RFLP

RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism、制限酵素断片長多型）とは、制限酵素によって切断された DNA 断片の長さが、同一種内の個体間で異なる（多型を示す）ことを指し、また転じてそれを検出する手法も意味する。一塩基多型によってこの違いが現れることもある。遺伝病を持つ人と持たない人でこれが異なる場合があり、診断や遺伝病の原因遺伝子の同定に利用される。得られた断片長は、電気泳動によって既知の断片長のDNA（サイズマーカー）と比較して求める。

ゲノムプロジェクトの進行に伴ってPCRに用いるプライマーの設計が容易になったため、現在ではPCRでDNAを増幅し、その反応生成物を制限酵素で切断する手法であるPCR-RFLPが一般的となった。PCR-RFLP以前はヒトを対象とした場合、 生きた細胞の採取 細胞の培養（数日） 比較的高品質なDNAの抽出 DNAの切断 電気泳動 ブロッティング 放射性同位元素等でラベルしたプローブのハイブリダイズ X線フィルムへの感光・現像 といった手順を踏んだ。一方、PCR-RFLPでは、 比較的粗雑なDNAの採取 PCR（2時間程度） DNAの切断 電気泳動 紫外線によるDNAの可視化 と、半日程度で可能となった。

断片長の差で対立遺伝子等を識別する方法

以下にサザンブロッティングを利用した原法を模式的に示す。

個体A a b c | 2 kb | 1 kb | DNA -----------|---------------------|---------|------- SfaN I SfaN I SfaN I

プローブと相補的な領域

個体B a b c | 3 kb | DNA -----------|-------------------------------|------- SfaN I SfaN I

サザンブロッティングの結果 ↓

5 kb _____ 4 kb _____

3 kb _____ ______

2 kb _____ ______

1 kb _____

サイズ　 個体A 個体B マーカー

上段: ある生物種2個体のゲノムDNAと制限酵素SfaN Iによる断片長。 個体Bにはbの位置の制限酵素認識部位が存在しないはプローブが結合する領域。 下段: サザンブロッティングの結果。個体Aでは2 kbの、個体Bでは3 kbの位置にバンドが見える。 （簡略のため一倍体生物を想定している）