崇神天皇（すじんてんのう、、開化天皇9年または10年 - 崇神天皇68年12月5日『日本書紀』による。）は、日本の第10代天皇（在位：崇神天皇元年1月13日 - 同68年12月5日）。『日本書紀』での名は、御間城入彦五十瓊殖天皇（みまきいりびこいにえのすめらみこと）。祭祀、軍事、内政においてヤマト王権国家の基盤を整えたとされる。実在が確認できる最古の天皇とされ「」の名も伝わる『図説歴代天皇125代』 新人物往来社 2009 ｐ.128。考古学上、治世時期は3世紀後半から4世紀前半と推定されるが、近年発掘の進む纏向遺跡との関係からその存在に注目が高まっている天皇の一人である。
略歴 稚日本根子彦大日日天皇（開化天皇）の第二皇子。母は伊香色謎命（いかがしこめのみこと）で後の物部氏の系譜に連なる。異母兄に彦湯産隅命（迦具夜比売命の祖）。異父兄に彦太忍信命（磐之媛の祖）。異母弟に彦坐王（神功皇后の祖）。『古事記』は同母妹として后と同名の御真津比売命を記す。19歳で皇太子となる。
父帝が崩御した翌年の1月13日に即位。2月16日に従妹の御間城姫を皇后とし、活目尊（後の垂仁天皇）や倭彦命らを得た。即位5年から7年にかけて疫病が流行したが、大物主神などの神々を祀ることで治めた。即位10年、武埴安彦（たけはにやすびこ、孝元天皇の皇子）の反乱を鎮め、四道将軍を各地に派遣した。即位12年に戸口を調査して初めて課役を科したことで御肇国天皇と称えられている。即位65年、任那から朝貢があった。即位68年、崩御。
名 御間城入彦五十瓊殖天皇（みまきいりびこいにえのすめらみこと） - 『日本書紀』 御間城天皇（みまきのすめらみこと） - 『日本書紀』 御間城入彦尊（みまきいりひこのみこと） - 『日本書紀』 御肇國天皇（はつくにしらすすめらみこと） - 『日本書紀』 御眞木入日子印恵命（みまきいりひこいにえのみこと） - 『古事記』 所知初國御眞木天皇（はつくにしらししみまきのすめらみこと） - 『古事記』 美萬貴天皇（みまきのすめらみこと） - 『常陸国風土記』 斯貴満垣宮大八洲所馭天皇（しきのみつかきのみやにおおやしましらししすめらみこと）- 『常陸国風土記』 御間城天皇（みまきのすめらみこと） - 『肥前国風土記』 美麻紀天皇（みまきのすめらみこと）‐『越後国風土記逸文』 大倭志紀弥豆垣宮大八島国所知天皇（やまとのしきのみづがきのみやおおやしまくにしろしめしいすめらみこと）‐『阿波国風土記逸文』
漢風諡号である「崇神天皇」は、代々の天皇と同様、奈良時代に淡海三船によって撰進された。
事績 疫病と祭祀 即位3年、三輪山西麓の瑞籬宮（みずかきのみや）に都を移した。
即位4年、詔を発して永保無窮之祚（万世一系）を謳った。
即位5年、疫病が流行して人口の半ばが失われた。祭祀で疫病を治めようとした天皇は翌年に天照大神と倭大国魂神を宮中の外に出すことにした。天照大神は豊鍬入姫命に託して笠縫邑（現在の檜原神社）に祀らせた。倭大国魂神は渟名城入媛命に託し長岡岬に祀らせた。しかし渟名城入媛は身体が痩せ細って倭大国魂神を祀ることが出来なかった。
即位7年、「昔皇祖大いに聖業高く国は盛であったのに、朕の世になり災害が多い。その所以を亀卜にて見極めよう。」と詔して、神浅茅原に幸して八百万の神を集めて占った。すると倭迹迹日百襲姫命に大物主神が乗り移って自分を祀るよう託宣した。神の教えのままに祭祀を行ったが霊験がなかった。そこで天皇は沐浴斎戒して宮殿を中を清めて、「願わくば夢に教えて、神恩を示してほしい」と祈った。するとその夜の夢に一人の貴人が現れ自ら大物主神と称して「もし我が子の大田田根子を以って我を祭ればたちどころに平安となる。」と告げた。続いて倭迹速神浅茅原目妙姫・大水口宿禰（穂積臣遠祖）・伊勢麻績君の三人がともに同じ夢を見て、大物主神と倭大国魂神（大和神社祭神）の祭主をそれぞれ大田田根子と市磯長尾市（いちしのながおち）にせよという神託を受けた。そこで天皇はおじの伊香色雄に命じて物部の八十平瓮（やそひらか）を作らせ、大物主神の子とも子孫とも言われる大田田根子を探し出して大物主神を祭る神主とした。三輪山を御神体とする大神神社の始まりである。また市磯長尾市を倭大国魂神を祭る神主とし、八十万（やそよろず）の群神を祭った。すると疫病は終息して五穀豊穣となった。
即位8年、活日（いくひ）という者を大神の掌酒（さかびと）とした。そして活日が神酒を捧げて歌を詠み、続けて諸大夫（役人）と天皇もそれぞれ歌を詠んだ。
即位9年、天皇は神が夢に現れたと称し大和国の東の隅に座す墨坂神を赤い盾と矛、西の隅に座す大坂神を黒い（『古事記』では墨色）盾と矛をもって祀った。『古事記』ではこれに続いて全ての坂の神や瀬の神に、文字通り隅から隅まで幣帛を奉って疫病が終息したとしている。
四道将軍
即位10年、四道将軍を派遣して全国を教化すると宣言した。大彦命を北陸道に、武渟川別を東海道に、吉備津彦を西道に、丹波道主命を丹波（山陰道）に将軍として遣わし従わないものを討伐させることとなった。しかし北陸へ出発した大彦命は和珥坂（わにのさか、奈良県天理市）で現れた不思議な童女から不吉な歌を聴くことになる。
引き返して報告したところ、倭迹迹日百襲姫命がさらに詳細な予言を行った。その結果、武埴安彦（たけはにやすびこ、孝元天皇の皇子）が謀反を起こそうとしていることがわかった。叛乱が露見した武埴安彦は山背から、妻の吾田媛は大坂からともに都を襲撃しようとした。天皇は五十狭芹彦命（吉備津彦命）を遣わして吾田媛勢を迎え討ち、一方の武埴安彦勢には大彦命と彦国葺（ひこくにぶく、和珥氏の祖）を差し向かわせて打ち破った。叛乱終息後に四道将軍は再出発し、翌年に帰還して戎夷を従わせたことを報告した。また北陸道を進んだ大彦命と東海道を進んだ武渟川別の親子が合流した土地を相津（会津）という。
御肇国天皇 即位12年、戸口を調査して初めて課役を課した。この偉業をもって御肇国天皇（はつくにしらすすめらみこと）と称えられている。『古事記』には天下を統一して平和で人民が豊かで幸せに暮らすことが出来るようになり、その御世を称えて初めて国を治めた御真木天皇「所知初国之御真木天皇」と謂う、とある。
即位17年、献上品を運び込むための船を作らせた。
即位48年、豊城命と活目尊を呼んで夢占いを行い弟の活目尊を皇太子とした。兄の豊城命には東国を治めさせた。
即位62年、灌漑事業を行って依網池（よさみのいけ、大阪市住吉区）や軽（奈良県高市郡）の酒折池（さかをりのいけ）、苅坂池（かりさかのいけ）を開き大いに農業の便を図ったと伝えられる。
即位65年、任那が使者として蘇那曷叱知（そなかしち）を遣わしてきた。素戔嗚尊が新羅に天降ったという異伝を除けば『日本書紀』において初めての朝鮮半島関連の記録である。
即位68年、崩御。蘇那曷叱知は活目尊（垂仁天皇）の即位2年に任那へ帰国したが、その際に天皇からの下賜品を新羅に奪われてしまった。『日本書紀』における任那と新羅の抗争はここから始まる。
系譜 系図
后妃・皇子女 皇后：御間城姫（みまきひめ、御真津比売命） - 大彦命（孝元天皇の皇子）女 皇子：活目入彦五十狭茅尊（いくめいりびこいさちのみこと、垂仁天皇） 皇子：彦五十狭茅命（ひこいさちのみこと） - 記の伊邪能真若命（いざのまわかのみこと）に当たるか 皇女：国方姫命（くにかたひめのみこと） 皇女：千千衝倭姫命（ちちつくやまとひめのみこと） 皇子：倭彦命（やまとひこのみこと） 皇子：五十日鶴彦命（いかつるひこのみこと） - 記には伊賀比売命（いかひめのみこと）で女性 妃：遠津年魚眼眼妙媛（とおつあゆめまぐわしひめ） - 紀伊国荒河戸畔女 皇子：豊城入彦命（とよきいりびこのみこと） - 上毛野君・下毛野君等祖 皇女：豊鍬入姫命（とよすきいりびめのみこと） - 初代斎宮 妃：尾張大海媛（おわりのおおあまひめ、意富阿麻比売・葛木高名姫命） - 建宇那比命女（『先代旧事本紀』天孫本紀） 皇子：大入杵命（おおいりきのみこと、大入来命） - 能登国造祖 皇子：八坂入彦命（やさかいりびこのみこと） - 皇孫：八坂入媛命（景行天皇の皇后・成務天皇の母） 皇女：渟名城入姫命（ぬなきいりびめのみこと、沼名木之入日売命） 皇女：十市瓊入姫命（とおちにいりびめのみこと）
年譜 『日本書紀』の伝えるところによれば、以下のとおりである『日本書紀（一）』岩波書店 。機械的に西暦に置き換えた年代については「上古天皇の在位年と西暦対照表の一覧」を参照。 開化天皇9年または10年 誕生。 開化天皇28年 1月、19歳で皇太子に立てられた。 崇神天皇元年 1月、即位。 崇神天皇3年 9月、磯城瑞籬宮（みずかきのみや）に遷都。 崇神天皇5年 疫病が流行り、多くの人民が死んだ。 崇神天皇6年 疫病を鎮めるべく、従来宮中に祀られていた天照大神と倭大国魂神（日本大国魂神）を皇居の外に移した。 崇神天皇7年 2月、大物主神が倭迹迹日百襲姫命に託宣。 8月、倭迹速神浅茅原目妙姫・大水口宿禰（穂積臣遠祖）・伊勢麻績君の3人がともに同じ託宣を受けた。 11月、夢の通りに大田田根子を大物主神の神主とし、市磯長尾市（いちしのながおち）を倭大国魂神の神主とした。また八十万の群神を祭り、天津神・国津神の社を定めた。すると疫病は終息し五穀豊穣となった。 崇神天皇8年 4月、高橋邑の活日を大神の掌酒にした。 12月、大物主の祭祀を事視して神酒を捧げた。 崇神天皇9年 4月、墨坂神と大坂神を祀った。 崇神天皇10年 9月、四道将軍派遣、武埴安彦の叛乱。 この後（時期不明）倭迹迹日百襲姫命、大物主神の妻となり、薨去。箸墓を造営。 10月、畿内は平穏となり、四道将軍が再び出発。 崇神天皇11年 4月、四道将軍が戎夷を従わせて帰参、その様を奏上した。 崇神天皇12年 9月、戸口を調査し、課役を科した。天下平穏となり、天皇は御肇国天皇と称えられた。 崇神天皇17年 10月、献上品を運ばせるための船を作った。 崇神天皇48年 4月、活目命を皇太子とした。 崇神天皇60年 7月、飯入根（いいいりね）が出雲の神宝を献上。兄の出雲振根が飯入根を謀殺するが皇軍に誅殺された。 崇神天皇62年 10月、依網池を造成。 11月、苅坂池と反折池を造成。 崇神天皇65年 7月、任那国が蘇那曷叱知（そなかしち）を遣わして朝貢した。 崇神天皇68年 12月、崩御。宝算120歳（『古事記』では戊寅年12月に聖寿168歳で崩御）。 垂仁天皇元年 10月、山邊道勾岡上陵に葬られた。 垂仁天皇2年 蘇那曷叱知が任那に帰国。新羅に下賜品を奪われた。
宮
宮（皇居）の名称は、『日本書紀』では磯城瑞籬宮（しきのみずかきのみや）、『古事記』では師木水垣宮（しきのみずかきのみや）。伝承地は奈良県桜井市金屋の志貴御県坐神社。
陵・霊廟
陵（みささぎ）の名は山邊道勾岡上陵（山辺道勾岡上陵：やまのべのみちのまがりのおかのえのみささぎ）。宮内庁により奈良県天理市柳本町にある遺跡名「行燈山古墳」に治定されている。宮内庁の調査によれば墳丘長242メートルの前方後円墳である。
『古事記』に「山邊道勾（まがり）之岡上」。『延喜式』諸陵寮では「山邊道上陵」として兆域は東西2町・南北2町、守戸1烟で遠陵としている。行燈山古墳は、形状が帆立貝形古墳（初期の前方後円墳。前方部が小さく造られている）のようになっているが、これは江戸時代の改修工事によるものとも言われている。なお行燈山古墳より少し前に造られた西殿塚古墳（前方後円墳、全長220m）を真陵とする考え方もある。また江戸時代には渋谷向山古墳（現・景行陵）が陵墓とされていた。
吉村武彦は行燈山古墳について巨大な前方後円墳は王陵（天皇陵）に間違いなく宮内庁比定の崇神天皇陵はほぼ間違いないだろうと述べている「ヤマト王権」岩波新書 2010 47頁。
また皇居では、皇霊殿（宮中三殿の1つ）において他の歴代天皇・皇族とともに天皇の霊が祀られている。
伝承 ※ 史料は、特記のない限り『日本書紀』に拠る。なお、この時代の西暦換算は現在の歴史学では正しいとは考えられていない。 箸墓伝説 大物主を祀ることで疫病が収まり、武埴安彦の反乱が鎮圧された後、倭迹迹日百襲姫命（やまとととびももそひめ）は大物主神の妻となった。大物主神は夜しか現れなかったので、姫はもっとよく御姿を見たいと言った。そこで大物主神は朝に姫の櫛籠に入るから姿を見ても驚かないでほしいと言った。果たして姫が箱の中を見てみると綺麗で小さい蛇がいた。姫は驚いて叫んだ。大物主神は大いに恥じてすぐに人の形に戻り姫を呪った。大物主神が去った後に姫が腰を抜かして座ったところ、箸で陰部を突いてしまいそのまま亡くなった。姫は大市に葬られ墓は箸墓と名付けられた。この墓は昼は人が作り、夜は神が作ったと言われる。墓を作るため人々は列を作ってリレー形式で石を運んだと伝えられ、この様子が歌に詠まれた。 大坂に 継ぎ登れる 石群を たごしに越さば 越しがてむかも なお、倭迹迹日百襲姫命は薨去時には少なくとも127歳を超える老婆であったことになり、神は見捨てて死なせた姫の墓作りを助けたことになる。この伝説を記した『日本書紀』の該当部分に崇神天皇は登場せず、岩波文庫は「この文章は前との続きが自然でない。異なる資料を接続させた際の不手際か。以下の話は記（『古事記』）では活玉依毘売の話として載っているが（中略）後半の部分が欠けている。」と注釈している。
会津の由来 『古事記』には崇神天皇10年10月越の国に遣わされた大彦命と東方十二道に遣わされた武渟川別が会津にて行き逢う“会津”地名発祥の逸話が書かれている。『古事記』による記述は以下の通りである。「大毘古命は先の命のまにまに、高志国に罷り行きき。ここに東の方より遣はさえし建沼河別、その父大毘古と共に相津に往き遇ひき。かれ、そこを相津と謂ふ。ここを以ちて各遣はさえし国の政を和平して覆奏しき。ここに天の下太平けく、人民富み栄えき。」また陸奥国式内名神大社伊佐須美神社には会津にて合流した大彦命と武渟川別が天津嶽（現・御神楽岳）において伊弉諾尊と伊弉冉尊の祭祀の礼典を挙げ、国家鎮護の神・伊佐須美大神として奉斎した伝承が残っている。
阿見の由来 茨城県稲敷郡阿見町中郷にある常陸国式内社阿彌神社には阿見の名の由来説話が残っている。説話が伝えるところによると、”崇神天皇18年（BC80年）皇子豊城入彦命が東国に赴いた際この地に至り、建御雷神と経津主神の功績に思いをはせ「皇祖の天下を経営せらるるや阿彌普都、実に能く天業を輔弼せり、両神功成るに逮て天に還りしと、蓋し是地に於てする乎。是より郷を阿彌とす。」と述べた。この言葉からこの地を阿彌郷と称するようになった。”と伝わる。
鯖江の由来説話 崇神天皇の御代、四道将軍である孝元天皇第1皇子である大彦命が北陸平定のために遣わされたとき、現在の深江あたりで大変難渋しているところへ、老翁が舟をこぎ寄せ「我この深江の郷に住む住民の頭目で、阿伊奴彦と申す者なり。この事情に詳しければご協力申し上げる」と命の軍船を案内した。大彦命は王山（現在の鯖江高校付近）に陣を置き、賊を平定した。そしてこの戦の最中「虚空から佐婆矢落下し、敵魁師に当たり死す」とされ、この矢が鯖の尾に似ていたことから、この地を鯖矢と呼ぶようになったと伝えられている。また一説には鯖矢の「鯖」と深江の「江」を取って鯖江としたとも言われている。しかしこれには諸説あり1491年に冷泉為広によって書かれた「冷泉為広卿越後下向日記」では鯖矢と鯖江の地名をはっきりと書き分けており名称が統一されるようになったのは近世以降という事実もあることから、これは鯖矢の由来説話であるとする向きもある。
出雲振根 あるとき、御間城天皇は出雲の宮に治められている神宝を見たいと使者を送った。神宝を管理する出雲振根は筑紫国に行って留守だったが、弟の飯入根が代わりに神宝を献上した。筑紫から帰ってきた出雲振根はなぜあっさりと神宝を渡してしまったのかと怒った。年月を経ても出雲振根の怒りは増すばかりだった。出雲振根は果し合いをするべく飯入根を淵に呼び出した。出雲振根は「水がきれいだ。まず体を清めよう」と言い、二人は服と刀を脱いで水に入った。出雲振根は先に上がって密かに作った真剣そっくりの木刀と弟の真剣をすり替えた。そして果し合いが始まったが飯入根が剣を抜こうとしても抜けない。剣の形をしただけの木なのだから当然である。出雲振根は容赦なく弟を斬り殺した。そこで世の人たちは歌を詠んだ。 「や雲立つ 出雲梟帥が 佩ける太刀 黒葛多巻き さ身無しに あはれ」 なお、この話は『古事記』で倭建命が出雲建を討つ話と酷似している。
都怒我阿羅斯等 都怒我阿羅斯等（つぬがあらしと）とは『日本書紀』で垂仁天皇2年条の分注に記載される人物である。説話の時期・内容の類似性から上述の蘇那曷叱知と同一視する説がある。
『日本書紀』による記述は以下のとおりである。”崇神天皇の御代、ある男が船で穴門から出雲国を経て越国の笥飯浦に来着した。素性を問いただすと、男は次のように答えた。「私は意富加羅国の王子で、名をツヌガアラシトと申します。日本に聖皇がいらっしゃると聞きつけてこうしてやってきたのです。穴門に到着したときに人がいました。名を伊都々比古（イツツヒコ）と言いました。その伊都々比古が私の臣下に向かって言いました。『私はこの国の王だ。私をおいて、ふたつの王はいない。だから他に行くな』しかし、臣下がその人のひととなりを見るに、絶対に王ではないと分かりました。そのためその場所をすぐに引き返しました。しかし道が分からずに嶋浦を海岸伝いにあちこちへ行って、北の海を回って、出雲国を経て、道の分からないままに今ここに至ったのです。」都怒我阿羅斯等の額には角が生えていたと言い「角鹿（つぬが）」という地名の語源と言われる（角鹿からのちに敦賀に転訛）。ところがツヌガアラシトが慕った聖皇である崇神天皇は既に崩御していた。その後、彼は日本にとどまって三年間垂仁天皇に仕えた。天皇はツヌガアラシトに「やはり自国に帰りたいか」と問うと、「できればそのようにしたい」と答えた。垂仁天皇は「もし道を間違えずに早く日本へやって来ていれば先帝に仕えることができたのに残念だ。そこで先帝ミマキイリヒコ（崇神天皇）の名を取ってそなたの国の名にしなさい」と述べられた。そして赤織絹を給い、本国に帰国した。これが彌摩那国（みまなのくに）の語源とされている。帰国後、アラシトは貰った赤絹を自分の国の郡府に納めたが新羅国がそれを知り兵を起こして、その赤絹を全て奪ってしまった。これが両国が恨みあう始まりの事件である。”
武渟川別命 『日本書紀』によると崇神天皇10年9月9日条では武渟川別を東海に派遣するとあり、同書では北陸に派遣された大彦命、西道に派遣された吉備津彦命、丹波に派遣された丹波道主命とともに「四道将軍」と総称されている。その後、将軍らは崇神天皇10年10月22日に出発し、崇神天皇11年4月28日に平定を報告した。崇神天皇60年7月14日条によると、天皇の命により武渟川別は吉備津彦と共に出雲振根を誅殺している。垂仁天皇25年2月8日条では、彦国葺（和珥臣祖）・大鹿島（中臣連祖）・十千根（物部連祖）・武日（大伴連祖）らとともに「大夫（まえつきみ）」の1人に数えられており、天皇から神祇祭祀のことを命じられている。また武蔵国式内社武蔵御嶽神社は崇神天皇7年に武渟川別が東方十二道平定の折、大己貴命と少彦名命を祀ったことが始まりだと云われている。
豊城入彦命 『日本書紀』によると、豊城入彦命は上毛野君や下毛野君の始祖であり、垂仁天皇や豊鍬入姫命の同母兄である。崇神天皇48年（BC50年）に天皇は豊城命（豊城入彦命）と活目尊（いくめのみこと、後の垂仁天皇）に勅して、共に慈愛のある子でありどちらを後継者とするか決め難いため、それぞれの見る夢で判断すると伝えた。豊城命は「御諸山に登り、東に向かって槍（ほこ）や刀を振り回す夢を見た」と答え、活目尊は「御諸山に登り、四方に縄を張って雀を追い払う夢を見た」と答えた。その結果、弟の活目尊は領土の確保と農耕の振興を考えているとして位を継がせることとし、豊城命は東に向かい武器を振るったので東国を治めさせるために派遣されたとされる。
茨城県稲敷郡阿見町中郷にある常陸国式内社阿彌神社には阿見の名の由来説話が残っている。説話が伝えるところによると、”崇神天皇18年（BC80年）皇子豊城入彦命が東国に赴いた際この地に至り、建御雷神と経津主神の功績に思いをはせ「皇祖の天下を経営せらるるや阿彌普都、実に能く天業を輔弼せり、両神功成るに逮て天に還りしと、蓋し是地に於てする乎。是より郷を阿彌とす。」と述べた。この言葉からこの地を阿彌郷と称するようになった。”と伝わる。
群馬県前橋市富士見町赤城山にある上野国名神大社赤城神社の社伝によると、当社は豊城入彦命が上毛野を支配することになった際に神庫山（ほくらやま：後の地蔵岳）中腹に山と沼の霊を奉斎したのがはじまりとされる。また赤城山の語源は往古豊城尊が此の山に登り、東国を治定すべく国を見渡したとき、其の裾野が長く張っていて、国原遠く開けている風光を御覧になり、「善き哉これ吾が城なり」と宣い、このとき吾が城なり（あがきなり）と仰せられたことばが「アカギ」と訛り、「赤城」と書くようになったとする逸話も残っている。
大入杵命・沼名木入比賣命 石川県鹿島郡中能登町にある能登国式内社能登部神社・能登比咩神社の社伝によると崇神天皇の皇子である大入杵命と、その妹である皇女沼名木入比賣命は勅命により能登の地に派遣され郷土開拓を行い、機織りの技術を教え殖産に励んだとされる。その後皇子大入杵命は能登臣の祖神となり皇女沼名木入比賣命は機織りの神として崇められたとされる。また両者は当地で薨去したとされ、両神社はその霊廟と伝えられている。
室毘古王 福井県三方郡美浜町宮代にある若狭国式内社彌美神社の社伝によると、崇神天皇が四道将軍を各地に派遣した頃、時を同じくして開化天皇の第三皇子日子坐王の子にあたる室毘古王が三方郡一帯を治め、荒れ果てた土地から弥美郷を開拓し若狭耳別の祖となったとされる。美浜町にある獅子塚古墳は若狭耳別命の祖室毘古王の墳墓とされる。
鵜濡渟命 出雲国式内名神大社出雲大社の社伝および『先代旧事紀・国造本紀』によると、第十代崇神天皇の御代に天穂日命12世孫である鵜濡渟命（うがつくぬのみこと）またの名を氏祖命（うじおやのみこと）が初代出雲国造に任命されたと伝えられている。出雲国造家はこの時より出雲大神の祭祀を司る職務のほかに出雲国の政治も行うことになったとされる。
知知夫彦命 武蔵国式内社秩父神社によると当社は第十代崇神天皇の御代の創建で、『先代旧事紀・国造本紀』によれば知知夫国の初代国造に任命された八意思兼命の十世の子孫である知知夫彦命が、祖神である八意思兼命をお祀りしたことに始まるとされている。また知知夫彦命は養蚕と機織りを教示したと伝えられ、秩父夜祭は知知夫国に知知夫彦が大神を祭ったとされる時代か、それ以前から神奈備山である武甲山への信仰として行われてきたものが起源ではないかと言われる。秩父神社に知知夫彦命が祀られているのは允恭天皇の御代知知夫彦命の9世子孫である知知夫狭手男が本殿に霊廟を合祀したためだと伝わっている。
天韓襲命 『国造本紀』によると当初、土佐国は波多国と都佐国の2国に分かれていて、波多国は第10代崇神天皇の御代に、神のお告げによって天韓襲命を国造に定めたとされている。天韓襲命は、もと幡多の首長であったとも考えられるが「天韓襲命」という名前や、神のお告げによって任命されたといわれることから、特別の事情により選任された人であったと思われる。（一説によると天韓襲命は渡来人であるとも言われている）また宿毛市平田曽我山古墳の主は、天韓襲命か、あるいは、その直後の国造と推察されている。
速瓶玉命 『国造本紀』『肥後国誌』によれば、崇神天皇の代に健磐龍命の子速瓶玉命が初代阿蘇国造に任命されたとされる。また熊本県阿蘇市一の宮町手野にある肥後国式内社国造神社の社伝によると当社は崇神天皇18年（BC80年）に速瓶玉命が祖神を祀るための霊廟として創建したと伝えられ、のちに第12代景行天皇の勅命により修理・再建したとされる。
鹽乘津彥命 『石上神宮略抄』によると崇神天皇の御代、崇神天皇は天足彥國押人命の五世孫の鹽乘津彥命に勅して任那國の鎮守として彼国へ遣した、と伝えられている。
陸耳御笠 『丹後国風土記』の写本の一部とされている『丹後国風土記残缺』という本には、丹後国で暴れていた陸耳御笠（くがみみのみかさ）と呼ばれる土蜘蛛がいたと記している。崇神天皇の勅命を受けた弟の日子坐王が討伐し、陸耳御笠は與佐大山に逃れたと記されている。與佐大山は今の大江山と伝えられており、陸耳御笠を「大江山最初の鬼」とする評価もある。
賊徒襲来 福岡県糸島市雷山にある縣社雷神社社伝によると第6代孝安天皇（BC392-291）から第11代垂仁天皇（BC29-99）の御代に至るまで異国の賊徒からの七度にわたる襲来があり、当社の神である層增岐大明神が雷雨を降らせ異賊を降伏させたと伝えられている。
廣瀬・龍田の祭祀 廣瀬大社と龍田大社の祭祀のはじまりは崇神天皇の御代とされる。名神大社廣瀬大社社伝によると、崇神天皇9年（BC89年）廣瀬の河合の里長である廣瀬臣藤時に御神託があり、水足池（みずたるのいけ）という広漠たる沼地だった場所が一夜で陸地に変化し、丈余の橘数千株が生じた。このことが崇神天皇に伝わり、陛下はこの地に社殿を建て大神を祀るように命じた、と伝わっている。また名神大社龍田大社社伝によると、崇神天皇の御代、国内に凶作や疫病が流行し騒然としているなか、天皇の御夢に大神が現れ「吾が宮を朝日の日向かう処、夕日の日隠る処の龍田の立野の小野に定め祭れ」という御神託を授けられたので、神託の通りにお社を造営すると、作物は豊作となり疫病は退散した、と伝えられている。
白山神の祭祀 石川県白山市三宮町にある加賀国一宮白山比咩神社社伝「白山大神宮御鎮座伝記」によると崇神天皇7年（BC91年）に舟岡山に白山神祭祀のための神地を定めたと伝わっている。また『諸社根元記』によると白山七社のひとつ金劔宮は崇神天皇3年（BC93年）、天照大神の分身が応現し天降垂跡給わったとの記載がある。
熊野の祭祀 『扶桑略記』『帝王編年記』『水鏡』が伝えるところによると名神大社熊野本宮大社の創始は崇神天皇65年（BC33年）であり、社伝によると、同年熊野連が大斎原において、大きなイチイの木に三体の月が降りてきたのを見て不思議に思い「天高くにあるはずの月がどうしてこの様な低いところに降りてこられたのですか」と尋ねたところ、その真ん中にある月が答えて曰く、「我は證誠大権現（家都美御子大神＝素戔嗚大神）であり両側の月は両所権現（熊野夫須美大神・速玉之男大神）である。社殿を創って齋き祀れ」との神勅がくだされ、社殿が造営された、とする降臨神話が伝わっている。
また奈良県吉野郡十津川村にある玉置神社社伝によると、崇神天皇61年（BC37年）玉置山頂上に王城防火鎮護と悪魔退散のため早玉神を奉祀したと伝えられている。
石鎚山の祭祀 『長寛勘文』が伝えるところによると、「崇神天皇35年（BC63年）石鎚の峯に神を勧請す」と記されており、『日本霊異記』にも「石鎚山の名は石槌の神が坐すによる」とあることから愛媛県西条市にある石鎚山の信仰は寂仙法師（上仙とも呼ばれていて石仙の弟子）が685年に開山する以前からあったのではないかと推察される。
茅原 奈良県式上郡織田村茅原はかつて崇神天皇の御代に、穀物が実らず疫病が流行り、多くの人民が亡くなった際、天皇がその神意を問い給わるために亀卜を行った場所だと伝わっている。
出雲大社 島根県出雲市にある出雲国名神大社出雲大社の社伝によると、崇神天皇60年（BC38年）7月に大社の神宝検校のために崇神天皇から勅使が遣わされたと伝わっている。
日前神宮・国懸神宮