門（もん、、、複数形: 、、）は、生物分類のリンネ式階層分類における基本的分類階級のひとつであり、またその階級に属するタクソンのことである。生物全体はおよそ100の門に分類されているが、この数字は分類学者によって大きく異なる。界の下・綱の上に位置しており、門の下に亜門（あもん、、）を置く場合もある。
位置 門はリンネが『自然の体系』で用いた分類階級ではなく、19世紀以降に綱をさらにグループ化する階級として導入された。必要に応じて（界）・亜界・下界・上枝・枝・亜枝・下枝・上門・（門・亜門）・下門・上綱・（綱）などを適宜使う。
後生動物では慣例的に、基本的な体制が共通しているタクソンが門とされ、約30の門に分類されている。たとえば、ヒトは脊索動物門に属する。
呼称 従来、英語などでは門を、動物学では と呼び、植物学では国際植物命名規約（現在の国際藻類・菌類・植物命名規約）に基づき と呼んだ。東京規約（国際植物命名規約の1994年の版）から、植物学でも と呼ぶことが認められたが、現在でも と呼ぶことが多い。
植物学の命名規約では1905年のウィーン規則以来と呼んでいたが、藻類や菌類は原生動物と密接な関係があり、同じ階級に対して複数の用語が使われる煩わしさが指摘されていた。これを動物学で用いられているに統一しようという提案は1974年にはじめてなされ、以降数回にわたって国際植物学会議における議題に上がっているが、様々な理由から可決されなかった。その1つには、過去にとを同時に別の階級として利用した例があり、その扱いが考慮されていないというものがあった。または系統関係を強く示唆する語であって階級の名としては相応しくない、わざわざ動物学の不適切な用語に合わせる必要はないというものもあった。最終的に1993年の東京会議で、とを等価なものとしてどちらも利用可能とし、仮に同時に別の階級として利用した場合には既存の規定通り正式発表されたと見なさない、とする変更が可決された。
の語源はギリシア語の で、原義は古代ギリシアの都市国家において血縁に基づき決められた投票グループのことである。ヘッケルが (1866) で導入した語であるが、概念としてはキュヴィエが用いた 「分岐」と同義である。 の原義は「分ける」である。
命名法 門・亜門に対する命名法は一般にあまり強く規制されていない。国際藻類・菌類・植物命名規約、国際動物命名規約、国際原核生物命名規約のいずれでも、優先権を必ずしも守る必要がなく、タイプの名前を元にして作る必要もない。国際藻類・菌類・植物命名規約では、タイプの名前を元にして命名する場合には属名を元にして語尾を統一することが規定されているが、説明的な名前の場合にはその必要はない。なお、植物学では上門・下門はほとんど使われない。国際動物命名規約や国際原核生物命名規約にはそもそも門以上の階級に対する規定はないため統一語尾は存在しないが、慣例的にほとんどは で終わり、とくに動物は 、細菌は 、古細菌は が多い。国際原核生物命名規約では、2015年と2018年に門に対する規定の提案が提出されており、タイプ綱の語幹に語尾 を付ける（綱名が の場合は となる）ことが提案されている。
ウイルスには現在のところ門・亜門などの階級は存在しない。
+ 門名の語尾階級陸上植物藻類菌類細菌動物門亜門
一覧 真核生物ドメイン 真核生物ドメイン（）の門（）一覧。 動物界 動物界（）の門（）一覧。
+ 上位分類（亜界・上門） 門 胚発生等特徴代表例種類 海綿動物門（） 無胚葉 器官が明確には分化せず 内壁に多くの穴（孔）を持つ カイメン、カイロウドウケツ 5000以上 平板動物門（） 平板 センモウヒラムシ 1 真正後生動物 刺胞動物門（） 2胚葉 消化管は出入口が同じ 刺胞（）を持つ クラゲ、サンゴ 約11000 有櫛動物門（） 8列の櫛板（櫛板列）を持つ クシクラゲ 約100 左右相称動物 旧口動物 冠輪動物 扁形動物門（） 3胚葉 扁形 プラナリア、キュウチュウ、サナダムシ 約25000 無腸動物門（） 器官退化? 無腸ナイカイムチョウウズムシ約400 菱形動物門（） 1つの軸細胞が繊毛細胞に囲まれている ニハイチュウ75 直泳動物門（） 生殖細胞などを繊毛が囲んでいるキリオキンクタ約20 紐形動物門（） 消化管は出口と入口を持つ 紐状ヒモムシ約1200 顎口動物門（） クチクラ性の固い顎ハプログナチア約100 腹毛動物門（） 腹部の2本の粘着腺イタチムシ、オビムシ約700 輪形動物門（） ゴブレット（杯）型の胴体、触手冠ワムシ約2000 内肛動物門（） 触手冠の内側にある肛門スズコケムシ約150 外肛動物門（） 触手冠、群体、多形化チゴケムシ、コケムシ約8000 箒虫動物門（） 口の周囲の触手冠、U字型の消化管ホウキムシ11 腕足動物門（） 肉茎と触手冠ホオズキガイ、シャミセンガイ約300 星口動物門（） 陥入吻ホシムシ約250 ユムシ動物門（） スプーン状の口吻ユムシ約140 毛顎動物門（） クチクラ質で細長いヤムシ約100 有輪動物門（） 袋状の胴体と、繊毛で覆われた円形の口（繊毛冠）パンドラムシ3以上 微顎動物門（） アコーディオン状の胴体リムノグナシア1 環形動物門（） 環状の体節ミミズ、ゴカイ17000以上 軟体動物門（） 筋肉質の軟体と外套膜貝類、イカ、タコ約112000 脱皮動物 線形動物門（）線形回虫80000以上 類線形動物門（） 線形動物に似た生態ハリガネムシ約320 鰓曳動物門（） 円筒状エラヒキムシ16 胴甲動物門（） 胴部の殻、傘のような付属肢コウラムシ約120 動吻動物門（） 計11の体節トゲカワ約150 緩歩動物門（） 頭部1つと胴体4つの体節クマムシ1000以上 有爪動物門（） キチン（クチクラ）質の爪カギムシ約200 節足動物門（） キチン（クチクラ）質の外骨格による体節昆虫類、甲殻類1134000以上 新口動物 珍渦虫動物門 () 繊毛に覆われた後口動物チンウズムシ6 棘皮動物門（） 棘皮を持つウニ、ヒトデ、クモヒトデ、ナマコ約7000 半索動物門（） 口盲管（半索）を持つギボシムシ約100 脊索動物門（） 脊索・脊椎を持つホヤ、脊椎動物100000以上
植物界 植物界（）の門（）一覧。
上位分類（亜界）門綱門（従来版） アーケプラスチダ 紅色植物門 真正紅藻綱 など イデユコゴメ綱 灰色植物門 緑色植物亜界 緑藻植物門 緑藻綱 トレボウクシア藻綱 アオサ藻綱 プラシノ藻綱 （ペディノ藻、クロロデンドロン藻、ミクロモナス藻） ストレプト植物門 車軸藻綱 、接合藻綱、等 陸上植物（有胚植物） ゼニゴケ植物門（苔類） マゴケ植物門（蘚類） ツノゴケ植物門 維管束植物 ヒカゲノカズラ植物門 真葉植物 シダ植物門 種子植物 裸子植物門 被子植物門
菌界 菌界（）の門（）一覧。
原生生物界 原生生物界（）の門（）一覧。
古細菌（アーキア）ドメイン 古細菌（アーキア）ドメイン（Domain Archaea）の門（phylum）一覧。 + 上位分類（界・上門） 門細胞機構等特徴代表例種類ユーリ古細菌界ユーリ古細菌門Zリングによる細胞分裂DNAPolD,BI9綱を含み多様539DPANN群またはユーリ古細菌界ナノ古細菌門Zリングによる細胞分裂寄生性Nanobdella aerobiophila1プロテオ古細菌界クレン古細菌門ESCRT複合体による細胞分裂DNAPolBI,BII、RNApolG大半が好熱菌69タウム古細菌門ESCRT複合体による細胞分裂DNAPolBII,D、TopIB中温性が多い。大半は亜硝酸菌で残りも好気性菌が占める。6 他に記載種を含まないものとして10門以上
細菌（バクテリア）ドメイン 細菌（バクテリア）ドメイン（）の門（）一覧。
+ 上位分類 門グラム染色特徴代表例種類真正細菌FCBフィブロバクター門外膜ありグラム陰性6クロロビウム門緑色硫黄細菌17バクテロイデス門2344ゲンマティモナス門4PVCプランクトミケス門核膜様構造。ペプチドグリカン欠損。TtsZ欠損106ウェルコミクロビウム門核膜様構造61クラミジア門ペプチドグリカン欠損。FtsZ欠損。ATP合成酵素を欠損し、寄生性。クラミジア・トラコマチス15レンティスファエラ門核膜様構造6アキドバクテリウム門62アクウィフェクス門16S rRNA系統解析において、真正細菌の中でも早くに分岐したとされる。好気性菌が多い。好熱性は真正細菌の中で最も高い。30カルディセリクム門3クリシオゲネス門4デフェリバクター門12ディクチオグロムス門2エルシミクロビウム門2フソバクテリウム門48ニトロスピラ門10プロテオバクテリア門大腸菌7068スピロヘータ門細いらせん状、鞭毛が菌体内に存在する特徴がある。梅毒トレポネーマ194シネルギステス門28サーモデスルフォバクテリウム門12テルモトガ門16S rRNA系統解析において、真正細菌の中でも早くに分岐したとされる。嫌気性。好熱性が高い。52テッラバクテリアシアノバクテリア門酸素発生型光合成細菌。一部の種はシストを形成する。ユレモ2654※ICN準拠他はICNB準拠※2008年現在アルマティモナス門好気化学合成従属栄養の小群。4デイノコックス・テルムス門系統による放射性耐性菌や好熱菌を含む。127クロロフレクサス門外膜無しリポ多糖を含む外膜を欠く。一部は出芽胞子を形成する。緑色非硫黄細菌54マイコプラズマ門グラム陰性細胞壁を欠く。223放線菌門グラム陽性多くはいわゆる放線菌で、好気環境に生息し気菌糸と分節胞子を形成する。GC含量が55%以上のものが多い。ビフィズス菌、結核菌4107フィルミクテス門内性胞子を形成する種が多い。GC含量が放線菌に比べ低く、25～55%のものが多い。枯草菌3251
参考文献
関連項目 生物の分類