上祐 史浩（じょうゆう ふみひろ、1962年〈昭和37年〉12月17日 - ）は、ひかりの輪代表。
旧オウム真理教の宗教法人の責任役員で1989年8月29日、東京都に提出された宗教法人規則認証申請書より（当時の信者名（ホーリーネーム）は、マイトレーヤ）、オウム事件後にオウム真理教が改名してアレフ（現・Aleph）になった後に一時期代表を務めたが、2007年3月にオウム時代の反省を表明して脱会。2007年5月に、「宗教団体ではない仏教や心理学の学習教室」であるとするひかりの輪を設立し、以来代表を務めている。
概要 福岡県三潴郡城島町（現・久留米市）にて九州大学法学部卒業で福岡銀行に勤める父と、福岡学芸大学（現：福岡教育大学）出身で教員の母の間に生まれる。父親は最初弁護士を目指していたが、かなわずに銀行員となった。福岡には4歳まで生活し、父親が東京勤務となったため一家で上京、その後、父親が東京のライターを売る貿易会社に転職するが、父親の女性問題によって両親が別居し、母子2人暮らしとなる（両親が正式に離婚したのは上祐が出家した頃田原総一朗 オフレコ!2013年6月14日放送）。父親は離婚後も養育費はきちんと払っていたことを上祐は後に確認している。父親は、その後脱サラしライター分野で起業。小学校から高校まで成績は良かった。なお、「上祐」という苗字は、福岡県を中心に20名ほどいるとしている。
早稲田大学高等学院卒。早稲田大学時代は、英語会のサークルに所属し、英語ディベート活動の大会で入賞するなど活躍した。その後、日本の英語ディベートを統括する日本ディベート協会の理事となった。修士課程2年目の1986年、オウム真理教の前身団体で当時ヨガ団体だった「オウム神仙の会」に出会い、8月に入会する。きっかけは『月刊ムー』（学研）での麻原の紹介記事であった。当時、超能力や健康、神秘的な事柄に関心があったが、ヨガには興味はなかった。入会後、泊りがけで参加した丹沢セミナーにおいて、1日10時間にも及ぶ厳しい行法やヨガの呼吸法など、ストイックで過激な修行に強い印象を受けた。その後、数回修行を繰返したところで神秘体験を経験。瞑想しながら体の感覚がなくなるような不思議な感覚や不思議な色や光を見る。最終的にはクンダリニーまで体験。このことで、麻原をヨガの正しい指導者として認識するに至る。
同年4月に特殊法人宇宙開発事業団現:独立行政法人宇宙航空研究開発機構（略称JAXA）。に入る（現JAXA）。宇宙開発事業団に入った理由は、当時の宇宙開発事業団会長がNHK教育テレビジョンで「これからの地球を救うのは宇宙である」と話しているのを聞き、感銘を受けたためである。また、アポロの月着陸を見た世代であり、宇宙が子供時代からの憧れであったためである。しかし、就職する少し前に始めていたオウム神仙の会が面白くなり、出家するため、1か月で退職。上祐が宇宙開発事業団を退職したのは5月だが、オウム真理教は7月から出家制度を基本とする宗教団体に衣替えしていった。出家や退職について母親には反対されたが押し切った中学以降両親は別居状態であったため、退職や出家に関して父親に相談をすることはなかったという。。
上祐は、オウムでは、男性の中で佐伯一明（後の岡崎一明・宮前一明）に次いで二番目の成就者であった。上祐が出家当時の麻原は「極限」という言葉を好み、「6つの極限」を提唱していた。「布施や奉仕の極限」「戒律を守る極限」「忍耐の極限」「精進の極限」「瞑想の極限」「知恵を磨く極限」である。オウム真理教では上祐は早くから認められ、1987年時には既に数百人の会員のうち10人ほどしかいなかった「大師」として認められる。1987年10月頃、ニューヨークにオウム真理教の支部を開設し、その支部長を務めた。1989年には大阪支部長を務めた。新興宗教ブームの仕掛け人として、当時麻原はしばしばマスメディアにも登場した頃であった。
1989年には坂本弁護士一家殺害事件が発生。この事件の直前に上祐は麻原に反対する発言をしたこのころサンデー毎日をはじめとするマスメディアによるオウムバッシングが始まり、麻原が「毎日新聞社はけしからん。トラックで突っ込むか」と発言したのに対し上祐は「危険です」と反対した。ため、石井久子とともに共謀の場から外され、この事件には関わっていない。この坂本弁護士の事件の前に、坂本弁護士を殺害したメンバーが中心となり2件の内部事件（オウム真理教男性信者殺害事件）が既に起きていたこの際のメンバーに新人2人を加え、坂本弁護士一家殺害事件は実行された。。上祐は、これら3つの事件の全容を知らずに教団のスポークスマンとしてそれらの事件の「もみ消し役」を麻原に命じられた。その際の発言の数々が、マスメディアで「ああいえば、上祐」と言われるきっかけとなる。
1992年12月には、「尊師」,「」に次ぐ位階の「正大師」に昇進。「マイトレーヤ正大師」として1990年の武装化開始後は生物化学兵器開発に関与し、亀戸異臭事件（ただしこれは刑事犯罪ではなく誰も訴追されていない）にも参加した。1993年9月にはロシア支部長に就任。
1993年秋から教団ロシア支部に出向。なぜ上祐が指名されたのかは上祐自身分からないというが、麻原に対して信者の中で唯一異論を述べる存在であるために煙たがられたための「左遷説」「擁護説」などがメディアでは飛び交った。ロシア語はほとんど話せないが、片言のロシア語か、英語－ロシア語の通訳を介して英語で話していた。時には日本語－ロシア語の通訳を介することもあったが、その通訳は、ソ連崩壊前には対日本の諜報部で活躍していた人物であった。
地下鉄サリン事件後には、麻原にロシアから日本へ呼び戻され、「外報部長→緊急対策本部長」に就任。外報部長・緊急対策本部長などの役職でスポークスマンの役割を果たす。得意とする話術や堪能な英語力で教団の疑惑や犯罪容疑に反論することから、「ああいえば、上祐」と揶揄された。1995年10月6日に国土法違反事件で有印私文書偽造などの容疑で逮捕され彼の逮捕は各局が緊急報道特番を編成し全国に伝えられ、超力戦隊オーレンジャーなどが特番の影響受けた。、懲役3年の実刑判決を受ける。サリンの製造技術については、当時アメリカの学者がサリンに関する情報をインターネット上に公開しており、それをネット検索で見付けた土谷正実らが探し出し、試行錯誤の末、製造に成功したということをマスコミ関係者から聞いたと、上祐は証言している。
1999年12月に広島刑務所を出所して、麻原の子女らと教団幹部らが内部対立していた教団に復帰し、2000年2月に「アレフ」（現Aleph）を設立、2002年にアレフ代表に就任した。アレフは、それまで教団最高幹部であった麻原の子女ら(松本麗華他)が逮捕されたこと（旭村事件）で、麻原の家族は、必然的に教団運営から外れることとなったが、その後、麻原の妻の松本知子が出所すると、松本知子と麻原の子女らが、秘密裏に教団運営に関与、教団の主導権を握るようになり、上祐排除の指示（上祐は悪魔に取りつかれたため麻原を批判している等）を、教団幹部らに出したことで、上祐は突然教団運営から排除され軟禁状態となった。
なお、上祐が、一般に弟子の中で最高位とされる「正大師」の位階であったにもかかわらず、麻原の子女・松本麗華らが、上祐を排除したり軟禁したりできた理由は、麻原の子女らの教団内での位階が、上祐より上の「皇子（こうし：すべての弟子の上の位階）」と麻原により位置づけられていたためである。
しかし2004年1月、麻原家やその意向に従う信者らの強い反対を押し切り教団に復帰、いわゆる「上祐派」が形成された。その結果、内部対立が激化し、上祐に反対する反上祐派と、上祐を支持する上祐派、そのどちらにもよらない中間派という三つに分裂した。その後、2007年3月にアレフを脱会、2007年5月、別団体として独立、「ひかりの輪」を設立した。
なお、公安調査庁は、上祐が麻原の意思を実現するために“麻原隠し”を徹底し観察処分を免れるための隠蔽工作として別団体を作ったのではないのかという見方をしている。一方、東京地方裁判所は、「原告（※ひかりの輪）の設立は、別団体を組織して、別団体との間で役割分担しながら活動することを求めていた松本（※麻原）の意思に従ってされたものであるとまでは認めることはできない。」と事実認定し（2017年9月25日の判決）、麻原の意思に基づいて設立された団体ではないとしている。
ひかりの輪 2007年5月7日、麻原の教義を完全排除したとする新団体ひかりの輪を設立、代表に就任。上祐はひかりの輪を「仏教の思想や心理学を学んだり、ヨガの体操や呼吸法を実習したり、聖地巡り（パワースポット、全国各地の神社仏閣、それに付随する自然など）を行っている」と説明している。その活動状況は、インターネット上のサイトや、YouTubeチャンネルで公開している。
野田成人は「上祐はオウムの正大師だから、ひかりの輪代表ということでいいかもしれない」と述べている。
公安調査庁は、麻原の影響力を払拭したかのように装うオウム真理教の後継団体であり、麻原の死刑が執行された2018年7月以降も依然として麻原の影響下にあるなど、危険な体質との認識を変えていない。一方、公安調査庁に35年間務めた元公安調査官は、ひかりの輪への監査の結果、ひかりの輪は麻原の影響下になく、危険性はないと2020年9月30日付けでコメントしている。アメリカ国務省も、オウム真理教そのものについて、テロの危険はないとして、1997年以来25年間続けてきた「外国テロ組織（FTO）」指定を2022年5月20日に解除している。ただし、大統領令に基づく「国際テロリスト（SDGT）」の指定は2025年現在も継続されており、資産凍結等の措置も維持されているがオウム真理教のアメリカ・ニューヨーク支部はオウム事件後に閉鎖されて凍結資産は事実上なく、資産上は別団体のひかりの輪に適用されないと思われる。
経歴 1980年代 入信以前 宇宙戦艦ヤマトと江川卓と超能力が好きな少年だった有田芳生と女性自身「シリーズ人間」取材班『「あの子」がオウムに！』p.76-103。オウム時代とは対照的に、成人前の上祐はあまり目立たない方であった。父親は事業に失敗し家に帰らず母子家庭状態となり、上祐が駅や公園で呆然としていた姿も目撃されている。 早稲田大学在学中の1982年に、同大学の学生サークルの英語会（WESA）に入会し、英語のディベート・スピーチ・ディスカッションなどを学んだ。そして、ディベートの大会に出場し、後に日本の英語ディベートを統括する日本ディベート協会の創設理事の一人となった。ディベートサークルの活動を通じて、苫米地英人と面識があったミランカ『博士も知らないニッポンのウラ』、苫米地英人『洗脳原論』（春秋社、2000年）。ただし、大学が異なる苫米地とはディベートの試合をしたり、コーチを受けたりしたことはないとのこと上祐史浩『オウム事件 17年目の告白』 p.256。 入信 大学時代より超常現象チベット仏教教団活動、ヨーガなどに強い興味を持っていたが、オカルト雑誌『トワイライトゾーン』に掲載されていた麻原彰晃のアーサナ解説記事をきっかけに、1986年に、同誌で紹介されていた麻原彰晃主催で後のオウム真理教となるオウム神仙の会に入会するオウム出版『マハームドラー』 p.108。麻原の空中浮揚写真は長年信じていた上祐史浩『オウム事件 17年目の告白』 p.62。 早稲田大学大学院を出た後、特殊法人宇宙開発事業団に就職するも1ヶ月で退職し出家、ニューヨーク支部建設に携わる。出家番号は13。ニューヨーク支部長を務める。 ニューヨークでは入信者を増やすことができず、定期的に入信状況を伝える都沢からの電話で手厳しい叱咤激励の言葉をかけられ、プライドを傷つけられた。1988年にニューヨーク支部の一時閉鎖が決まると、麻原から「今後海外支部を担当することはないだろう」と言われる島田裕巳『オウム なぜ宗教はテロリズムを生んだのか』（トランスビュー、2001年）（なお上祐は、ニューヨーク支部はその後も存続し、麻原からそのようなことを言われた事実はないと述べている。現に上祐は1992年に同支部を訪問し、さらに1993年にはロシア支部に赴任している）。
通訳として海外の宗教家・政治家と交流 英語が堪能なこともあって、この時期以降、海外の多くの宗教者・政治家と、麻原の通訳などとして面会・交流した。その中には、ダライ・ラマ14世、チベット仏教カギュ派の僧侶で欧米での布教に成功したカル・リンポチェ、スリランカの著名な高僧アーナンダ・マイトレーヤらなど、上祐が単独で面会して、オウム教団のために折衝する場面もあった。 恋人を捧げる 上祐の恋人の都沢和子も共に出家信者となった。入会後は都沢は麻原に惹かれて上祐から離れている面があったが、尊師のマハームドラー（試練）だと認識し理解することで乗り越えられたというオウム出版『マハームドラー』 p.129。1995年に岩上安身のインタビューに答えて、「尊師は煩悩を遮断する力が強いので誰とセックスしてもいい」「彼女（都沢）は麻原尊師と融合するならば、それはあの、精神的ステージが高くなるんで、私と融合するよりいいと思うんで、私は恋人を麻原尊師に捧げたいと思います。私はそういうのは負担ですので。」と語っている上祐インタビュー(1995.6) 岩上安身ウェブサイト（InternetArchive）。 坂本弁護士との接点 1989年、青山吉伸、早川紀代秀らと共に坂本堤弁護士と訴訟回避に向けた交渉を行ったり、TBSに坂本堤弁護士インタビューの放送中止を要求する（TBSビデオ問題）などしていたが、未成年だけでなく上祐のような成人も親元に戻るべきとする坂本と見解の相違が生じて決裂した。なお、この時、「信教の自由」を主張する上祐に対して、坂本が「人を不幸にする自由はない」と言ったとされる話があるが、上祐によれば、このようなやり取りはなかったという。 麻原から（坂本の名前は出さずに）教団に批判的な存在をポア（殺害）することについて一度意見を求められた際に強く反対しており、そのため、坂本弁護士の殺害に関しては、同じく反対していた青山吉伸、石井久子や上祐を除いて、麻原は殺害を謀議、坂本堤弁護士一家殺害事件を起こす。暴力行為ではなく自らの広報活動によって批判による影響を和らげるべきだと考えていた上祐は、教団が起こした事件だと察した際には不満を感じ麻原に電話するも、逆に事件を正当化するよう説得された。 後年、上祐はテレビ朝日の取材の中で（その当時は自分がまだ知らなかったオウムの犯罪を考慮すると）坂本に先見の明があったと思うと証言している。一方、早川紀代秀は坂本弁護士事件が有った事について上祐や石井久子、松本知子は知っていたと裁判では証言している降幡賢一『オウム法廷11』 p.245。しかし、上祐によれば、事件について誰からも事前に聞かされたことは一切なく、事件後にも麻原が事件を肯定する話は聞いたが、教団の関与は聞かされてはおらず、早川の臆測にすぎないと述べている。
1990年代 衆議院選挙オウム出馬 1990年の第39回衆議院議員総選挙に、真理党として教団幹部の立候補にも岐部哲也と共に最後まで反対していた『オウム解体』宮崎学vs上祐史浩（雷韻出版 2000年5月1日）。選挙で上祐は東京5区から立候補したが、最下位で落選した。この選挙が惨敗に終わり、麻原が大勢の信者達を前に話した「国家権力によって票のすり替えが行われた」という陰謀論にもただ一人異議を唱え、「自分独自の電話調査では麻原彰晃に投票すると言った有権者は100名中誰もいなかった」と発言。一人で反駁を続けたため、麻原は選挙結果の調査をするが、麻原の考えは変わらなかった。
アンダーグラウンドサマディ 1991年11月には、地中に埋められ密閉された3メートル四方の木製の箱の中で、飲食を断って5日間過ごすという「アンダーグラウンドサマディ」を行った。常人を超えた深い瞑想に入って酸素摂取量を減少させなければ酸素不足となり生還できないという主張に基づいて、数週間の集中的な瞑想修行の準備を経て、教団の幹部信者の中で初めて行ない、5日間を完遂した。
BC兵器開発 オウム真理教の兵器開発にも携わっており、生物兵器風船爆弾開発、ホスゲン爆弾計画、第7サティアンサリンプラント計画、亀戸異臭事件（ただし不能犯と認定され、誰も刑事訴追されていない）に関わっていた。裁判では、上祐史浩はサリンプラントは初期の段階に関与しており、研究室レベルの製造装置を何千も作ればよいと提言していたことが明らかになっている。ホスゲンや亀戸での炭疽菌の製造は、有毒なものが製造できなかったため不能犯として起訴などはされていない。上祐史浩は、第7サティアンの問題を修正するため、サリン製造経験のあるロシアの化学エンジニアをリクルートしようと試みたが、失敗に終わったと海外雑誌は指摘している。
1993年6月～7月の亀戸異臭事件では炭疽菌培養のまとめ役を担当した。ただし、この炭疽菌培養の直接担当者である遠藤誠一は、「無毒株（ワクチン株）の炭疽菌を手に入れ、それを有毒株の形に遺伝子工学技術で変形させるだけであるため、科学的には有毒にはならない」と麻原に主張したにもかかわらず、麻原が根拠もなくそれを否定して製造を命じたので、麻原には実際に有毒なものを製造する意図はなく、弟子が合理的な判断を超えて麻原に従うように求める一種の精神的な訓練（オウム真理教でいう「マハームドラー」）であろうと思って行ったという（上祐は遠藤の弁護人から、遠藤の供述調書の中にこのように書かれていたものを見せられたと述べている）。1993年1月（亀戸異臭事件の前）に行われた以後の製造実験に関する会議では、参加はしていたものの肯定的でなかったことから麻原に叱責を受けたと語るが、野田成人によると、どうせ失敗するのではと考える他の信者をよそに「絶対にこのプロジェクトは成功させるからな！」と張り切っていたという野田成人ブログ「報道４」 2018/2/12閲覧。 ロシア支部へ 1992年よりロシア支部に派遣されている『オウム帝国の正体』 p.81。早川紀代秀曰くロシアでの上祐は「グルのようで、小麻原みたいになっていた」江川紹子『魂の虜囚』 p.429。ロシア支部では支部長を務め、1994年には、モスクワ市が認可する別の宗教法人をも設立して、その代表となって活動した。1994年、麻原に「日本にいると身に災いが及ぶ」と言われほとんどをロシア連邦で過ごしていたが、一時的に日本に戻った際に教団による薬物を使ったイニシエーションを受け、麻原への帰依を深めることとなった。 ロシア支部への派遣の背景には、次のような事情があったと元幹部の富田隆は述べている。「上祐の頭の良さや能力からいえば、麻原の側近として常に側に置いておいてもよいのに、海外支部などの遠方に追いやられていることが本当に多かったのです」「（上祐は）麻原のイエスマンになり切れずにいました」「麻原に忖度しながらも麻原に思いをぶつけたり、自分の意見をいったりしていた」「麻原に可愛がられている反面、煙たがられてもいました」「物理的に遠いところに上祐を置いておいて、上祐に口を挟まれないようにしたうえで、麻原は好きなことをやっていたのです。その反面、麻原や側近の手に余る事態が生じると、カヤの外だった上祐を呼び戻して、正確な情報を与えないままで処理させることもよくありました」 地下鉄サリン事件 1995年にモスクワで早川紀代秀と共に店内で昼食を取っている所、店内のテレビで地下鉄サリン事件を知り、オウムの犯行だと察知し発生して間もなく、麻原から「広報活動をしてほしい」との電話が届き、3月24日に日本へ帰国する。サリン事件後、教団の広報責任者として、1995年4月19日～4月20日、TBS『ニュース23』に早川紀代秀と共に出演したり青山吉伸や村井秀夫らと共に、連日朝から晩までテレビのワイドショーやニュース番組やラジオに出演した。麻原・教団の指示に従って、無理があると本人は思いながらも、オウムに批判的なあらゆる意見に対して徹底的に反論、数々の疑惑事件は創価学会や米軍、自衛隊を初めとする国家権力の陰謀であり、サリン被害を受けているのはオウムだとの見解を示し続けた。海外メディアに対しても堪能な英語で反論したこの際、外国人記者から「You're a liar(あなたは嘘つきだ)」と言われて非難されている。。なお、青山も村井も上祐も、教団のサリン製造の試みに関して知っていた。
更に、記者会見の場でも才能を発揮。容疑がいわゆる微罪逮捕や別件逮捕が横行した際は、怒りをあらわにし、机に拳を叩きつけながら警察や報道機関を批難した。
逮捕容疑の一覧を記したフリップを公表すると「まぁただ私はあまりごちゃごちゃ言いたくないんですよ、これ（フリップ）見たら分かるでしょう？馬鹿らしいですよこんなの！」と言いながらフリップを投げた
村井秀夫刺殺事件直後の会見では、記者が今度の事件で麻原彰晃代表が会見を開くのかと質問したところ、「麻原を殺す気ですか今度は? 麻原を殺す気ですか? 今度は!? 尊師を今度は殺すんですか!?」と激昂した
ああいえば上祐 当時、連日メディアに出演し見せた言論パフォーマンスから、ジャーナリストの二木啓孝に「ああ言えばこう言う」を捩った「ああ言えば上祐」と命名され、「上祐ギャル」と呼ばれる熱狂的な追っかけの女性ファンも登場、ファンクラブができるなど一躍話題の人となった元オウム追っかけギャルたちが語る、幹部たちとの思い出| ビジネスジャーナル。上祐ギャルからは「母性本能をくすぐる」「愛人になってもいい」「オウムを出てきちんとした宗教団体をつくったら、誘われて入っちゃう」「（神秘性を保つために）村井さんみたいに殺されたほうがいいのかも」と人気があった。 都沢和子とともに早稲田大学英語部（ESA）で教育ディベートの経験者であったことがマスメディアに報じられ、ディベートが相手を言い負かす技術として注目を集めることとなった。ディベートの達人として、上祐は通常なら到底弁護不可能な無理のあることも言い込める技量があった。また、上祐の女性運転手も美人で話題となった（元六本木のホステス。1995年に元信者への逮捕監禁致傷の疑いで逮捕され、懲役2年、執行猶予4年の判決を受けた）毎日新聞 1997年2月5日 夕刊9面
懲役3年の実刑判決 熊本県阿蘇郡波野村（現在の阿蘇市波野地区）の土地取得をめぐる国土利用計画法違反事件で、1995年10月6日に逮捕。偽証と有印私文書偽造・同行使の罪で10月28日に起訴される。 麻原の側近と目される教団幹部であったが、一連のオウム真理教事件では1992年以降はロシア支部にいたこともあり、教団本部の共謀や実行の場にいなかったことや、サリンプラント建設事件では建設が始まる前にロシアに出張したこと、建設・警備関係者のみが起訴されたこと「オウム サリン量産計画 上祐被告関与の疑い」 読売新聞 1995年12月13日、亀戸異臭事件などの生物兵器の製造散布では、実際に有毒な炭疽菌を製造する意図があったかが不明であることや、有毒な炭疽菌を製造する能力がなかったため（不能犯）、異臭以外に被害が出ず、刑事事件とならず起訴はされなかった。 法廷では麻原について「麻原尊師はあらゆる意味で導き手であり、救世主であり、私のすべて」「サンキュー・アンド・グッドバイ」と語った降幡賢一『オウム法廷 グルのしもべたち上』 p.205江川紹子『魂の虜囚』 2000年 p.86。 その後、懲役3年の実刑判決を受け、広島刑務所に収監された。
「オウム新法」が出所2日前に制定 勾留中の1997年から、麻原が不規則発言を始めたことや、1999年に起こると麻原が予言したハルマゲドンが起こらなかったことなどから、勾留・受刑中に麻原に対する疑問が強くなり、それが10年後の2007年のアレフ（旧オウム）からの脱会につながっていった。上祐出所の2日前の12月27日に「無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律（団体規制法、いわゆる「オウム新法」）」が施行された。このタイミングだった理由は、上祐復帰によって教団が過激化していくことを恐れての措置だったといわれている。1999年（平成11年）12月29日に広島刑務所を出所。
2000年代 シガチョフの麻原奪還テロ未遂事件 ロシア当局と日本の警視庁公安部に告発 シガチョフ・チェイス 1999年（平成11年）12月29日の広島刑務所出所後も、教団で有力者とみられていた。公安警察から当初は教団再活性化の危険性があるのではないかと危惧されていた。 しかし、2000年（平成12年）に現地で非合法化されたロシアのオウム信者が、日本でのテロによる麻原奪還・ロシア脱出を計画していることを知ると、ロシアの警察と警視庁公安部に通報し、信者も使って、その阻止に動いた。その中で東京入国管理局に該当信者の入国を認めないよう要請するが、東京入管は違法性がないとして入国させたため、自分に近い信者をロシア信者の監視に派遣した（シガチョフ事件）。
教団に戻るも幹部に困惑 出所後教団に戻るが、現実を受け入れず思考停止や妄想に陥る想像以上の幹部や信者の実態に困惑し、事件の事実や麻原の現実を伝える活動に従事するようになる。「教団に戻ってきた上祐は、事件後5年も経つのに、事件の現実を受け入れず、時代が止まっているかのような教団幹部の現状に困惑しているように見えました。幹部の中には、99年にハルマゲドンが起こるという麻原の予言が外れたことにさえ思考停止して、『麻原が不規則発言の中で、ハルマゲドンは起こったと発言したのだから予言は成就した』と思おうとしている人さえいました。こういった幹部たちは、裏の犯罪行為を直接知らないために、(中略)知らないがゆえに妄想を働かせる余地が残されていたのです。
アレフの発足 上祐は出所後、「正大師」の称号及びその地位を象徴する緑のクルタを返上した。代表代行は「正悟師」の村岡達子であったが、上祐の出所以降は彼が実質的な代表者として、教団の今後の方針決定について主導的役割を果たす。2001年1月18日、上祐名義で「事件に関する総合的見解表明」を、村岡名義で「抜本的教団改革の概要」を発表した。前者においては、一連の事件についての構成員の関与および麻原の刑事責任を認め、被害者・遺族への謝罪を行った。後者においては、被害者への賠償計画および教団の組織改編を説明した。教団は「アレフ」に改称し、教祖は置かず、新たな経典を作成し、村岡が代表となり、内部組織も統廃合を行い刷新することとされた。その日の夜、上祐は教団の横浜支部において朝日新聞の取材に応じた。
上祐の出所後に被害者賠償契約を教団が締結 7月6日に教団が賠償契約を締結。宗教法人オウム真理教が一連の事件の賠償債務のために破産した後に、その残存資産を管理して賠償金の支払いを行っていた破産財団オウム真理教の破産管財人（故・阿部三郎弁護士）との間で締結されたが、この契約は実質上、上祐が主導したものであった。
麻原家族の教団裏支配による軟禁・教団活動からの排除 2002年（平成14年）に、アーレフで代表となるも、「オウム真理教事件を反省し、麻原彰晃の影響を排除する」という社会に融和する改革を打ち出したため、麻原の妻である松本知子の出所後の2003年以降、秘密裏に教団運営に関与するようになった麻原の子女ら（三女・松本麗華と次女）が、教団の主導権を握るようになり、上祐の改革について、「グル外し」（＝グルである麻原の否定）「（上祐は悪魔に取りつかれたため麻原を批判している」等と批判し、上祐を、アレフの教団運営から排除する指示を、野田成人、村岡達子等の正悟師（上祐の一つ下の位階の幹部）らに出し、上祐は、突然教団運営から排除され、事実上失脚し、「修行」と称して自室に軟禁されるようになった（いわゆる「上祐幽閉」）。
なお、上祐が、一般に弟子の中で最高位とされる「正大師」の位階であったにもかかわらず、麻原の子女らの指示で、教団運営から排除されたり軟禁されたりした理由は、麻原の子女らの教団内での位階が、上祐より上の「皇子（こうし）：すべての弟子の上の位階）」と麻原により位置づけられていたため、教団幹部らは麻原の子女らに従った事実があった。