する。
設定 世界観 地球 人類の母星であるが、宇宙開発によって人類はあちこちの惑星に散っていったため、すでにその座標さえ特定できなくなってしまったプロローグムービーに登場する幼少期のケンによると、大昔に事故で失われたとの事。。 惑星ネオケニア 本作の舞台となる星間連邦の植民惑星。豊富な自然を持ち、あらゆる動物が存在するため、観光地にもなっている。この世界の年号であるAMD（アフター・マザー・デス）1900年に植民が始まったが、発見直後からAMD1999年に超巨大隕石が直撃することがわかっていたため、初めから移住計画は100年と決められていた。陸地は東・西・南の3つのエリアに区切られている。 一見すると街は平和に見えるが治安は良いとは言えず、凄惨な事件や事故も度々起こる。道徳感もやや薄く、斜に構えていて口が悪かったり、利己的な性格の住人が少なくない荒んだ雰囲気が漂う。 舞台 東エリア 物語の始まりとなるエリア。全てのシナリオで登場する。 ハーディア レンジャー隊の本部がある。レンジャー隊は仕事が厳しい上に安月給であるため、「ハーディア」という名が付いた。レンジャー隊本部があるからか治安は良く、住民も他の町に比べれば捻くれておらず協力的。 ミナゴ ビースチャンの保護自治区。彼らの教会がシンボル。町の名前は既に絶滅した鳥の名前から来たというが、不吉な事件が多いため「ミナゴロシ(皆殺し)」から来たという説もあり、実際にシナリオAとBでは虐殺が起きる。 オズポート ネオケニアの出入口である軌道衛星オズサットへの転送装置がある町。大きなショッピングセンターに空港ビルもあるが、公園はホームレスの溜まり場になっている。 軌道衛星オズサット。 オズポートの上空にある軌道衛星。ネオケニアの出入口となっており、ロケットの発着場の他2つの研究施設がある。 ホスピコ 巨大な病院とその待ち合わせ用の施設からなる医療都市。敷地内には「人間の寿命を一人で2年ずつ延ばした」と呼ばれる3人の科学者の研究室がある。 パラサイド ドーム都市建設計画が放棄されて、その跡地にならず者や密猟者が建設した町。一種のスラム街で、特に町の中心にあるジャンクパレスは迷路のようになっている。 ネブール 闇商人たちによって作られた町。連邦で取引が禁止されている保護動物の売買も行われており、年2回動物のオークションも行われる。 西エリア シナリオB以外で進行可能なエリア。シナリオBではグリーン製薬から漏れ出した薬品が生物を死滅させてしまい、立ち入り禁止になっている。 バトルパーク 西エリアの要衝に作られた町。ハンターたちの交通の拠点である。また、巨大な闘技場テントも特徴。 エターナ グリーン製薬の社長宅を中心とする町。社長の趣味で一年中クリスマスの飾り付けが行われている。「エターナル(永遠)」から来た名前だが、シナリオAではその名の「真意」を知ることになる。 リナバレー エターナの隣町。鉱山の町で、排水には強酸が含まれている。 コシカタ ビースチャンの保護自治区。彼らの教会がシンボル。十数年前に当時の町長が突然、住民を大量虐殺する事件が発生し、廃村となっている。しかし、シナリオCでは宝くじ成金のポリスカという老人によって復興されている。 Gファクトリー グリーン製薬の工場都市。ただし、ロボットによって操業されているため、ほとんど無人。 南エリア シナリオA以外で進行可能なエリア。シナリオAでは「人形使い」抹殺のために人工衛星が落とされ、壊滅している。 ドギファ 富豪のオーマン家によって築かれた町。地下闘犬場がこの町のシンボル。 ラグナロッジ 生体工学の権威であるエモリ博士の巨大な私邸。そのため公共施設が一切存在しない。 ローズガーデン 植物学の権威であるフローラ博士の植物園を中心とした都市。彼女によって品種改良されたバラが名物。 ガレックス 動物研究都市だったが、数十年前に大爆発事故を起こして以来、完全な廃墟となっている。 カカーナホテル 放棄された観光ホテルで、中は動物の住み家となっている。 地下エデン 各地にある「レッドポール」という遺跡の台座に獣人像をセットすることで移動可能となる地下世界。地上には存在しない珍しい動物が棲む。「ガピア」「トリクロス」「フォンタナ」など特徴的な名前の遺跡や洞窟が点在し、「アナビス」にはこの星の中枢がある。
用語 ビースチャン ネオケニアの先住民。ネオケニアの発見まで人類とは何の接点もなく生活様式も原始的であったが、人類と生物学的特長・言語体系が寸分の違いもない。しかし、彼らは緑の髪で、身体能力や繁殖力は人類よりも高く、人類との混血においては彼らの遺伝子が優性に働くという違いもある。また、動物たちを自分たちの祖として崇拝する。民族名はBeast（獣）とian（人を表す接尾語）の合成語である。 実はビースチャンやその混血が優れた身体能力や繁殖力を発揮できるのはネオ・ケニア上だけであり、宇宙に出てしまえば人類と全く同じになってしまう。ネオ・ケニア移住計画は人口を一時的に増やしたに過ぎなかったため、それを認知していた連邦政府は人類存亡の一縷の望みを賭けて箱舟計画に乗ったのであった。 人類 現生人類と同じ。しかし、この世界では出生率の低下・死亡率の増加が顕著となっており、種の生命が尽きかけている。ネオケニアへの移住計画は、ビースチャンとの混血を通じて人類という種を維持するという意味合いもある。 動物 ネオ・ケニアに生息するモンスター。「イヌ」や「ブタ」など名前が付けられているが、これは外見的特徴から便宜上そう名付けられているだけで現実の動物とは全く異なる異形の生物である。獣や鳥のみならず虫や魚介なども含まれ、「プテラノ」「トリケラ」といった恐竜タイプの動物や、果ては架空生物の「ドラゴン」すら存在する。その毛皮や肉は難病を治したり自然治癒力を高めるなど様々応用可能な有用性を持つものの、逆に猛毒も存在する。 何故か光線銃などの科学的な武器で攻撃すると大爆発を起こしてしまうため、狩猟には剣などの原始的武器を用いなければならない。また、ネオ・ケニア以外ではほぼ生きられず、中には他惑星の空気を吸った途端に大爆発を起こして甚大な被害を出した物もいると言う。 絶滅危惧種は「A級保護指定動物」として捕獲や売買が堅く禁じられているが箱舟計画においては例外であり、ケンとリンダだけは捕獲が許可されている。 PCE版とリメイク版ではいくつかの動物のデザインが変更されている。 箱舟 突如、ネオケニアに届いた未知の生命体「アナビス」からのメッセージと共に遣わされた謎の脱出用宇宙船。メッセージにて託された「つがいの動物をネオケニアの外へ脱出させる」という願いに基づいて「箱舟計画」が打ち立てられることになり、ケンとリンダが乗組員として、そして人類という種の雌雄として、動物収集の任務に挑むことになる。 外見こそ木造の船だが宇宙飛行や大気圏突破にも耐えうる構造であり、タイムワープ機能すら備えている。内部には動物を保存可能な培養器が全動物の数（雌雄分）用意されており、捕獲した動物は各種類の雌雄を一匹ずつ登録していく。登録と同時に搭乗者は体内にその動物の因子を宿し、超人的な力を会得していく。また、乗員の男女用の「愛の巣」も用意されており、インテリアを買って飾ることも可能。飛び立つには乗員として登録された男女の手形を同時に認証させなければならない。シナリオAとBでは何らかの理由でリンダの手形認証が行えない状況に陥り、ストーリーを進めなければ箱舟を飛ばせない。 地下エデンには箱舟が建造されたと思しき遺跡があり、同型の箱舟が多数配置されている。また、ある場所には朽ちた箱舟が存在するが、その中にはケンとリンダの思い出のブランコがあったり、システムが二人の手形を認識したりと、彼らの箱舟と同一のものであることを暗示する演出があるが、その意味は明確には語られない。 アナビス ビースチャンの伝説に伝わる創造主。またはネオケニアに点在する遺跡から発掘される、人類の科学力を越えた技術の総称。箱舟を遣わした存在も「アナビス」と名乗っている。 トランスカーゴ ケンとリンダが背負っている動物収容装置。戦闘で抵抗をやめた動物はこの中に保管される。どのようなサイズの動物でも縮小して収容可能であり、容量内に収まる限り多くの動物を持ち歩ける。アナビスの技術である物質分解・再合成装置を応用して開発されたものであり、人類にとってはオーバーテクノロジーにあたるため詳しいメカニズムは判明しておらず、よく分からないまま使われている。オズポートにある転送装置も同じ技術によるもの。 収納可能な動物は人間も例外ではなく、ケンとリンダが戦闘で敗北するとカーゴの中に収容され、緊急避難装置として機能する。その際にはスペースを確保するべく収容されていた動物が各種1頭ずつ排出される。これにより、負けてもゲームオーバーにはならないが手持ちの動物が減るシステムとなっている。 レンジャー隊 ケンが所属する公共機関。警察とレスキュー隊を兼ねた組織であり、民間人を野生動物から守り、その野生動物を密猟者から守るのが主な任務。死神接近に伴い、脱出プロジェクトに休日返上で駆り出されている。給料が安く福利厚生も悪いと評判であり、副業を持っている隊員も多いらしい。 死神 ネオケニアに衝突する直径200㎞の巨大隕石。ネオ・ケニアに衝突すれば地上の生物を全て死滅させ、向こう2万年は生き物が住めない死の星になるとされる。
ストーリー プロローグ 人類が宇宙に進出して長き時が流れた時代。人類は出生率の低下・死亡率の増加によって種の寿命が尽きかけていた。そんな時、発見された「ネオ・ケニア」と呼ばれる惑星にて、優れた身体能力や繁殖力を持つ原住民「ビースチャン」と接触する。彼らとの混血を増やし、人類種の延命を図った連邦政府はネオ・ケニアへの移住計画を開始するが、ネオ・ケニアは100年後に回避不能の巨大隕石の衝突に見舞われ、壊滅的なダメージを受けることが分かっていた。
そして時は流れ、隕石衝突が8年後に迫った人々は別惑星への移住計画に追われていたが、ある日、神を名乗る未知の生命体「アナビス」から「箱舟」と呼ばれる謎の脱出用宇宙船が遣わされた。同時にネオ・ケニアが壊滅するまでの8年の間に「1組の男女を箱舟の乗組員とし、できるだけたくさんの動物のつがいを収集せよ」というメッセージがアナビスより告げられる。本来ならこんな怪しい話を取り合うはずもないが、何故か銀河連邦政府はこの「箱舟計画」にゴーサインを出し、乗組員となる男女が募られることとなった。
レンジャー隊の一員である少年・ケンは箱舟への志願を迷っていたが、女性側が幼馴染のリンダに決定したことを知り、自身も志願。ケンとリンダは8年の間にネオケニア中の動物を集めて箱舟で旅立つ使命が与えられた。
シナリオA「MERRY XMAS」 乗組員には決定したものの、リンダはケンのレベルの低さを指摘し、3レベルになるまで迎えに来るなと言う。レベルを上げたケンはリンダの住むミナゴに向かうも、そこではビースチャンの集団失踪事件が起きており、唯一無事だったリンダは記憶を失っていた。彼女の記憶を戻す薬を求め、エターナにあるグリーン製薬の社長・エリザベスを訪ねたケンは薬を持ってリンダの元に戻る。しかしケンの双子の弟を名乗る少年・ネクによって、リンダは殺人の罪を着せられた上に行方不明となる。ケンの家の側で発見されたリンダは隊長のベンとケンの母・ミームの機転によってレンジャー隊員に成りすますことになり、ケンと行動を共にするうちに記憶を取り戻していく。しかし再び現れたネクがリンダに催眠術を掛けて連れ去り、ケンは窮地に陥るもリンダの父・ヒュームに助けられる。ケンとヒュームはリンダの居場所がエターナであると突き止め、乗り込む。実はネクは養母のエリザベスの若さを保つべく、ビースチャンの死体を集め続けていた。ネクはそんな自身の境遇から兄を羨み、彼と成り代わるべく一連の事件を起こしたのだった。エリザベスを裏切って殺したネクはケンを翻弄するが、突如現れたもう一人の犯人である仮面のサンタクロースに殺される。ネクの最期の言葉をヒントにケンはリンダの催眠術を解き、これで一件落着かと思いきや、リンダの母・アンが攫われ、助けを求める連絡がヒュームから入る。指定されたGファクトリーに向かうと仮面のサンタが待ち受けていたが、その正体はアンを体に埋め込んだヒュームだった。気が触れて襲い掛かってきたヒュームを倒すと、冷静さを取り戻した彼はアンとリンダを愛していることを告げ、溶液に飛び込んでアンと共に自ら命を断つ。両親を最悪の形で失ったリンダは「ケンは私のそばにずっと一緒にいてくれるよね？」と涙ながらに問いかけ、ケンはいつまでも一緒だと約束する。
シナリオB「HAPPY CHILD」 ケンはリンダを迎えに行くべく彼女の家を訪ね、ヒュームとアンからも暖かく歓迎される。しかしその夜、謎の怪人がリンダの家を襲撃し、ヒュームとアンを惨殺した挙句、リンダの四肢も切断してしまった。リンダの接合手術を行なった主治医のエモリは、箱舟起動に必要な左腕だけ見つからず、代わりにヒュームの左腕を移植したことを告げた。しかしリンダは姿を消し、エモリはケンの当面のパートナー代理として娘のサチコを付ける。リンダを探してしばらくサチコと行動を共にするケンは、ミナゴの虐殺の犯人は正体不明の暗殺者「人形使い」の可能性が高い事、そしてリンダがパラサイドに潜伏しているという情報が得て、パラサイドにて片腕が筋骨隆々のリンダと再会する。サチコと別れ、両親の仇を討つべく奮起するリンダを連れて出発したケンだが、「人形使い」は次々と凄惨な事件を起こしていた。やがてサチコが実は箱舟の乗組員に選考落ちして自殺していた事実が明らかになり、エモリこそがその復讐のために一連の事件を起こした黒幕だと判明する。二人はエモリとサチコの待つ研究室に乗り込むも、リンダは寄生虫に襲われて倒れ、ケンも窮地に陥る。そこに1号と呼ばれる二人目のサチコが現れ、怪人に変身して二人を救う。エモリは自殺したサチコの遺伝子情報から何人ものクローンを作っていたのだが、1号はケンと行動を共にしたことで自身のアイデンティティと父の悪行に思い悩むようになったのだ。ミームに「スミレ」と名付けられた1号を連れて再びエモリの元に向かうが、エモリはリンダの腕を移植したクローン2号を自爆させて全てを消し飛ばそうとする。しかしスミレも2号も死を拒んで逃走し、エモリは恨み言と共に姿を消す。「ヨシコ」と名付けられた2号とスミレは手術によってリンダに左腕を返すが、そこにエモリが現れ、寄生虫と成長促進剤によって異形へと変貌し、襲い掛かってくる。エモリは倒したものの、スミレとヨシコは「後始末」として仕掛けられていた爆弾に自ら巻き込まれた。その後、箱舟を起動しようとする二人の前に死にかけのエモリが追い縋るが、生きていたヨシコがエモリを抱えたまま自爆。エモリはサチコの名を呼びながら絶命するのだった。
シナリオC「ASTRO ARK」 箱舟の乗組員になった直後、ケンはバナナの皮で滑って転び、打ちどころが悪過ぎて脊髄損傷、頭蓋骨陥没、おまけに大量の輸血を必要とする重症で命は助かったものの寝たきりになってしまう。妻となったリンダの介護を受けて暮らしていたケンだが1年後にようやく回復し、1年遅れの動物集めが始まった。生き別れだったケンの弟のネク、エモリ医師の娘のサチコを始め、様々な人と関わりつつ二人は順調に動物を集めていく。ネオ・ケニア中を回って多くの動物を箱舟に乗せ、やがて月日は流れていった。
シナリオD「LAST YEAR」 ケンとリンダは動物集めもしないで結婚生活を満喫していた。そして気が付けば死神衝突のタイムリミットまであと1年しか無かった。まるでタイムトライアルモードのような状況に、二人は大慌てで動物集めを始める。
エピローグ