小笠原諸島（おがさわらしょとう）は、東京都小笠原村の行政区域を指す。東京都特別区の南南東約1,000キロメートルの太平洋上にある30余の島々からなる。総面積は104平方キロメートル。南鳥島、沖ノ鳥島を除いて伊豆・小笠原・マリアナ島弧（伊豆・小笠原弧）の一部をなす。小笠原諸島は別名をボニン諸島（Bonin Islands）という東京都環境局 東京の自然公園。
概要 南鳥島を除く小笠原諸島は海洋地殻の上に形成された海洋性島弧である。太平洋プレートがフィリピン海プレートの東縁に沿って沈み込むことによって誕生した。
民間人が居住するのは父島・母島の2島。2020年時点で、人口は、父島2173人、母島456人である。自衛隊などの公務員が常駐する島としては父島・硫黄島・南鳥島がある父島に海上自衛隊横須賀地方隊の父島基地分遣隊が常駐。硫黄島には、海上自衛隊の硫黄島航空基地隊等と、航空自衛隊の硫黄島基地隊が所在している。南鳥島には、海上自衛隊硫黄島航空基地隊の南鳥島航空派遣隊が常駐し、国土交通省の気象庁及び関東地方整備局なども常駐している。。
これらを除く島は無人島である。
小笠原群島（右地図赤丸で囲った部分）は小笠原諸島の一部の名称であるが、時折混同され、小笠原群島の意味で小笠原諸島と呼ばれることがある。
諸島を構成する島 狭義の南方諸島 小笠原群島 聟島列島 - 聟島、嫁島、媒島、北ノ島 など 父島列島 - 父島、兄島、弟島 他 母島列島 - 母島、姉島、妹島 他 西之島 火山列島（硫黄列島） - 北硫黄島、硫黄島、南硫黄島 孤立した島々 - 南鳥島、沖ノ鳥島
自然
小笠原諸島は生物地理区の区分上において、日本で唯一オセアニア区に属している世界遺産条約暫定リスト 環境省、林野庁。また、形成以来ずっと大陸から隔絶していたため、島の生物は独自の進化を遂げており、「東洋のガラパゴス」とも呼ばれるほど、貴重な動植物が多い。しかし、人間が持ち込んだ生物や島の開発などが原因でオガサワラオオコウモリやオガサワラノスリ、アカガシラカラスバト、ハハジマメグロなどの動物やムニンツツジ、といった植物など、いくつかの固有種は絶滅の危機に瀕している。周辺の海域では日本ではこの近辺のみでみられるシロワニ、多くの魚類、鯨類（クジラやイルカ）、サンゴが生息しており、それらを見るために島を訪れる人も多い。また陸上では特に固有のカタツムリの動物相と維管束植物の植物相が豊富である一方、人間が持ち込み野生化したヤギも生息しており、森林の破壊や表土の流失、固有植物の食害などの問題をもたらしている東京都の取組 - 父島列島のノヤギ排除、 東京都小笠原支庁 2018年。体が粘液で覆われ皮膚呼吸をする魚ヤセタマカエルウオなどもしられる。約100種存在するカタツムリは90%以上が固有種で、小笠原の世界自然遺産登録の理由の一つとなった。
指定 1972年（昭和47年）10月16日：一部の島や地域を除き小笠原国立公園として、国立公園に指定された。 1980年（昭和55年）3月31日：国指定小笠原諸島鳥獣保護区（希少鳥獣生息地）に指定された（面積5,899ha、うち特別保護地区1,331ha）。 2011年（平成23年）6月24日：国際連合教育科学文化機関（ユネスコ）の第35回世界遺産委員会にて、世界自然遺産に登録が決定（正式登録は6月29日）。
気候 父島の気候 ケッペンの気候区分によると、父島は熱帯モンスーン気候（Am）に属する。
年平均気温は23.4℃である。平年値では猛暑日が0.0日、真夏日が68.0日、夏日が203.9日、熱帯夜が97.6日、真冬日が0.0日、冬日が0.0日となっている父島（平年値）。
年平均降水量は1296.1mmである。
年平均日照時間は2030.6時間である。 極値父島（観測史上1～10位の値）観測値観測年月日日最高気温34.4℃2026年7月27日日最低気温7.8℃1969年2月8日 南鳥島の気候 ケッペンの気候区分によると、南鳥島はサバナ気候（Aw）に属する。
年平均気温は25.8℃である。平年値では猛暑日が0.1日、真夏日が138.1日、夏日が304.5日、熱帯夜が151.7日、真冬日が0.0日、冬日が0.0日となっている南鳥島（平年値）。
年平均降水量は1052.8mmである。
年平均日照時間は2821.7時間である。 極値南鳥島（観測史上1～10位の値）観測値観測年月日日最高気温35.6℃1951年7月17日日最低気温13.8℃1976年2月10日
歴史 古第三紀 - 凝灰質砂岩・泥岩・石灰岩などの海底噴出物より形成される東京都・土地分類基本調査「父島・母島」1992 。
北硫黄島には先史時代（1世紀頃）のものとみられる石野遺跡がある小田静夫・水山昭宏編集『発掘された小笠原の歴史 (Ogasawara Archaeology and History)』小笠原村教育委員会発行、2002年）。父島の大根山遺跡でも打製石斧が発見されているが詳細な時代は不明である。
室町〜江戸時代 1543年10月（天文12年9月） - スペインのルイ・ロペス・デ・ビリャロボス（Ruy López de Villalobos）が指揮するガレオン船サン・ファン号（San Juan）によって、火山列島が発見される歴史：硫黄島 « 小笠原村 公式サイト。この時発見されたのは小笠原群島であるとの説もある『幕末の小笠原』17ページ。1639年（寛永16年）、とアベル・ヤンスゾーン・タスマンがオランダ東インド会社総督の命を受け、「エンゲル」と「フラフト」の2隻が探検に向かった。2隻は7月21日に多数の島を発見。この時エンゲル島、フラフト島と命名されたとされる島は母島と父島であると思われる『幕末の小笠原』17-18ページ。スペイン船が沖ノ鳥島を発見アブレオホス（Abreojos）と命名。 1565年 スペイン船が沖ノ鳥島を発見し、パレセベラ（PareceVela）と命名した。 寛永9年12月（1633年1月）、船主で船頭の勘左衛門、荷主の長右衛門ら7人が乗り蜜柑を積んで江戸へ向かっていた船が遠州灘で遭難『幕末の小笠原』2、4ページ。同船は寛永10年2月20日（1633年3月29日）ごろある島にたどり着いた『幕末の小笠原』4ページ。その島は母島であると思われる『幕末の小笠原』4-5ページ。翌朝勘左衛門は死亡していたというが、残りの者は船を作り、八丈島経由で5月7日に下田に帰還した『幕末の小笠原』6-7ページ。生還者の報告を受け、幕府は延宝3年（1675年）4月に探検船「富国寿丸」を派遣した『幕末の小笠原』7-8ページ。船は4月29日に父島を発見『幕末の小笠原』7ページ。以後主な島の探検が行われ、また父島に祠が作られて、その脇には「此島大日本之内也」等と記されたという『幕末の小笠原』8ページ。その後6月6日に小笠原を離れ、6月12日に下田に帰投した。 1639年 オランダ船が沖ノ鳥島を発見し、エンベルスドロッテ（Engelsdroogte）と命名した。 1702年（元禄15年） - スペインの帆船ヌエストラ・セニョーラ・デル・ロザリオ号 (Nuestra-Senora del Rosario) が西之島を発見し、ロザリオ島 (Isla de Rosario)と命名する。 1722年（享保7年）春、伊豆・相模両国の代官山田治衛門が無人島探検を幕府へ具申『幕末の小笠原』9ページ。その準備が行われていたところ、小笠原貞任なる人物が、先祖の小笠原貞頼が文禄2年（1593年）に伊豆の南で無人島を発見し、所領として安堵されたという写本を提出して渡航許可を求めた『幕末の小笠原』9-10ページ。最終的に貞任の主張は虚偽であるとされ、彼は重追放に処されることとなったが、この出来事の結果、問題の島々は小笠原諸島と呼ばれるようになる『幕末の小笠原』10-12、14ページ。また、彼が提出した「辰巳無人島訴状幷口上留書」には父島、母島等の名前が記されており、各島の名前も彼の命名が元になったと考えられる『幕末の小笠原』12、15ページ。 ヨーロッパでは、1727年出版のエンゲルベルト・ケンペルの『日本誌』で初めて長右衛門らが漂着した島について記され、その島は「ブネシマ（無人島）またはブネ（無人）の島」と呼ばれたと書かれている『幕末の小笠原』18-19ページ。日本では、天明5年（1785年）の林子平の『三国通覧図説』で小笠原島という名称が登場している『幕末の小笠原』20ページ。1817年にフランスのアベル・レミューザが三国通覧図説の地図を載せて小笠原諸島を「BO-NIN諸島」として紹介した『幕末の小笠原』22ページ。以後、ヨーロッパの地図でボニンという名称が使用されることとなったという。 1774年（安永3年）3月、八丈島の地役人服部源六、山下輿総らが幕府の命令を受けて無人島探検を行うが、鳥島近海で暴風に遭い、土佐国に漂着したため失敗に終わったという『幕末の小笠原』68ページ。 1779年（安永8年）、（John Gore）が指揮するイギリス軍艦「レゾリューション」と「」が火山列島を望見する。 1789年 英国のウィリアム・ダグラス（William Dauglas）が沖ノ鳥島を発見し、ダグラス礁（Dauglas Reef）と命名。
19世紀に入ると欧米の捕鯨船が寄港するようになる『幕末の小笠原』35ページ。1823年9月、イギリス捕鯨船「トランジット」が母島に寄港し、船長ジェームス・コフィンは船主のフィッシャー商会にちなんで島をフィッシャー島と命名した。「ランジット」は、記録に残る中では小笠原諸島に寄港した最初の捕鯨船である。1825年にはイギリスの「サプライ」が父島を訪れ、1826年にはイギリス捕鯨船「ウィリアム」が父島で難破した。1827年6月8日、小笠原諸島を探索していたイギリス海軍の調査船「」が到着『幕末の小笠原』24-26ページ。「ウィリアム」の元乗組員で、島に残っていた2名を発見した『幕末の小笠原』26ページ。「ブロッサム」艦長フレデリック・ウィリアム・ビーチーは父島をロバート・ピールにちなんでピール島、母島をベイリイ島などと名付け、領有を宣言した『幕末の小笠原』24、28ページ。彼は、発見したのは『日本誌』などの掲載されている島とは別の島であると主張した『幕末の小笠原』29ページ。この領有宣言はイギリス政府から正式に承認されなかったようである『幕末の小笠原』30ページ。1828年、ロシア調査船「セニャーヴィン」（フョードル・リトケ艦長）が来訪。 1830年6月26日（文政13年5月10日） - ナサニエル・セイヴァリー（Nathaniel Savory）ら白人5人と太平洋諸島出身者25人がハワイ王国オアフ島から父島の奥村に入植する最初の入植者である25人の出身地は、欧米人はアメリカ人2名、イギリス人2名、デンマーク人1名で、太平洋諸島出身者はハワイ諸島出身者7名をはじめ、マリアナ諸島、カロリン諸島のポンペイ島、ギルバート諸島、マルキーズ諸島、タヒチなど、ポリネシアやミクロネシア各地からの出身者で構成されていた。 田中 pp41-42, p62。 1835年（天保6年） - 駐マカオ貿易監督官であるチャールズ・エリオット(Charles Elliot)が、イギリス政府に対して父島へ軍艦を派遣し、当地を占領するよう要請する田中 p57。これは清朝に対するイギリスの根拠地を求めたためであり、この要請を受けて、イギリス海軍は軍艦ローリー号（HMS Raleigh）の派遣を決定する。 1835年（天保6年） - 父島のリチャード・ミリチャンプ(Richard Millichamp)がロンドンに一時帰国し、イギリス政府に小笠原移住民の保護を請願する松尾[2014:221]。 1837年8月2日（天保8年7月2日） - ローリー号が父島に来航し、各種の調査を行う。また当時の父島の人口を42名と報告している田中 pp61-65。この調査の結果はイギリス政府に報告されたが、3年後に勃発したアヘン戦争とそれに伴う南京条約の結果、イギリスは香港を獲得したため、小笠原諸島の占領は見送られた。 1839年（天保10年） - 蛮社の獄により、渡辺崋山ら11名が小笠原諸島渡航を企てた罪で捕縛される。その後の取り調べで小笠原諸島渡航に関しては疑いが晴れるが、4名が獄死し、5名が押込となった。高野長英は永牢（終身刑）となり、渡辺崋山は家宅捜索の際に発表を控えていた『慎機論』が発見され、蟄居を命じられる田中 pp85-87。 1840年（天保11年） - 陸前高田の「中吉丸」が父島に漂着し、生存した三之丞ら6名は2か月かけて船を修理したのち、下総国銚子に帰還する石川榮吉、「接触と変容の諸相 : 江戸時代漂流民によるオセアニア関係史料」『国立民族学博物館研究報告別冊』 1998年 006巻 p.429-456, , 国立民族学博物館。 1846年（弘化3年） - 出島のオランダ商館長ヨセフ・ヘンリー・レフィスゾーン（Joseph Henrij Levijssohn）が長崎奉行に対し、小笠原諸島の実効支配を行うよう忠告するが、幕府はこれを黙殺する田中 pp74-75。 1847年（弘化4年） - ジョン万次郎が米捕鯨船に乗って小笠原に来航。後年、今度は日本側官吏として小笠原にやってくることになる。 1849年（嘉永2年）9月 - 父島が海賊の襲撃を受け、数人の島民女性が拉致された上、家畜、食糧、医薬品や現金2000ドルを強奪される田中 pp49-50。 1853年（嘉永6年）6月 - アメリカ東インド艦隊司令官ペリーが日本へ行く途中、琉球を経て父島二見港に寄港する。島民のために牛、羊、山羊このときの山羊が脱走したものが、後に環境破壊を起こすことになった。や野菜の種子を与え、石炭補給所用の敷地を購入したほか、3条13項から成るピール島植民地規約を制定し、自治政府設置を促す田中 pp94-95。 1853年（嘉永6年）8月28日 - ピール島植民地規約に基づき、ピール島植民政府が設立され、ナサニエル・セイヴァリーが首長となる。 1857年（安政4年） - モットレー一家が母島（沖村）に居住する。 1862年（文久元年） - 幕府は外国奉行水野忠徳、小笠原島開拓御用小花作助らに命じアメリカから帰還したばかりの咸臨丸（艦長は小野友五郎）で小笠原に佐々倉桐太郎ら官吏を派遣15.「咸臨丸風波ノ図」 - 外務省し、測量を行う。一行が小笠原諸島を巡視した際作成した小笠原島視察復命書に「島々の配置は、南北に連なり、あたかも家族のように並んでいるので、中央を父島群島、南を母島群島とし、北を聟島群島とする。」と記載され、これが父島、母島、聟島の由来にもなった。また、居住者に日本領土であること、先住者を保護することを呼びかけ同意を得る。同年6月（文久2年5月）駐日本の各国代表に小笠原諸島の領有権を通告。 1863年9月（文久2年8月） - 八丈島から38名の入植が開始される。 1864年6月（文久3年5月） - 生麦事件によって日英関係が悪化したことを受け、日本人移民が父島から撤収した田中 pp205-206。 1864年（元治元年） - ハワイの宣教師船であるモーニングスター号（Morning star）が南鳥島を発見する歴史：南鳥島 « 小笠原村公式サイト。 1866年（慶応2年） - フレデリック・ロース、母島（沖村）に居住。
明治 1875年（明治8年）11月 - 明治政府が小笠原回収委員を明治丸で父島へ派遣する。 1876年（明治9年）3月 - 小笠原島の日本統治を各国に通告（日本の領有が確定）。内務省の管轄となる。日本人37名が父島に定住。内務省出張所設置。 1877年（明治10年） - 帆船による年 3回の定期航路開設。 1878年（明治11年） - 父島北袋沢に内務省勤農局出張所設置。 1879年（明治12年） - 日本人6名が母島に定住。 1880年（明治13年）10月8日 - 東京府の管轄となる[ 明治13年太政官布告第44号] - 国立国会図書館近代デジタルライブラリー。 1880年（明治13年）10月28日 - 父島に、東京府小笠原出張所を設置。 1882年（明治15年） - 東京府出張所の行う行政に協議権をもつ会議所を設置し、議員15人を公選した。欧米系いわゆる白人と云われる人々。第2次世界大戦時には、自分達も日本人であると祖国愛が強く、見かけでは無いと日の丸の鉢巻きをしたり、軍隊に志願する人が多かったという。住民が全員が日本に帰化し日本人となった。 1886年（明治19年）11月4日 - 小笠原出張所を小笠原島庁へ改称。 1891年（明治24年）5月 - 東京府が、小笠原島各村に世話掛を公選させる。 1891年（明治24年） - 火山列島を小笠原島庁の所管にいれ、硫黄島を正式に日本領とした。 1893年（明治26年）11月 - 小笠原諸島の警察が、警視庁の管轄となる。 1898年（明治31年） - 南鳥島が小笠原島庁の所管となる。 1911年（明治44年）6月 - 父島に、東京府立小笠原修斉学園を開設。
大正 1920年（大正9年）8月 - 陸軍築城部が父島支部設置。以降、砲台などの陸軍施設が建設されていく。 1922年（大正11年）海防艦｢満州｣乗組員が沖ノ鳥島を測量する。 1925年（大正14年）3月15日 - 東京府立小笠原修斉学園廃止。 1926年（大正15年） - 小笠原島庁は、郡制の廃止とともに、東京府小笠原支庁に改称（北硫黄島ほか数島は小笠原支庁の直轄として残る）。
昭和 1927年（昭和2年） - 昭和天皇が戦艦「山城」で父島と母島を行幸し、母島の御幸之浜で海洋生物の調査を行う。 1928年（昭和3年） - 東京府東京市下谷区上野で「東京大正博覧会」開催。『小笠原館』で小笠原住民が「展示」される。 1929年（昭和4年） - 水路部の海図800号で、沖ノ鳥島が公式に初めて記載される。 1931年（昭和6年） - 内務省告示163号に依って沖ノ鳥島が小笠原支庁の所管となる。戦前はトラック諸島、マリアナ諸島やサイパンなどの南洋に向かう船が、半月に一度父島二見港に寄港していた。1936年（昭和11年）当時、父島までの2等料金が37円ダニエル・ロング『小笠原学ことはじめ』 南方新社、2002年 ISBN 9784-9313-76762田中 pp7-9。現在のようなビニールハウスがなかった時代、小笠原では季節外れの果物や野菜を栽培して本土に送っており、重宝されたため、住民は豊かな生活を送っていたといわれている。 1940年（昭和15年）4月1日 - 父島、母島、硫黄島に町村制が施行され、大村、扇村袋沢村、沖村、北村、硫黄島村が発足する。（ほか数島は小笠原支庁の直轄として残る）。 1943年（昭和18年）7月1日 - 東京都制の施行により東京都の管轄となる。 第二次世界大戦時に硫黄島は激戦地となり、父島なども日本軍により要塞化が行われた（父島要塞）。 1944年（昭和19年） 7月 - 住民6,886人（残留者825人）は本土へ強制疎開（そのうち20余人が引揚の際の事故で死亡）。 9月2日 - アメリカ軍によるの父島無電塔爆撃の際、後のアメリカ合衆国大統領になるジョージ・H・W・ブッシュ中尉らの搭乗した雷撃機が日本軍により撃墜されるが、ブッシュは友軍部隊により救助される。
1945年（昭和20年） - 小笠原支庁・村役場が下谷区の下谷小学校に移転する。 1945年（昭和20年）2月19日～3月26日 - 硫黄島の戦いが行われ、日本兵18,375名と米兵6,821名が戦死する。 1945年（昭和20年） - 父島の日本軍守備隊によるアメリカ軍捕虜の処刑（人肉食については諸説あり）が発生（小笠原事件）。 1945年（昭和20年）9月3日 - アメリカ海軍駆逐艦「」艦上にて、小笠原駐留日本軍の降伏調印式。 1946年（昭和21年）1月26日 - GHQがSCAPIN-677を指令し、小笠原諸島への日本の施政権が停止される。 1946年（昭和21年）10月 - GHQが欧米系の旧島民とその家族135人のみに帰島を許可する。うち129人が旧海軍の駆逐艦「欅」で帰島し、ボニン諸島評議会（Bonin island council）と五人委員会が設立される。 1947年（昭和22年）7月 - 旧島民たちによって、小笠原島・硫黄島帰郷促進連盟が設立される。 1948年（昭和23年） - 小笠原支庁・村役場が東京都港区に移転する。 1948年（昭和23年） - ボニン諸島貿易会社（Bonin Islands Trading Company 略称：BITC）が設立される。 1951年（昭和26年） - 気象庁がアメリカ政府の委託を受け、南鳥島で気象観測業務を行う。 1952年（昭和27年）4月28日 - サンフランシスコ講和条約の発効により、小笠原諸島がアメリカの施政権下に置かれる。また、小笠原支庁及び上記5村が廃止され、役場の一般事務は東京都総務局行政部地方課分室で行われる。 1956年（昭和31年） - ラドフォード提督初等学校（Admiral Radford Elementary School）が設立される。 1963年（昭和38年） - 南鳥島ロランC局が完成する。これを受け、南鳥島にアメリカ沿岸警備隊が駐留し、気象庁職員は撤収する。 1965年（昭和40年） 5月 - 第1回墓参団が渡島する。 1967年（昭和42年）11月16日 - 南方諸島及びその他の諸島に関する日本国とアメリカ合衆国との間の協定（米国との小笠原返還協定）により、日本への返還が決まる。 1967年（昭和42年）12月 - 日本政府が小笠原復帰準備対策本部を設置。 1968年（昭和43年） 4月 - 日米間で小笠原復帰協定が締結。 4月16日 - 南方諸島及びその他の諸島に関する日本国とアメリカ合衆国との間の協定の締結について国会の承認を求めるの件につき、閣議決定。 5月22日 - 協定締結につき、国会で承認される。 5月27日 - アメリカ政府へ協定を通告。協定第6条により、アメリカ政府が日本政府から受領した日の後30日目の日（同年6月26日）に協定が効力を生ずることとした。 6月12日 - 協定を公布（昭和43年条約第8号）。 6月26日 - 協定が発効し、日本に返還される。東京都小笠原支庁設置。小笠原諸島全域を領域とする小笠原村が設置される。 戦前の旧大村、旧扇村袋沢村、旧北村、旧沖村および旧硫黄島村が、小笠原村となる。かつて小笠原支庁直轄だった北硫黄島、南鳥島、沖ノ鳥島および西之島も小笠原村の村域となる。 1969年（昭和44年） - 本土とを結ぶ無線電話回線が開通した。 1970年（昭和45年） - 小笠原復興計画が閣議決定。 1972年（昭和47年） - 東京電力が父島内燃力発電所の操業を開始（120V/60Hzから100V/50Hzへ）。 1972年（昭和47年） 10月16日 - 小笠原諸島を国立公園に指定。小笠原支庁母島出張所および小笠原村役場母島支所の設置。 1974年（昭和49年） - 父島および母島の全域を都市計画区域に指定。小笠原復興計画（改定10箇年計画）が閣議決定。 1976年（昭和51年） - 時雨ダムが完成。父島ケーブルテレビが開局。 1979年（昭和54年） 3月31日 - 小笠原諸島復興特別措置法が、小笠原諸島振興特別措置法と改正される。 4月22日 - 村議会議員および村長の設置選挙、小笠原村が真の自治体として発足し、村政が確立する（それまでは、東京都小笠原支庁長が村長職務執行者であった）。 1981年（昭和56年） 12月24日 - 小笠原村基本構想を議決。 1983年（昭和58年） 6月21日 - 通信衛星による電話のダイヤル即時通話開始。 1984年（昭和59年） 小笠原諸島振興特別措置法延長・改正。 10月1日 - 小笠原諸島周辺海域の海難救難・外国漁船密漁取締りなどの目的で、全国52番目の海上保安署として小笠原海上保安署が開設。 1987年（昭和62年） - 沖ノ鳥島護岸工事決定。88年工事開始。
平成 1989年（平成元年） - 小笠原諸島振興特別措置法が小笠原諸島振興開発特別措置法と改正。村政確立10周年。父島と母島から考古学調査始まる。 1990年（平成2年） - 国土利用計画法の監視区域（200m2以上）に指定。北硫黄島の考古学調査。 1991年（平成3年）7月 - 北硫黄島で遺跡調査が行われ、石野遺跡が発見される。 1993年（平成5年） - 南鳥島ロランC局の施設が海上保安庁に引き渡され、アメリカ合衆国沿岸警備隊が撤収する。 1994年（平成6年） - 天皇・皇后が小笠原諸島を行幸啓する。小笠原諸島振興開発特別措置法の一部改正。 1995年（平成7年） - 国土利用計画法の監視区域 (500m2) に再指定。 1996年（平成8年） - テレビ地上波放送開始。 1999年（平成11年） - 国土交通省が1等三角点"沖ノ鳥島"、3等三角点"北露岩"(後，北小島)、観測所基盤に水準標石"沖ノ鳥島"設置。 2002年（平成14年） - アメリカ合衆国大統領退任後のジョージ・H・W・ブッシュが父島を訪問し、自らの乗機撃墜時に戦死した同僚を悼み、記念植樹を行う。 2005年（平成17年） - 国土交通省がチタニウム製"沖ノ鳥島"銘板と、電子基準点"沖ノ鳥島"を設置 2007年（平成19年） - 海上保安庁が沖ノ鳥島灯台を設置点灯 2011年（平成23年） 6月29日 - 小笠原諸島がユネスコの世界遺産（自然遺産）に登録される。日本国内の自然遺産は白神山地（青森県・秋田県）、屋久島（鹿児島県）、知床（北海道）に続く4か所目。東京都初の世界遺産であり、唯一の自然遺産でもある。 7月2日 - インターネット接続用の通信回線を、通信衛星経由による接続から海底光ケーブルを利用した接続へ切替工事を実施。同日の午前 5時より高速インターネット接続サービスの提供を開始。 2013年（平成25年）3月31日 - 父島・母島に、NHKのラジオ第1、ラジオ第2、FM放送の3波の中継局が設置され父島中継局・母島中継局とも、ラジオ第1・ラジオ第2はFM波に変換して、FM放送はそのまま放送。、漸く小笠原での放送を開始する。NHKのウェブサイトには掲載していないが、小笠原村の広報誌「小笠原村民だより 平成25年3月1日付（小笠原村総務課発行」に開局情報を掲載している。 2014年（平成26年） - 海洋研究開発機構の沖ノ鳥島新観測所施工開始。 2019年（平成31年） - 海洋研究開発機構沖ノ鳥島新観測所竣工。使用観測開始。
入植の歴史
19世紀初頭林子平の『三国通覧図説』から小笠原諸島がボニン・アイランズ（Bonin Islands）としてヨーロッパへ紹介されると、各国の船舶が小笠原諸島へと寄港するようになった。
1827年イギリス海軍のブロッサム号を率いるフレデリック・ウィリアム・ビーチーが現在の父島二見港から上陸すると、前年行方不明となったイギリスの捕鯨船ウィリアム号の乗組員 2人と遭遇し、他国の船も来航していることを知ったビーチーは、領有宣言板を島内の木に打ち付け島を離れた。ビーチーより小笠原諸島の存在の報告を受けた在ホノルルイギリス領事は、ボニン・アイランズへの入植計画を進め、1830年欧米人5人と太平洋諸島出身者25人による入植団をつくり、現在の父島へ入植を果たした。この後も各国の船舶は、水や食料を確保したり病人を下船させるなど、様々な目的で頻繁に小笠原諸島に寄港した。