マケドニアの歴史は南東ヨーロッパのマケドニア地方の歴史における様々な時代を指す。なお、「マケドニア」と呼ばれる地域の境界線は時代とともに大きく変化してきた。

古代ギリシアの国家マケドニア王国の歴史についてはを参照。 古代ローマの属州についてはマケドニア属州を参照。 ビザンツ帝国のテマ（軍区制）についてはを参照。 マケドニアという地域名の起源にしてギリシャ北部に位置する地域についてはマケドニア (ギリシャ)を参照。 1991年にユーゴスラビアから独立した南スラヴ系国家北マケドニアにおける歴史については北マケドニアの歴史を参照。 ピリン・マケドニアとも呼ばれるブルガリアの南西部についてはブラゴエヴグラト州を参照。