第79回全国高等学校ラグビーフットボール大会は、1999年（平成11年）12月27日から2000年（平成12年）1月7日まで近鉄花園ラグビー場にて行われた全国高校ラグビー選手権である。優勝は大阪府の東海大仰星高校（初優勝）。
概要 日程 12月27日、12月28日 1回戦 12月30日 2回戦 1月1日 3回戦 1月3日 準々決勝 1月5日 準決勝 1月7日 決勝
出場校 ※マークがシード校
試合時間 ※全試合30分ハーフで行う。同点で終了した場合は1.トライ数2.ゴール数3.抽選の順にて次回出場校を決める。
試合 1回戦
2回戦
3回戦
準々決勝
準決勝 東海大仰星 23 - 7 佐賀工 埼工大深谷 27 - 26 国学院久我山
決勝 東海大仰星（初優勝） 31 - 7 埼工大深谷
関連試合 第23回高校東西対抗試合 大会で特に活躍した選手を選抜した上で東西に分かれて行ういわば高校ラグビー版オールスターゲームである。
東軍監督松井英幸、西軍監督土井崇、2000年1月15日 国立競技場 試合結果西軍 46-12 東軍
参考文献 日本ラグビー2005平成16年～平成17年公式戦主要記録 ISBN 4-583-03863-1
外部リンク 大会の歴代優勝校が記載されている。