希少野生動植物種（きしょうやせいどうしょくぶつしゅ）とは、日本の絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律（種の保存法）に基づき指定される絶滅の危機にある野生生物である。
概要 「希少野生動植物種」は絶滅危惧種の保護を目的に、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律に基づき種指定される。指定根拠は絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律第4条及び第5条であり、「国内希少野生動植物種」、「国際希少野生動植物種」、「緊急指定種」並びに「特定第一種国内希少野生動植物種」及び「特定第二種国内希少野生動植物種」に分類される。これらは以下のように定義されている。
国内希少野生動植物種 日本に生息・生育する絶滅のおそれのある野生動植物の種で、政令（絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行令）で定めるもの。 国際希少野生動植物種 国際的に協力して種の保存を図ることとされている絶滅のおそれのある野生動植物の種、政令で定めるもの。 緊急指定種 国内希少野生動植物種及び国際希少野生動植物種以外の野生動植物の種で、保存を特に緊急に図る必要があると認められるもの。環境大臣が3年以内の期限で指定する。 特定第一種国内希少野生動植物種 国内希少野生動植物種のうち、商業的に個体の繁殖をさせることができて、国際的に協力して種の保存を図ることとされているものではない（つまり国際希少野生動植物種ではない）もの。この法律の一部改正（平成30年6月施行）により、「特定国内希少野生動植物種」から「特定第一種国内希少野生動植物種」に改正された。 特定第二種国内希少野生動植物種 国内希少野生動植物種のうち、販売、頒布等の目的での捕獲等及び譲渡し等のみを規制するもの。この法律の一部改正（平成30年6月施行）により創設された。法改正施行時点での政令での指定はなかったが、令和2年1月の政令改正で3件が指定された。二次的自然に分布する昆虫類、魚類、両生類等の指定を想定している。
希少野生動植物種の指定を受けた種は捕獲・採取や譲渡し（販売や譲渡など）が原則禁止され、それらを実施する場合には環境大臣の許可が必要となる。また、国内希少野生動植物種に指定された種は「保護増殖事業」の実施や「生息地等保護区」の指定により、種及び生育・生息地の保護対策が図られる。保護対策に際しては、希少野生動植物種保存基本方針が作成され、この基本方針に基づき実施される。
特定第一種国内希少野生動植物種は、個体の繁殖技術が確立された種であり、それら繁殖した個体の流通が可能となる。ただし、野生個体の採集・捕獲は禁止であり、販売に当たっても都道府県知事などへの届け出が必要となる。
なお、環境省は絶滅のおそれのある種のリストとしてレッドリスト及びレッドデータブックを作成している。これらには直接根拠となる法令等はないが、希少野生動植物種の指定の際にはレッドリストを基に検討している。
国内希少野生動植物種 以下の国内希少野生動植物種は2025年2月12日現在の環境省のリスト国内希少野生動植物種一覧（環境省・2025年2月12日閲覧）による。なお、科和名について、環境省ホームページのリストではカタカナ表記であるため、その根拠法令である「絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行令」がひらがな表記であるが前者の出典による。
例として、環境省ホームページのリストで、鳥類で「カモ科」とされているところ、「絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行令 別表第一 国内希少野生動植物種」では、鳥類で「かも科」とされている。
次の458種（亜種、変種）が指定されている。
動物界 ※「和名*」は特定第一種国内希少野生動植物種、「和名**」は特定第二種国内希少野生動植物種。 鳥類 カモ科 Branta canadensis leucopareia シジュウカラガン 平成5年（1993年）指定 ウミスズメ科 Lunda cirrhata エトピリカ 平成5年（1993年）指定 Uria aalge inornata ウミガラス 平成5年（1993年）指定 シギ科 Eurynorhynchus pygmeus ヘラシギ 平成29年（2017年）指定 Scolopax mira アマミヤマシギ 平成5年（1993年）指定 Tringa guttifer カラフトアオアシシギ 平成5年（1993年）指定 コウノトリ科 Ciconia boyciana コウノトリ 平成5年（1993年）指定 トキ科 Nipponia nippon トキ 平成5年（1993年）指定 Platalea minor クロツラヘラサギ 令和2年（2020年）指定 ハト科 Chalcophaps indica yamashinai キンバト 平成5年（1993年）指定 Columba janthina nitens アカガシラカラスバト 平成5年（1993年）指定 Columba janthina stejnegeri ヨナクニカラスバト 平成5年（1993年）指定 タカ科 Aquila chrysaetos japonica イヌワシ 平成5年（1993年）指定 Circus spilonotus spilonotus チュウヒ 平成29年（2017年）指定 Buteo buteo toyoshimai オガサワラノスリ 平成5年（1993年）指定 Haliaeetus albicilla albicilla オジロワシ 平成5年（1993年）指定 Haliaeetus pelagicus pelagicus オオワシ 平成5年（1993年）指定 Nisaetus nipalensis orientalis クマタカ 平成5年（1993年）指定 Spilornis cheela perplexus カンムリワシ 平成5年（1993年）指定 ハヤブサ科 Falco peregrinus japonensis ハヤブサ 平成5年（1993年）指定 キジ科 Lagopus mutus japonicus ライチョウ 平成5年（1993年）指定 ツル科 Grus japonensis タンチョウ 平成5年（1993年）指定 ホオジロ科 Emberiza aureola ornata シマアオジ 平成29年（2017年）指定 モズ科 Lanius cristatus superciliosus アカモズ 令和3年（2021年）指定 ヒタキ科 Turdus celaenops アカコッコ 令和2年（2020年）指定 クイナ科 Gallirallus okinawae ヤンバルクイナ 平成5年（1993年）指定 Coturnicops exquisitus シマクイナ 令和2年（2020年）指定 アトリ科 Carduelis sinica kittlitzi オガサワラカワラヒワ 平成5年（1993年）指定 ミツスイ科 Apalopteron familiare hahasima ハハジマメグロ 平成5年（1993年）指定 ヒタキ科 Locustella pryeri pryeri オオセッカ 平成5年（1993年）指定 Erithacus komadori komadori アカヒゲ 平成5年（1993年）指定 Erithacus komadori namiyei ホントウアカヒゲ 平成5年（1993年）指定 Zoothera dauma major オオトラツグミ 平成5年（1993年）指定 ヤイロチョウ科 Pitta brachyura nympha ヤイロチョウ 平成5年（1993年）指定 ウ科 Phalacrocorax urile チシマウガラス 平成5年（1993年）指定 サギ科 Ixobrychus eurhythmus オオヨシゴイ 令和2年（2020年）指定 キツツキ科 Dendrocopos leucotos owstoni オーストンオオアカゲラ 平成5年（1993年）指定 Picoides tridactylus inouyei ミユビゲラ 平成5年（1993年）指定 Sapheopipo noguchii ノグチゲラ 平成5年（1993年）指定 アホウドリ科 Diomedea albatrus アホウドリ 平成5年（1993年）指定 ウミツバメ科 Oceanodroma castro クロコシジロウミツバメ 平成31年（2019年）指定 ミズナギドリ科 Puffinus bryani オガサワラヒメミズナギドリ 平成31年（2019年）指定 Puffinus lherminieri bannermani セグロミズナギドリ 令和2年（2020年）指定 フクロウ科 Bubo bubo borissowi ワシミミズク 平成6年（1994年）緊急指定、平成9年（1997年）指定 Ketupa blakistoni blakistoni シマフクロウ 平成5年（1993年）指定
哺乳類 ネコ科 Prionailurus bengalensis euptilurus ツシマヤマネコ 平成6年（1994年）指定 Prionailurus bengalensis iriomotensis イリオモテヤマネコ 平成6年（1994年）指定 オオコウモリ科 Pteropus dasymallus daitoensis ダイトウオオコウモリ 平成16年（2004年）指定 Pteropus dasymallus dasymallus エラブオオコウモリ 平成31年（2019年）指定 Pteropus pselaphon オガサワラオオコウモリ 平成21年（2009年）指定 キクガシラコウモリ科 Rhinolophus cornutus orii オリイコキクガシラコウモリ 令和2年（2020年）指定 Rhinolophus pumilus pumilus オキナワコキクガシラコウモリ 令和2年（2020年）指定 ヒナコウモリ科 Miniopterus fuscus リュウキュウユビナガコウモリ 令和2年（2020年）指定 Murina ryukyuana リュウキュウテングコウモリ 平成31年（2019年）指定 Myotis yanbarensis ヤンバルホオヒゲコウモリ 平成31年（2019年）指定 ウサギ科 Pentalagus furnessi アマミノクロウサギ 平成16年（2004年）指定 ネズミ科 Diplothrix legata ケナガネズミ 平成28年（2016年）指定 Tokudaia muenninki オキナワトゲネズミ 平成28年（2016年）指定 Tokudaia osimensis アマミトゲネズミ 平成28年（2016年）指定 Tokudaia tokunoshimensis トクノシマトゲネズミ 平成28年（2016年）指定
爬虫類 キノボリトカゲ科 Diploderma polygonatum donan ヨナグニキノボリトカゲ** 令和7年（2025年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 トカゲモドキ科 Goniurosaurus kuroiwae kuroiwae クロイワトカゲモドキ 平成27年（2015年）指定 Goniurosaurus kuroiwae orientalis マダラトカゲモドキ 平成27年（2015年）指定 Goniurosaurus kuroiwae sengokui ケラマトカゲモドキ 平成29年（2017年）緊急指定、平成31年（2019年）指定 Goniurosaurus kuroiwae splendens オビトカゲモドキ 平成27年（2015年）指定 Goniurosaurus kuroiwae toyamai イヘヤトカゲモドキ 平成27年（2015年）指定 Goniurosaurus kuroiwae yamashinae クメトカゲモドキ 平成27年（2015年）指定 カナヘビ科 Takydromus dorsalis サキシマカナヘビ 令和2年（2020年）指定 Takydromus toyamai ミヤコカナヘビ 平成28年（2016年）指定 ナミヘビ科 Hebius concelarus ミヤコヒバァ 令和2年（2020年）指定 Opisthotropis kikuzatoi キクザトサワヘビ 平成7年（1995年）指定 イシガメ科 Geoemyda japonica リュウキュウヤマガメ 令和2年（2020年）指定
両生類 アカガエル科 Babina holsti ホルストガエル 平成28年（2016年）指定 Babina subaspera オットンガエル 平成28年（2016年）指定 Limnonectes namiyei ナミエガエル 平成28年（2016年）指定 Odorrana ishikawae オキナワイシカワガエル 平成28年（2016年）指定 Odorrana splendida アマミイシカワガエル 平成28年（2016年）指定 Odorrana utsunomiyaorum コガタハナサキガエル 平成31年（2019年）指定 サンショウウオ科 Hynobius abei アベサンショウウオ 平成7年（1995年）指定 Hynobius abuensis アブサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius akiensis アキサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius amakusaensis アマクササンショウウオ 平成27年（2015年）指定 Hynobius bakan ヤマグチサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius boulengeri オオダイガハラサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius dunni オオイタサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius fossigenus ヒガシヒダサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius guttatus マホロバサンショウウオ 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius hidamontanus ハクバサンショウウオ 令和4年（2022年）指定 Hynobius ikioi ベッコウサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius iwami イワミサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius katoi アカイシサンショウウオ 令和4年（2022年）指定 Hynobius kuishiensis イヨシマサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius kunibiki イズモサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius naevius ブチサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius nebulosus カスミサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius okiensis オキサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius osumiensis オオスミサンショウウオ 平成27年（2015年）指定 Hynobius oyamai チクシブチサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius sematonotos チュウゴクブチサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius setoi サンインサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius setouchi セトウチサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius shinichisatoi ソボサンショウウオ 平成27年（2015年）指定 Hynobius stejnegeri コガタブチサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius tokyoensis トウキョウサンショウウオ** 令和2年（2020年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius tosashimizuensis トサシミズサンショウウオ 平成31年（2019年）指定 Hynobius tsurugiensis ツルギサンショウウオ 令和4年（2022年）指定 Hynobius utsunomiyaorum ヒバサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hynobius vandenburghi ヤマトサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Onychodactylus kinneburi シコクハコネサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Onychodactylus pyrrhonotus ホムラハコネサンショウウオ ** 令和5年（2023年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Onychodactylus tsukubaensis ツクバハコネサンショウウオ 平成27年（2015年）指定 Salamandrella keyserlingii キタサンショウウオ** 令和4年（2022年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 イモリ科 Echinotriton andersoni イボイモリ 平成28年（2016年）指定
魚類 ドジョウ科 Cobitis striata hakataensis ハカタスジシマドジョウ 平成31年（2019年）指定 Cobitis takenoi タンゴスジシマドジョウ 平成31年（2019年）指定 Parabotia curtus アユモドキ 平成16年（2004年）指定 コイ科 Acheilognathus longipinnis イタセンパラ 平成7年（1995年）指定 Acheilognathus tabira nakamurae セボシタビラ 令和2年（2020年）指定 Acheilognathus typus ゼニタナゴ* 令和7年（2025年）指定 同年特定第一種国内希少野生動植物種指定 Hemigrammocypris neglectus カワバタモロコ** 令和2年（2020年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Pseudorasbora pumila シナイモツゴ** 令和7年（2025年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Rhodeus atremius suigensis スイゲンゼニタナゴ 平成14年（2002年）指定 Tanakia tanago ミヤコタナゴ 平成6年（1994年）指定 ハゼ科 Gymnogobius nakamurae コシノハゼ 平成31年（2019年）指定 シラウオ科 Neosalanx reganius アリアケヒメシラウオ 令和2年（2020年）指定
昆虫類 ムカシゴキブリ科 Eucorydia donanensis ウスオビルリゴキブリ 令和3年（2021年）緊急指定、令和6年 (2024年) 指定 Eucorydia miyakoensis ベニエリルリゴキブリ 令和3年（2021年）緊急指定、令和6年 (2024年) 指定 タマムシ科 Agrilus boninensis オガサワラナガタマムシ 平成27年（2015年）指定 Agrilus suzukii シマフオガサワラナガタマムシ 平成27年（2015年）指定 Chrysobothris boninensis boninensis オガサワラムツボシタマムシ父島列島亜種 平成27年（2015年）指定 Chrysobothris boninensis suzukii オガサワラムツボシタマムシ母島列島亜種 平成27年（2015年）指定 Kurosawaia yanoi ツヤヒメマルタマムシ 平成27年（2015年）指定 Tamamushia virida virida ツマベニタマムシ父島・母島列島亜種 平成27年（2015年）指定 オサムシ科 Cylindera bonina オガサワラハンミョウ 平成20年（2008年）指定 カミキリムシ科 Agapanthia japonica フサヒゲルリカミキリ 平成28年（2016年）指定 Allotraeus boninensis オガサワラトビイロカミキリ 平成27年（2015年）指定 Chlorophorus boninensis オガサワラトラカミキリ 平成27年（2015年）指定 Chlorophorus kobayashii オガサワラムキイロトラカミキリ 平成27年（2015年）指定 Merionoeda tosawai オガサワラモモブトコバネカミキリ 平成27年（2015年）指定 Pseudiphra bicolor bicolor フタモンアメイロカミキリ父島列島亜種 平成27年（2015年）指定 Xylotrechus ogasawarensis オガサワライカリモントラカミキリ 平成27年（2015年）指定 ゲンゴロウ科 Acilius kishii ヤシャゲンゴロウ 平成8年（1996年）指定 Cybister chinensis ゲンゴロウ ** 令和5年（2023年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Cybister lewisianus マルコガタノゲンゴロウ 平成23年（2011年）指定 Cybister limbatus フチトリゲンゴロウ 平成23年（2011年）指定 Cybister rugosus ヒメフチトリゲンゴロウ ** 令和5年（2023年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Dytiscus marginalis czerskii エゾゲンゴロウモドキ ** 令和5年（2023年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Dytiscus sharpi シャープゲンゴロウモドキ 平成23年（2011年）指定 Graphoderus adamsii マルガタゲンゴロウ ** 令和5年（2023年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hydaticus pacificus conspersus オオイチモンジシマゲンゴロウ ** 令和5年（2023年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 Hydaticus thermonectoides マダラシマゲンゴロウ 平成28年（2016年）指定 Hydaticus yambaruensis ヤンバルオオイチモンジシマゲンゴロウ 令和7年（2025年）指定 Prodaticus vittatus オキナワスジゲンゴロウ ** 令和5年（2023年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 ミズスマシ科 Gyrinus ryukyuensis リュウキュウヒメミズスマシ 令和2年（2020年）指定 クワガタムシ科 Neolucanus insulicola donan ヨナグニマルバネクワガタ 平成23年（2011年）指定 Neolucanus okinawanus オキナワマルバネクワガタ 平成28年（2016年）指定 Neolucanus protogenetivus hamaii ウケジママルバネクワガタ 平成28年（2016年）指定 ハナノミ科 Hoshihananomia kusuii クスイキボシハナノミ 平成27年（2015年）指定 Hoshihananomia ochrothorax キムネキボシハナノミ 平成27年（2015年）指定 Hoshihananomia trichopalpis オガサワラムキボシハナノミ 平成27年（2015年）指定 Tomoxia relicta オガサワラモンハナノミ 平成27年（2015年）指定 コガネムシ科 Cheirotonus jambar ヤンバルテナガコガネ 平成8年（1996年）指定 Oryctes hisamatsui ヒサマツサイカブト 平成31年（2019年）指定 ホタル科 Luciola owadai クメジマボタル 平成6年（1994年）緊急指定、平成29年（2017年）指定 コオイムシ科 Kirkaldyia deyrolli タガメ** 令和2年（2020年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 セミ科 Platypleura albivannata イシガキニイニイ 平成14年（2002年）指定 コバンムシ科 Ilyocoris cimicoides exclamationis コバンムシ ** 令和5年（2023年）指定 同年特定第二種国内希少野生動植物種指定 タイコウウチ科 Laccotrephes grossus タイワンタイコウチ 令和3年（2021年）指定 アリ科 Aphaenogaster gamagumayaa ガマアシナガアリ 令和2年（2020年）指定 セセリチョウ科 Carterocephalus palaemon akaishianus タカネキマダラセセリ赤石山脈亜種（タカネキマダラセセリ南アルプス亜種）平成30年（2018年）指定 Parnara ogasawarensis オガサワラセセリ 平成30年（2018年）指定 Pyrgus malvae unomasahiroi ヒメチャマダラセセリ 平成30年（2018年）指定 シジミチョウ科 Celastrina ogasawaraensis オガサワラシジミ 平成20年（2008年）指定 Japonica onoi mizobei カシワアカシジミ冠高原亜種 令和2年（2020年）指定 Maculinea teleius kazamoto ゴマシジミ関東・中部亜種 平成28年（2016年）指定 Pithecops fulgens tsushimanus ツシマウラボシシジミ 平成29年（2017年）指定 Plebejus subsolanus iburiensis アサマシジミ北海道亜種 平成28年（2016年）指定 Shijimia moorei moorei ゴイシツバメシジミ 平成8年（1996年）指定 タテハチョウ科 Melitaea ambigua niphona コヒョウモンモドキ 令和5年（2023年）指定 Melitaea protomedia ウスイロヒョウモンモドキ 平成28年（2016年）指定 Melitaea scotosia ヒョウモンモドキ 平成23年（2011年）指定 Oeneis norna sugitanii タカネヒカゲ八ヶ岳亜種 令和3年（2021年）指定 エゾトンボ科 Hemicordulia ogasawarensis オガサワラトンボ 平成20年（2008年）指定 アオイトトンボ科 Indolestes boninensis オガサワラアオイトトンボ 平成20年（2008年）指定 ハナダカトンボ科