『日本書紀』（にほんしょき、やまとぶみ、やまとふみ）は、奈良時代に成立した日本の歴史書。『古事記』と並び伝存する最も古い史書の1つで、養老4年（720年）に完成したと伝わる。日本に伝存する最古の正史で、六国史の第一にあたる。神典の一つに挙げられる。神代から持統天皇の時代までを扱い、漢文・編年体で記述されている。全30巻。系図1巻が付属したが失われた。
構成と特徴 『日本書紀』は全30巻、系図1巻（系図は現存しない）からなり、天地開闢から始まる神代から持統天皇代までを扱う編年体の歴史書である。神代を扱う1巻、2巻を除き、原則的に日本の歴代天皇の系譜・事績を記述している。ただし神功皇后など天皇とはされていない人物を1巻全体で取り扱う9巻や、事実上壬申の乱の記述に全体を費やす28巻などの例外も含む。全体は漢文で記されているが、万葉仮名を用いて128首の和歌が記載されており数はまえがき冒頭部に拠る。、また特定の語意について訓注によって日本語（和語）で読むことが指定されている箇所がある。このような漢文中に現れる日本語的特徴、また日本語話者特有の発想による特殊な表現は現在では研究者によって和習（倭習）と呼ばれている。『日本書紀』は伝統的に純漢文（正格漢文）の史書として扱われる場合が多いが、この和習を多々含むためその本文は変格漢文（和化漢文）としての性質を持つ。
太歳を用いた干支紀年、和歌の採録数の多さ、分註の多さなどは後世『日本書紀』に続いて編纂された日本の正史、いわゆる六国史の他の書籍と比較した場合際立って目立つ『日本書紀』の独特な特徴である。また、『日本書紀』は単独の人物ではなく、複数の撰者・著者によって編纂されたと見られ、この結果として全体の構成は不統一なものとなっている。このため近代以降においては各巻の様々な特徴によってグループ分けを行う区分論が盛んに研究されている。編纂にあたっては多様な原資料が参照されており、その中には日本（倭）の古記録の他、百済の系譜に連なる諸記録（百済三書、百済で実際に作成されたものであるかどうかは不明）、『漢書』『三国志』（「魏志」「呉志」）などの中国の史書が参照されている。特に百済を中心に朝鮮諸国の事情、対外関係史について詳しく記述していることも独特の特徴である。
歴史記録としての『日本書紀』は、古代日本の歴史を明らかにする上で中核をなす重要な史料であり、東アジア史の視点においても高い価値を持つ史書である。ただし、あらゆる史料と同じように、歴史記録として『日本書紀』を利用する際には、厳格な史料批判を必要とする。日本の学界では、『日本書紀』の史料批判の研究は分厚い積み重ねがあり、編纂にあたって語句の修正が行われていること例えば「倭」が「日本」、「大王」が「天皇」になっている等。、編纂時の知識を古い時代に投影していること（例としては評を参照）などを始めとして、歴史記録・文学作品としての『日本書紀』の性質の多様な面が明らかにされているが、今もなお不明瞭な点も数多く残っており、熱心な研究が続けられている。
成立過程 歴史的背景 『日本書紀』は日本の現存最古の「正史」とされるが、その編纂までには日本における文字の使用と歴史的記録の登場の長い歴史があった。日本（倭）における歴史（即ち過去の出来事の記憶）についての記録として、まず言及されるのは「帝紀」と「旧辞」（それ以外に伝わる昔の物語）である。これらは津田左右吉が「継体・欽明朝（6世紀半ば）の頃に成立した」と提唱して以来、様々な議論を経つつも、「元々は口承で伝えられていた伝承が6世紀にまとめられたもの」と一般的には考えられている。さらに、文字に残された系譜情報を「史書」として見るならば、雄略朝（倭王武、ワカタケル大王、5世紀後半）にはその種のものが存在していたことが稲荷山鉄剣銘の存在によってわかる。
こうした歴史の記録には、書記官の存在が不可欠である。日本における文字の使用が渡来人によってもたらされたことも含めて、日本の修史事業は朝鮮半島・中国大陸の情勢と深く関係していた。日本では5世紀後半から6世紀にかけて、倭王権の下に史（フミヒト/フヒト）と呼ばれる書記官が登場する。彼ら、フミヒトの多くは渡来人によって構成され、人的紐帯に基づいて倭王権に仕える形態からやがて欽明朝期の百済からのフミヒトの到来を経て制度化されて行った。「帝紀」「旧辞」がまとめられていったとされる時期がこの欽明朝にあたると考えられ、同時期には朝鮮半島において百済と競合する新羅でも修史事業が進められていた。
「書かれた歴史」を編纂する修史事業の記録は推古朝に登場する。『日本書紀』によれば皇太子（聖徳太子、厩戸皇子）と嶋大臣（蘇我馬子）の監修で推古28年（620年）に『天皇記』『国記』『臣連伴造国造百八十部并公民等本記』がまとめられた。推古朝の修史事業はこれらの史書が現存しないことや聖徳太子という伝説的色彩の強い人物と関連した記録であること、具体的な経緯などの情報に乏しいことなどから実態が必ずしも明らかではない（これらはいわゆる「国史」に分類されるようなものではなかったとする津田左右吉の見解や、それに反論する坂本太郎の見解など）。しかし、推古朝において日本における修史事業が始められたことは当時の東アジアの潮流と軌を一にする。上に述べた新羅の修史事業は真興王6年（545年）に「国史」をまとめたものであり、高句麗は嬰陽王11年（600年）に『新集』と呼ばれる史書を撰述している高句麗の『新集』は古記（留記）を改削したものであるとされる。。百済については修史事業の具体的な記録は残っていないが、『三国史記』の記述からは近肖古王（在位：346年-375年）代以来、何らかの「記録」があったことがうかがわれる。
これらの諸国の修史事業は4世紀以来、国家体制の構築や中華王朝との関係の変化の時期に行われており、外交上の必要性を重要な要因として行われたものであったと見られる。このことは恐らく日本（倭）の推古朝の修史も同様であった。後に中国大陸を統一した唐は外国からの朝貢使の受け入れにあたり国情聴取を制度として実施していた。実際に日本の遣唐使の使節が「日本国の地理及び国初の神名」を問われたことが『日本書紀』の記録に見え、このような外交の場のやりとりは、各国に自国の成り立ちを意識させることになったであろう。推古朝に入り、日本は唐に先立つ隋への遣使（遣隋使）を始め、中華王朝との外交関係の構築に手をつけている。唐の場合と同じく、隋代の外交の場でもこのようなやり取りが必要であり、対外交渉を通じて日本は「自国史」を意識するようになっていった。こうして推古朝において修史が開始されたと考えられる。
『日本書紀』の記録によれば、皇極天皇4年（645年）の乙巳の変（いっしのへん、おっしのへん）において中大兄皇子（天智天皇）、中臣鎌足らによって蘇我本宗家が滅ぼされた際、蘇我蝦夷は私邸に火を放って自害した。この時、蝦夷の私邸に保管されていた 『天皇記』『国記』も珍宝と共に焼かれたが、『国記』は船史恵尺によって火の中から取り出され中大兄皇子に献上されたとされる（皇極天皇4年6月13日条）。 これに関連する情報は『新撰姓氏録』の序文にもあり、『国記』が焼かれたために各氏の出自が失われ偽る者も現れたが、船史恵尺が焼かれようとする『国記』を奉ったとある。しかし、これらの伝承が事実であったとしても、『国記』は『天皇記』と同じくに現代には伝わっていない。
『日本書紀』の編纂 『古事記』が序文において編纂の経緯について説明するのに対し、『日本書紀』には序文・上表文が無く編纂の経緯に関する記述は存在しないため、いつ成立したのか『日本書紀』それ自体からはわからない。『日本書紀』の成立について伝えるのは8世紀末に完成した歴史書『続日本紀』であり、養老4年（720年）5月癸酉条に次のようにある。
ここから、『日本書紀』の成立は養老4年（720年）とするのが一般的である。しかし『続日本紀』の記述は簡潔であるため、いつから編纂が始まり、どのような経緯を経て完成に至ったのか確認することはできない。このため現代の学者は『日本書紀』の内容に基づいてその具体的な経緯を推定している。
歴史学者坂本太郎は、天武天皇10年（681年）に天皇が川島皇子以下12人に対して「帝紀」と「上古の諸事」の編纂を命じたという『日本書紀』の記述を書紀編纂の直接の出発点と見た。21世紀初頭現在でもこの見解が一般的である。 なお、近年になって笹川尚紀が持統天皇の実弟である建皇子に関する記事に関する矛盾から、『日本書紀』の編纂開始は持統天皇の崩御後であり笹川説によれば、建皇子の生母と葬地に関する記述の整合性に問題があり、天武天皇の時代から国家的事業として『日本書紀』の編纂作業が行われたとすれば、天武天皇の皇后（持統天皇）の実弟に関する疑問点は彼女から尋ね得た筈だとする。
また、川島皇子らは「上古の諸事」に関する編纂を命じられたとされているのに、当の天武天皇の時代の出来事（＝現代史）を含める『日本書紀』の実態は天武天皇の命と矛盾するとしている、とも指摘している。、天武天皇が川島皇子に命じて編纂された史料は『日本書紀』の原資料の1つであったとする説を出している。
高寛敏は、『日本書紀』編纂の出発点は天武記定本にあるが、それを具体化したのは、701年の大宝律令の完成と704年の国名表記の改定からであり、これによって初めて、『日本書紀』編纂の基本理念と歴史叙述に不可欠な地理的表現が確定したと考察した。また、天武年間から704年までの間は、史料の蒐集期間であり、まず天皇は皇帝＝周辺の藩屏国から朝貢される存在とされ、それを事実化するために朝鮮関係資料が必要となり、旧伝や天武賜姓に絡む異伝、それに民間伝承なども参照されなければならず、それらの個別的で断片的な史料は、律令の理念に沿うように手を加えられ、固有名詞もできるだけ統一されたが、それが分注などに引用された一書であると考えられる。
また、645年の乙巳の変が『日本書紀』にも藤原氏の『藤氏家伝』にも伝えられているが、この2つは藤原不比等が父の中臣鎌足を顕彰するために、また『日本書紀』の史料として8世紀初めまでに書いた「原家伝」に基づいて書かれたと考えられるとした。
加えて、高寛敏は、『日本書紀』、『藤氏家伝』はともに「三韓進調」「三韓表文」の語を用いているが、「三韓」とは「原家伝」にあった言葉であり、逆に「原家伝」以外の原本にはこの語は見えず、「三韓」の語は、隋唐時代に朝鮮三国を指して用いられ、7世紀後半には新羅でも用いられていることから、不比等は新羅使と積極的に接触しており、三韓一統の功臣である金庾信についてよく知っていたため、不比等は、金庾信と武烈王の逸話を用いて、鎌足と中大兄皇子間の話に換骨奪胎し、「三韓」の語を借りて乙巳の変の舞台を作ったとした。
そして、以上の点から、不比等は『日本書紀』編纂の全般に関わったと考えられ、『日本書紀』編纂のリーダーは舎人親王であるが、実際の責任者は不比等であり、不比等は自ら携わった大宝律令の理念を『日本書紀』で歴史化したと主張した。
なお、『続日本紀』和銅7年（714年）2月戊戌条に記された詔によって紀清人と三宅藤麻呂が「国史」の撰に加わったとする記事が存在しているが、『続日本紀』文中に登場するもう一つの「国史」登場記事である延暦9年（790年）7月辛巳条に記された「国史」が『日本書紀』を指し、かつ『続日本紀』前半部分の編纂の中心人物であった菅野真道本人に関する内容であることから、菅野真道が「国史」＝『日本書紀』という認識で『続日本紀』を編纂していたと捉え、紀・三宅の両名が舎人親王の下で『日本書紀』の編纂に参加したことを示す記事であると考えられている笹川尚紀「『日本書紀』の編纂者と本書の構成」（, 緒論）。加えて、『続日本紀』は、元々は全30巻で編纂されていたものが途中で全20巻に圧縮された結果、原稿から相当の記述が削除もしくは省略された後の姿が現在の『続日本紀』になったと考えられている。このため、本来ならば記述されるべき舎人親王が『日本書紀』の編纂責任者となった経緯を示す記事や完成時に天皇に出された筈の上表文、完成後に行われた筈の編纂関係者への褒賞に関する記事も圧縮のために省略されて簡略な記述になってしまったとみられている（これは、『続日本紀』に『古事記』に関する記述が全くない一因になったと考えられている）。
書名 『日本書紀』の書名については古くから議論が重ねられている。これは元々の書名についての議論で、主として『日本紀』だったとする説と、初めから『日本書紀』だったとする説が存在する。このような議論が生じた理由は近代以前の史料において『日本書紀』がしばしば『日本紀』と呼ばれていること、そして『続日本紀』を始めとした後の六国史が「日本紀」を書名に取っていることにある。さらに、『日本書紀』の書名に違和感を覚える者は承平年間（931年-938年）には既に存在していたと見られ、『釈日本紀』に引用された私記には書名を巡る問答が記録されている。『釈日本紀』においては、『後漢書』が帝王の事績を「書紀」、臣下の事績を「書列伝」という名でまとめているので、『日本書紀』はそれに倣ったのであるとされている。しかし、坂本太郎の指摘によれば現存する『後漢書』には上記のような区分を採用している事実はない。近世以降の学説について、以下に坂本太郎のまとめに拠って各説の概要を示す。
『日本紀』 『日本書紀』は元々『日本紀』だったという見解は江戸時代に伴信友が唱え、その後20世紀に入るまで通説として扱われた説である。その論拠は、『続日本紀』の上記養老四年五月癸酉条記事に「書」の文字がなく日本紀と記載があること、以後の日本の国史が『続日本紀』『日本後紀』のように「日本紀」の名を取っていることにある。しかし、元々の名前が『日本紀』ならば、なぜ後世に「書」字が加えられて『日本書紀』となり、さらにはこの新しい名前の方が正式な名前として扱われるに至ったのかが説明し難いこと、『万葉集』注釈などの奈良時代の書籍や『日本後紀』のような平安時代初期の書物にも「日本書紀」の用例が見えることなどから、近代以降見直しが進められた。「書」字の追加について、国文学者折口信夫は日本では中国の『漢書』『後漢書』に倣い、『日本書』が構想されたという見解を出した。中国では紀伝体の史書を「書」（『漢書』『後漢書』など）と呼び、帝王の治世を編年体にしたものを「紀」（『漢紀』『後漢紀』）と呼んでいた。従って折口は、『日本書』の一部として「紀」が作られるはずであったが、それが実現せず部分として構想された「帝王本紀」だけが完成を見たために『日本紀』と名付けられたとした。
『日本書紀』 当初から『日本書紀』という名称だったという説は、『日本紀』説の検証と発展の中から出た。『日本書紀』という書名の用例は非常に古く、奈良時代・平安時代初期の成立時期に近い時代の史料と古写本とに『日本書紀』と記しているものは数多く見られる。例えば、『弘仁私記』序、『釈日本紀』引用の「延喜講記」などには『日本書紀』との記述がみられる。初出例は『令集解』所引の「古記」とされ天平10年（738年）の成立といわれる。上で触れた折口信夫の見解は『日本書』の一部として「紀」が作られたものの、完成した部分は『日本紀』と名付けられたというものであったが、神田喜一郎は書名は本来『日本書』であり、『日本書』という題名の下に小字で「紀」としるしてこれが『日本書』の「紀」であることを表示したが、伝写を経る間に『日本書紀』となってしまったとする神田喜一郎（1965）「『日本書紀』という書名」『日本古典文学大系月報 第二期 第16回配本（日本書紀下）』岩波書店。
『前日本紀』 なお、平安時代初期には『続日本紀』と対比させる意味で、『前日本紀』と称している事例もある（『日本後紀』延暦16年2月乙巳条所引同日付詔）。
通説と現在の研究 かつて通説であった『日本紀』説は20世紀の検証を経て発展し、日本史学会の権威であった坂本太郎が神田喜一郎の説を支持したことなどを経て、2018年現在では『日本書紀』を原名とする説を支持する学者が多い。さらに、『日本書紀』の書名の研究では、2011年に塚口義信が「『日本書紀』と『日本紀』の関係について-同一史書説の再検討-」（『続日本紀研究』392号）において、これまでになかった第三の説を発表して注目を集めている。塚口は『続日本紀』の養老4年5月癸酉条の従前の解釈において「紀卅卷系圖一卷」に登場する系圖一卷は紀卅卷に附属されていたものとしているが、実はこの解釈以外に紀に系圖が附属されていたとする根拠はないとした上で、『弘仁私記』序や『本朝書籍目録』にも「日本書紀三十巻」「帝王系図一巻」と分けて記載されており、舎人親王が献上したのは『日本書紀』三十巻と別の書物であった系圖（『帝王系図』）の2種類の書物で、親王が修したとされる『日本紀』とはこの両書を合わせた総称であるとした。塚口説は総称である『日本紀』とその一部を構成する『日本書紀』の名前が類似しているという問題点はあるものの、残存する史料に基づいて『日本紀』と『日本書紀』が同じ書物を指すことを否定した見解と言え、もしこの見解が正しいとすれば『日本紀』と『日本書紀』を同一のものという前提に立ってきた既存の説は再考を迫られるものとなる。
荊木美行は塚口説を検証し、系圖の問題に関しては塚口説に同意する一方で、名称の問題に関しては『日本書紀』三十巻をもって「日本紀」と称する事例が国史にも見いだされるために成立には無理があるとしている（日本紀講筵において系圖の講義が行われないのは、書紀三十巻で「日本紀」と呼ばれることがあったのを示すのと同時に系圖が書紀の一部ではなかったことを示すとしている）。荊木は最初から「日本書の本紀」である『日本書紀』が正式名称であったが、書の実態を伴わないことから生まれた別称が「日本紀」であったとする。平安時代に入る（『続日本紀』が編纂される）頃には「日本紀」は国史を指す一般名詞化したことで、『日本書紀』を『前日本紀』と呼称したり、日本書紀とは別の書物である系圖に対しても国史としての意味合いで「日本紀」と呼ばれたりもした、と推測している。
読み 書名は上記に挙げる説を述べたが、読みについても、「にほんしょき」なのか「にっぽんしょき」なのか、証拠となる史料が発見されていないため今でも答えは出されていない。当時、「やまと」と訓読されることもあった「日本」という語を、どのように音読していたかは不明であり、また、奈良・平安時代の文献に「日ほん」という記述があっても、濁音も半濁音もなかった当時の仮名遣いからは推測ができないからである。主な例として、岩橋小弥太は著書『日本の国号』（吉川弘文館、）のなかで「にっぽんしょき」の説を主張している。現在では出版社における編集部の判断で「にほんしょき」として記述および出版されているが、前述したように答えが出ていない以上、これが結論となっているわけではない。
なお、一部には『日本紀』と『日本書紀』を全く別の書と考える研究者もいる。『万葉集』には双方の書名が併用されているのがその根拠である。
原資料 『日本書紀』の編纂にあたって多種多様な資料が参照されており、これらの原資料を坂本太郎は以下のように分類している。なお、ここに挙げる原資料は漢籍を除いて多くの場合現存しない。このため、その内容・性質については後世の研究者による推測であり、様々な見解があることに注意されたい。
帝紀 天皇の名前、世系、后妃および子女の名前、皇居の所在、治世中の重要事項、治世年数、陵墓の場所などをまとめたものであったと推定される。 旧辞 神代や神々の祭りの物語、天皇や英雄の物語、芸能物語、地名・事物の起源説話などからなっていたと推定される。 諸氏に伝えられた先祖の記録 旧辞とは異なる諸氏の先祖の物語。持統天皇5年（691年）に十八氏に先祖の墓記を提出させたことが記録に残されており、これが修史と関係していた可能性もある。 地方に伝えられた物語の記録 具体的にどのような記録があったのかは判然としないが、坂本は『日本書紀』中の地名説話や地方の物語の存在から、地方の伝承も採録されたと推測している。 政府の記録 天武天皇・持統天皇の記録は後世の『続日本紀』と遜色ないほど細かい年毎の記録があり、これは政府記録が利用できたことによる。天智天皇以前の記録は年毎の記録密度が疎であるが、これは壬申の乱でそれ以前の政府記録が失われたことによると推定される。 個人の手記 遣唐使の記録・私記や壬申の乱に従軍した舎人の日記などが利用されている。これらの私記・日記自体も恐らく修史用に編集されて提出されたものと見られる。 寺院の縁起 元興寺縁起を主として、寺院の縁起が参照されている。ただし対象となった寺院の範囲は狭く、たまたま参照できたものが使用されたのみで全国の寺院から記録を集めるような労は取られていない。 百済に関する記録 百済三書と呼ばれる史書（日本国内で百済系の人々によって編纂されたと推定される場合が多い）を始めとした百済の記録。特に継体天皇を取り扱った17巻などは大部分を百済関係の記事が占め、天皇の崩御年なども百済系の史書によって決定されている。 漢籍 中国の史書類等。『三国志』や『晋起居注』のような例外はあるものの、中国の史書は基本的に歴史的事件の典拠としてではなく、漢文を格調高くするための作文の典拠として用いられた。
漢籍については、それを元に『日本書紀』の本文を潤色した部位が概ね特定されており、巻毎に典拠として利用された漢籍の名前が既に整理されている。具体的には以下のようなものが利用された。なお倭の五王の詳細な記事を含む『宋書』はこのリストに含まれていない。
『芸文類聚』 唐初に成立した類書。45部門の項目について古来の事実、関連する詩文を収める。 『史記』 前漢代に司馬遷によって著された史書。中国初の正史とされる。 『漢書』 後漢代に成立した史書。班固撰。前漢の時代を扱う。 『後漢書』 南朝の宋代に成立した史書。范曄撰。後漢の時代を扱う。 『三国志』 西晋代に成立した史書。魏・呉・蜀を取り扱う。陳寿撰。『日本書紀』編纂で利用されたのは魏志・呉志のみで、魏志は書名を示して引用もされている。 『晋起居注』 現存しない。書名を示して引用されている。 『梁書』 唐代に成立した史書。南朝の梁を取り扱う。姚思廉撰。 『隋書』 唐代に成立した史書。隋を取り扱う。魏徴・長孫無忌撰。 『文選』 南朝梁の昭明太子編の詩文選集。130人、760編の詩文を採録する。 『金光明最勝王経』 仏教の経典。唐代に義浄によって漢訳された。
『日本書紀』の大半の巻に「一書曰」、「一書云」、「一本云」、「別本云」、「旧本云」、「或本云」という形式で分註が多数記されている。これらの中には典拠となった書名を記している場合があり、以下のような出典となった資料を知ることができる。ただしこれらは『魏志』を除いていずれも現存しておらず、その内容は原則的に『日本書紀』内の引用文からしか知ることができない。漢籍については上記参照。
百済三書（『百済記』『百済新撰』『百済本記』） 『帝王本紀』 『伊吉連博徳書』 『難波吉士男人書』 『日本旧記』 『日本世記』（高麗沙門道顯日本世記） 『鎌足碑文』 『譜第』
区分論と仏典・朝鮮変格漢文の影響 区分論 『日本書紀』は内容・語句・音韻など様々な観点から各巻をいくつかのグループに分類できることがわかっており、多くの学者が区分論を展開している。以下、主として坂本太郎と森博達の著作を参考にまとめる。
『日本書紀』の編纂は恐らくは長い期間と複数の撰修者の手によったと見られ、巻によって分担して編集されたものと考えられる。この結果として、担当した人間の漢文能力、筆癖、使用語句の特徴などが各巻に反映されることとなった。現代の学者は様々な着眼点によってこれらの特徴を洗い出し、いくつかのグループに分類する区分論を発達させてきた。区分において特に重要な指標となるのは同じような語句の使用傾向や用いられている万葉仮名の日本語と漢字音の対応（音韻の対応）、そして漢文の文法的誤りや日本語独特の発想による文章（和習）の分布などである。
当初の区分論は使用語句・仮名字種・分註件数の偏在などに着目して行われ、『日本書紀』が巻1系と巻14系に二分できることが明らかにされていった。森博達は、区分論の鏑矢となったのは岡田正之であり、岡田の遺稿『近江奈良朝の漢文学』（1929年）を『日本書紀』区分論の幕開けと評価している。1934年には福田良輔が分註の「之」字の用法に着目した語法分析による区分論を開拓した。藤井信夫は歴代の即位定都（神武天皇の場合の「辛酉年、春正月、庚辰朔 天皇即帝位於橿原宮」のように、即位に伴って宮について記されている記事）の書き方によって『日本書紀』を10のグループに分類し、鴻巣隼雄は「祖先」を意味する語として「始祖・皇祖」が用いられる巻（巻3-13、巻22-27）と、「先」が用いられる巻（巻14-21）に分類した。これらの区分論は細分化の程度に差はあっても、異なる着眼点によって分類されたもの同士の間で概ね一致した結果が得られている。区分論のいくつかの例を以下に示す。
+様々な基準による区分 巻 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 即位定都の表記法藤井信夫による区分。本表はのまとめに依った。 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 祖先を意味する語鴻巣隼雄による区分。本表はのまとめに依った。 - - 「始祖」「皇祖」 「先」 「始祖」「皇祖」 - - - 歌・助詞・引用等の形式太田善麿による区分。本表はのまとめに依った。 - - 伊 呂 イ ロ - - - 万葉仮名字種西宮一民による区分。本表はのまとめに依った。 - - I II - - I II I II 万葉仮名漢字音 β α β α β - この表で神代を扱う巻1、巻2が区分を割り振られていない例が多いのは、この2巻は分註を通じて別書から多数の引用文を載せているために他巻と異なり巻内の文章の性格が一定しないことによる。
区分論において近年とりわけ注目されたのは森博達による分析である。森は歌謡などを表記する万葉仮名に用いられている漢字音の音韻の分析によって『日本書紀』を2つのグループ（α群とβ群）に大別することができることを論証した（30巻には歌謡がなく、区分していない）。森の学説は近年の区分論における大きな進展であり、区分論に触れる際にはそれをどのように評価する場合でも大抵の場合言及されるの評価・要約については、、、およびにある森本人による学界からの反応のまとめなどを参考にした。。
森による分析でα群に使用されている万葉仮名の漢字音は唐代北方音（漢音）に依拠しており、β群のそれは倭音・複数の字音体系が混在していることが明らかになっている。そして森はさらにそれを発展させ、β群に和習が集中すること、漢文の初歩的な文法・語彙の誤りが頻出することなどから、β群は非中国語話者が主筆担当したと推定している。逆にα群では漢文の誤りが少ない事、和歌の採録時日本語の清音と濁音を区別できていないこと、日本の習俗に精通していないことがわかることなどから、中国系の渡来1世が主たる述作にあたったと結論している。さらにα群・β群内の混在（α群の中に和習の強い文章が混入している）や、特定の表現が頻出する筆癖などから、本文完成後の加筆や潤色等の編纂過程の手掛かりが得られるとしている。
仏典・朝鮮変格漢文の影響 森博達や石井公成などによると、『日本書紀』は 持統天皇期に中国人の続守言と薩弘恪が記したα群 文武天皇期に新羅に留学した山田史御方が記したβ群 α･β群に加えて元明天皇期に紀朝臣清人がα･β郡とは異なる文体、正格漢文に近い文体で巻30を述作し、三宅臣藤麻呂が誤用・奇用が目立つ文体で全体に潤色・加筆を行なった 過程があったとされる。そして、α群には 巻14〜21、24〜27 歌謡や訓注の万葉仮名は漢音 正格漢文によって綴られる 『金光明最勝王経』を用いた潤色が巻 15・16・17・19・20・21に見られる（後人の潤色加筆）