九州・沖縄地方の史跡一覧（きゅうしゅう・おきなわちほうのしせきいちらん）は、九州地方及び沖縄県にある史跡を一覧形式でまとめたものである。
福岡県 福岡県では、特別史跡5件を含む計95件が指定されている（2都道府県以上にまたがるもの2件（うち特別史跡1件）を含む）。
国指定 特別史跡 王塚古墳（おうづかこふん）〔嘉穂郡桂川町〕1952年3月29日 大野城跡（おおのじょうあと）〔太宰府市・糟屋郡宇美町・大野城市〕1952年3月31日 大宰府跡（だざいふあと）〔太宰府市〕1953年3月31日 水城跡（みずきあと）〔太宰府市・大野城市・春日市〕1953年3月31日 基肄（椽）城跡（きいじょうあと）〔佐賀県三養基郡基山町・福岡県筑紫野市〕
史跡 穴ヶ葉山古墳（あながはやまこふん）〔築上郡上毛町〕1939年9月7日 大ノ瀬官衙遺跡（だいのせかんがいせき）〔築上郡上毛町〕1998年12月8日 唐原山城跡（とうばるさんじょうあと）〔築上郡上毛町〕 友枝瓦窯跡（ともえだかわらがまあと）〔築上郡上毛町〕1922年10月12日 求菩提山（くぼてさん）〔豊前市・築上郡築上町〕2001年8月13日 船迫窯跡（ふなさこかまあと）〔築上郡築上町〕1999年1月28日 御所ヶ谷神籠石（ごしょがたにこうごいし）〔行橋市・京都郡みやこ町〕1953年11月14日 綾塚古墳（あやづかこふん）〔京都郡みやこ町〕1973年4月14日 橘塚古墳（たちばなづかこふん）〔京都郡みやこ町〕1970年6月26日 豊前国分寺跡（ぶぜんこくぶんじあと）〔京都郡みやこ町〕1976年7月15日 石塚山古墳（いしづかやまこふん）〔京都郡苅田町〕1985年1月31日 御所山古墳（ごしょやまこふん）〔京都郡苅田町〕1936年9月3日 英彦山（ひこさん）〔田川郡添田町〕2017年2月9日 古月横穴（ふるつきよこあな）〔鞍手郡鞍手町〕1932年10月19日 竹原古墳（たけはらこふん）〔宮若市〕1957年2月22日 鹿毛馬神籠石（かけのうまこうごいし）〔飯塚市〕1945年2月22日 大分廃寺塔跡（だいぶはいじとうあと）〔飯塚市〕1941年12月13日 桜京古墳（さくらきょうこふん）〔宗像市〕1976年3月31日 宗像神社境内（むなかたじんじゃけいだい）〔宗像市〕1971年4月22日 田熊石畑遺跡（たぐまいしはたけいせき）〔宗像市〕 2010年2月22日 津屋崎古墳群（つやざきこふんぐん）〔福津市〕 相島積石塚群（あいのしまつみいしづかぐん）〔糟屋郡新宮町〕2001年8月13日 首羅山遺跡（しゅらさんいせき）〔糟屋郡久山町〕2013年3月27日 光正寺古墳（こうしょうじこふん）〔糟屋郡宇美町〕1975年6月26日 七夕池古墳（たなばたいけこふん）〔糟屋郡志免町〕1975年6月26日 船原古墳（ふなばるこふん）〔古賀市〕2016年10月3日 板付遺跡（いたづけいせき）〔福岡市〕1976年6月21日 今宿古墳群（いまじゅくこふんぐん）〔福岡市〕2004年4月5日 丸隈山古墳（まるくまやまこふん） 大塚古墳（おおつかこふん） 鋤崎古墳（すきさきこふん） 飯氏二塚古墳（いいじふたつかこふん） 兜塚古墳（かぶとづかこふん） 山ノ鼻一号墳（やまのはないちごうふん） 若八幡宮古墳（わかはちまんぐうこふん） 今山遺跡（いまやまいせき）〔福岡市〕1993年11月12日 金隈遺跡（かねのくまいせき）〔福岡市〕1972年5月17日 元寇防塁（げんこうぼうるい）〔福岡市〕1931年3月30日 鴻臚館跡（こうろかんあと）〔福岡市〕2004年9月30日 聖福寺境内（しょうふくじけいだい）〔福岡市〕1969年11月7日 野方遺跡（のかたいせき）〔福岡市〕1975年6月27日 比恵遺跡（ひえいせき）〔福岡市〕2001年8月13日 福岡城跡（ふくおかじょうあと）〔福岡市〕1957年8月29日 吉武高木遺跡（よしたけたかぎいせき）〔福岡市〕1993年10月4日 老司古墳（ろうじこふん）〔福岡市〕2000年12月20日 怡土城跡（いとじょうあと）〔糸島市〕1938年8月8日 釜塚古墳（かまつかこふん）〔糸島市〕1982年5月7日 志登支石墓群（しとしぼせきぐん）〔糸島市〕1954年3月20日 曽根遺跡群（そねいせきぐん）〔糸島市〕1982年10月4日 平原遺跡（ひらばるいせき） ワレ塚古墳（われづかこふん） 銭瓶塚古墳（ぜにがめづかこふん） 狐塚古墳（きつねづかこふん） 雷山神籠石（らいざんこうごいし）〔糸島市〕1932年3月25日 新町支石墓群（しんまちしせきぼぐん）〔糸島市〕2000年9月6日 三雲・井原遺跡（みくも・いはらいせき）〔糸島市〕2017年 銚子塚古墳（ちょうしづかこふん）〔糸島市〕1957年8月29日 須玖岡本遺跡（すぐおかもといせき）〔春日市〕1986年6月24日 日拝塚古墳（ひはいづかこふん）〔春日市〕1976年2月24日 牛頸須恵器窯跡（うしくびすえきかまあと）〔大野城市〕2009年2月12日 観世音寺境内及び子院跡附老司瓦窯跡（かんぜおんじけいだいおよびしいんあと つけたり ろうじかわらがまあと）〔福岡市南区・太宰府市〕1970年9月21日 国分瓦窯跡（こくぶかわらがまあと）〔太宰府市〕1922年10月12日 大宰府学校院跡（だざいふがっこういんあと）〔太宰府市〕1970年9月21日 筑前国分寺跡（ちくぜんこくぶんじあと）〔太宰府市〕1922年10月12日 宝満山（ほうまんざん）〔太宰府市・筑紫野市〕2013年10月17日 阿志岐山城跡（あしきさんじょうあと）〔筑紫野市〕 五郎山古墳（ごろうやまこふん）〔筑紫野市〕1949年7月13日 塔原塔跡（とうのはるとうあと）〔筑紫野市〕1939年9月7日 安徳台遺跡（あんとくだいいせき）〔那珂川市〕官報告知後に正式指定となる。 仙道古墳（せんどうこふんぐん）〔朝倉郡筑前町〕1978年5月6日 焼ノ峠古墳（やけのとうげこふん）〔朝倉郡筑前町〕1975年2月13日 小田茶臼塚古墳（おたちゃうすづかこふん）〔朝倉市〕1979年9月4日 杷木神籠石（はきこうごいし）〔朝倉市〕1972年12月9日 平塚川添遺跡（ひらつかかわぞえいせき）〔朝倉市〕1994年5月19日 堀川用水及び朝倉揚水車（ほりかわようすいおよびあさくらようすいしゃ）〔朝倉市〕1990年7月4日 楠名・重定古墳（くすみょう・しげさだこふん）〔うきは市〕1922年3月8日 塚花塚古墳（つかはなづかこふん）〔うきは市〕1922年10月12日 日岡古墳（ひのおかこふん）〔うきは市〕1928年2月7日 屋形古墳群（やかたこふんぐん）〔うきは市〕1953年3月31日 珍敷塚古墳（めずらしづかこふん） 鳥船塚古墳（とりふねづかこふん） 古畑古墳（ふるはたこふん） 原古墳（はるこふん） 下高橋官衙遺跡（しもたかはしかんがいせき）〔三井郡大刀洗町〕1998年1月8日 小郡官衙遺跡群（おごおりかんがいせきぐん）〔小郡市〕1971年12月23日 小郡官衙遺跡（おごおりかんがいせき） 上岩田遺跡（かみいわたいせき） 安国寺甕棺墓群（あんこくじかめかんぼぐん）〔久留米市〕1980年11月26日 浦山古墳（うらやまこふん）〔久留米市〕1951年6月9日 御塚・権現塚古墳（おんつか・ごんげんづかこふん）〔久留米市〕1931年10月21日 高良山神籠石（こうらさんこうごいし）〔久留米市〕1953年11月14日 下馬場古墳（しもばばこふん）〔久留米市〕1944年11月7日 高山彦九郎墓（たかやまひこくろうのはか）〔久留米市〕1942年7月21日 田主丸古墳群（たぬしまるこふんぐん）〔久留米市〕1968年6月11日 田主丸大塚古墳（たぬしまるおおつかこふん） 寺徳古墳（じとくこふん） 中原狐塚古墳（なかばるきつねづかこふん） 西館古墳（にしのたてこふん） 筑後国府跡（ちくごこくふあと）〔久留米市〕1996年3月26日 日輪寺古墳（にちりんじこふん）〔久留米市〕1922年3月8日 八女古墳群（やめこふんぐん）〔八女市・八女郡広川町〕1978年3月24日 乗場古墳（のりばこふん） 石人山古墳（せきじんざんこふん） 岩戸山古墳（いわとやまこふん） 善蔵塚古墳（ぜんぞうづかこふん） 弘化谷古墳（こうかだにこふん） 丸山塚古墳（まるやまづかこふん） 丸山古墳（まるやまこふん） 茶臼塚古墳（ちゃうすづかこふん） 石神山古墳（せきじんざんこふん）〔みやま市〕1976年2月6日 女山神籠石（ぞやまこうごいし）〔みやま市〕1953年11月14日 潜塚古墳（くぐりづかこふん）〔大牟田市〕1977年2月17日 萩ノ尾古墳（はぎのおこふん）〔大牟田市〕1961年4月5日 三井三池炭鉱跡（みついみいけたんこうあと）〔福岡県・熊本県〕2000年1月19日（世界遺産「明治日本の産業革命遺産 製鉄・製鋼、造船、石炭産業」の構成資産） 宮原坑跡（みやのはらこうあと）〔福岡県大牟田市〕 万田坑跡（まんだこうあと）〔熊本県荒尾市〕 専用鉄道敷跡（せんようてつどうじきあと） 旧長崎税関三池税関支署（きゅうながさきぜいかんみいけぜいかんししょ） 安徳大塚古墳（あんとくおおつかこふん）〔那珂川町〕2016年3月7日 阿恵官衙遺跡（あえかんがいせき）〕〔粕屋町〕2020年3月10日 久留米藩主有馬家墓所（くるめはんしゅありまけぼしょ）〔久留米市〕2020年12月12日
県指定 福岡県指定史跡については福岡県指定文化財一覧#史跡を参照のこと。
佐賀県 佐賀県では、特別史跡3件を含む計25件が指定されている（2都道府県以上にまたがる特別史跡1件を含む）。
国指定 特別史跡 基肄城（基椽城）跡（きいじょうあと）〔佐賀県三養基郡基山町・福岡県筑紫野市〕 吉野ヶ里遺跡（よしのがりいせき）〔神埼市・神埼郡吉野ヶ里町〕 名護屋城跡 並 陣跡（なごやじょうあと ならびに じんあと）〔唐津市・東松浦郡玄海町〕
史跡 勝尾城筑紫氏遺跡（かつのおじょうちくししいせき）〔鳥栖市〕 田代太田古墳（たしろおおたこふん）〔鳥栖市〕 安永田遺跡（やすながたいせき）〔鳥栖市〕 帯隈山神籠石（おぶくまやまこうごいし）〔佐賀市・神埼市〕 大隈重信旧宅（おおくましげのぶきゅうたく）〔佐賀市〕 銚子塚古墳（ちょうしづかこふん）〔佐賀市〕 西隈古墳（にしくまこふん）〔佐賀市〕 肥前国庁跡（ひぜんこくちょうあと）〔佐賀市〕 三重津海軍所跡（みえつかいぐんしょあと）〔佐賀市〕 東名遺跡（ひがしみょういせき）〔佐賀市〕 姉川城跡（あねがわじょうあと）〔神埼市〕 土生遺跡（はぶいせき）〔小城市〕 多久聖廟（たくせいびょう）〔多久市〕 おつぼ山神籠石（おつぼやまこうごいし）〔武雄市〕 肥前陶器窯跡（ひぜんとうきかまあと）〔武雄市・唐津市・多久市〕 柿右衛門窯跡（かきえもんかまあと）〔西松浦郡有田町〕 肥前磁器窯跡（ひぜんじきかまあと）〔西松浦郡有田町・武雄市・嬉野市〕 天狗谷窯跡（てんぐだにかまあと） 山辺田窯跡（やんべたかまあと） 原明窯跡（はらあけかまあと） 百間窯跡（ひゃっけんかまあと） 泉山磁石場跡（いずみやまじせきばあと） 不動山窯跡（ふどうやまかまあと） 大川内鍋島窯跡（おおかわちなべしまかまあと）〔伊万里市〕 谷口古墳（たにぐちこふん）〔唐津市〕 菜畑遺跡（なばたけいせき）〔唐津市〕 唐津松浦墳墓群（からつまつらふんぼぐん）〔唐津市〕 葉山尻支石墓群（はやまじりしせきぼぐん） 大友遺跡（おおどもいせき） 森田支石墓群（もりたしせきぼぐん） 桜馬場遺跡（さくらのばばいせき） 横田下古墳（よこたしもこふん）〔唐津市〕
県指定 佐賀県指定史跡については佐賀県指定文化財一覧#史跡を参照のこと。
長崎県 長崎県では、特別史跡2件を含む計32件が指定されている。
国指定 特別史跡 金田城跡（かねだじょうあと）〔対馬市〕 原の辻遺跡（はるのつじいせき）〔壱岐市〕 福井洞窟（ふくいどうくつ）〔佐世保市吉井町〕
史跡 金石城跡（かねいしじょうあと）〔対馬市〕 清水山城跡（しみずやまじょうあと）〔対馬市〕 対馬藩主宗家墓所（つしまはんしゅそうけぼしょ）〔対馬市〕 塔の首遺跡（とうのくびいせき）〔対馬市〕 根曽古墳群（ねそこふんぐん）〔対馬市〕 矢立山古墳群（やたてやまこふんぐん）〔対馬市〕 壱岐古墳群（いきこふんぐん）〔壱岐市〕 勝本城跡（かつもとじょうあと）〔壱岐市〕 平戸和蘭商館跡（ひらどおらんだしょうかんあと）〔平戸市〕 大野台支石墓群（おおのだいしせきぼぐん）〔佐世保市鹿町町〕 泉福寺洞窟（せんぷくじどうくつ）〔佐世保市瀬戸越〕 肥前波佐見陶磁器窯跡（ひぜんはさみとうじきかまあと）〔東彼杵郡波佐見町〕2000年5月19日 大村藩主大村家墓所（おおむらはんしゅおおむらけぼしょ）〔大村市〕 大浦天主堂境内（おおうらてんしゅどうけいだい）〔長崎市〕2012年9月19日 小菅修船場跡（こすげしゅうせんばあと）〔長崎市〕（「明治日本の産業革命遺産 製鉄・製鋼、造船、石炭産業」の構成資産） シーボルト宅跡（しーぼるとたくあと）〔長崎市鳴滝町〕 高島秋帆旧宅（たかしましゅうはんきゅうたく）〔長崎市〕 出島和蘭商館跡（でじまおらんだしょうかんあと）〔長崎市出島町〕 長崎台場跡 魚見岳台場跡（ながさきだいばあと・うおみだけだいばあと）〔長崎市〕 曲崎古墳群（まがりざきこふんぐん）〔長崎市〕 高島炭鉱跡（たかしまたんこうあと）〔長崎市〕2014年10月6日 高島北渓井坑跡（ほっけいせいこうあと） 中ノ島炭坑跡（なかのしまたんこうあと） 端島炭坑跡（はしまたんこうあと） 長崎原爆遺跡（ながさきげんばくいせき）〔長崎市〕2016年10月3日 ホゲット石鍋製作遺跡（ほげっといしなべせいさくいせき）〔西海市〕 吉利支丹墓碑（きりしたんぼひ）〔南島原市〕 原城跡（はらじょうあと）〔南島原市〕 原山支石墓群（はらやましせきぼぐん）〔南島原市〕 日野江城跡（ひのえじょうあと）〔南島原市〕 旧島原藩薬園跡（きゅうしまばらはんやくえんあと）〔島原市〕 鷹島神崎遺跡（たかしまこうざきいせき）〔松浦市〕
県指定 長崎県指定史跡については長崎県指定文化財一覧#史跡を参照のこと。
熊本県 熊本県では、特別史跡1件を含む計39件が指定されている（2都道府県以上にまたがる史跡1件を含む）。
国指定 特別史跡 熊本城跡（くまもとじょうあと）〔熊本市〕
史跡 三井三池炭鉱跡（みついみいけたんこうあと）〔福岡県・熊本県〕2000年1月19日（「明治日本の産業革命遺産 製鉄・製鋼、造船、石炭産業」の構成資産） 宮原坑跡（みやのはらこうあと）〔福岡県大牟田市〕 万田坑跡（まんだこうあと）〔熊本県荒尾市〕 専用鉄道敷跡（せんようてつどうじきあと） 旧長崎税関三池税関支署（きゅうながさきぜいかんみいけぜいかんししょ） 石貫ナギノ横穴群（いしぬきなぎのよこあなぐん）〔玉名市〕 石貫穴観音横穴（いしぬきあなかんのんよこあな）〔玉名市〕 永安寺東古墳・永安寺西古墳（えいあんじひがしこふん・えいあんじにしこふん）〔玉名市〕 大坊古墳（だいぼうこふん）〔玉名市〕 豊前街道（ぶぜんかいどう）〔玉名郡南関町〕 南関御茶屋跡（なんかんおちゃやあと） 腹切坂（はらきりざか） 江田穴観音古墳（えたあなかんのんこふん）〔玉名郡和水町〕 江田船山古墳 附 塚坊主古墳・虚空蔵塚古墳（えたふなやまこふん つけたり つかぼうずこふん・こくんぞうづかこふん）〔玉名郡和水町〕 田中城跡（たなかじょうあと）〔玉名郡和水町〕2002年3月19日 岩原古墳群（いわばるこふんぐん）〔山鹿市〕 方保田東原遺跡（かとうだひがしばるいせき）〔山鹿市〕 隈部氏館跡（くまべしやかたあと）〔山鹿市〕 方保田東原遺跡（かとうだひがしばるいせき）〔山鹿市〕 チブサン・オブサン古墳（ちぶさん・おぶさんこふん）〔山鹿市〕1922年10月12日 鍋田横穴（なべたよこあな）〔山鹿市〕 弁慶ヶ穴古墳（べんけいがあなこふん）〔山鹿市〕 鞠智城跡（きくちじょうあと）〔菊池市、山鹿市〕2004年2月27日 二子山石器製作遺跡（ふたごやませっきせいさくいせき）〔合志市〕1972年3月23日 西南戦争遺跡（せいなんせんそういせき）〔熊本市北区・玉名郡玉東町〕 釜尾古墳（かまおこふん）〔熊本市〕 熊本藩川尻米蔵跡（くまもとはんかわしりこめぐらあと）〔熊本市〕 熊本藩主細川家墓所（くまもとはんしゅほそかわけぼしょ）〔熊本市〕 水前寺成趣園（すいぜんじじょうじゅいん）〔熊本市〕 千金甲古墳（甲号）（せごんこうこふん（こうごう））〔熊本市〕 千金甲古墳（乙号）（せごんこうこふん（おつごう））〔熊本市〕 池辺寺跡（ちへんじあと）〔熊本市〕 堅志田城跡（かたしだじょうあと）〔下益城郡美里町〕2006年1月26日 阿高・黒橋貝塚（あだか・くろばしかいづか）〔熊本市〕 御領貝塚（ごりょうかいづか）〔熊本市〕 塚原古墳群（つかはらこふんぐん）〔熊本市〕1976年12月27日 井寺古墳（いでらこふん）〔上益城郡嘉島町〕 宇土城跡（うとじょうあと）〔宇土市〕1979年3月12日 小田良古墳（おだらこふん）〔宇城市〕 富岡吉利支丹供養碑（とみおかきりしたんくようひ）〔天草郡苓北町〕 野津古墳群（のづこふんぐん）〔八代郡氷川町〕 佐敷城跡（さしきじょうあと）〔葦北郡芦北町〕2008年3月28日 大村横穴群（おおむらよこあなぐん）〔人吉市〕 人吉城跡（ひとよしじょうあと）〔人吉市〕1961年9月2日 棚底城跡（たなそこじょうあと）〔天草市〕 八代城跡群（やつしろしろあとぐん）〔八代市〕2014年3月18日 陣ノ内城跡（じんのうちじょうあと）〔甲佐町〕2021年10月11日
県指定 熊本県指定史跡については熊本県指定文化財一覧#県史跡を参照のこと。
大分県 大分県では、特別史跡1件を含む計40件が指定されている。
国指定 特別史跡 臼杵磨崖仏 附 日吉塔、嘉応二年在銘五輪塔、承安二年在銘五輪塔（うすきまがいぶつ つけたり ひよしとう、かおう2ねんざいめいごりんとう、じょうあん2ねんざいめいごりんとう）〔臼杵市〕1934年1月22日
史跡 福沢諭吉旧居（ふくざわゆきちきゅうきょ）〔中津市〕1971年6月22日 長者屋敷官衙遺跡（ちょうじゃやしきかんがいせき）〔中津市〕2010年2月22日 宇佐神宮境内（うさじんぐうけいだい）〔宇佐市〕1986年2月25日 川部・高森古墳群（かわべ・たかもりこふんぐん）〔宇佐市〕1980年3月24日 - 宇佐風土記の丘 葛原古墳（くずはらこふん）〔宇佐市〕1957年11月28日 法鏡寺廃寺跡（ほうきょうじはいじあと）〔宇佐市〕1978年3月14日 四日市横穴群（よっかいちよこあなぐん）〔宇佐市〕1957年11月28日 安国寺集落遺跡（あんこくじしゅうらくいせき）〔国東市〕1992年4月3日 鬼塚古墳（おにづかこふん）〔国東市〕1957年11月28日 熊野磨崖仏 附 元宮磨崖仏及び鍋山磨崖仏（くまのまがいぶつ つけたり もとみやまがいぶつ および なべやままがいぶつ）〔豊後高田市〕1955年2月15日 富貴寺境内（ふきじけいだい）〔豊後高田市〕2013年10月17日 三浦梅園旧宅（みうらばいえんきゅうたく）〔国東市〕1959年5月13日 小熊山古墳・御塔山古墳（こぐまやまこふん・おとうやまこふん）〔杵築市〕2017年2月9日 鬼ノ岩屋・実相寺古墳群（おにのいわや・じっそうじこふんぐん）〔別府市〕1957年11月28日、2017年2月9日追加指定・名称変更 大分元町石仏（おおいたもとまちせきぶつ）〔大分市〕1934年1月22日 大友氏遺跡（おおともしいせき）〔大分市〕2001年8月13日 亀塚古墳（かめづかこふん）〔大分市〕1996年3月28日 高瀬石仏（たかせせきぶつ）〔大分市〕1934年1月22日 千代丸古墳（ちよまるこふん）〔大分市〕1934年5月1日 築山古墳（つきやまこふん）〔大分市〕1936年9月3日 古宮古墳（ふるみやこふん）〔大分市〕1983年5月11日 豊後国分寺跡（ぶんごこくぶんじあと）〔大分市〕1933年2月28日 横尾貝塚（よこおかいづか）〔大分市〕2009年2月12日 犬飼石仏（いぬかいせきぶつ）〔豊後大野市〕1924年1月22日 岩戸遺跡（いわといせき）〔豊後大野市〕1981年3月31日 緒方宮迫西石仏（おがたみやさこにしせきぶつ）〔豊後大野市〕1934年1月22日 緒方宮迫東石仏（おがたみやさこひがしせきぶつ）〔豊後大野市〕1934年1月22日 菅尾石仏（すがおせきぶつ）〔豊後大野市〕1934年1月22日 岡藩主中川家墓所（おかはんしゅなかがわけぼしょ）〔竹田市・豊後大野市〕1997年9月2日 岡城跡（おかじょうあと）〔竹田市〕1936年12月16日 旧竹田荘 附 田能村竹田墓（きゅうちくでんそう つけたり たのむらちくでんのはか）〔竹田市〕1948年1月14日 七ツ森古墳群（ななつもりこふんぐん）〔竹田市〕1959年5月13日 下山古墳（しもやまこふん）〔臼杵市〕1957年7月10日 角牟礼城跡（つのむれじょうあと）〔玖珠郡玖珠町〕2005年3月2日 穴観音古墳（あなかんのんこふん）〔日田市〕1933年2月28日 小迫辻原遺跡（おざこつじばるいせき）〔日田市〕1996年10月31日 ガランドヤ古墳（がらんどやこふん）〔日田市〕1993年10月13日 咸宜園跡（かんぎえんあと）〔日田市〕1932年7月23日 廣瀬淡窓旧宅及び墓（ひろせたんそうきゅうたくおよびはか）〔日田市〕1948年1月14日 法恩寺山古墳群（ほうおんじやまこふんぐん）〔日田市〕1959年5月13日
県指定 大分県指定史跡については大分県指定文化財一覧#史跡を参照のこと。
宮崎県 宮崎県では、特別史跡1件を含む計23件が指定されている。
国指定 特別史跡 西都原古墳群（さいとばるこふんぐん）〔西都市〕1934年（昭和9年）5月1日
史跡 南方古墳群（みなみかたこふんぐん）〔延岡市〕1943年（昭和18年）9月8日 川南古墳群（かわみなみこふんぐん）〔児湯郡川南町〕1961年（昭和36年）2月25日 宗麟原供養塔（そうりんばるくようとう）〔児湯郡川南町〕1933年（昭和8年）2月28日 持田古墳群（もちだこふんぐん）〔児湯郡高鍋町〕1961年（昭和36年）2月25日 新田原古墳群（にゅうたばるこふんぐん）〔児湯郡新富町・西都市〕1944年（昭和19年）11月13日 常心塚古墳（じょうしんづかこふん）〔西都市〕1980年（昭和55年）3月24日 千畑古墳（ちばたけこふん）〔西都市〕1934年（昭和9年）5月1日 茶臼原古墳群（ちゃうすばるこふんぐん）〔西都市〕1973年（昭和48年）8月18日 都於郡城跡（とのこおりじょうあと）〔西都市〕2000年（平成12年）9月6日 日向国府跡（ひゅうがこくふあと）〔西都市〕2005年（平成17年）7月14日 日向国分寺跡（ひゅうがこくぶんじあと）〔西都市〕2011年（平成23年）9月21日 松本塚古墳（まつもとづかこふん）〔西都市〕1944年（昭和19年）3月7日 本庄古墳群（ほんじょうこふんぐん）〔東諸県郡国富町〕1934年（昭和9年）8月9日 生目古墳群（いきめこふんぐん）〔宮崎市〕1943年（昭和18年）9月8日 佐土原城跡（さどわらじょうあと）〔宮崎市〕2004年（平成16年）9月30日 蓮ヶ池横穴群（はすがいけよこあなぐん）〔宮崎市〕1971年（昭和46年）7月17日 穆佐城跡（むかさじょうあと）〔宮崎市〕2002年（平成14年）3月19日 本野原遺跡（もとのばるいせき）〔宮崎市〕2004年（平成16年）9月30日 安井息軒旧宅（やすいそくけんきゅうたく）〔宮崎市〕1979年（昭和54年）5月22日 今町一里塚（いままちいちりづか）〔都城市〕1935年（昭和10年）12月24日 大島畠田遺跡（おおしまはたけだいせき）〔都城市〕2002年（平成14年）3月19日 中ノ尾供養碑（なかのおくようひ）〔日南市〕1934年（昭和9年）8月9日
県指定 宮崎県指定史跡については宮崎県指定文化財一覧#史跡を参照のこと。
鹿児島県 鹿児島県では、27件が指定されている。
国指定 史跡 佐多旧薬園（さたきゅうやくえん）〔肝属郡南大隅町〕1932年（昭和7年）10月19日 高山城跡（こうやまじょうあと）〔肝属郡肝付町〕1945年（昭和20年）2月22日 塚崎古墳群（つかさきこふんぐん）〔肝属郡肝付町〕1945年（昭和20年）2月22日 唐仁古墳群（とうじんこふんぐん）〔肝属郡東串良町〕1934年（昭和9年）1月22日 横瀬古墳（よこせこふん）〔曽於郡大崎町〕1943年（昭和18年）9月8日 志布志城跡（しぶしじょうあと）〔志布志市〕2005年（平成17年）7月14日 上野原遺跡（うえのはらいせき）〔霧島市〕1999年（平成11年）1月14日 大隅国分寺跡附宮田ヶ岡瓦窯跡（おおすみこくぶんじあとつけたりみやたがおかかわらかまあと）〔霧島市国分中央〕1921年（大正10年）3月3日 隼人塚（はやとづか）〔霧島市隼人町内山田〕1921年（大正10年）3月3日 南浦文之墓（なんぼぶんしのはか）〔姶良市加治木町反土〕1936年（昭和11年）9月3日 大口筋（おおくちすじ）〔鹿児島市、姶良市〕2006年（平成18年）7月28日 白銀坂（しらかねざか） 龍門司坂（たつもんじざか） 鹿児島紡績所跡（かごしまぼうせきしょあと）〔鹿児島市吉野町〕1959年（昭和34年）2月25日 旧集成館（きゅうしゅうせいかん）〔鹿児島市吉野町〕1959年（昭和34年）2月25日 - 尚古集成館（「明治日本の産業革命遺産 製鉄・製鋼、造船、石炭産業」の構成資産） 附寺山炭窯跡（つけたりてらやますみがまあと） 関吉の疎水溝（せきよしのそすいこう） 桂菴墓（けいあんのはか）〔鹿児島市伊敷二丁目〕1936年（昭和11年）9月3日 城山（しろやま）〔鹿児島市城山町〕1931年（昭和6年）6月3日 知覧城跡（ちらんじょうあと）〔南九州市〕1993年（平成5年）5月7日 指宿橋牟礼川遺跡（いぶすきはしむれがわいせき）〔指宿市十二町〕1924年（大正13年）12月9日 栫ノ原遺跡（かこいのはらいせき）〔南さつま市加世田村原〕1997年（平成9年）3月11日 清色城跡（きよしきじょうあと）〔薩摩川内市入来町浦之名〕2004年（平成16年）9月30日 薩摩国分寺跡（さつまこくぶんじあと）〔薩摩川内市国分寺町〕1944年（昭和19年）11月13日 鹿児島島津家墓所（かごしましまづけぼしょ）〔鹿児島市・指宿市・垂水市・姶良市・薩摩郡さつま町〕2020年（令和2年）3月10日 広田遺跡（ひろたいせき）〔熊毛郡南種子町〕2008年（平成20年）3月28日 赤木名城跡（あかきなじょうあと）〔奄美市〕2009年（平成21年）2月12日 宇宿貝塚（うしゅくかいづか）〔奄美市〕1986年（昭和61年）10月7日 小湊フワガネク遺跡（こみなと-いせき）〔奄美市〕 徳之島カムィヤキ陶器窯跡（とくのしまかむぃやきとうきかまあと）〔大島郡伊仙町〕2007年（平成19年）2月6日 面縄貝塚（おもなわかいづか）〔大島郡伊仙町〕2017年（平成29年）2月9日 住吉貝塚（すみよしかいづか）〔大島郡知名町〕2007年（平成19年）7月26日
県指定 鹿児島県指定史跡については鹿児島県指定文化財一覧#史跡を参照のこと。
沖縄県 沖縄県では、39件が指定されている。なお、おおむね北から南に向けて配列した。
国指定 史跡 宇佐浜遺跡（うざはまいせき）〔国頭郡国頭村〕1972年（昭和47年）5月15日