日本のフェリー会社一覧（にほんのフェリーがいしゃいちらん）では、日本でフェリーを運航する会社を羅列する。
地域間航路 商船三井グループ 商船三井さんふらわあ（旧：商船三井フェリー） 名門大洋フェリー
SHKライングループ 新日本海フェリー 阪九フェリー 東京九州フェリー
その他 太平洋フェリー オーシャントランス（旧:オーシャン東九フェリー） 宮崎カーフェリー マリックスライン マルエーフェリー
各地域内および近距離航路 ☆印は国道海上区間を受け持つ航路がある船舶会社
◎印は総トン数1千トン以上の船舶を保有する船舶会社 北海道地方 ハートランドフェリー（旧東日本海フェリー）◎ 羽幌沿海フェリー
北海道・東北地方間 川崎近海汽船（シルバーフェリー）◎ 津軽海峡フェリー（旧道南自動車フェリー）☆◎ 青函フェリー◎
東北地方 むつ湾フェリー（旧：下北汽船） 網地島ライン
関東地方 東京湾フェリー◎
甲信越・北陸地方 佐渡汽船☆◎ 粟島汽船
東海地方 神新汽船：フェリーあぜりあ 下田〜伊豆諸島 富士山清水港クルーズ◎ 伊勢湾フェリー☆◎ 名鉄海上観光船 西尾市営渡船
近畿地方 南海フェリー◎
瀬戸内海 四国開発フェリー（四国オレンジフェリー）◎ ジャンボフェリー◎ 四国フェリーグループ 小豆島フェリー☆◎ 国際両備フェリー（新岡山港～土庄港）との共同運航航路あり。 小豆島豊島フェリー 両備グループ 国際両備フェリー◎ ※四国フェリー（新岡山港～土庄港）との共同運航航路あり。 四国汽船◎ 雌雄島海運 JR西日本宮島フェリー（JR宮島航路） 宮島松大汽船 芸予汽船 日鮮海運グループ 協和汽船（今治港－下田水港） 石崎汽船グループ 石崎汽船 中島汽船 瀬戸内海汽船グループ 瀬戸内海汽船 防予フェリー 山陽商船 周防大島 松山フェリー☆（旧・岩国松山高速：2007年6月1日会社名変更） 安芸津フェリー 大崎汽船 三光汽船 土生商船 大三島フェリー 大三島ブルーライン
山陰地方 隠岐汽船☆◎
中国・九州地方間 スオーナダフェリー（周防灘フェリー）
四国・九州地方間 宇和島運輸〈宇和島運輸フェリー〉◎ 九四オレンジフェリー◎ 国道九四フェリー☆
九州地方 九州郵船☆◎
島原鉄道（島鉄フェリー、島鉄高速船）☆ 有明フェリー☆ 熊本フェリー◎ 九州商船グループ 九州商船☆◎ 甑島商船 野母商船◎ 三和商船☆ 鹿児島市船舶局（桜島フェリー）☆◎ いわさきグループ 垂水フェリー（旧:大隅交通ネットワーク）◎ 鹿商海運◎ なんきゅうドック（2018年に南九船舶を合併） - 山川・根占フェリー コスモライン◎ 三島村営（フェリーみしま）◎ 十島村営（フェリーとしま）◎ 奄美海運◎ 瀬戸内町営（フェリーかけろま）
沖縄県 座間味村営（フェリーざまみ3） 渡嘉敷村営（フェリーとかしき） 粟国村営（ニューフェリーあぐに） 久米商船◎（フェリー琉球・フェリー海邦） 大東海運（だいとう） 伊是名村営（フェリーいぜな尚円） 伊平屋村営（フェリーいへや3） 伊江村営（いえしま・ぐすく） 神谷観光（フェリーくがに） 久高海運（フェリーくだかIII） 多良間海運（フェリーたらまゆう） 八重山観光フェリー（かりゆし・ゆいまる） 安栄観光（フェリーはてるま2・ぱいかじ） 石垣島ドリーム観光（フェリードリーム） 福山海運（フェリーよなくに）
国際 SHKライングループ 関釜フェリー（下関～釜山） 蘇州下関フェリー（下関～太倉 貨物航路）
かつて存在した会社 日本国有鉄道（青函連絡船、宇高連絡船、仁堀連絡船、大島連絡船、関門連絡船などの鉄道連絡船） - 架橋・トンネル開通等（青函トンネル、瀬戸大橋、大島大橋、関門鉄道トンネル・関門道路トンネル）によるものと、民間航路（呉・松山フェリー）との競合からの撤退によるものがある。 日本道路公団（厚岸フェリー、鳴門フェリー、明石フェリー、国道九四フェリーの計4箇所の渡船施設） - 厚岸フェリーは架橋で廃止、残りは事業譲渡された。事業譲渡された内現在も存続しているものは国道九四フェリーのみ。
長距離フェリー 近海郵船（東京 - 釧路）・・・1999年10月、旅客部門を廃止し貨物輸送に特化 日本沿海フェリー・・・ブルーハイウェイラインに社名変更の後、ブルーハイウェイライン西日本及び商船三井フェリーを分社化し東京-那智勝浦-高知航路の廃止をもって解散。 日本高速フェリー・・・1975年の経営危機以降縮小を続け、1990年11月、最後に残った大阪-志布志航路の営業権を日本沿海フェリーに譲渡後解散。 セントラルフェリー（川崎 - 大阪・神戸航路）・・・採算に乗らず、1972年廃止 西日本フェリー（神戸 - 苅田航路）・・・採算に乗らず、1975年に阪九フェリーに事業譲渡して解散 広島グリーンフェリー（大阪 - 広島航路）・・・採算に乗らず、1982年廃止 フジフェリー（東京 - 松阪航路）・・・採算に乗らず、1979年に九州急行フェリーに営業譲渡して解散 日本カーフェリー・・・シーコムフェリーに再編 宮崎カーフェリー（初代）・・・日本カーフェリーに吸収 シーコムフェリー・・・マリンエキスプレスに再編 三宝海運（松山 - 神戸航路）・・・経営悪化にて 愛媛阪神フェリー（松山 - 神戸航路）・・・経営悪化にて 室戸汽船 高知シーライン（大阪南港（元は東神戸フェリーセンター） - 甲浦港 - あしずり港）・・・経営悪化にて 大阪高知特急フェリー（大阪南港 - 高知港）・・・2005年6月30日をもって航路休止 マリンエキスプレス・・・2005年12月特別清算。宮崎航路のみ宮崎カーフェリーとして分社 名門カーフェリー・・・大洋フェリーと合併し名門大洋フェリーに再編 照国郵船・・・マリックスラインに社名変更 オーシャンフェリー・・・東九フェリーと合併しオーシャン東九フェリーに再編 太平洋沿海フェリー・・・太平洋フェリーに再編 大洋フェリー・・・名門カーフェリーと合併し名門大洋フェリーに再編 東九フェリー・・・オーシャンフェリーと合併しオーシャン東九フェリーに再編 リベラ・・・フェリー事業は100%子会社の東日本フェリーに移管。リベラ自体は親会社として健在 東日本フェリー・・・2003年会社更生法申請後リベラが吸収合併、2006年に分社化され2代目法人となるも、2009年ブルーオーシャン傘下の津軽海峡フェリー（旧道南自動車フェリー）が吸収合併。津軽海峡フェリーが継承した函館港を基点とする航路を除き全航路廃止。 九越フェリー・・・リベラが吸収合併するも2006年に航路は休止、2007年に航路廃止 大島運輸・・・マルエーフェリーに社名変更 琉球海運・・・2006年9月18日をもって旅客輸送から撤退 九州急行フェリー ・・・貨物専用。2007年6月1日、商船三井フェリーと合併 ブルーハイウェイライン西日本 2007年7月1日、ダイヤモンドフェリーと合併 シャトル・ハイウェイライン（横須賀 - 大分航路）・・・2007年9月3日に自己破産申請、航路廃止 有村産業・・・破産 オーシャン東九フェリー・・・王子海運と合併しオーシャントランスに再編 関西汽船・・・ダイヤモンドフェリーと合併しフェリーさんふらわあに再編 ダイヤモンドフェリー・・・関西汽船と合併しフェリーさんふらわあに再編 フェリーさんふらわあ・・・商船三井フェリーと合併し商船三井さんふらわあに再編 中・短距離フェリー 広別汽船 日本カーフェリー（→マリンエキスプレス、川崎 - 木更津航路）・・・東京湾アクアラインの開通により 大阪淡路ライン 共同汽船 南海徳島シャトルライン りんくうフェリー（泉佐野 - 徳島航路）・・・採算に乗らず 三原・今治国道フェリー 阪神バイパスフェリー（東神戸 - 泉大津航路）・・・採算に乗らず 児坂汽船（児島－坂出航路）・・・瀬戸大橋架橋により 大三島フェリー（垂水 - 井口航路）・・・多々羅大橋架橋により 中・四国フェリー（竹原 - 波方）・・・2009年4月30日に廃止：採算に乗らず。 呉・松山フェリー・・・2009年6月30日に廃止：採算に乗らず。 防予汽船（柳井 - 開作、松山 - 伊保田 - 岩国航路）・・・大島大橋架橋他にて
中島町営汽船（松山 - 忽那諸島 - 呉、広島。高速艇も）・・・売却し民営化（現：中島汽船） 宿毛観光汽船（宿毛 - 佐伯航路）・・・会社倒産で宿毛フェリーに引き継がれる
徳島阪神フェリー（大阪南港・神戸 - 徳島航路）・・・明石海峡大橋の架橋により 徳島フェリー（深日 - 徳島航路） 小松島フェリー（大阪南港 - 小松島） 淡路フェリーボート（ハーバーランド - 大磯航路、須磨 - 大磯航路、阿那賀 - 亀浦航路）・・・大鳴門橋、明石海峡大橋の架橋により 甲子園高速フェリー（西宮 - 津名航路）・・・明石海峡大橋架橋による経営悪化により バンパックフェリー（東神戸 - 川之江 - 新居浜航路）・・・明石海峡大橋の架橋により1998年廃止 静岡県総合管理公社（清水 - 下田航路） 大阪湾フェリー・・・2000年、南海淡路ラインへ経営譲渡 南海淡路ライン・・・2007年航路休止 舞鶴汽船・・・2004年航路廃止 福山・多度津フェリー・・・2008年8月31日航路廃止 関門海峡フェリー（SHKライングループ）・・・2011年11月30日より航路休止 大隅交通ネットワーク・・・2011年12月1日垂水フェリーに経営譲渡 明石淡路フェリー（たこフェリー）☆◎・・・2012年6月29日航路廃止 宇高国道フェリー（実際の運航は国道フェリー）☆・・・2012年10月17日より航路休止 はやて・・・伊良部大橋開通により2015年1月31日航路廃止 宮古フェリー（航路廃止）・・・伊良部大橋開通により2015年1月31日航路廃止 しまなみフェリー 宿毛フェリー（旧・宿毛観光汽船：会社解散後に継承）・・・2018年10月19日より運航を休止 鹿児島商船・・・2012年4月1日より岩崎グループと市丸グループと合同で種子屋久高速船を設立し統合 大島汽船・・・気仙沼大島大橋の架橋により2019年航路廃止 松山・小倉フェリー・・・2025年航路廃止
国際航路フェリー 日本海洋高速 1991年廃止 大阪国際フェリー 1993年廃止 オリエントフェリー 2015年12月26日休止
関連項目 日本の離島架橋 離島航路整備法 日本長距離フェリー協会
外部リンク 日本長距離フェリー協会ホームページ 日本旅客船協会