海上自衛隊（かいじょうじえいたい、）は、日本の実力組織である自衛隊のうちの海上部門。行政機関としては防衛省の特別の機関のひとつである。略称は海自（かいじ）、JMSDF。他国における海軍に相当する組織であり、国際法上は軍隊として取り扱われる第2次海部内閣が衆議院に提出した国際連合平和協力法案趣旨説明における、1990年10月18日の中山太郎外務大臣による答弁。出典：『官報』号外平成二年十月十八日 第百十九回国会 衆議院会議 第四号 p.10（国会会議録検索システム第119回国会 衆議院 本会議 第4号 平成2年10月18日）。。
概要 海上幕僚監部並びに統合幕僚長および海上幕僚長の監督を受ける部隊および機関からなる海上自衛隊公式HP。海上幕僚長は最上級者として海上幕僚監部を統括する。各部隊および各機関は防衛省の特別の機関である。
日本の平和と独立を守り、国の安全を保つため、直接侵略及び間接侵略に対し日本を防衛することを主たる任務とする。必要に応じ、公共の秩序の維持に当る。
日本の領海や排他的経済水域（接続水域を含む）などにおいて平素から警戒監視、情報収集、各種訓練を行い、有事において海上交通の安全確保（シーレーン防衛）や周辺海域の防衛に対応する。また、ソマリア沖で、日本商船（外国船も可能）の護衛任務も行っている。
平時における警察活動は後述するように他国の沿岸警備隊に相当する海上保安庁が担当している海上保安庁と海上自衛隊の違いはなんですか？第五管区海上保安本部総務課（2018年10月8日閲覧）。
名称 日本語名称は海上自衛隊。略称は海自（かいじ）。
英語名称はJapan Maritime Self-Defense Force。略称はJMSDF。
諸外国からは、Japanese Navy（日本海軍の意）に相当する語で表現されることがある韓国海軍艦艇による火器管制レーダー照射事案について - 韓国海軍の艦艇へ英語で呼びかける際にJapan Navyと発言している。『よくわかる！艦艇の基礎知識』菊池雅之（イカロス出版、2008年）154頁。
規模と能力
2025年（令和7年）7月末現在、主たる戦力として護衛艦53隻（合計基準排水量約27万9000トン）、通常動力型潜水艦23隻（合計基準排水量約6万3000トン）、機雷戦艦艇21隻（合計基準排水量約2万1000トン）、哨戒艦艇6隻（合計基準排水量約1,000トン）、輸送艦艇10隻（合計基準排水量約2万8000トン）、補助艦艇29隻（合計基準排水量約13万トン）ここまで出典：令和5年版防衛白書 資料12 主要艦艇の就役数、航空機は、固定翼哨戒機69機（P-1 34機、P-3C 35機）ここまで出典：令和5年版防衛白書 資料11 主要航空機の保有数・性能諸元、電子戦データ収集機（EP-3 5機）「世界の艦船」2015年7月増刊（通巻819号）『海上自衛隊2015-2016』、画像データ収集機（OP-3C 5機）、哨戒ヘリコプター83機（SH-60J 10機、SH-60K 73機）、掃海・輸送ヘリコプター（MCH-101 10機）等を保有する。人員は、定員45,293人（現員43,106人 充足率95.2％）である令和5年版防衛白書 資65 自衛官の定員および現員。
令和5年度（2023度）の予算額は約1兆6467億円～防衛力抜本的強化「元年」予算～ 令和５年度予算の概要 基地の数は約31である海上自衛隊公式HPの「基地の所在地」を基に算出。
海上自衛隊の部隊をフォースユーザー（事態対処責任者）として運用する中核となるのは自衛艦隊であり、艦艇約100隻、航空機約230機が、フォースプロバイダー（部隊提供者・練度管理責任者）として練度管理などを担当する隷下部隊の「水上艦隊」「航空集団」「潜水艦隊」「開発隊群」に所属している自衛艦隊HP 組織・編成。
水上艦隊は、護衛艦10～11隻により編成される水上戦群3個を中心とし、それに加え沿海防衛用として配備されている哨戒防備群及びそれらを支援する部隊により編成されている。これらの艦艇は大湊基地（青森県）、横須賀基地（神奈川県）、舞鶴基地（京都府）、呉基地（広島県）、佐世保基地（長崎県）の5基地に配備されている。
水上艦隊隷下の水陸両用戦機雷戦群は、旧掃海隊群が担っていた機雷掃海および水陸両用作戦の支援を任務とする。太平洋戦争（大東亜戦争）において日本周辺に日米両軍が敷設した機雷や、不発弾（爆弾・砲弾）を戦後に多数処理して、航路啓開と船舶・人命の被害防止に努め、経験・技術の蓄積を得ている。掃海部隊が海上保安庁所属だった朝鮮戦争時には日本特別掃海隊として派遣され、湾岸戦争後のペルシャ湾掃海とともに、アメリカ合衆国関係者からその力量を称えられた。また、陸上自衛隊水陸機動団と連携して島嶼（とうしょ）防衛・奪回の任務を支援する。
潜水艦隊は、2個潜水隊群からなり、呉基地と横須賀基地の2基地に配備されている。潜水艦の行動は秘密性が高く、作戦行動中は戦争抑止力としても活動している。また、海上自衛隊の対潜戦の訓練目標としても行動している。
航空集団は、航空自衛隊とは個別に運用されている。主に哨戒機により広大な日本周辺海域を哨戒しており、諸外国の潜水艦、艦艇の領海侵犯、排他的経済水域における日本国の主権の侵害行為に対して、護衛艦などと共に常時警戒体制を敷いている海上自衛隊公式HP 「主な活動 - 24時間体制の警戒監視活動」。固定翼哨戒機部隊として4個航空群が編成されており、厚木航空基地（神奈川県）、八戸航空基地（青森県）、鹿屋航空基地（鹿児島県）、那覇航空基地（沖縄県）に配備されている。また、回転翼哨戒機（ヘリコプター）部隊は2個航空群が館山航空基地（千葉県）、大村航空基地（長崎県）に配備されており、護衛艦艦載ヘリコプター部隊として活動している。捜索救難に従事する部隊としては飛行艇を岩国航空基地に、救難ヘリコプター部隊を各地に配備している。そのほか、航空掃海ヘリコプターや輸送機の部隊も属している。
冷戦終結以前は、太平洋戦争の教訓により、敵対勢力からの通商破壊活動に対して脆弱な海洋国家日本の弱点を補完するため、対潜戦と対機雷戦の戦術能力の向上を目指していた。対潜戦の能力はアメリカに次ぐ世界第2位の規模と能力を持っており、また、活動面積に対する対機雷戦能力は世界最高水準にあるとされる。
海上自衛隊はその特徴の一つに航空海軍としての一面がある『[世界の艦船』2011年11月の記事中で香田は空海軍と表現を用いている。。艦載ヘリコプターと固定翼哨戒機からなる航空集団は航空部隊の中核となっており、自衛艦隊内におけるその人員比は航空集団が護衛艦隊に対し、常に過半数となる規模である。海上自衛隊は多数のヘリコプター搭載護衛艦（DDH）を保有し、ひゅうが型護衛艦、いずも型護衛艦は外国のヘリ空母と同様な外見の全通甲板を持つ。このように航空部隊が水上艦隊に対して優越した構成は、多数の空母と強襲揚陸艦を有するアメリカ海軍と海上自衛隊だけに見られる特色である香田洋二「護衛艦隊の誕生と発展 1961-2011」、『世界の艦船』2011年11月No.750。"Military Balance 2011"では Naval Aviation の項目で人員9,800人と記載されている。。
1998年（平成10年）の北朝鮮によるテポドン1号打ち上げを受け始まった日米共同研究を経て、弾道ミサイル防衛（BMD）システムを導入した平成27年版防衛白書 資料50 わが国のBMD整備への取組の変遷。日本の採用した多層防衛システムのうち、海上自衛隊はイージスシステムを装備するイージス艦にBMD対応能力を付加し、RIM-161スタンダード・ミサイル3（SM-3）を利用するイージス弾道ミサイル防衛システムを導入している。
勢力推移
海上自衛隊装備推移を下表に示す。艦種並びに種別記号は『ミリタリーバランス』各号に依るため、自衛隊公称類別と異なることに留意。
+ 艦艇保有量推移 艦種 1961 1970 1980 1990 2000 2005 2010 2015 2020 2025 潜水艦 SSK 5 16 14 15 16 18 16 18 21 25 水上戦闘艦 航空母艦 CVH - - - - - - - 2 4 4 巡洋艦 CGHM - - - - - - - 2 2 4 駆逐艦 DDGHM/DDG - 1 33 6 30 40 40 26 28 28 DDGM - - - - - - - 6 6 6 DDHM/DD 42FFとの合算 26 - - 12 5 2 2 - - フリゲート FFGHM - - - - - - - 3 5 6 FFGM/FFG - - - - 9 9 8 6 6 6 FFH/FF - 11 15 58 4 - - - - - 哨戒艦艇 PBFG/PFM/PHM - - - - 3 9 7 6 6 6 PCI/PFT 200anti submarine craft 8 26 14 - - - - - - 機雷戦艦艇 MCM/MCCS - 2 9内6 MCM boat 3 4 4 4 4 4 2 MSC - 39 33 23 24 24 25 - 19 14 MSO - - - - 3 3 3 25 2 3 MSD - - - - - - - 6 - - MSI - - - 6 - - - - - - MSC - - - 6 - - - - - - 両用戦艦艇 揚陸艦 LHD - - - - 1 3 3 3 3 3 輸送艦 LCU/LST - 3 6 6 6 4 2 2 - - LCM/LCT - 7 - 18 11 13 12 12 2 1 LCVP - 42 - 22 - - - - - - LCAC - - - - 2 6 6 6 6 6 支援艦艇 AGH - - - - - - - 1 - - AG - - - - - 10 2 - - - AGBH/AGB - - - - - 1 1 1 1 1 AGEH - - - - - - - - 1 1 AGOS - - - - 8 - 2 2 2 3 AGS - - - - - 4 4 4 3 3 AOE/AOEH - - - 4 3 5 5 5 5 5AO - - - - - - - - -2 ARC - - - - - 1 1 1 1 1 AS/ASR - - - 1 2 2 2 2 2 2 ATF - - - - - - 22 28 - 5 AX - - - - - - - 8 3 3 SPT - - - - 2 2 5 - - - TRG - - 2 3 2 4 6 - - -
任務
海上自衛隊では、哨戒機、護衛艦、潜水艦を駆使して、年間24時間体制で、日本周辺海域の哨戒（パトロール）任務を実施している。哨戒任務で確認した目標は、統合幕僚監部が毎日公表統合幕僚監部報道発表 している。哨戒範囲は排他的経済水域と防空識別圏を勘案して、海上自衛隊で独自に定めており、大湊基地、横須賀基地、佐世保基地、呉基地、舞鶴基地で区域を分担している。哨戒任務での捜索、監視の対象目標となるものは、他国の潜水艦や艦艇、海上プラント（石油プラットフォームなど）等である。不審な艦艇等の目標を探知したならば、哨戒機をスクランブル発進させ、また、艦艇を緊急出港し、継続的な監視体制に移行する。哨戒任務中も数々の訓練想定が隊員に付与されており、哨戒任務中の隊員は訓練と並行して、実目標の探知識別を行っている。哨戒任務で探知した情報は『世界の艦船』『朝雲新聞』『海上自衛新聞』などで公表されており、ロシア、中国の情報収集艦および海洋調査船に対する監視任務は、ほぼ年間を通じて常続的に実施されている。日本周辺のチョークポイント（間宮海峡、宗谷海峡、津軽海峡、対馬海峡、南西諸島の宮古海峡、バシー海峡など）を通峡する諸外国の艦艇に対しては、特に厳重な監視体制を敷いている。通過した艦艇の種類や艦隊の規模によっては、報道機関や国民に対して公表することもある「ロシア艦艇28隻が宗谷海峡通過 冷戦後最多」 日本経済新聞ニュースサイト（2018年9月4日）2018年10月8日閲覧。。
海上自衛隊は自衛隊単独あるいは同盟国・友好国の海軍と共同で、軍事演習を行う。時には、日本から遥かに離れた遠洋で行うこともある海自潜水艦、南シナ海で訓練 異例の公表…軍事拠点化の中国牽制 ベトナム要衝にも初寄港産経ニュース（2018年9月17日）2018年10月8日閲覧。。
日本周辺海域で行われる近隣諸国の軍事演習に対しては、海上自衛隊に継続的な監視任務が指令される。この場合、航空会社に対しては、国土交通省から「NOTAM」が出され、民間船舶に対しては、海上保安庁から「航行警報」が出される。監視任務中の海自艦艇と航空機は、不測の事態に備えて高レベルの戦闘配備が下令されているといわれる。
2次的な対象目標として、不審船や遭難船舶の捜索を海上保安庁と協力して行う。軍事的目標ではない不審船舶であれば、第一義的には海上保安庁の担当となるが、海上保安庁の対処能力を超える場合は海上警備行動が発令され、海上自衛隊が対処することとなる平成27年防衛白書 第1章第1節 4 武装工作船などへの対処。
震度5弱以上の地震や大規模災害が発生したならば、哨戒機等が緊急発進する。津波に対する長大な海岸線の警戒監視任務では、日本国内でもっとも有効なユニットである。
救難飛行隊はUS-2、UH-60Jを使用して、捜索救難（航空救難）や患者輸送、海難事故救難のための災害派遣に従事している。
2009年（平成21年）4月以降、ソマリア沖の海賊対策において、航行する日本の商船の護衛任務を行っている。
派遣当初は海上警備行動（自衛隊法）として警察官職務執行法を準用していたが、同年7月24日以降海賊行為の処罰及び海賊行為への対処に関する法律に切り替えて活動を継続している。2010年代後半になると、海賊行為自体は減少の一途を辿り年数回程度となったため、漂流漁船の救援、一般漁民への啓蒙活動等も行うようになってきている。
中東地域における日本関係船舶の安全確保に必要な情報収集活動を行うため、新たに編成する派遣情報収集活動水上部隊の護衛艦1隻および海賊対処行動に従事する派遣海賊対処行動航空隊のP-3C2機により情報収集活動を実施することが決定し、活動海域は、オマーン湾、アラビア海北部及びバブ・エル・マンデブ海峡東側のアデン湾の三海域の公海（沿岸国の排他的経済水域を含む。）とされた。
国内外の組織との関係 海上保安庁との関係
海上保安庁は、海上の安全および治安の確保を図ることを任務とする国土交通省（旧運輸省）の機関（外局）であり、主に海難救助、交通安全、防災および環境保全、治安維持が任務の内訳となるが、それ以外にも海洋権益（領海警備や海洋調査）も任務としている。一方、国外の艦艇に対応する任務は行政上別系統である防衛省の特別の機関である海上自衛隊が担当しており、船舶に対する任務を海上保安庁が担う『実録「海猿」の世界 海上保安庁最前線』洋泉社〈洋泉社MOOK〉、2010年9月、P112。ISBN 978-4-86248-601-1。。海上自衛隊は防衛大臣による海上警備行動の発令によって初めて洋上の警備行動が取れる自衛隊法第82条。
海上保安庁は第二次世界大戦敗戦後、高等商船学校出身の旧海軍予備士官が中心となり、1948年（昭和23年）5月設立された。これに対し、海上自衛隊の前身・海上警備隊は海軍兵学校を卒業した旧海軍の正規士官（海軍将校）が中心となり海上保安庁内に1952年（昭和27年）4月に設置された。
高等商船学校生は卒業時に海軍予備少尉または海軍予備機関少尉に任官され、戦時に召集されると海防艦の艦長、特設艦艇の艦長・艇長、あるいはそれらの艦艇の機関長等として船団護衛、沿岸警備の第一線で活躍したほか、乗り組んでいた商船が船ごと軍に徴用されて危険海域の物資・兵員輸送業務に従事するなど、予備士官といえども海軍兵学校出身の正規士官に負けない働きをした。 しかし、優秀なエキスパートであっても予備士官は将校とはされず、有事の際には指揮権継承の優先権を軍令承行令に基いて、将校たる正規士官より下位とされた。
太平洋戦争（大東亜戦争）では高等商船学校出身者の戦死率が海軍兵学校出身者よりも高く、これが後に至るまで海上保安庁（高等商船学校出身者）と海上自衛隊（海軍兵学校出身者）の関係に禍根を残した。組織的な背景を詳らかにすれば、商船学校は純粋に高等船員を養成するのに対し、海軍兵学校はロジスティクスも含めた海軍の官僚組織員の養成学校という本質的な違いがある。
1999年（平成11年）に能登半島沖不審船事件が発生し、事態が海上保安庁の能力を超えているとして海上自衛隊に初の海上警備行動が発動された。この時の反省を受け事件後に、海上保安庁と海上自衛隊との間で不審船対策についての「共同対処マニュアル」が策定され、長らく続いてきた両者間の疎遠な関係を改善する切っ掛けとなり、情報連絡体制の強化や両機関合同の訓練が行われるようになった。同時に海上警備行動発令下のROE（行動基準）、とりわけ武器の使用に関する隊員教育が行われるようになっている。海上警備行動は、「海上自衛官の制服を着た海上保安官」としての行動であり、警察官職務執行法に準じた行動が求められるためである。
ただし、自衛隊法第80条には、「内閣総理大臣は、第七十六条第一項又は第七十八条第一項の規定による自衛隊の全部又は一部に対する出動命令があつた場合において、特別の必要があると認めるときは、海上保安庁の全部又は一部をその統制下に入れることができる。」（第1項）、「内閣総理大臣は、前項の規定により海上保安庁の全部又は一部をその統制下に入れた場合には、政令で定めるところにより、長官にこれを指揮させるものとする。」（第2項）との規定があり、有事の際には海上保安庁の指揮権を一時的に防衛大臣に委ねることができる旨を定めている。
しかし、自衛隊法制定の1954年（昭和29年）以降、海上自衛隊が海上保安庁を統制する具体的な手続きについては未策定であった。
2022年（令和4年）12月に改定された「国家安全保障戦略」には、「有事の際の防衛大臣による海上保安庁に対する統制を含め、自衛隊と海上保安庁との連携・協力を不断に強化する。」方針が明記され、政府はその手順などを定めた統制要領を策定し、2023年（令和5年）4月28日に概要を公表した。
なお、海上保安庁法第25条は「この法律のいかなる規定も海上保安庁又はその職員が軍隊として組織され、訓練され、又は軍隊の機能を営むことを認めるものとこれを解釈してはならない。」と海上保安庁を非軍事組織として強く定義している。この点が、準軍事組織であるコーストガード（アメリカ沿岸警備隊など）との大きな違いである。前述の統制要領においても「統制下においても海上保安庁の任務、所掌事務、権限及び非軍事性に変更はなく、海上保安庁の統制は、「海上保安庁の自衛隊への編入」や「海上保安庁の準軍事化」ではない。」としている。
同年6月22日には伊豆大島東方海域において、海上自衛隊護衛艦「やまぎり」、SH-60K哨戒ヘリコプターと海上保安庁巡視船「さがみ」が共同訓練を実施し、武力攻撃事態において海上保安庁を防衛大臣の統制下に入れ、住民の避難並びに船舶への情報提供及び避難支援を想定した実動訓練を初めて実施し、海自と海保との間における情報伝達の要領などについて演練・検証した。
そのほか、海上保安庁では固定翼の練習機を配備していないため、操縦士の初等教育は海上自衛隊に委託されている。
日米同盟
1960年（昭和35年）、国内での多くの反対を受けつつも成立した日米安保（新安保）体制は、成立後冷戦下におけるソ連の脅威に対して抑止力として機能し、同国の崩壊により結果として冷戦は日米を含む資本主義（自由民主主義）陣営の勝利に終わった。この間、日米両国は、1978年（昭和53年）、日本有事を想定したガイドラインを制定。冷戦後においても、湾岸戦争に引き続く、ペルシャ湾への掃海部隊の派遣、新ガイドライン、周辺事態法、平和安全法制等、日米同盟関係は段階的に発展を続けている。
海上自衛隊も、日本国憲法第9条との整合性という問題を抱えつつも、対潜水艦作戦、常続的監視、弾道ミサイル防衛能力等を生かし、また、統合運用による進展も経て、北朝鮮のミサイル対処など、日本の周辺地域で想定される有事に、限定的ながらも日米相互に補完する態勢を構築してきた。1996年（平成8年）の共同声明では同盟の意義を「アジア太平洋地域の平和と繁栄」と再定義をして現在に至っている。
また、2001年（平成13年）9月11日の米国同時多発テロ以降、日本はこれまでの国際環境の変化に応じて、自衛隊インド洋派遣、ソマリア沖海賊の対策部隊派遣等、国際貢献に対して積極的な取り組みを実施している。日米同盟はこれらの国際的活動においても、日本の外交的側面、または自衛隊活動の運用、情報、ロジスティック面等について活動を支えている。今日の日米同盟は、このように「日本の防衛」「地域の安定」「国際社会における外交・安全保障施策の基盤」という、主に3つの側面においてその機能を有する。
アメリカ海軍との共同訓練 太平洋戦争において、大日本帝国海軍はアメリカ海軍との激戦でほぼ壊滅し、組織としても解体された。戦後は機雷処理と東西冷戦の激化により、日本はアメリカを主体とする連合国軍最高司令官総司令部（GHQ）の理解を得て、アメリカ海軍から艦艇を貸与・供与されて（タコマ級フリゲート→くす型護衛艦など）、海自の前身である海上警備隊、警備隊 (保安庁)を設置した。以降、海上自衛隊とアメリカ海軍とは良好な関係にあり、陸自・空自と比較して、自衛隊の3軍種の中でも極めて日米の相互運用性が高い。日米共同の対潜特別訓練は1958年（昭和33年）に始まった。また、米国派遣訓練は1963年（昭和38年）に潜水艦派遣が行われたのが最初である。さらに、1980年（昭和55年）以降は環太平洋合同演習にも参加している。
国際協力
海外派遣 湾岸戦争後の自衛隊ペルシャ湾派遣に始まり、自然災害やPKO派遣等による海外派遣の輸送の要として活動している。米軍のアフガニスタン攻撃の際は、海上での米軍支援のためインド洋に自衛隊の大型補給艦を派遣した（自衛隊インド洋派遣参照）
また、2009年（平成21年）より、ソマリア沖アデン湾にてジブチ共和国を活動拠点としたソマリア沖の海賊対処活動 （ソマリア沖海賊の対策部隊派遣参照）を実施している。
防衛交流
海上自衛隊は、各国海軍との防衛交流を積極的に推進している。
1980年（昭和55年）以降は、米海軍主催でハワイ付近で実施されている多国軍事演習である環太平洋合同演習（RIMPAC）に参加している。
海上自衛隊が日本海域で実施する観艦式に合わせて外国艦艇が来航するほか外国艦艇寄港（観艦式関連）（H27.10.9-18) 海上自衛隊横須賀地方隊（2018年10月8日閲覧）。、外国の観艦式に艦艇を派遣する。ロシア海軍300周年記念観艦式に参加するため、1996年（平成8年）7月には71年振りに海上自衛隊の艦船がウラジオストク港へ派遣された。また、これに対して、ロシア側も1997年（平成9年）6月に103年ぶりにロシア軍艦（「アドミラル・ビノグラードフ」）が東京港に来航した。
2006年（平成18年）10月3日から5日まで、第6回アジア太平洋潜水艦会議（APSC2006）を初めて海上自衛隊が主催した。この会議には、日、豪、加、中、コロンビア、仏、印、インドネシア、マレーシア、パキスタン、韓、露、シンガポール、タイ、英、米の16ヶ国海軍が参加した。同会議は2001年（平成13年）から毎年開催されている。
こうした交流は政治問題の影響を受けることもある。韓国は2018年10月11日に済州国際観艦式に招待した海上自衛隊に、自衛艦旗（旭日旗）を降ろすよう要求。防衛省はこれを拒否して、10月5日に参加中止を発表した海自、韓国の観艦式に不参加 艦旗「降ろすの絶対ない」 朝日新聞デジタル（2018年10月5日）2018年10月8日閲覧。。
諸外国海軍との共同訓練の開始時期などは自衛隊#各国軍隊との関係を参照。 遠洋練習航海による交流は練習艦隊を参照。
主要な部隊・機関
防衛大臣（防衛省） 統合幕僚長（統合幕僚監部）：統合作戦司令部・自衛隊サイバー防衛隊・自衛隊情報保全隊 海上幕僚長（海上幕僚監部）
部隊 自衛艦隊（横須賀） 水上艦隊（横須賀） 航空集団（厚木航空基地） 潜水艦隊（横須賀） 開発隊群（横須賀） 特別警備隊（江田島） 横須賀地方隊（横須賀） 大湊地区隊（むつ市） 函館基地隊（函館） 余市基地分遣隊（余市） 稚内基地分遣隊（稚内） 父島基地分遣隊（小笠原諸島父島） 呉地方隊（呉） 阪神基地隊（神戸） 由良基地分遣隊（由良） 佐伯基地分遣隊（佐伯） 佐世保地方隊（佐世保） 下関基地隊（下関） 対馬基地分遣隊（対馬） 沖縄基地隊（うるま） 奄美基地分遣隊（瀬戸内） 舞鶴地方隊（舞鶴） 新潟基地分遣隊（新潟） 情報作戦集団（市ヶ谷） 教育航空集団（下総航空基地） 練習艦隊（呉） 海上自衛隊警務隊（市ヶ谷） 海上自衛隊潜水医学実験隊（横須賀） 海上自衛隊中央業務会計隊（市ヶ谷） 東京音楽隊（東立川）
機関 海上自衛隊幹部学校（目黒） 海上自衛隊幹部候補生学校（江田島） 海上自衛隊第1術科学校（江田島）（攻撃、船務要員養成） 海上自衛隊第2術科学校（横須賀）（機関科要員養成） 海上自衛隊第3術科学校（下総航空基地）（航空要員養成） 海上自衛隊第4術科学校（舞鶴）（経理補給要員、事務官養成） 海上自衛隊補給本部（十条） 海上自衛隊艦船補給処（横須賀） 海上自衛隊航空補給処（木更津） 下総支処（下総航空基地）
自衛隊病院 海上幕僚長を通じて指揮監督を受ける自衛隊病院 自衛隊横須賀病院（横須賀） 自衛隊呉病院（呉）
人員及び教育 海上自衛隊は、陸空自衛隊と同じ階級制を用いており、陸空とは階級名に「海」が入ることだけが異なる。最下級は2等海士であり、最高位の海将まで16階級となっている。また、階級章は陸空がほぼ同等の形状であるのに対し、特に幹部においては袖章が基本となっている等、全く別の系統となっている防衛省「自衛官の階級」。
人員は、海上警備隊の定員が約6,000名であった のに対し、逐次増員され、2019年時点で定員45,360名、充足率93.8％となっている令和元年版 防衛白書。
幹部教育については、術科学校及び幹部学校を中心に行われている。また航空学生制度により操縦士と戦術航空士の独自養成を行っている。
陸上自衛隊が新設を予定する海上輸送部隊の訓練に協力している。
留学生受入 平成23年度時点、幹部学校等にタイ王国、シンガポール、オーストラリア、韓国各1名、インド2名の全6名を受け入れている。
隊員の主な職域（職種） thumb|400px|海上自衛隊の各服装。左から、海曹（2人）、海士（2人）の通常礼装夏服、航空服装、立入検査服装、消防服装、艦艇戦闘服装、消防服装（火炎防護衣）、航空整備服装（航空誘導服） 職域とは、各職種区分（ジャンル）ごとの区切り、職種とは、職域内で細分された各人の専門職務種別を指す。
職種は教育隊入隊直後に数種類の心理・知能・性格・身体等の適性検査を実施し、本人の希望も考慮し決定されるが、適性検査の結果により就ける職種の絶対的選択肢が決まるため、適性外の職種については希望しても指定されない。なお、適性ありには「適」と「準適」があり、その詳細条件は不明なるも、特に心理的要素において大きく影響し「準適」職種を選ぶと離職率が高いようである。逆に「適」職種選択者は能力を発揮しやすいという。適性検査には潜水艦乗員や航空士等として勤務可能か見極めるものもあり、この適性がないと判定された場合、基本的な適性において配置可能職種であっても潜水艦乗員や航空士になることはできない。これらを勘案し、人事幹部により各人の職種が決定される。このプロセスを経て、教育隊での要員別教育前に職種が決定されることとなる。