摂家（せっけ）とは、摂政・関白に任じられる家格のこと。藤氏長者に就く藤原氏嫡流の家であり、摂関家（せっかんけ）、摂籙家（せつろくけ） 、執柄家（しっぺいけ）ともいう。
鎌倉時代中期に近衛家・一条家・九条家・鷹司家・二条家の5つの家に分かれたため、五摂家（ごせっけ）とも言う。平安時代から江戸時代まで、公家社会における最高の家格であった。
歴史 摂関家の成立 平安時代前期、藤原北家の良房が清和天皇の外祖父として人臣初の摂政に任官し、その養子の藤原基経が関白の地位を占め4代に渡って執政の任についたことで、藤原北家基経流は他氏や藤原氏諸流と一線を画した家として扱われるようになった。延喜・天暦の治と呼ばれる天皇親政期を除いては摂関が常置されるようになり、基経の子孫がこれを占めた。摂関の地位は基経の子孫の諸流で争われるようになり、師輔の子孫である九条流が主導権を握った。師輔の子孫は8代に渡る天皇の外戚となり、中でも道長は長年内覧・一上として朝廷政治を掌握し、3代の天皇に自らの娘を嫁がせることで摂関政治の最盛期を築き上げた。この権勢は荘園の増大にも繋がり、「天下の地悉く一の家（道長家）の領となり、公領は立錐の地もなき歟、悲しむべき世なり」（『小右記』）と評されるほどの膨大なものとなった。道長の子孫は御堂流と呼ばれる。中でも道長の嫡子である頼通は50年にわたって摂関を務めている。弟教通は頼通から譲りを受けて関白となったものの、子の信長への権力継承に失敗し、頼通の子師実が嫡流として扱われるようになった。
一方で頼通と藤原氏とは外戚関係にない後三条天皇が即位すると、御堂流嫡流の権勢にも陰りが生まれた。頼通は晩年に教通から嫡子師実への摂関移行を求めたが、天皇はこれを拒絶している。ただし、次の白河天皇と藤原師実の関係は比較的良好で、白河天皇が退位して上皇として院政を開始した時に政治の実権を握っていたのは白河天皇の関白から堀河天皇の摂政に転じた師実であったとするのが近年の理解である(これは摂関政治の実質上の復権と言える)。しかし、師実と後を継いだ師通が相次いで病死し、若年の忠実が当主となると、御堂流嫡流の権勢の陰りは明らかになっていく。『愚管抄』によれば、鳥羽天皇が即位した際には、外伯父であった閑院流の藤原公実が摂政の任を望むという事態が発生したとされる。治天の君であった白河上皇が縁戚である公実に遠慮して決定を下せずにいたところ、院近臣源俊明が強硬にせまって院宣を取得し、忠実を摂政に据えたという。この出来事は摂関が天皇との外戚関係によって定まるものではないことを明確に示し、これによって外戚関係の有無に関わらず摂関を世襲する家としての摂関家が成立したとされている。さらに院政が進む中で朝廷の陣定などの意思決定機関は形骸化し、院や天皇の前での御前定・殿上定が政治の場となった（院評定）。これらの場への参加を決めるのは治天の君であり、摂関はかつてのような権力を持つものではなくなった。一方で白河上皇は摂関家を軽んじていた訳ではなく、崇徳天皇の中宮に忠実の子忠通の娘を据えるなど摂関家が再び外戚となることを望んでいた。しかし忠実の行動には問題が多く、上皇は忠実を処罰して隠居に追い込んでいる。
その後、忠実の跡を継いだ藤原忠通の後継者問題は、摂関家に深刻な問題をもたらした。元々忠実は忠通が弟の頼長及びその子である兼長を養子に迎えて摂関家を譲ることを望んだ。しかし、忠通はこの縁組を実子が誕生しなかったときの「中継ぎ」と認識していたらしく、自らの嫡子基実が誕生すると縁組を解消しようとした。しかし、大殿である忠実は基実の廃嫡と高陽院との養子縁組を宣言して忠通の子孫を摂関家の嫡流から外す意思を明確化し、忠通の反発を受け、ついに忠通に与えていた藤氏長者の座を奪って頼長に与えた。この騒動が保元の乱の一因となった。乱の結果、頼長が戦死して忠実と兼長も処罰され、戦後処分において頼長の所領が没収されたため、摂関家は所領を大きく失った。基実は嫡男として摂関の地位を継ぐが、長く傍流と位置づけられていたために摂関家継承の条件と考えられていた近衛大将に就かないままの就任となった。加えて、基実の嫡男である基通が平治の乱で処刑された藤原信頼の妹を母としていたことから、晩年の忠通は基実－基通の系統を嫡流から外そうと考えたと言われている樋口健太郎「藤原忠通と基実-院政期摂関家のアンカー-」（初出:元木泰雄 編『保元・平治の乱と平氏の栄華』〔中世の人物 京・鎌倉の時代編第1巻〕（清文堂出版、2014年）/所収:樋口『中世王権の形成と摂関家』（吉川弘文館、2018年） ISBN 978-4-642-02948-3） 2018年、P165-179.。この構想は具体化する前に忠通は死去するが、樋口健太郎は基実の同母弟である基房樋口健太郎「藤原忠通と基実-院政期摂関家のアンカー-」（初出:元木泰雄 編『保元・平治の乱と平氏の栄華』〔中世の人物 京・鎌倉の時代編第1巻〕（清文堂出版、2014年）/所収:樋口『中世王権の形成と摂関家』（吉川弘文館、2018年） ISBN 978-4-642-02948-3） 2018年、P178-179.を、野村育世は異母弟である兼実野村育世「家領の相続に見る九条家」『家族史としての女院論』（校倉書房、2006年）P118-122.・山田彩起子『中世前期女性院宮の研究』（思文閣出版、2010年）P222-223・256・263.ただし、野村説は忠通は母親の異なる二流を意図的に創出しようとしていたものとする。を後継者として考えていたとしている。基実はこの流れに対抗するために権勢を強めつつあった平清盛の娘盛子を妻に迎えていたが、24歳で急死した。摂関の地位は幼児の基通ではなく基房が継いだものの、嫡流の荘園は基実の子・基通が継ぐという前提で、盛子が相続して清盛の管轄下に置かれることとなった樋口健太郎「藤原忠通と基実-院政期摂関家のアンカー-」（初出:元木泰雄 編『保元・平治の乱と平氏の栄華』〔中世の人物 京・鎌倉の時代編第1巻〕（清文堂出版、2014年）/所収:樋口『中世王権の形成と摂関家』（吉川弘文館、2018年） ISBN 978-4-642-02948-3） 2018年、P179-181.。
近衛家と九条家の分裂 しかし、治承3年（1179年）に盛子が没すると、後白河法皇はこの所領を基通に渡さず、高倉天皇の管理下に移そうとした。これを受けて清盛はクーデターを起こし、法皇を幽閉するとともに基房を解官した（治承三年の政変）。基房は源義仲と組んで子の師家を摂政に就けて復権を図るも、源義経によって義仲が破れたためまたも失脚した。基通は平家から離れ、後白河に接近したことでその地位を固めた。
しかし平氏滅亡後、後白河が義経による源頼朝追討を支援したことで法皇に近い基通は失脚し、基実・基房の弟兼実が頼朝の支持を受けて関白となった。しかし頼朝は娘の大姫を入内させようとし、源通親と組んで兼実父子を失脚に追い込み、基通を関白に復帰させた（建久七年の政変）。基実・基通の家系は「近衛家」と呼ばれ、兼実の家系は「九条家」と呼ばれた。また基房の家系は「松殿家」と呼ばれる。
建仁2年（1202年）、後鳥羽上皇は兼実の子九条良経を摂政に任じ、また建永元年（1206年）には基通の子近衛家実を摂政に任じた。さらに建保6年（1218年）には良経の外孫が皇太子となり（仲恭天皇）、摂関家は近衛家と九条家の2つに分立することが明らかとなった。
一方でこの時期には藤原師長（頼長流）や松殿忠房（師家の弟）にも摂関就任の可能性があり、流動的な情勢が続いた樋口健太郎 『中世摂関家の家と権力』（校倉書房、2011年） ISBN 978-4-7517-4280-8。しかし結果的に彼らの復権はならず、近衛家や九条家に匹敵する家系にはならなかった。
近衛家は氏長者に相伝される殿下渡領以外の摂関家領のほとんどを掌握していた。一方で九条家は良経の子・道家が頼朝の妹を妻とした一条能保と二重の縁戚関係にあるなど、鎌倉幕府と強い関係を持っていた。道家の子の頼経は鎌倉幕府将軍となり、さらに仲恭天皇の外祖父となるなど権勢を誇った。承久の乱後には摂政を更迭されたものの、四条天皇の即位に当たって道家の子の教実が摂政に就任することで復帰し、その兄弟の実経・良実もそれぞれ摂関となっている。こうして道家は幕府から「天下の御計らひ」を認められるなど事実上の朝廷の主導者となった。嘉禎3年（1237年）、かねてから近衛家側から働きかけられていた近衛兼経と道家の次女仁子の婚姻が成立し、近衛流と九条流は和解を果たした。しかし寛元4年（1246年）の宮騒動により頼経は京都に送還され、道家も失脚に追い込まれた。
五摂家の成立 道家の失脚後、関白には近衛兼経が再任された。建長4年（1252年）10月、兼経は幕府との協議の上で、弟兼平に摂政職を譲った。これは『続本朝通鑑』では幕府による近衛家の勢力削減計画だとしているが、兼経はこの4年前にも兼平に摂政を譲ろうとしており、幕府の介入か考えにくい。兼平は摂関家嫡子と同じ経路で昇進しており、父の近衛家実によって、兼経の子基平が成長するまでの中継ぎとされていたと見られる。兼平の嫡男基忠も摂関家嫡子としての叙爵を行われており、基平が早世した際には中継ぎとして関白に就任することで、近衛家のスペアとして摂関家の地位を確立した。彼の子孫は近衛室町殿の北にある鷹司室町殿を本邸としたため「鷹司家」と呼ばれるようになった。
九条家は建長3年（1251年）に了行の謀反事件への連座によって一門が勅勘の処分を受け、厳しい状況に追い込まれた。道家の嫡男であった教実の嫡男忠家は右大臣を解任されてから20年間も無官のままであり、その嫡男忠教は叙爵にあたって摂関家庶子の従五位上に叙されるなど、摂関家としての地位から転落する危険性もあった。これは後嵯峨上皇が道家の嫡男である忠家を警戒していたためと見られる。一方で道家次男の良実は幕府に父を訴え出るなどの行動に出ていたため、幕府との関係は親密であった。弘長元年（1261年）には幕府の後押しもあって関白に再任され、嫡男師忠もスピード昇進し、摂関家としての地位を固めつつあった。また4男実経も弘長3年（1263年）に左大臣に復帰し、文永2年（1265年）には関白に再任され、事実上の九条家嫡流の地位に就いた。これは実経が所領の一部を良実に譲渡し、その見返りで関白再任を果たしたものと見られる。良実の家系は二条京極殿を伝領したため二条家と呼ばれるようにあり、実経の家系は一条室町殿を伝領したため一条家と呼ばれるようになった。また後嵯峨上皇没後の文永10年（1273年）になってようやく忠家は関白に再任され、九条家は摂関家として復権した。これにより近衛家・鷹司家・九条家・二条家・一条家の5つが摂関家、「五摂家」と呼ばれる家格が確立した。
これ以降、家督を巡る内紛から一時的に分裂する事例はあっても、基本的には嫡流のみが摂家を継承して5つに固定される原則が成立する。それはこれ以上の分立は他の堂上家の就くべき官職を奪うことになり、その存立にも関わることになるため、朝廷や幕府がこれ以上の摂家の分立を抑止する方針があったのではないかとする推測がある（「五摂家」の確立以降、当主・嫡男以外の摂家出身者の大臣就任がほとんど見られなくなるのはその反映と考えられている）。嘉元2年（1304年）には一条家の当主であった一条内実が、摂関に就くことなく没した。このため一条家は摂関家としての地位から転落するおそれがあったが、没する前日に内覧に任じられることで家格転落の危機を免れた。樋口健太郎は五摂家の体制を維持しようとする幕府の意図が働いたとしている。近衛家基は鷹司兼平の娘との間に家平、亀山天皇の皇女との間に経平を儲けた。経平はその母の血統のために摂関家嫡子と変わらない速度で昇進し、その子の基嗣は関白に就任した。こうして近衛家においては分裂が発生することとなったが、家産については家平嫡子の経忠に属するという元弘年間（1331-1334年）の後醍醐天皇の勅裁が出ており、この時点では近衛家の分裂は定着するという性質のものではなかったと見られる。
13世紀末以降、摂関就任については各家の優劣はなくなり、それぞれの当主の叙爵順で摂関に就任することが定例化することとなった。五摂家は近衛・鷹司の近衛流、九条・一条・二条の九条流に大別される。ただし二流派は必ずしもそれぞれ一体のものであったわけではない。同じ九条流でも、九条家と一条家はそれぞれ九条流嫡流の地位を巡って争っていた。
10世紀以降、公家にはそれぞれに極めるべき家職（陰陽道や書道、華道、香道、和歌、雅楽楽器、蹴鞠など）があるという概念が確立することとなる。摂家の家職は公家にとって必須の有職故実であり、他の堂上家はそれを学ぶ家礼となる、一種の師弟関係を持つようになった。この関係は累代に渡って固定されることが多くなり、摂家とそれに属する家である門流を形成するに至った。ただし門流・家礼の関係は固定的なものではなく、場合によっては家礼から離脱することもあった。大半の堂上家がいずれかの摂家の家礼となっており、江戸時代の時点で近衛家48家、九条家20家、二条家4家、一条家37家、鷹司家8家となっている。このため摂家は他の堂上家を一般庶民を指す凡下と呼んでいた。
一方で摂関家は皇后や中宮を出すことも無くなり、幕府や天皇との関係も希薄となっていった。このため14世紀になると摂関家の地位に対する疑問を持つ声も聞かれるようになる。嘉元3年（1305年）には吉田定房が家礼としての例を取らず、かつて摂関家に礼を取っていたのは摂関家が「執政」であったためであるが、今では違うと反発する事態となっている。
これに対して摂家の側も、特別な存在であることを主張する動きに出るようになる。正応元年（1288年）には関白二条師忠が伏見天皇の即位礼において即位灌頂という密教儀式を導入し、二条家に伝わる「秘事」であると主張した。即位灌頂は他の摂家にも取り入れられ、摂家に新たな存在価値をもたらすこととなった。
南北朝期の摂家
後醍醐天皇はかねてから二条道平・近衛経忠・鷹司冬平を重用しており、関白辞任後も内覧に任じて自らの側近とした。元弘元年（1333年）に後醍醐による倒幕計画が発覚すると、道平は祖父の師忠から子孫に至るまで家督の地位から外すこととされた。しかし後醍醐は間もなく京都に復帰し、かつて自分が任じていた関白鷹司冬教を解任し、後任の関白を任命しなかった。一方で道平を内覧に任じ、その後も経忠と冬教を任じるなど、摂家が天皇を補佐するという体制自体を大きく変えるものではなかった。
建武3年（1336年）、足利尊氏が光明天皇を擁立し、後醍醐が吉野に逃れたことで南北朝時代が始まった。この状態で摂家の多くは北朝方についたが、経忠は関白の地位をなげうって吉野の後醍醐のもとに赴いた。また道平の弟二条師基も南朝に下っている。経忠はその後京都に和平交渉のために戻ったが、関東の武士に藤氏一揆を呼びかけるなど不審な動きを見せた。観応2年/正平6年（1351年）、尊氏が弟直義と戦うために南朝に降伏したため、北朝が一時廃止され、南朝の関白であった師基が関白となった（正平一統）。また近衛家の家督に経忠が復帰している。しかし観応3年/正平7年（1352年）には再び敗れ、北朝が再建された。この際、後光厳天皇の践祚に尽力した二条良基は天皇の厚い信頼を受けるようになる。良基は文和2年/正平8年（1353年）の京都失陥時にもいち早く後光厳のもとに参陣している。この後、一条内嗣や経忠の子孫が南朝に仕えているが、北朝の優位が確定したことで、近衛家と一条家の分裂問題はほとんど決着した。
室町時代の摂家 二条良基は「天下を独歩し、公家政務、殆んど掌に在り」と呼ばれるほどの権勢を振るった。三代将軍の足利義満は将軍の権威を高めるために自らの公家化を推進することとなるが、朝廷側における重要な協力者が良基であった。良基は義満の師範役となり、儀式の作法を伝授した。これは朝廷の公事復興のために室町幕府の力が必要であったためと見られる。
室町時代においても摂関の人事は事実上将軍に握られており、二条師嗣は任関白を義満の恩賞であると表現している。幕府は公家の所領保護も行っており、これを通して公家昵近衆と呼ばれる室町殿の家礼となる公家も現れた。摂家も例外ではなく、近衛道嗣は義満の昵近として財産を増やしたが、その心労が重なったことで病気になったと評されている。また師嗣は義満の怒りを買ったことで出家に追い込まれている。
義満以降、足利将軍家は摂家に準ずる権門として扱われるようになった。この体制下では、将軍家は摂家のように振る舞うためにはその先例を必要とし、儀式の指導を仰ぐ存在として摂家は重要な存在となった。また朝廷の主宰者としての摂家の存在は、将軍が朝廷を指導するうえでも有用であった
また二条家は当主が将軍家から偏諱を受け、従属的な親族関係に組み込まれるなど、特に将軍家に近い存在となった。五摂家分立から武家関白の成立までの330年間で摂関となったのはのべ86人であるが、うち26人が二条家で、在任期間も116年と他の摂家平均の2倍以上となる。また良基の末子一条経嗣は義満の親任を受け16年に渡って関白を務めているが、これは良基の後継者としての評価が背景にあったものと見られる。経嗣の子一条兼良は任官拝賀を行えないまま摂政を辞任することになるなど不遇であったが、伏見宮家との結びつきにより後花園天皇の時代に准三后でありながら関白に再任されるなど異例の厚遇を受けた。応仁の乱以前で関白の再任が認められたのは二条家と一条家のみであった。一方で近衛家の当主は1年から2年ほどしか関白に在任できず、鷹司家は鷹司冬家が摂関に就任できなかったことでそれ以降の当主の昇進が遅れた。また九条家は政忠と政基という甥・叔父間で家督を巡る争いが起き、その後も尾を引く混乱が発生した。
戦国期の摂家 応仁の乱が発生すると、一条室町殿を始めとする多くの公家屋敷が炎上し、現任関白の兼良をはじめとする摂家の人々が疎開に追い込まれた。また前関白一条教房は土佐国にあった所領経営のために下向し、土佐に在国しながらも一条家の一族として扱われる土佐一条氏の成立に繋がった。これは年貢収入を確保し、京都での一条家の活動を支えることに繋がった。
戦国時代に入ると、幕府による朝廷への支援が激減したため、朝廷と公家の財政はより厳しいものとなった。摂家は他の公家に比べると財政状況は良かったものの、永正3年（1506年）には鷹司兼輔が任内大臣の陣宣下に用いる費用を用立てできず、消息宣下で済ます事態となっている。また二条家は特に幕府への依存が強かったことと当主の早逝が相次いだことで経済的に困窮し、清華家の今出川家よりも昇進が遅れるという異常事態を招いている。二条尚基は衣服も満足に用意できないほど困窮し、二条尹房は周防国の大内義隆のもとで庇護されたが、天文20年（1551年）の大寧寺の変で父子もろとも殺害された。また九条家では政基・尚経父子が家司の唐橋在数を斬殺するという大事件を起こし、永正8年（1511年）4月6日には父子の家来が衝突して合戦を起こすという事態を招いている。また政基は細川京兆家の当主細川政元の養子に澄之を出し、細川家との関係を強めようとしたが、澄之は永正の錯乱の中で敗死した。
朝廷の意思決定や意思伝達はほとんどが形骸化し、天皇の意思伝達も詔書や宣旨ではなく女房奉書によるものが主なものとなった。残された朝廷の重要な朝儀には改元の陣儀、叙位任官の消息宣下などがあったが、摂家はほとんどこれに参加しないようになる。またこの頃開始された、天皇の政治機能を実質的に支えていた禁裏小番にも参加せず、天皇の私的な行事にもほとんど参加しなくなった。また摂家の子女が女房衆として出仕することもなくなった。このため室町・戦国期を通じて摂家の子女が皇子・皇女を産んだ例は一例もない。
しかし近衛家は京都近郊の宇治や摂津国に荘園を持っていたこともあり、比較的経済的な余裕があった。また近衛政家は足利義政に接近して信頼関係を深め、他の摂家である一条家・二条家・鷹司家とは友好的な関係を築いた。一方で九条家とは緊張感をはらんでいた。しかし足利義晴が没落していた時期には近衛稙家の留任願いが却下されるなど、将軍の地位が不安定である中では、その地位も盤石とはいえなかった。義晴の復帰後、稙家はさらに将軍家との連携を深め、義晴に自らの娘慶寿院を嫁がせた。慶寿院の子である足利義輝にも娘を嫁ぎ、義晴流と近衛家の関係は一層強固となった。近衛家は幕政にも介入し、幕府を介して朝廷への影響力を持つようになった。しかし三好長慶によって義晴は度々京都を追われ、稙家はそれに随行せざるを得なかった。義晴の子義輝も三好氏と度々対立し、稙家の子近衛晴嗣（後の前久）は、現任の関白でありながら、親義輝派の大名である越後国の長尾輝虎を頼って関東に下向し、その関東計略を支援することで間接的に京都の体制を立て直そうとした。永禄3年（1560年）の正親町天皇の即位式においては、関白である晴嗣が参加したことが珍しいことであると皮肉られたという。
しかし永禄8年（1565年）の永禄の変で、義輝と慶寿院が自害に追い込まれ、将軍家と近衛家の連携体制は崩壊した。晴嗣は三好氏が擁立した足利義栄や松永久秀に接近したが、京都を支配することになるのは織田信長に擁立された足利義昭であった。晴嗣は関白を解任されて追放となり、かわって義昭側近の二条晴良が関白となった。晴良は義昭政権・織田政権に深く関わり、九条家と鷹司家に養子を送り込み、五摂家のうち三つを抑えることとなった。一方で前久（晴嗣）も信長の取り成しで赦免され、その意向を受けて使者となるなど、織田政権との関係は悪くなかった。また一条家も長宗我部氏と対立していたことで信長との関係はよく、五摂家は基本的に織田政権の支持者となっていた。
武家関白期の摂家 天正13年（1585年）、近衛信輔と晴良の間で関白就任を巡って紛争が起きていた（関白相論）。これに目をつけた羽柴秀吉（豊臣秀吉。当時は平朝臣を称していた）は、1585年（天正13年）に信輔の父前久の猶子となり、藤原朝臣秀吉（近衛秀吉）として関白就任を果たした。この時、秀吉の要請を受けた前久は、天下はすでに秀吉に掌握されているため、「五家ヲコトコトク相果サレ候トモ、誰カ否ト申シヘキ（五摂家をすべて滅亡させようと誰も異論を出せない）」と述べている。
翌年、秀吉は豊臣に改姓した。この時点で秀吉は関白職を後陽成天皇の皇子（後の八条宮智仁親王）に譲るとしていた。天正17年（1589年）には秀吉の子鶴松が生まれ、後陽成天皇は関白の後継は鶴松にするべきであるかという下問を秀吉と五摂家当主に対して行った。五摂家当主は叡慮に異存がない旨を返答し、こうして豊臣家による関白職の世襲が定まった。鶴松が夭逝した後、秀吉養子である豊臣秀次に関白を譲った。文禄3年（1594年）には近衛家当主である信輔が秀吉の勘気に触れ、薩摩国へ流罪となった。信輔の罪状を記した書状の中で秀吉は、一在所を切り取ることもできない五摂家より、秀吉がこの職を預かるのがましであったとして、武家関白の正当性を述べている。秀吉の在世中、摂家は摂関はもちろん、大臣も天正20年に信輔が左大臣を辞して以降は任官できなかった。また信輔のほかも菊亭晴季が文禄4年（1595年）まで右大臣を務めたが、関白左大臣秀次の追放に伴って流罪になり、それ以降は武家の内大臣徳川家康一人という朝廷史上の異常事態となった。
太政大臣秀吉が没した慶長3年（1598年）には菊亭晴季が右大臣に復帰した。同年には後陽成天皇が譲位の意向を示したが、この際に五摂家当主から意見の聴取が行われている。慶長5年（1600年）の関ヶ原の戦い後には家康の要請で九条兼孝が関白・左大臣に就任し、摂家関白が15年ぶりに復活した。9年（1604年）九条幸家の正室に豊臣家から豊臣完子が嫁いだ。12年（1607年）に豊臣秀頼が右大臣を辞して以降は武家の大臣は公家のものとは別扱いとなり、朝廷の官位体系は従来に戻った。
江戸時代の摂家 江戸幕府は摂家を朝廷の取締を行う家として扱うようになった。慶長14年（1609年）には後陽成天皇が猪熊事件の処分を不服として譲位を求めるようになったが、家康はこの際に天皇に対する7か条の意見書を奏上している。この第4条では摂家衆は存じ寄りのことがあれば互いに談合して天皇に申し入れるよう求めており、摂家は天皇に対して諫言を行う存在であるとしている。また摂家に対しても天皇に「諸事御異見」することが第一であると伝えている。これを受けて摂家衆は天皇の説得にあたり、譲位を断念させた。
元和元年（1615年）、家康は禁中並公家諸法度を制定した。これにより摂政・関白は武家伝奏とともに公家と門跡支配の中核に位置づけられた。また第4条では摂関には摂家の中でも器量のあるものしか任命してはならないとしている。これ以降関白の進退はすべて幕府の協議と承認を必要とするようになった。さらに天皇の政務を助ける存在として勅問衆が設置された。勅問衆のメンバーは摂家の人物のみであり、当初は現任の関白と大臣のみであったが、元文3年（1738年）以降は権大納言以上の摂家当主が加わり、19世紀のはじめ以降は権大納言以上の摂家構成員に拡大された。ただし勅問衆への諮問の多くは官位叙任に関わる問題であり、半ば手続き的な扱いであった。寛文3年（1663年）には議奏が設置され、関白と武家伝奏・議奏の両役が朝廷執行部となる体制が整った。
寛永11年（1634年）、幕府は九条幸家の子道基による松殿家の再興を承認した。この松殿家の家格については定まっていなかったが、寛永18年（1641年）に松殿家は一代限りの摂家とされることになった。道基の母は豊臣秀勝と、崇源院の娘完子であり、崇源院と徳川秀忠の子である将軍徳川家光と国母東福門院にとって、道基は従兄弟に当たっている事が大きいと見られている。この際、三条西実条は摂家は五家に定まっているが、上意であれば特に問題はないとしている。道基は正二位権大納言の時に32歳で没したため、結果的に摂関となることはなかった。道基には子がおらず、養子を迎えることもなかったために松殿家は断絶となり、道基の知行1000石は九条家に吸収された。以降松殿家は2度再興が検討されているが、摂家としての再興は過分であると判断されるようになっている。
江戸時代前期において摂関は、おおむね五摂家当主の先任順による就任が行われた。しかし後期になると九条・二条・近衛の当主早逝が相次ぎ、一条・鷹司の摂関在任が多くなった。中でも鷹司政煕は19年、鷹司政通は33年に渡って関白を務めている。
江戸時代における太政大臣任官者は7名のみであるが、すべて摂家出身者であった。また左大臣・右大臣についてもほぼ摂家出身者で独占された。清華家出身の左大臣はわずか10名であり、しかも2年以上在任した例はなく、一年以上在任した例も万治3年（1660年）から寛文11年（1671年）までの10年間に集中している。また右大臣任官者は20名であり、大臣家出身の右大臣も2名に過ぎなかった。摂家以外の大臣は数も少なく在任期間も短かったため、朝廷の会議に参加しない慣習が生まれた。一条内房はこのような風習を嘆き、自らの関白在任中には摂家以外の大臣を参加させると記している。
近世には南北朝時代以来中絶していた天皇の嫡妻が復活したが、嫡妻である中宮・皇后・女御は基本的に摂家出身者であり、13人中9人が摂家出身者であった。嫡妻は他の天皇の妻が次代の天皇を産んでいたとしても格上として待遇され、その子も嫡妻の「実子」として扱われた。このため天皇幼少時などでは、朝廷において摂家出身の天皇嫡妻が大きな影響力を持つことに繋がった。
家臣団と家内統制 『近世朝廷人名要覧』所収の「公家鑑」による集計では、近世前期の五摂家の諸大夫は各家2人から4人程度で、17世紀末から18世紀初頭には4人から7人程度となった。一条家は一部の増員期を除いておおむね3人から6人で推移し、他の4家では18世紀以降に増員が進み、幕末には10人を超える例もみられた。