『とある魔術の禁書目録』（とあるまじゅつのインデックス）は、鎌池和馬による日本のライトノベルシリーズ。また、それを原作・題材とした派生・メディアミックス作品群。イラスト担当は灰村キヨタカ。電撃文庫（メディアワークス→アスキー・メディアワークス→KADOKAWA）にて2004年4月から刊行されている。略称は「とある」「禁書目録」「禁書」「インデックス」など。スピンオフを含めて「とあるシリーズ」と呼ぶ場合もある。
SFやファンタジーの要素を取り入れ、超能力や兵器などオーバーテクノロジー尽くしの「科学サイド」と、聖書や魔術などのオカルト尽くしの「魔術サイド」という、相反する設定の2陣営が混在し対立するという世界観を描いたバトルアクション作品である。
本作のスピンオフ作品『とある科学の超電磁砲』『とある科学の一方通行』『とある暗部の少女共棲』については、当該項目を参照のこと。
解説 作品成立の経緯 鎌池が第9回電撃ゲーム小説大賞の第3次選考に落選した際、現在の担当編集者である三木一馬の目に留まり、その後1年ほど2人で試作を何本も考案・執筆し試行錯誤を続ける。その中の1本にあったシスターの少女と不思議な腕を持つ少年の話を基に生まれた作品が本作である。
構想の原点としては、「RPGのようなMP消費で何でもありの魔法使い」とは別の、歴史上に実在した魔術師や儀式への疑問を持った鎌池が検索エンジンでそれらを調べ興味を深めたのがきっかけ。そして、最初にインデックスを考案し、彼女を軸に魔術や上条が作られ、それらの対比として学園都市という舞台が生まれるなど、様々な要素を肉付けしていく形で本作の設定が広がったという。
構成 三人称形式で書かれ、たびたび他の人物視点に移動する「神の視点」で描写されるが、基本的には主人公一人の視点で進行する。しかし物語の進展などによって登場人物が増えるにつれ、徐々に群像劇的な構成への変遷が見受けられる。
巻ごとにそのエピソードを象徴するようなキーワードやテーマが決められており、巻によって雰囲気やタッチが変化することがしばしばある。また、鎌池が自身の小説的な手法や技術を模索するため、各巻に実験的な課題を設定しながら執筆しているという。
作品全体の大きな区切りとしては、第7巻から第11巻前後までが「ローマ正教」編、第12巻前後から第22巻までが「神の右席」編とされる。「神の右席」編で大きな節目を迎えたことにより、第22巻の次巻からはナンバリングをリセットし、新シリーズ『新約 とある魔術の禁書目録』（しんやく とあるまじゅつのインデックス）が23巻にわたって刊行された。2020年2月からは再びナンバリングがリセットされ、さらなる新シリーズ『創約 とある魔術の禁書目録』（そうやく とあるまじゅつのインデックス）が刊行中。
作風・特徴 主人公がバトルで困難を打開する展開がメインであり、少年漫画的な作風と評されることが多い。鎌池曰く「複雑な問題を抱えた魔術師なり能力者なりを、主人公が真正面から叩いていく話」であり、その不屈の姿勢で困難を切り開いていく上条の戦いが作品の柱である。また、地の文や台詞内で作中設定を説明する場面が多く、シーンごとの登場人物の動きの落差が大きいと自己評価している。また、本来の漢字と違う読み方の特殊ルビ（主にカタカナ）が作中設定の用語や人物の二つ名等に多用されることも特徴の一つ『とらドラ!VS禁書目録』 「TVアニメ化記念特別対談 原作者・鎌池和馬×監督・錦織博」。。
登場キャラクターが非常に多彩である。名前とデザインがある登場人物だけでも優に100人を超えており、ヒロインとされる女性キャラクターも多い。鎌池によると、新ヒロインや新キャラクターを軸に新たな話を作る手法を得意としているためであるといい、「あらゆるヒロインを一つのシリーズにぶち込んで全方位死角なしにしてる」とも語っている電撃文庫MAGAZINEVol.11 「電撃作家スペシャルトーク そこまでぶっちゃけちゃっていいんですか!? 第2回 鎌池和馬×成田良悟」。。また、初期では読者を飽きさせないよう巻ごとに軸となるヒロインを変えていたが、9巻辺りからは徐々にヒロインメインから世界観メインにシフトしていったとのこと電撃PlayStationVol.480 特別付録 『とある魔術の禁書目録&とある科学の超電磁砲 学園都市白書（クロニクル）』 「巻頭スペシャルインタビュー 鎌池和馬」。。
さらに、主人公に設定した登場人物の周りにストーリーが作られるイメージを意図していると語っており、作品内のあらゆる登場人物に視点を合わせるとその人物を中心とする話ができ、誰でも主人公になれる作品だという『オトナアニメ Vol.16』 「鎌池和馬10000字INTERVIEW 「とある」シリーズを生み出した頭脳を探る！」。。物語の進展によって主人公格や準主人公格とされる主要キャラクターが増えるのはこのためである。
なお、特徴的な語尾やしゃべり方をするキャラクターが非常に多いが、これは作中の会話文でいちいち動作を補足することなく、一目で誰がしゃべっているのか判別できるようにするための措置である。
実績・評価 2019年6月時点で原作の累計発行部数は1800万部、同年7月時点で「とあるシリーズ」の累計発行部数は3100万部をそれぞれ記録している。また、電撃文庫で原作小説の累計発行部数が1000万部を突破したのは本作が初である。
第1巻発表時、「無名の新人作家としては快挙」と担当者が評するほど「メチャクチャ売れた」とのことで、発売日直後に重版するほどのヒット作となった。
日経エンタテインメント!調べによる読者層の分布では、20代前半の男性が圧倒的に多い日経エンタテインメント!2011年9月号 No.174 『特集 560万人の購入データを大調査 売れる作家&マンガ家150人 「今旬作家10連発」』。。
宝島社が主催する2010年11月の『このライトノベルがすごい!』2011年版で作品部門1位、男性キャラクター部門で上条当麻が1位、女性キャラクター部門で御坂美琴が1位、イラストレーター部門で灰村キヨタカが1位を獲得した。なお全4冠の達成は史上初の快挙である。2014年度においても、「このラノ10年間のベストランキング」1位を獲得し、男性部門・女性部門でも登場人物が定期的に首位を獲得している。『このライトノベルがすごい!2020』にて発表された「2010年代総合ランキング」でも2位となり殿堂入りが決まった。「電子書籍アワード2014」ライトノベル部門では2位を獲得している。
2025年8月15日、とある魔術の禁書目録1巻に重版がかかり、100刷となったことがX（旧Twitter）にて鎌池和馬公式より公表されたhttps://x.com/KAMACHI_KA/status/19562831712106783822025/08/24閲覧。鎌池和馬公式情報@KAMACHI_KA。。
沿革 2004年4月、文庫『とある魔術の禁書目録』第1巻が刊行。 2006年10月、第11巻の発売とともにメディアミックス企画『禁書目録計画』が発表され、『月刊少年ガンガン』（スクウェア・エニックス）と『月刊コミック電撃大王』（メディアワークス）での2誌同時コミカライズが決定。 2007年、『電撃大王』2007年4月号より外伝『とある科学の超電磁砲』、『少年ガンガン』2007年5月号より『とある魔術の禁書目録』がそれぞれ連載開始。 2007年6月、ラジオ番組『電撃大賞』内でラジオドラマが放送され、同年12月はドラマCDが発売された。 2008年10月から2009年3月まで、テレビアニメ『とある魔術の禁書目録』が放送された（詳細は後述）。また、それに関連してWEBラジオ『とある“ラジオ”の禁書目録』の配信も行われた。 2009年10月から2010年3月まで、テレビアニメ『とある科学の超電磁砲』が放送された。また、アニメ化に先駆けてWEBラジオ『とある“ラジオ”の超電磁砲』の配信も行われた。 2010年10月、原作小説の国内累計発行部数が電撃文庫創刊以来初となる1000万部を突破。 2010年11月、『このライトノベルがすごい!』2011年版にて、作品部門1位、キャラクター男性部門1位、キャラクター女性部門1位、イラストレーター部門1位の全４冠を達成。 2011年1月27日、PSP専用ソフト『とある魔術の禁書目録』が発売。 2011年3月10日、新シリーズ『新約 とある魔術の禁書目録』第1巻が刊行。 2010年10月から2011年4月まで、テレビアニメ『とある魔術の禁書目録II』が放送された。また、WEBラジオ『とある“ラジオ”の禁書目録II』の配信も行われた。 2011年12月8日、PSP専用ソフト『とある科学の超電磁砲』が発売。 2012年12月14日、ソーシャルゲーム『とある魔術の禁書目録 頂点決戦』の配信が開始した。 2013年2月21日、PSP専用ソフト『とある魔術と科学の群奏活劇（アンサンブル）』が発売。 2013年2月23日、アニメ映画『劇場版 とある魔術の禁書目録 -エンデュミオンの奇蹟-』が公開。 2012年10月から2013年3月まで、映画化に先駆けて、WEBラジオ『劇場版 とあるラジオの禁書目録』の配信が行われた。 2013年4月から9月まで、テレビアニメ『とある科学の超電磁砲S』が放送された。 2013年8月26日から10月10日まで、『とある作品の大総選挙』を開催。 2013年9月、『月刊少年ガンガン』2013年10月号と『ガンガンONLINE』より、外伝『とある日常のいんでっくすさん』が連載開始。 2013年11月、『このライトノベルがすごい!』2014年版にて、「このラノ10年間のベストランキング」1位を獲得。 2013年3月から12月まで、テレビアニメ『とある科学の超電磁砲S』に先駆けて、WEBラジオ『とあるラジオの超電磁砲S』の配信が行われた。 2013年12月、『電撃大王』2014年2月号より外伝『とある科学の一方通行』が連載開始。 2014年9月、『禁書目録』を含めた各鎌池和馬作品のキャラクターが登場する『鎌池和馬「とある魔術の禁書目録」10周年記念完全新作アニメーションPV』が公開。 2015年10月、『電撃大王』2015年12月号より外伝『とある偶像の一方通行さま』が連載開始。 2016年5月、『電脳戦機バーチャロン』シリーズとのコラボ小説『とある魔術の電脳戦機』が刊行。 2017年4月、『電撃大王』2017年6月号より外伝『とある科学の超電磁砲外伝 アストラル・バディ』が連載開始。 2018年2月15日、PS4/PS Vita用ソフト『電脳戦機バーチャロン×とある魔術の禁書目録 とある魔術の電脳戦機』が発売。 2018年10月から2019年4月まで、テレビアニメ『とある魔術の禁書目録Ⅲ』が放送された。 2019年7月4日、ソーシャルゲーム『とある魔術の禁書目録 幻想収束』の配信が開始した。 2019年7月から9月まで、テレビアニメ『とある科学の一方通行』が放送された。 2020年1月から9月まで、テレビアニメ『とある科学の超電磁砲T』が放送された。 2020年2月7日、新シリーズ『創約 とある魔術の禁書目録』第1巻が刊行。 2021年7月27日、『コミックNewtype』にて外伝『とある科学の心理掌握』が連載開始。 2022年6月10日、15周年を記念して電撃文庫より小説『とある科学の超電磁砲』発売。 2023年3月10日、電撃文庫より『とある暗部の少女共棲』。 2023年10月27日、『電撃大王』2023年12月号より『とある暗部の少女共棲』が連載開始。 2024年2月1日、『電撃ノベコミ＋』より『エース御坂美琴 対 クイーン食蜂操祈』が毎日連載開始。 2025年2月16日、電撃文庫 超新春感謝 冬の祭典オンライン2025にて、とあるプロジェクトの新シリーズが始動することが発表された。
あらすじ 超能力が科学によって解明された世界。能力開発を時間割り（カリキュラム）に組み込む巨大な学園都市。その街に住む高校生・上条当麻のもとに、純白のシスターが現れた。彼女は禁書目録（インデックス）と名乗り、魔術師に追われていると語る。こうして上条当麻は、科学と魔術の交差する世界へと足を踏み入れていく。
無印・新約のストーリーの区分けについては、鎌池和馬公式サイトのものに準ずる。
無印 学園都市編（1 - 10巻） 第1巻 7月20日。上条当麻は、自分の部屋のベランダに引っかかっていた少女と出会う。インデックスと名乗る彼女はこの世界には科学とは異なる魔術の世界があり、自分は魔術師に追われていると語る。上条はそれを信じられなかったが、彼の前にインデックスを狙うイギリス清教の魔術師・ステイル＝マグヌスと神裂火織が現れる。 第2巻 8月8日。上条はインデックスを救うために記憶を失うが、周囲にはそれを隠していた。8月8日、そんな彼のもとにステイルが現れ、三沢塾という進学塾に巫女姿の少女・「吸血殺し」こと姫神秋沙が囚われていることを告げる。三沢塾を占拠する元ローマ正教の錬金術師・アウレオルス＝イザードから彼女を救い出すため、上条は魔術サイドの事件解決に駆り出されることとなる。 第3巻 8月20日。上条は御坂美琴と瓜二つの少女・御坂妹と出会う。やがて上条は学園都市の裏側で行われる凄惨な実験と、それを止めようと美琴が奔走していることを知る。そして上条は実験を止めるため、被験者である学園都市最強の超能力者・一方通行（アクセラレータ）に戦いを挑む。 第4巻 8月28日。一方通行に勝利した上条はその影響で一時的に学園都市を離れることになり、両親やインデックスと共に海へとやってきた。そんな中、人々の外見と中身が入れ替わる事態が発生するが、上条以外にその違和感に気付いている者はいない。上条は、事件解決のためやってきた土御門元春と神裂からそれが「御使堕し（エンゼルフォール）」と呼ばれる大魔術のせいだと知らされ、共に解決に奔走する。 第5巻 8月31日、一方通行は打ち止め（ラストオーダー）と名乗る少女と出会い、彼女のために奔走することになる。 8月31日、美琴は爽やかな少年・海原光貴に好意を抱かれ、頻繁にデートに誘われていた。困った挙句、偶然通りかかった上条に飛びかかり、恋人のふりをするように頼む。 8月31日、上条は夏休みの宿題に追われていた。美琴との騒動も終わったと一安心していたところに、魔術師・闇咲逢魔が現れ、インデックスがさらわれてしまう。 第6巻 9月1日、新学期初日。インデックスは、上条の高校で風斬氷華と名乗る少女と出会い「ともだち」になる。上条、インデックス、風斬の3人は地下街に遊びに行くが、そこにゴーレムを使役する魔術師・シェリー＝クロムウェルが現れ、3人に襲い掛かる。 第7巻 9月8日、ローマ正教が保有する伝説の魔術師が記した魔道書「法の書」と、それを解読したとされるローマ正教のシスター・オルソラ＝アクィナスが日本で誘拐された。彼女を誘拐したのは、神裂がかつて所属していた天草式十字凄教であり、彼女が関わることを避けたいイギリス清教は事件解決のためステイルを日本へ派遣する。そして、魔道書の専門家であるインデックスとその管理人である上条も彼女の救出に駆り出されることとなる。 第8巻 9月14日、「風紀委員」の白井黒子は、都市内でキャリーケースが奪われた事件を調査し始める。捜査を進める黒子と同僚の初春により、事件の犯人は彼女より上位の空間移動能力者・結標淡希だと判明。夜の学園都市を舞台に「残骸（レムナント）」とそれぞれの正義を巡る戦いが始まる。 第9・10巻 9月19日、学園都市は大規模な体育祭・大覇星祭で盛り上がりを見せていた。そんな中、イギリス清教はローマ正教がこの期間を利用して「刺突杭剣（スタブソード）」と呼ばれる聖人を葬れる霊装を取引しようとしていることを嗅ぎつける。ステイルと土御門、そして再び魔術サイドに駆り出された上条は、都市に潜入したローマ正教のシスター・リドヴィア＝ロレンツェッティと、運び屋オリアナ＝トムソンを追う。
「神の右席」編（11 - 22巻） 第11巻 9月25日、大覇星祭最終日。上条は大覇星祭の来場者数ナンバーズで1等を当て、北イタリア5泊7日のペア旅行を手に入れる。旅行に出かけた上条とインデックスは、キオッジアでオルソラ、天草式の面々と再会する。イタリアでのバカンスを満喫しようとする上条だったが、何者かに襲撃され、やがてローマ正教が「アドリア海の女王」と呼ばれる霊装で学園都市、ひいては科学サイドそのものを崩壊させようとしていると知る。上条と天草式の面々は、水の都で女王艦隊を率いる司教ビアージオ＝ブゾーニおよびアニェーゼ部隊に立ち向かう。 第12・13巻 9月30日、上条は大覇星祭の罰ゲームとして1日美琴に付き添うこととなる。同じ頃、一方通行は冥土帰しの病院から退院するが、さっそく打ち止めに振り回されていた。 キオッジアで切り札「アドリア海の女王」を上条に消滅させられたローマ正教は、上条を公式に敵と判断。「神の右席」前方のヴェントが学園都市へ侵攻し、上条は彼女と相対する。 魔術サイドの侵攻によって学園都市が麻痺していく中、アレイスターは切り札・ヒューズ＝カザキリ発動のため、直属の暗部組織「猟犬部隊」の木原数多に打ち止めの誘拐を命令する。一方通行は、打ち止めを守るため「猟犬部隊」に戦いを挑む。 SS1巻 10月3日、ヴェント襲撃と「猟犬部隊」が暗躍した「0930」事件が解決し、上条はインデックスやクラスメイト達といつも通りの日常を送っていた。しかし、この騒動により、学園都市の危険性を感じた保護者達が、学園都市から子供達を回収しようとする運動が活発化していた。 そんな中、暗部組織「グループ」に身を落とした一方通行に、都市上層部からある任務が下される。 第14巻 10月7日。学園都市とローマ正教の対立があらわになり、世界中でローマ正教徒による科学サイドへの大規模デモが起こっていた。そんなこととは無関係に学園生活を送っていた上条は、統括理事会メンバー・親船最中の命を掛けた協力を頼まれる。 上条は土御門にフランスのアビニョンへと連れて行かれ、今回の騒動の原因が「C文書」と呼ばれるローマ正教の霊装だと教えられる。アビニョンで上条は偶然にも「C文書」を探っていた五和と出会い、デモの喧騒の中を教皇庁宮殿へと向かう。しかし、そこには「光の処刑」と呼ばれる魔術を用いる「神の右席」左方のテッラが待ち構えていた。 第15巻 10月9日、学園都市は独立記念日で祝日だった。アビニョン侵攻作戦で警備が手薄になった隙を付き、都市の暗部組織「ブロック」「スクール」が反乱を起こす。それに対し一方通行や土御門が所属する暗部組織「グループ」始め、「アイテム」「メンバー」といった組織が鎮圧に乗り出す。各々組織・個人の目的を達成するため、組織間の入り乱れた抗争が開始される。 第16巻 ローマ正教から追われる身となった上条だったが、いつもと変わらない学園生活を送っていた。そこに天草式の五和が現れ、「神の右席」後方のアックアが上条への襲撃をイギリス清教に予告してきたため、上条の護衛任務を受けて学園都市にやって来たと知らせる。万全の警護を敷く天草式たちだったが、アックアはそれを軽々と破り、上条は五和の目の前で殺されかけてしまう。 リベンジを誓う五和や天草式の面々だったが、聖人のアックアが誇る絶対的な力を前に再び窮地に追い込まれる。その時、彼らを救うべく現れたのは、かつて天草式十字凄教の女教皇であった聖人・神裂火織。聖人vs聖人の戦いの火蓋が切られる。 SS2巻 1月にはスキルアウトの少年三人組が警備員とのカーチェイスを繰り広げ、3月にはナンバーセブン削板軍覇が大暴れし、5月には魔術師の青年オッレルスがとある計画のための調査を行い、自称くノ一の少女郭は忍者の末裔の少年半蔵を追い続けていた。 様々な物語は季節を問わず巡り続け、やがて世界中に散らばる「原石」を巡る争いが発生し、複数の思惑が交錯する。 第17・18巻 10月17日。「禁書目録召集令状」が布告され、インデックスとその管理人である上条はイギリスへ向かうことになる。そのイギリスでは、ユーロトンネルが爆破されるというフランスとの懸念事項が持ち上がっていた。それに魔術サイドが関わっている可能性もあり、インデックスが召集されることとなったのだが、上条たちはハイジャックに巻き込まれてしまう。 やがて一連の出来事は第二王女キャーリサと騎士派が仕組んだものだとわかり、キャーリサによるクーデターが発生する。突然の出来事にイギリスがパニックとなる中、上条はインデックスを救うために動き出す。そんな時、キャーリサ達の目の前に死んだはずのアックアが現れる。 第19巻 10月17日、暗部組織「グループ」は、暗部組織間抗争で知った都市の機密「ドラゴン」の情報を追っていた。そんな中、都市の暗部組織の1つ「迎電部隊」がテロを起こし、グループはその鎮圧指令を受ける。 時を同じくして元「アイテム」の下っ端であった浜面仕上は、同じく「アイテム」で生き残った絹旗最愛や滝壺理后と穏当な生活を送っていた。しかし滝壺の退院祝いをするはずが、滝壺はテロに巻き込まれてしまう。さらには絹旗への復讐を誓うステファニーの襲撃を受け、滝壺と共に逃げる浜面の前に現れたのはかつて殺したはずの超能力者・麦野沈利だった。 第20 - 22巻 10月19日、ロシアが学園都市に向けて宣戦布告を行ったことで第三次世界大戦が勃発する。科学・魔術両サイドを巻き込んだ大規模な騒乱には「神の右席」最後の一人、右方のフィアンマが暗躍していた。 上条はインデックスを救うため、その原因であるフィアンマを追ってロシアへ入っていた。そこには上条をイギリス勢に引き込みたいレッサーもいた。同じ頃、一方通行も打ち止めを救うためにエイワスから聞いた「禁書目録」という言葉を手掛かりに、さらに学園都市から脱出した浜面も滝壺を治療するためロシアの地をさまよっていた。 三者三様の面々は直接的・間接的に関係し合いながらエリザリーナ独立国同盟に近づいていく。
新約 オティヌス編（1 - 10巻） 新約1巻 第三次世界大戦終結から数日後。学園都市へ帰還した浜面と一方通行は、学園都市の闇と手を切り、それぞれ暗部と無縁な日々を過ごしていた。 二人はそれぞれ別の場所で、「新入生」と呼ばれる新たな暗部組織に追われている少女・フレメア＝セイヴェルンの存在を知る。浜面は彼女を匿っていた半蔵と協力し、一方通行は番外個体と共に事態を調べだす。やがて、「新入生」の猛攻の中でフレメアがさらわれてしまう。 新約2巻 11月5日、上条・一方通行・浜面は上条の部屋へと集合する。そこでレイヴィニアが第三次世界大戦後に出現した謎の勢力と、その背景たる魔術サイドの存在を語りだす。 その頃、「ラジオゾンデ要塞」と呼ばれる所属不明の巨大空中要塞が、大気圏外から学園都市に墜落するコースを取り始める。事態を聞いた上条ら3人は、要塞落下を阻止すべく行動する。 新約3巻 11月10日、「ラジオゾンデ要塞」の主犯である科学と魔術の混合組織「グレムリン」がハワイで暗躍している情報を聞いた上条達は、レイヴィニアの先導でハワイに向かう。一方、時を同じくしてハワイにいたアメリカ合衆国大統領ロベルト＝カッツェは、政府内に進行している「グレムリン」の陰謀を察知し、その魔の手から逃れ事態を阻止すべく単独行動を取っていた。 「グレムリン」と協力関係にあるPMC「トライデント」によるハワイ侵攻作戦が勃発し、その背後に潜むもう一人の黒幕オーレイ＝ブルーシェイクの存在が判明する。上条達とロベルトは合流を果たし、「グレムリン」の陰謀を阻止すべく奔走する。 新約4巻 11月13日、レイヴィニアの思惑で生まれた反学園都市サイエンスガーディアン27社が東欧バゲージシティにて、異能格闘技大会「ナチュラルセレクター」の開催を宣言。その裏には「グレムリン」の策略が潜んでいた。 これに対し学園都市は、バケージシティ制圧のため3人の「木原一族」を投入。同じく、上条も「グレムリン」の陰謀を阻止すべく単独でバゲージシティに潜入する。 新約5・6巻 11月、学園都市では超巨大文化祭「一端覧祭」の季節が訪れていた。「グレムリン」との戦いから学園都市に戻ってきた上条は、「一端覧祭」の準備に振り回されるなど元の日常を取り戻していた。 そこへ「グレムリン」の魔術師トールが現れる。彼の目的は、「グレムリン」のトップである魔神オティヌスが「全体論の超能力」の素体として狙っている不死身の女性、フロイライン＝クロイトゥーネの救出。事情を知った上条はトールと協力し、彼女を救出すべく行動を開始する。 新約7巻 11月、上条は土御門の陰謀により、学園都市内に魔術師が設置した霊装を探すため、「学舎の園」内に放り込まれる。学園都市第5位の超能力者・食蜂操祈の協力を得て霊装を探す上条であったが、土御門の行動に疑問を抱き始めた直後、土御門の妹である舞夏が死亡したという衝撃的な報道を目の当たりにする。 一連の事件の元凶が、統括理事会の一人である薬味久子であることを知った上条は、薬味を探し出すべく奔走する。やがて事態は、学園都市に潜む7500人の「ヒーロー」達と7人の超能力者達が一挙に集い、激突を繰り広げる大混戦にまで発展する。 新約8巻 「グレムリン」の魔神オティヌスは、魔神の力を完璧に振るうため、神槍「主神の槍（グングニル）」の製造に着手する。これに対し、世界の魔術勢力は、「グレムリン」に対抗するため同盟を結成する。 やがて、グングニルの創造場所が、東京湾であることが判明し、「グレムリン」と連合勢力による全面対決が勃発する。一方、「グレムリン」への対抗策の要である上条も仲間と共に、東京湾に出現した「グレムリン」の本拠地「船の墓場（サルガッソー）」に乗り込む。 新約9巻 「グレムリン」の魔神オティヌスは、神槍「主神の槍（グングニル）」を完成させ、それを使うことでグレムリンの本拠地である「船の墓場（サルガッソー）」どころか世界を簡単に壊した。 黒一色の闇の空間に、世界の基準点であり修復点でもある「右手」をもっている上条当麻だけが残されていた。 そして、神となったオティヌスは、「彼」の心を挫く「世界」を創造した。 新約10巻 数え切れないほどのループの果てに上条当麻という理解者を得たオティヌスは世界を元通りに作り直す。しかし、オッレルスに打ち込まれた「妖精化」によってオティヌスの体は崩壊しようとしていた。 オティヌスを救うべく彼女と共にデンマークへ飛び、イーエスコウ城を目指す上条だったが、その前に科学と魔術の両サイドの戦友たち、そして、オティヌスを憎悪する世界のすべてが敵として立ちはだかる。 2対60億の絶望的な逃避行の幕が上がった。
「魔神」編（11 - 18巻） 新約11巻 常盤台中学の記憶を操る超能力者である食蜂操祈は、上条当麻に出会った1年前の8月を振り返る。 新約12巻 デンマークでの一件を乗り越え、病院から退院した上条当麻は、クラスメイトとの『平凡な』高校生活を取り戻す。そして、『魔神』としての力を失ったオティヌスは、刑罰の一環として新たな上条宅の居候となり、早速飼い猫のスフィンクスに追い回される日々を過ごしていた。 12月1日。上条は放課後、インデックス、スフィンクス、オティヌスと共に第十五学区の巨大複合施設『ダイヤノイド』へ向かう。一方、浜面仕上と待ち合せているアイテムの面々や、素性不明の学園都市第六位『藍花悦』も同施設内でそれぞれ行動していた。 やがて、魔神を自称する『サンジェルマン』という正体不明の人物によって、ダイヤノイド館内は封鎖されてしまう。上条と浜面、アイテム、そして『藍花悦』は、各々の目的を掲げ、直接的、間接的に関わりあいながら、『サンジェルマン』に近づいていく。 新約13巻 12月3日。学園都市では、全学区の学校を巻き込んだ『防犯オリエンテーション』が行われ、上条はその『犯人役』に選ばれる。しきりに校内を逃げまわる上条だが、昇降口の下駄箱で奇妙な手紙を発見する。指定された屋上に赴き目にしたのは、『真のグレムリン』の魔神、『僧正』だった。