根室本線（ねむろほんせん）は、北海道滝川市の滝川駅から富良野市の富良野駅および新得町の新得駅から帯広市および釧路市を経て根室市の根室駅を結ぶ北海道旅客鉄道（JR北海道）の鉄道路線（幹線）である。このうち釧路駅 - 根室駅間には「花咲線」（はなさきせん）の愛称が付けられている。
全線単線の非電化路線で、日本最東端の路線である。
新得駅 - 帯広駅 - 釧路駅間は、石勝線とともに札幌市と帯広市・釧路市を結ぶ幹線ルートの一部となっており、定期特急列車として札幌駅 - 釧路駅間の「おおぞら」および札幌駅 - 帯広駅間の「とかち」が石勝線経由で運転されている。一方、滝川駅 - 富良野駅間と釧路駅 - 根室駅間は地域輸送中心のローカル線となっているが、当線の滝川駅 - 富良野駅間では札幌駅 - 富良野駅間の特急「フラノラベンダーエクスプレス」を運行したり、釧路駅 - 根室駅間では快速列車や普通列車に指定席を設置したりするなど観光輸送を意識した取り組みも行われている。
歴史
1896年（明治29年）5月14日に公布された北海道鉄道敷設法により、北海道内における1,000 哩（約1,600 km）の鉄道整備が決まり、北海道庁長官の北垣国道はルート選定のための踏査を帝国大学工科大学教授の田辺朔郎に依頼北垣は京都府知事在職中に琵琶湖疏水建設を計画し、工部大学校を卒業したばかりの田辺を主任技師として京都府へ招聘した関係にあった。。田辺は帝国大学を後にし、北海道庁鉄道敷設部長として踏査にあたった。
十勝ルートの踏査にあたっては、樹木が繁茂して見通しの利かない夏期を避け、初春の堅雪の季節に2名の鉄道技師と数名の荷物運搬人らとともに旭川を出発。ヒグマやオオカミが跋扈する原生林や、蚊やアブや蜂が飛び交う湿地など未開の地を歩き、地形、地質、経済効果、資材の入手方法など細部にわたって、釧路までの間を20日間かけ踏査した。当初はサホロ岳の北方が最適かと見当をつけていたが、踏査の結果、現在の国道38号線にほぼ沿う旧狩勝トンネルルートを最適とし、田辺はここに「狩勝峠」と名付けた。後に田辺が完成した鉄路で釧路を訪れた際、「12時間もの間さぞご退屈だったでしょう」との労いの声に「私が以前ここへ来たときは20日かかりました。昔日のことを思えばわずか12時間でこの地を通過するのはなんだかもったいないように思います」と応えたという。
ルート決定後、旭川と釧路を結ぶ幹線鉄道として北海道官設鉄道によって旭川、釧路双方から着工された。旭川側は1899年（明治32年）9月1日に旭川駅 - 美瑛駅間が、釧路側は1901年（明治34年）7月20日に釧路駅 - 白糠駅間が開業したのを皮切りに、1907年（明治40年）9月8日には狩勝トンネルの完成をもって、狩勝峠を含む落合駅 - 帯広駅間が開業。旭川駅 - 釧路駅間が全通し、釧路線（くしろせん）となった。
1913年（大正2年）11月10日に、滝川駅 - 下富良野駅（現在の富良野駅）間の新線が開業し、起点を旭川駅から滝川駅に変更。線路名称は釧路本線（くしろほんせん）となり、旭川駅 - 富良野駅間は富良野線（ふらのせん）として分離した。
以後は、釧路駅以東への延伸が行われ、1917年（大正6年）12月1日に厚岸駅、1919年（大正8年）11月25日に厚床駅、1920年（大正9年）11月10日に西和田駅、1921年（大正10年）8月5日に根室駅まで延伸して全通。同時に線路名称を根室本線に改めた。
以来、道央と道東を結ぶ主要幹線としての地位を保ってきたが、1966年（昭和41年）10月1日に落合駅 - 新得駅間の狩勝峠の区間を新線に切り替え、1981年（昭和56年）10月1日には短絡ルートとなる石勝線の開業により、道央と十勝・釧路を結ぶほとんどの列車運転系統が従来の滝川駅経由から石勝線経由に変更され、大幅な到達時間の短縮が図られた。さらに1994年（平成6年）1月20日には、釧路市と帯広市の出資による「道東高速鉄道開発」（本社：札幌市、現在の北海道高速鉄道開発の前身）が設立され、石勝線とともに根室本線の新狩勝トンネル - 釧路駅間の高速化改良事業が実施された。この事業は1997年（平成9年）3月22日に完成し、札幌駅 - 帯広駅・釧路駅間の大幅な所要時間短縮を実現した。
一方、前述の変更以降は通過する優等列車がほとんどなくなった富良野駅 - 新得駅間は利用者が僅少となり、2016年（平成28年）に発生した台風10号による被害もあって、2024年（令和6年）4月1日付けで廃止された。これにより、本路線は富良野以西・新得以東の2区間に分断される形となった。 なし|サムネイル|311x311ピクセル|一部区間廃止前の根室本線の路線図（2024年4月以前）
年表
旭川 - 富良野間 北海道官設鉄道十勝線 1899年（明治32年） 9月1日：北海道官設鉄道十勝線（とかちせん）として、旭川駅 - 美瑛駅間が開業。同区間に辺別駅（現在の西神楽駅、美瑛駅を開設。 11月15日：十勝線の美瑛駅 - 上富良野駅間が延伸開業。同区間に上富良野駅を開設。 1900年（明治33年）8月1日：十勝線の上富良野駅 - 下富良野駅間が延伸開業。同区間に中富良野駅、下富良野駅（現在の富良野駅を開設。
国有鉄道十勝線→釧路線 1905年（明治38年）4月1日：十勝線の旭川駅 - 下富良野駅（ - 落合駅）間が逓信省鉄道作業局（国有鉄道）に移管。旭川駅の読みを「あさひかわ」から「あさひがわ」に変更。
1909年（明治42年）10月12日：国有鉄道線路名称制定に伴い、十勝線と釧路線が統合され、旭川駅 - 下富良野駅（ - 帯広駅 - 釧路駅（初代））間が釧路線となる。 1913年（大正2年）11月10日：釧路本線の滝川駅 - 下富良野駅間 (57.6 km) が開業。これに伴い、下富良野駅 - 旭川駅間 (54.8 km) が釧路本線（くしろほんせん）から分離され、富良野線（ふらのせん）に改称（以降は富良野線を参照）。
滝川 - 富良野 - 新得 - 帯広間 北海道官設鉄道十勝線 1900年（明治33年）12月2日：十勝線の下富良野駅 - 鹿越駅間が延伸開業。同区間に山部信号停車場、金山駅、鹿越駅を開設。 1901年（明治34年） 4月1日：山部信号停車場が一般駅に昇格し、山部駅となる。 9月3日：十勝線の鹿越駅 - 落合駅間が延伸開業。同区間に落合駅を開設。 1902年（明治35年）12月6日：鹿越駅 - 落合駅間に幾寅駅を開設。
国有鉄道十勝線→釧路線→釧路本線 1905年（明治38年）4月1日：十勝線の（旭川駅 - ）下富良野駅 - 落合駅間が逓信省鉄道作業局（国有鉄道）に移管。
1907年（明治40年）9月8日：十勝線の落合駅 - 帯広駅間が延伸開業し、十勝線が全通同時に、旭川駅 - 下富良野駅 - 新得駅 - 帯広駅 - 釧路駅（初代）間のルートが全通。。同区間に狩勝給水給炭所、新内信号所この時点では新内信号所は旅客・貨物とも取扱わなかった。、新得駅、清水駅（現在の十勝清水駅）、佐念頃駅（現在の御影駅）、芽室駅、伏古駅（現在の西帯広駅）を開設。
1909年（明治42年）10月12日：国有鉄道線路名称制定に伴い、十勝線と旧・釧路線が統合され、（旭川駅 - ）下富良野駅 - 帯広駅（ - 釧路駅（初代））間が釧路線となる。 1913年（大正2年） 10月1日：山部駅 - 金山駅間に下金山駅を開設。 11月10日：滝川駅 - 下富良野駅間 (57.6 km) が開業。同区間に幌倉駅（現在の東滝川駅）、上赤平駅（現在の赤平駅）、平岸駅、下芦別駅、野花南駅、奔茂尻駅（後の滝里駅）、島ノ下駅を開設。滝川駅 - 下富良野駅 - 帯広駅（ - 釧路駅（初代））間が釧路本線（くしろほんせん）に改称。 11月16日：函館駅 - 釧路駅（初代）間の直通旅客列車が幌倉経由で運行開始。 1918年（大正7年）12月28日：上赤平駅 - 平岸駅間に（貨）茂尻駅を開設。 1920年（大正9年）1月16日：下芦別駅 - 野花南駅間に上芦別駅（現在の芦別駅）を開設。
帯広 - 釧路間 北海道官設鉄道釧路線 1901年（明治34年）7月20日：北海道官設鉄道釧路線（くしろせん）として、白糠駅 - 釧路駅（初代）間が開業。同区間に白糠駅、庶路駅、大楽毛駅、釧路駅（初代）を開設。釧路機関庫を設置。 1903年（明治36年） 3月1日：釧路線の音別駅 - 白糠駅間が延伸開業。同区間に音別駅を開設。 12月25日：釧路線の浦幌駅 - 音別駅間が延伸開業。同区間に浦幌駅、厚内駅を開設。 1904年（明治37年） 8月12日：釧路線の豊頃駅 - 浦幌駅間が延伸開業。同区間に豊頃駅を開設。 12月15日：釧路線の利別駅 - 豊頃駅間が延伸開業。同区間に利別駅、池田駅を開設。
国有鉄道釧路線→釧路本線 1905年（明治38年） 4月1日：釧路線の利別駅 - 釧路駅（初代）間が逓信省鉄道作業局（国有鉄道）に移管。 10月21日：釧路線の帯広駅 - 利別駅間が延伸開業し、釧路線が全通。同区間に帯広駅、止若駅（現在の幕別駅）を開設。
1907年（明治40年）10月25日：厚内駅 - 音別駅間に直別駅を開設。
1909年（明治42年）10月12日：国有鉄道線路名称制定に伴い、十勝線と旧・釧路線が統合され、（旭川駅 - 下富良野駅 - ）帯広駅 - 釧路駅（初代）間が釧路線となる。 1910年（明治43年） 1月7日：帯広駅 - 止若駅間に札内駅、豊頃駅 - 浦幌駅間に下頃部駅（現在の新吉野駅）を開設。 12月1日：浦幌駅 - 厚内駅間に上厚内信号所を開設。 1911年（明治44年） 7月1日：函館駅 - 釧路駅（初代）間3・4列車に一等寝台車連結開始。列車電灯・貫通ブレーキ使用開始。 12月15日：池田駅 - 豊頃駅間に十弗駅を開設。 1913年（大正2年） 6月2日：釧路機関庫を設置（北海道鉄道管理局の事務上制定）。 11月10日：滝川駅 - 下富良野駅間 (57.6 km) の開業に伴い、（滝川駅 - 下富良野駅 - ）落合駅 - 釧路駅（初代）間が釧路本線に改称。 12月1日：音別駅 - 白糠駅間に波若信号所を開設。 1916年（大正5年）4月1日：函館駅 - 釧路駅（初代）間1・2列車に食堂車（和食堂車）連結開始。 1917年（大正6年）12月1日：大楽毛駅 - 浜釧路駅（初代）間に釧路駅（2代目）を開設。これに伴い、釧路駅（2代目） - 浜釧路駅（初代）間 (1.8km) の旅客営業を廃止し、貨物線に変更。釧路駅（初代）が貨物駅に変更され、浜釧路駅（初代）に改称。 1920年（大正9年）4月1日：直別駅 - 音別駅間に（貨）尺別駅を開設。当初は側線の車扱貨物のみ取り扱い本線横に敷かれた側線の外側（駅裏側）に細長い貯炭場を間に挟んで尺別炭礦の運炭軌道が並行して敷かれ、軌道側の貨車から国鉄側の貨車へ積み替え作業を行った。。
釧路 - 根室間 国有鉄道釧路本線 1917年（大正6年）12月1日：釧路本線の釧路駅（2代目） - 浜厚岸駅間が延伸開業 (47.8 km) 。同区間に上別保駅（現在の別保駅）、上尾幌駅、尾幌駅、門静信号場、厚岸駅、（貨）浜厚岸駅を開設。厚岸駅 - 浜厚岸駅間 (1.2km) は貨物線。 1919年（大正8年）11月25日：厚岸駅 - 厚床駅間 (42.9 km) が延伸開業。同区間に糸魚沢駅、茶内駅、浜中駅、姉別駅、厚床駅を開設。厚岸駅 - 浜厚岸駅間 (1.2km) の貨物線が支線となる。
1920年（大正9年）11月10日：厚床駅 - 西和田駅間 (34.7 km) が延伸開業。同区間に初田牛駅、別当賀駅、落石駅、西和田駅（一般駅・直営駅）を開設。
根室本線全通以後 1921年（大正10年）8月5日：西和田駅 - 根室駅間 (10.2 km) の延伸開業に伴い全通。同区間に花咲駅、根室駅を開設。滝川駅 - 根室駅間を根室本線（ねむろほんせん）と改称。 1922年（大正11年） 4月1日：狩勝給水給炭所、上厚内信号所、波若信号所が信号場に変更され、狩勝信号場、上厚内信号場、波若信号場となる。 10月15日：佐念頃駅が御影駅に改称。 10月23日：門静信号場が一般駅に昇格し、門静駅となる。 1923年（大正12年） 9月25日：釧路駅（2代目） - 天寧駅間の貨物支線 (2.0 M≒3.2km) が開業。同区間に天寧駅（貨物駅・直営駅）を開設。 12月25日：大楽毛駅 - 釧路駅（2代目）間に新富士駅を開設。 1925年（大正14年） 2月1日：尺別駅における一般貨物の取り扱いを開始。 3月16日：釧路駅（2代目） - 上別保駅間に別保信号場を開設。この時点では釧路駅（2代目） - 別保信号場間の距離が1.8 M≒2.9 km、別保信号場 - 上別保駅間の距離が3.5 M≒5.6 km、別保信号場 - 天寧駅間の距離が1.0 M≒1.6 km。 1926年（大正15年）8月1日：上厚内信号場が一般駅に昇格し、上厚内駅となる。 1927年（昭和2年） 9月15日：釧網線（現在の釧網本線）の開業に伴い、釧路駅 - 別保信号場間が根室本線と釧網線の重複区間となり、別保信号場が両路線の施設上の分岐点となる。 12月26日：下富良野駅 - 山部駅間に布部駅を開設。 1928年（昭和3年）11月11日：別保信号場が一般駅に昇格し、東釧路駅となる。釧網線と根室本線の分岐駅が釧路駅（2代目）から東釧路駅に変更され、釧路駅（2代目） - 東釧路駅間の重複区間が解消。 1930年（昭和5年）4月1日：尺別駅で旅客・荷物の取り扱いを開始。 1931年（昭和6年）4月7日：波若信号場が閉鎖。 1934年（昭和9年） 8月12日：根室駅 - 根室港駅間の貨物支線 (1.2 km) が開業。同区間に（貨）根室港駅を開設。 11月20日：清水駅が十勝清水駅に改称。 1935年（昭和10年）2月：厚岸駅に入換用機関車DB10形を配置。 1938年（昭和13年）：波若信号場を廃止。 1940年（昭和15年） 1月15日：釧路駅（2代目） - 天寧駅間の貨物支線を廃止し、東釧路駅 - 天寧駅間の貨物支線が開業。貨物支線の起点が釧路駅（2代目）から東釧路駅に変更され、キロ数が1.5 kmとなる (-1.5 km) 。この時、天寧駅本屋（構内はそのまま貝塚町）が東釧路駅北方から材木町に移転したとされる。 10月10日：函館駅 - 釧路駅（2代目）間に急行列車1往復設定。釧路駅（2代目） - 根室駅間は普通列車として運行された。 1941年（昭和16年） 3月28日：白糠駅 - 庶路駅間に西庶路信号場を開設。 12月29日：金山駅 - 幾寅駅間に東鹿越信号場を開設。 1942年（昭和17年） 4月1日：下富良野駅、下頃部駅をそれぞれ富良野駅、新吉野駅に改称。 1943年（昭和18年）6月15日：上赤平駅を赤平駅に改称。 1946年（昭和21年） 3月1日：東鹿越信号場が一般駅に昇格し、東鹿越駅となる。 5月1日：下芦別駅、奔茂尻駅をそれぞれ芦別駅、滝里駅に改称。 1949年（昭和24年）6月1日：公共企業体日本国有鉄道（国鉄）に移管。 1951年（昭和26年） 4月1日：狩勝信号場、西庶路信号場が仮乗降場に変更され、狩勝信号場（仮乗降場）『官報』に通達がないため、局設定かどうかは不明。ただし、全国時刻表の索引地図にはこの日から仮乗降場を示す「（仮）狩勝」という表記が掲載されていた。、西庶路仮乗降場（局設定）となる。 5月17日：釧路発函館行きの上り急行「まりも」が新得駅を出発後、狩勝峠にさしかかった地点で脱線し、機関士1名が負傷。何者かが故意にレールをずらしたことが原因とされるが、犯人は特定されず（まりも号脱線事件）。 1952年（昭和27年） 3月4日：十勝沖地震が発生して新吉野駅 - 浦幌駅間を走行中の貨物列車が脱線。22両中14両が転覆した。またレンガ構造の鉄道橋92件で破損が確認されたNHK情報ネットワーク、NHKソフトウェア編『20世紀日本大災害の記録』p51 日本放送協会 2002年。 3月5日：西庶路信号場が駅に昇格し、西庶路駅となる。 11月15日：上別保駅が別保駅に改称。 1954年（昭和29年） 7月1日：音別駅 - 白糠駅間に古瀬信号場を開設。 11月10日：幌倉駅、伏古駅をそれぞれ東滝川駅、西帯広駅に改称。 1955年（昭和30年）12月1日：帯広駅 - 根室駅間で気動車運転開始。 1956年（昭和31年）5月20日：急行「まりも」に三等寝台車復活。 1958年（昭和33年） 9月10日：十勝清水駅 - 御影駅間に羽帯駅を開設。 10月1日：函館駅 - 釧路駅（2代目）間の準急を「狩勝」と命名。 1959年（昭和34年） 9月22日：釧路駅（2代目） - 根室駅間に準急「ノサップ」新設。 10月7日：札内駅 - 止若駅間に稲士別仮乗降場を開設。 1961年（昭和36年） 2月1日：落石駅 - 西和田駅間に昆布盛駅を開設。 4月1日：花咲駅が業務委託駅となる。 4月15日：準急「狩勝」を急行に格上げ。 9月1日：花咲駅 - 根室駅間に東根室駅を開設。 10月1日：滝川駅 - 東滝川駅間に一ノ坂信号場を開設。 1962年（昭和37年） 5月1日：帯広駅 - 釧路駅（2代目）間に準急「ぬさまい」新設。札幌駅・旭川駅 - 釧路駅（2代目）間（旭川発着編成は富良野線経由）に急行「狩勝」増発。 6月：上落合信号場 - 新得駅間の新線工事に着手。 8月4日：豪雨による道床流失および築堤決壊に伴い、野花南駅 - 新内駅間が不通となる（同年9月2日に復旧）。 9月30日：東滝川駅 - 赤平駅間に幌岡信号場、平岸駅 - 芦別駅間に高根信号場を開設。 10月1日：函館駅 - 旭川駅間で運転していた特急「おおぞら」を滝川駅で分割併合し、釧路駅（2代目）まで延長。 10月15日：浜釧路駅（初代）が移転（2代目）。これに伴い、釧路駅（2代目） - 浜釧路駅（2代目）間を改キロ (+2.0 km) 。 1963年（昭和38年）11月1日：止若駅が幕別駅に改称。札幌駅 - 根室駅間に気動車急行「阿寒」運行開始。 1964年（昭和39年） 4月：金山ダム建設のため、金山駅 - 東鹿越駅間の線路付け替え工事を開始。 10月1日：函館駅 - 釧路駅（2代目）間に特急「おおとり」新設。滝川駅で網走発着編成と分割併合。 1965年（昭和40年） 3月：落合駅 ‐ 上落合信号場間の新線工事に着手。 9月30日：十勝清水駅 - 羽帯駅間に平野川信号場、浦幌駅 - 上厚内駅間に常豊信号場を開設。 10月1日：根室駅 - 根室港駅間の貨物支線が廃止 (-2.6 km) 。同区間の根室港駅を廃止。根室港駅において取り扱っていた貨物は、根室駅に新設された構内側線（西貨物線）扱いに変更。 1966年（昭和41年） 3月27日：釧路機関区にDD51形を初めて配置。 9月27日：池田駅 - 十弗駅間に昭栄信号場、庶路駅 - 大楽毛駅間に東庶路信号場を開設。 9月28日：御影駅 - 芽室駅間に上芽室信号場を開設。 9月29日：金山ダム建設に伴い、金山駅 - 東鹿越駅間の線路付替を実施「きょう新線開通 根室本線の金山―東鹿越間」『北海道新聞』、1966年9月29日、朝刊。。午後4時に新線切り替えが行われ、新線の一番列車は上り436D落合発富良野行き普通列車（東鹿越発午後4時4分）、下り437D滝川発池田行き普通列車（金山発午後4時30分）。旧線上の鹿越駅が新線上に移転のうえ信号場兼仮乗降場に変更され、鹿越信号場（仮乗降場）となる「新線付け替え完成 ダムで水没の金山―東鹿越間 歓迎の旗の中、一番列車」『北海道新聞』、1966年10月1日、朝刊。。翌9月30日にテープカットが東鹿越駅で、修祓式が金山駅で、開通式が南富良野村立金山小学校で行われた。 9月30日：落合駅 - 新狩勝信号場 - 新得駅間の新線が開業 (+28.1km) 「狩勝新線きょう開通 グンと輸送力増強 4年半、72億円の工費かけ」『北海道新聞』、1966年10月1日、朝刊。。午後6時に旧線から新線への切り替えが行われ、下り特急「おおとり」、上り急行「狩勝」が新線の一番列車として通過した。新設区間に上落合信号場、新狩勝信号場、広内信号場（有人）、西新得信号場、浦幌駅 - 上厚内駅間に常豊信号場を開設。翌10月1日に落合駅で修祓式と出発式、新得駅で開通式が行われた「狩勝新線スタート 処女列車さっそう 着工4年目、装いも新た」『北海道新聞』、1966年10月1日、夕刊。。 10月1日：落合駅 - 新内駅 - 新得駅間の旧線を廃止 (-27.9 km) 「狩勝峠に最終列車 絶景惜しむ乗客 いつまでも手を振る」『北海道新聞』、1966年10月1日、朝刊。。狩勝信号場、新内駅を廃止。 1967年（昭和42年）11月1日：利別駅が600 m幕別寄りに移設。 1969年（昭和44年）4月1日：富良野駅 - 釧路駅（2代目）間、ディーゼル機関車化達成。 1971年（昭和46年）5月1日：東京駅 - 釧路駅間に冷蔵コンテナ急行列車運転開始。 1976年（昭和51年）4月13日：庶路駅構内付近で、特急「おおぞら3号」が脱線・転覆する事故が発生。後部2両が横転。 1981年（昭和56年）10月1日：石勝線の開業に伴い、上落合信号場 - 新得駅間 (23.9 km) が根室本線・石勝線の重複区間となる同区間の上落合信号場、新狩勝信号場、広内信号場、西新得信号場、新得駅は全て根室本線所属。両路線の施設場の分岐は上落合信号場、旅客営業上の分岐は新得駅である。。また、急行「狩勝」2往復を除く全ての優等列車が石勝線経由に変更。 1982年（昭和57年） 10月15日：鹿越信号場（仮乗降場）が信号場としては廃止され、鹿越仮乗降場となる。 10月26日：一ノ坂信号場、幌岡信号場、高根信号場を廃止。 11月15日：厚岸駅 - 浜厚岸駅間の貨物支線が廃止 (-1.2 km) 。同区間の浜厚岸駅を廃止。 1983年（昭和58年）2月15日：滝川駅 - 落合駅間で列車集中制御装置 (CTC) 使用開始。 1984年（昭和59年）2月1日：東釧路駅 - 天寧駅間の貨物支線を廃止 (-1.5 km) 。同区間の天寧駅を廃止。東釧路駅 - 根室駅間の貨物営業を廃止 。 1986年（昭和61年）11月1日：芽室駅 - 西帯広駅間に大成臨時乗降場、帯広駅コンテナ基地 - 帯広駅間に柏林台臨時乗降場を開設。鹿越仮乗降場を廃止。
民営化以後 1987年（昭和62年） 4月1日： 国鉄分割民営化に伴い、北海道旅客鉄道（JR北海道）が滝川駅 - 根室駅間を第一種鉄道事業者として承継。滝川駅 - 富良野駅間がJR北海道本社鉄道事業本部管轄、富良野駅（構内除く） - 根室駅間がJR北海道釧路支社管轄となる。 日本貨物鉄道（JR貨物）が釧路駅 - 浜釧路駅間を第一種鉄道事業者として承継。同区間がJR貨物北海道支社管轄となる。また、JR貨物は滝川駅 - 富良野駅間および東鹿越駅 - 東釧路駅間の第二種鉄道事業者となり、帯広駅コンテナ基地がJR貨物の帯広駅となり、富良野コンテナセンターもJR貨物管轄となる。富良野駅 - 東鹿越駅間の貨物営業が廃止。 大成臨時乗降場、柏林台臨時乗降場、稲士別仮乗降場、古瀬信号場が旅客駅に昇格し、大成駅、柏林台駅、稲士別駅、古瀬駅となる。 1988年（昭和63年） 3月13日：東釧路駅 - 別保駅間に武佐駅を開設。 11月3日：大楽毛駅 - 新富士駅間に新大楽毛駅を開設。 1989年（平成元年）8月1日：釧路駅 - 浜釧路駅間の貨物支線が廃止 (-3.8 km) 。同区間の浜釧路駅が廃止され、貨物駅の機能を新富士駅に移転。 1990年（平成2年） 3月10日：稲士別駅、古瀬駅の営業キロを設定。 9月1日：急行「狩勝」の快速列車への格下げに伴い、滝川駅 - 富良野駅 - 新得駅間における定期優等列車の運行が終了。釧路駅 - 根室駅間の一部列車でワンマン運転を開始。 12月10日：厚内トンネル（新ルート）使用開始。 1991年（平成3年） 7月1日：釧路駅 - 根室駅間に「花咲線」の愛称を設定。同区間の全列車をワンマン運転化。 10月22日：滝里ダム建設に伴う線路付替のため、野花南駅 - 島ノ下駅間を改キロ (-3.0 km)。旧線区間上の滝里駅を廃止。 1993年（平成5年） 1月15日：20時6分頃に発生した釧路沖地震により上落合信号場 - 新得駅間と幕別駅 - 白糠駅間が運休となる。 1月17日：札幌駅 - 帯広駅間の特急列車が運転を再開。 1月26日：最後まで運転を見合わせていた利別駅 - 池田駅間と厚内駅 - 尺別駅間が復旧し、札幌 - 釧路間の特急列車が運転を再開。 3月18日：滝川駅 - 釧路駅間の全普通列車でワンマン運転開始。 10月：新得駅 - 釧路駅間でATS-SN使用開始。 1994年（平成6年） 2月22日：西新得信号場 - 広内信号場間（石勝線との重複区間）で、釧路発札幌行きの上り特急「おおぞら」10号が強風にあおられて脱線転覆し、28名が負傷する事故（特急おおぞら脱線転覆事故）が発生。 4月1日：JR北海道の本社鉄道事業本部と釧路支社の境界を富良野駅から落合駅に変更。滝川駅 - 落合駅 - 上落合信号場（構内除く）間が本社鉄道事業本部管轄本社鉄道事業本部と釧路支社との境界は、落合駅－上落合信号場間にある新狩勝トンネルの滝川方入口付近である。、上落合信号場 - 根室駅間が釧路支社管轄となる。 10月4日：22時22分ごろに発生した北海道東方沖地震により津波警報が発令されたため全線運休となる。 10月5日：5時55分に津波警報が解除されたため、厚内駅 - 白糠駅間と厚岸駅 - 根室駅間を除いて運転を再開。厚内駅 - 白糠駅間は同日16時5分に運転を再開。 10月13日：厚岸駅 - 厚床駅間が運転を再開。 11月3日：厚床駅 - 根室駅間で運転を再開し、全線が復旧。 1996年（平成8年）11月24日：帯広市内の連続立体交差事業に伴い、柏林台駅 - 帯広駅間および両駅が高架化。 1997年（平成9年）3月22日：札幌駅 - 釧路駅間に特急「スーパーおおぞら」運行開始。上落合信号場 - 新得駅 - 釧路駅間の最高速度が130 km/hに向上。新富士駅 - 中斜里駅間にトラック便が運行開始。 1998年（平成10年） 9月17日：台風5号の影響により、門静駅 - 厚岸駅間で海岸沿いの路盤が流出し運転を見合わせ“台風5号被害 JR花咲線 復旧の見通し立たず 上尾幌-厚岸間 代替バスを運行” 北海道新聞 (北海道新聞社): p28. (1998年9月18日 朝刊)。 10月12日：運転を見合わせていた門静駅 - 厚岸駅間が山側に仮線を敷いて復旧。 12月1日：門静駅 - 厚岸駅間が仮線と旧線の間に建設した新線に切り替わる。 2000年（平成12年）7月14日：尺別駅構内にて、横取り装置取り外し忘れによる列車脱線事故が発生。 2001年（平成13年） 7月7日：花咲線全通80周年記念式典。 7月20日：白糠駅 - 釧路駅間開通100周年記念式典。 2002年（平成14年）4月1日：JR貨物が釧路駅 - 東釧路駅間の第二種鉄道事業廃止 (-2.9 km) 。 2003年（平成15年） 9月26日：十勝沖地震の影響で、直別駅構内を通過中の特急「まりも」が脱線。路盤・橋梁・信号施設にも被害。 10月8日：十勝沖地震の復旧作業が終了し、通常ダイヤに戻る。 2004年（平成16年）9月30日：西新得信号場 - 広内信号場間に防風柵を増設。 2006年（平成18年）4月1日：JR貨物が新富士駅 - 釧路駅間の第二種鉄道事業廃止 (-2.7 km) 。JR貨物の釧路駅が廃止。富良野コンテナセンターが廃止され、富良野駅に統合。