足利 義輝（あしかが よしてる）は、室町幕府の第13代征夷大将軍（在職：天文 15年12月20日〈1547年1月11日〉 - 永禄8年5月19日〈1565年6月17日〉）上田正昭、津田秀夫、永原慶二、藤井松一、藤原彰、『コンサイス日本人名辞典 第5版』、株式会社三省堂、2009年 33頁。。初名は、義藤（よしふじ）。
生涯 少年期と将軍就任
天文5年（1536年）3月10日、室町幕府の第12代将軍・足利義晴の長男として、東山南禅寺で誕生した。母は近衛尚通の娘・慶寿院。幼名は菊幢丸（きくどうまる）と名付けられた。
将軍と御台所の間に生まれた男子は足利義尚以来であり、摂関家出身の女性を母に持つ将軍家の男子は菊幢丸が初めてであった。
誕生直後、父の義晴が近衛尚通に頼んだ結果、菊幢丸はその猶子となった『後法成寺関白記』天文5年3月11日・4月6日条。。尚通は未来の将軍の外祖父になれたことを喜び、菊幢丸の誕生を「祝着極まりなきものなり」と日記に記している。
この頃の幕府では、父の義晴と管領の細川晴元が互いの権威争いで対立し、義晴は戦をするたびに敗れて近江国坂本に逃れ、菊幢丸もそれにたびたび従った。その後も父とともに、京都への復帰と坂本・朽木への脱出を繰り返した。また、それまでの将軍家の嫡男は政所頭人である伊勢氏の邸宅で育てられる慣例であったが、菊幢丸は両親の手元で育てられた。
天文15年（1546年）7月27日、菊幢丸は朝廷より、義藤の諱を与えられた。また、同年11月19日には朝廷から将軍の嫡子が代々任じられてきた左馬頭に任じられた。これらは全て、父の義晴が朝廷に依頼し、実現したものであった。
同年12月19日、義藤の元服が執り行われた。元服式は近江坂本の日吉神社（現日吉大社）祠官・樹下成保の第で行われ、六角氏の当主・六角定頼が烏帽子親となった。将軍の烏帽子親は管領が務める慣例になっていたが、義晴は定頼を管領代に任じて元服を行った。
だが、管領ではない定頼に烏帽子親を務めさせたことは、晴元の管領としての権威を否定するものであった（そもそも、晴元は管領に任じられていなかったとする説もある）。なお、遊佐長教が細川氏綱を烏帽子親にするように求めて定頼に阻止されたりするなど、当時の流動的な政治背景を元に晴元の舅である定頼を烏帽子親にしたとする見方もある。定頼自身は義晴から烏帽子親になるように命じられ、何度も固辞したものの、義晴は辞退を許さなかったという。
翌20日、将軍宣下の儀式が行われ、義藤はわずか11歳にして父から将軍職を譲られ、正式に第13代将軍となった。このとき、京都より赴いた朝廷からの勅使が坂本に到着し、将軍宣下を行った。また、長教がこの儀式で重要な役割を果たしており、6千疋を献上している。
一連の行動は、父の義晴がかつての先例に倣ったものであったされ、その先例を息子にも踏襲させようとした可能性が指摘されている。義晴は大永元年（1522年）12月に当時11歳で元服・将軍宣下を行ったことに加え、自身が健在なうちに実子に将軍の地位を譲ってこれを後見する考えがあったとされる。また、朝廷は義晴がこのまま政務や京都警固の任を放棄することを憂慮し、引き留めの意図を含めて、義藤の将軍宣下の翌日に義晴を右近衛大将に急遽任じている。
同月の末、義藤は父の義晴とともに坂本を離れ、京都の東山慈照寺に戻った。義藤はその直後より、将軍としての活動を開始した。
天文16年正月、細川氏綱の有力武将で京都を任せられていた細川国慶が、公家らから地子銭を横領し、被害にあった公家らが怒ったために騒動が起きた。11日に騒動は収まったかのように見えたが、義藤は国慶を将軍の「御敵」とし、「成敗すべし」との号令を下した。国慶は義藤に謝罪したが、義藤はこれを許さず、窮した国慶は京都の郊外・高雄に出奔した。
正月26日、義藤は父の義晴とともに内裏に参内して、後奈良天皇に拝謁し、賀事を献じた。その際、義藤は六角氏の兵3千を率いて洛中を行進し、その武威を示した。
細川晴元との戦い 父の義晴は没落気味であった細川晴元と決別し、細川氏綱と手を結んだが、晴元も黙ってはいなかった。晴元は報復として、阿波で庇護していた義晴の兄弟・足利義維を擁立した。晴元は義晴を決別するまで支援しつつも、一方で義維を庇護するという、「ねじれた関係」を持っていた。
だが、この事態は六角定頼を悩ませた。定頼にとって、義晴は晴元とともにそれまで支えてきた同志であり、義藤もまた自身が烏帽子親を務めた人物だった。一方の晴元もまた、自身の娘婿であり、近しい存在であった。もし、定頼が晴元に味方すれば、それは義藤の将軍としての権威を否定し、義維を将軍として認めることに繋がった。
そのため、定頼は義晴・義藤父子と晴元を和解させようとした。その一環として、大坂の石山本願寺に嫁ぐことが内定していた晴元の娘を、義藤の御台所にしようと画策した。だがこの話は強引すぎたため、うまくいかなかった。その間にも、義晴・義藤と晴元の関係が悪化し、晴元は各地で氏綱派を打ち負かし、京都へと迫った。
3月29日、義藤と義晴は身の危険を感じ、北白川に建設していた将軍山城へ逃げ、ここに籠城した。そして、晴元との対決姿勢を鮮明にしたため、定頼は両者の板挟みになって窮した。
7月12日、義藤と義晴の籠城する将軍山城は、定頼と晴元の大軍に包囲された。定頼は父子に対して、晴元との和解を強いた。定頼の背反により、父子は為す術を失い、全面的にその要求を受け入れざるを得なくなった。
7月19日、義藤と義晴は将軍山城に火を放ち、城を出て近江坂本に向かった。だが、29日に定頼の仲介のもと、晴元と坂本で和睦した。このとき、義藤は晴元と面会したが、義晴は晴元と面会しなかった。他方、この和解により、晴元の支援していた足利義維は立場がなくなり、同年12月に堺から四国へと戻った。
天文17年（1548年）正月24日、義藤の妹が若狭国の武田信統（一説には元栄、後の義統）に嫁ぐ（『後鑑』同日条所収「若狭記」）/所収:。
4月、定頼が大和に入り、氏綱派の遊佐長教と面会し、晴元派と氏綱派の和解を取り付けた。これにより、細川一門の騒擾は収まり、畿内の政情も安定した。
6月17日、義藤と義晴は政情が安定したことを受けて、坂本から京都へと戻り、今出川御所に入った。
三好長慶との戦い
ところが、細川晴元の家臣で、畿内に一大勢力を築きつつあった三好氏の当主・三好長慶が晴元を裏切って、細川氏綱の陣営に転属した。その理由としては、晴元が同族の三好政長を重用し、長慶を討伐しようとしたため、主君によって「逆臣」とされてしまったことにあった。
天文18年（1549年）6月24日、長慶は摂津江口で政長を破り、討ち取った（江口の戦い）。これにより、政長を支援していた晴元の立場が悪くなり、同月28日に義藤と義晴は晴元に伴われ、近衛稙家や久我晴通などとともに京都を脱出し、六角定頼を頼り、近江坂本へ退避した。
京都を離れる際、義藤は今出川御所の近傍にあった相国寺に御所の留守を命じ、相国寺は上意を受け、御所の留守番を昼夜果たした。この時期、義藤自らが御内書を発給し始めているが、まだ若年ということもあり、大御所である義晴の存命中は義晴名義の、その没後は生母である慶寿院が御内書を発給している例がある。
7月19日、長慶が氏綱を奉じて、上洛を果たした。義藤方に打撃を与えるため、松永久秀の弟・松永長頼 （内藤宗勝）は氏綱に与えられたと称して、山科七郷を横領した。また、長頼は今村慶満とともに、義藤配下の進士氏の所領である石田・小栗栖も押さえた。長慶の弟・十河一存もまた、伏見宮家領の上三栖庄を押さえるなど、三好方は京都の荘園を次々に押さえた。
義藤としてはすぐに帰京できるという考えを持っていたが、晴元と長慶の戦いは決着がつきそうになかった。そのうえ、同年暮れから義晴が「水腫張満」という全身がむくんだ状態の病に臥し、翌天文19年（1550年）正月になっても改善しなかった。義藤は父のためにすぐにでも京都に戻ろうと考え、晴元とともに三好方への反撃の準備を開始した。
2月、義藤は義晴とともに、東山の慈照寺の近くに中尾城を築いた。また、3月7日には坂本を出て、穴太に進んだ。次いで、4月には京都と近江を結ぶ北白川にも城塞を築いた。
5月4日、義晴が穴太にて死去した（『万松院殿穴太記』）。 この時、義藤は穴太から比叡辻の宝泉寺に後退していたため、その葬儀に立ち会うことはなかった。義藤は宝泉寺を御座所とし、細川晴元や六角定頼と連携しつつ、反撃の機会を待った。
7月8日、義藤らが吉田や北白川に進出すると、14日に長慶は山崎に本陣を置き、弟の十河一存に全軍を率いさせ、京都の東郊外に進ませた。晴元や六角諸将は迎撃の陣を敷き、三好長逸・長虎父子ら三好勢と一条で戦闘になった。この戦いで、長虎の与力が鉄砲にあたって死んだと『言継卿記』に記録されていることから、義輝方にも鉄砲が末端にまで実戦配備されていたことがわかる。
だが、細川勢らは戦意に乏しく、京都の東郊外から出撃せず、晴元も戦わずに戦線を離脱し、8月3日には越前の朝倉氏のもとに向かった。そのため、この戦いを見物していた京都の諸人らは、晴元の軍勢を罵り、義輝方に地子銭の支払いを拒否した。他方、三好勢は細川・六角勢が出撃してこなかったことを受けて、山崎へと撤退した。
11月19日、準備を整えた三好勢4万が京都へとなだれ込み、細川・六角勢は応戦したものの、三好勢に敗退した。義藤も中尾城で指揮を取っていたが、同月21日に三好勢が押し寄せてきたため、中尾城を自焼して、近江堅田へと逃れた（中尾城の戦い）。
サムネイル|281x281ピクセル|朽木へ移った義輝が朽木晴綱に対して、忠節を尽くすよう求めた天文20年2月12日付の御内書（国立公文書館蔵） 天文20年（1551年）1月末、政所頭人である伊勢貞孝が義藤を強引に京都に連れ戻して、三好方との和睦を図ろうとするが失敗した。だが、貞孝は奉公衆の進士賢光らを連れて、30日に京都に戻り、三好方に離反した。これを知った六角定頼の勧めにより、2月10日に義藤は朽木へ移った。
3月14日、京都の貞孝の屋敷において開かれた宴会において、進士賢光が長慶を3度にわたって刀で切りつけた。だが、賢光による暗殺劇は長慶に軽い傷を負わす程度に終わってしまい、賢光はその場で自害した。これは義藤が貞孝の屋敷に長慶が呼ばれるとの情報を得て、進士賢光を伊勢邸で行われた宴席に潜入させ、長慶を暗殺しようと目論んだものであった。
翌15日、三好政生（宗渭）や香西元成ら幕府軍が丹波の宇津から出撃し、東山一帯を焼き払ったが、16日には三好長虎ら率いる三好軍2万がこれを撃退した。長慶暗殺未遂事件とこの幕府軍の京都攻めは明らかに連動したものであり、義藤の策動であったと考えられる。
5月5日、親長慶派の河内守護代・遊佐長教が時宗の僧侶・珠阿弥に暗殺された。だが、珠阿弥は「敵人」に買収されていたといわれ、この事件も義藤の仕業とされるなど、畿内に不穏な空気が漂った。
7月、三好政生や香西元成を主力とした幕府軍3千が再び、京都の奪回を図って侵入した。だが、松永久秀とその弟・松永長頼率いる4万の軍勢によって、相国寺で破られた（相国寺の戦い）。このとき、両軍の放火によって、相国寺の塔頭や伽藍が悉く焼失した。
9月、長慶の弟である三好実休と安宅冬康が東寺に禁制を発給していることから、両軍が京都南郊に展開していたと考えられる。
長慶との和解・決別
天文21年（1552年）1月、六角定頼が死去し、息子の義賢（承禎）がその跡を継いだ。六角氏はこの頃、朽木の義藤を支援して三好氏と対立していたが、定頼が死ぬと、義藤の入京及び氏綱の家督継承と晴元の出家を条件として、直ちに和平を申し出た。これにより、義藤と三好方との間で和平が急速に進み、三好長慶を宥免して和解した。また、義藤が細川氏綱を細川氏の当主と認めて晴元と決別したため、晴元は見捨てられる形となり、若狭へと逃れた。
同月23日、義藤は三好氏と和解したことにより、近江の朽木を出発し、翌24日には比良を経て比叡辻に至り、28日には近衛稙家ら3千を率いて京都へと入った。義藤は入京の際、衣装や刀を美々しく飾り立てた数千の兵を率い、多くの見物人の前を堂々と進んだという。帰京後、義藤がどこに住んだのかは定かではないが、今出川御所に居したと考えられている。
2月、義藤は長慶を幕府の御供衆とし、幕臣に列した。この称号は将軍の有力近臣にしか与えられない称号でもあった。また、長慶の推す細川氏綱が京兆家、弟の細川藤賢が典厩家を相続することが認められた。すでに畿内の覇権は細川氏か三好氏に移りつつあったが、この頃より三好氏は細川氏と同等、あるいはそれ以上の存在として台頭してきた。
伊勢貞孝も義藤が三好氏と和解すると赦免され、義藤のもとに帰参した。貞孝は長慶と深い絆で結ばれ、親三好の幕臣の同志を集めた。それにより、幕臣の中に親三好派と反三好派が生まれ、次第に反目するようになっていった。やがて、義藤の側近である奉公衆の上野信孝が台頭し、これに反発する幕臣との確執が強まった。
同年6月、義藤が伊勢貞孝らの反対を押し切って、山名氏や赤松氏の守護職を奪い、尼子晴久を8か国守護に任じたことで、幕府内に動揺が生じた。
同年10月、細川晴元が三好勢を丹波で撃破した。晴元は義藤と決別したのち、丹波各地を巡って味方を集め、再起を図ったのであった。その後、晴元は勢いに乗り、京都の近郊まで出撃し、三好方と小競り合いをするようになった。
同年11月、義藤は京都の郊外、清水寺近くの霊山に、新たな山城である東山霊山城を築いた。これは義藤が身の危険を感じたからとされ、晴元の兵が京都の郊外に出没したと聞くと、義藤は洛中の今出川御所を出てこの城に入り、生母の慶寿院をはじめとする女性を清水寺に入れた。将軍の近臣らもまた、清水寺近くに陣を構えていた。
天文22年（1553年）1月、細川晴元の反撃により、京都周辺の政情が不安定になると、反三好派の幕臣が長慶排除のために策動するようになっていった。反三好派の上野信孝らは密かに晴元と内通し、長慶を除こうとした。
閏1月1日、長慶は義藤への挨拶のため、公家衆や奉公衆・御供衆らともにそのもとに出向いた。ところが、この頃には長慶を排除するという噂が広まっていたため、8日に身の危険を感じた長慶は京都から淀城へと移った。その後、15日に義藤と長慶が和解したことにより、16日には長慶の軍勢1500騎が義輝の警固として室町に陣取った。
2月、親三好派の伊勢貞孝が義藤に対し、上野信孝らを追放するよう諫言を行い、これに義晴・義藤に長年従って三好氏と戦ってきた大舘晴光や朽木稙綱も同調した。親三好派の幕臣もまた、長慶と密に連絡を取り合い、反三好派の幕臣の処罰を訴えるようになっていった。そのため、義藤は信孝ら反三好派の幕臣らを処罰し、彼らから三好方に人質を出させることにした。だが、幕臣は親三好派と反三好派に分裂しており、義藤は三好か細川のどちらにつくか、厳しい選択を突き付けられた。
同月12日、長慶が大軍を率いて上洛し、東寺に陣取った。これを見た晴元は、22日に京都の北西に足軽を出して小競り合いを起こしたが、26日に鳴滝で衝突した際に長慶方に敗れている。
同26日、義藤は長慶を京都に呼び戻し、清水寺に招き、自ら対面した。義藤と長慶がここで今後の相互協力を確認し合ったことで、伊勢貞孝ら親三好派の幕臣は満足した。このとき、反三好派の上野信孝以下6人の幕臣から人質が徴収された。
3月8日、義藤は東山霊山城に入城して、長慶との和約を破棄し、三好氏との断交を決断した。そして、晴元と手を組み、長慶との戦端を開いた。上野信孝ら反三好派の幕臣が義藤に働きかけた結果だと考えられ、わずか10日ほどでの方針変換であった。この時期は畿内の覇権が細川氏から三好氏に移る「端境期」であり、両者ともに圧倒的な存在ではなく、どちらと手を組むかという判断は非常に難しいものであった。
7月28日、義藤は晴元の諸将を召し出して、晴元を赦免し、同時に長慶を将軍の「御敵」に指名した。義藤は東山霊山城を出て、北山に陣を敷き、翌29日には晴元の諸将と上野信孝や大舘輝氏ら幕臣との間で軍議が開かれ、京都の三好方の拠点・西院小泉城を攻めることで合意した。このとき、義藤は三好政生や香西元成、十河盛重ら諸将に酒を下賜した。
30日、義藤自身が軍勢を指揮し、西院小泉城を包囲して攻めた。だが、義藤が出陣していたにもかかわらず、晴元の諸将は兵の消耗を恐れてか、一向に攻撃しようとしなかった。
8月1日、長慶が芥川山城に抑えの兵を残して、2万5千の軍勢をもって京都に侵攻し、幕府軍が籠城する東山霊山城を攻めた（東山霊山城の戦い）。籠城する幕府軍は猛攻に耐え切れず、三好軍により落城し、火を放たれた。このとき、義藤は船岡山で迎撃の陣を敷いていたが、義藤が頼みとしていた晴元は三好方の猛攻に恐れをなし、ほとんど一戦もせずに退却してしまった。
そのため、義藤は晴元や近衛稙家らとともに京都を離れ、北へと向かった。まず、杉坂に下り、3日に丹波山国庄の浄福寺に、5日は近江龍華に至った。だが、長慶が「将軍に随伴する者は武家・公家に関わらず、知行を没収する」と通達したため、公家の高倉永相をはじめ随伴者の多くが義藤を見捨てて帰京し、義藤に従う者はわずか40人ほどになった。また、伊勢貞助や結城忠正のように奉公衆でありながら、三好氏の家臣に準じた立場で活動する者も現れるようになった。
朽木での幕府政治
8月30日、義藤は朽木元綱（稙綱の孫）を頼って、近江朽木に逃れ、この地を再び御座所にした。そして、以降5年間をこの地で過ごした。だが、義藤はこの地で六角義賢らの支援も得たほか、諸国の大名らとも連絡を取り合った。
10月、三好長慶は足利義維を阿波から上洛させ、新将軍として擁立しようとし、義藤と全面対決の姿勢を見せていた。だが、長慶は結局のところ、義維を上洛させず、また朽木を攻めるようなこともしなかった。その後、長慶は義藤に味方している大名が決して少なくはないことを見て、和睦を模索したが、両者の和睦は実らず、膠着状態が続いた。
だが、同月に奉公衆の石谷光政と公家の葉室頼房との間で、桂西庄の新坊分をめぐって相論が発生すると、長慶がこれに介入した。光政は前年に義藤からその安堵を受けていたが、頼房は公家の山科言継に証文を用意してもらい、長慶やその家臣に提出し、審議が行われた結果、23日に頼房の訴えを認めた。つまり、長慶は義藤の裁許を破棄し、自身の裁許を優先させている。このように、義藤が京都を離れている間、京都や遠国の相論に三好氏が関与する形となった。
天文23年（1554年）2月12日、義藤は朽木に滞在中、名を義輝に改めている。改名することにより、心機一転を図ったと考えられている。
天文24年（弘治元年、1555年）1月13日、関白・近衛晴嗣 （義輝の従兄弟）が義輝の父・義晴から受けた偏諱（「晴」の字）を捨てて、名を前嗣（のち前久）と改めた。近衛家は足利将軍家と蜜月を保っていたが、前嗣は改名によって、義輝との関係を断とうとした。義輝が恒常的に京都を離れたことは、朝廷内において足利氏の求心力低下を招いていた。
10月23日、朝廷が年号を天文から弘治に改元したが、義輝は父の義晴がかつてしてきたように、改元執奏や費用負担をしなかった。
弘治2年（1556年）4月、義輝は越前の朝倉義景と加賀一向一揆の和平調停を行い、朝倉氏を加賀から撤兵させた。この調停に関しては、本願寺が義輝に依頼したと考えられている。加賀は本願寺の領国であったが、前年に朝倉氏の侵攻を受け、加賀衆に数千の死者を出し、さらには加賀四郡のうち江沼郡を奪われていた。朝倉氏もまた、大勝はしたものの、その後は加賀衆の抵抗を受けて攻めあぐねており、指揮官の朝倉教景が病没する事態が発生していた。そこで、朝倉氏は加賀衆に苦戦したからというわけではなく、「将軍の上意に応じた」という名分をもって、この和睦を飲んで撤兵したのであった。
本願寺は朝倉氏が加賀から撤退したことにより、危機を脱することとなり、法主・顕如に酒を献じて喜び合った。同時に、本願寺は義輝との連携は役立つと実感し、弘治3年（1557年）4月には顕如のもとに細川晴元の娘が六角義賢の猶子として輿入れすることになった。
晴元と定頼はともに義輝を支える存在であり、その娘が顕如と結婚したということは、義輝と本願寺が同盟したことを意味した。これにより、三好氏の支配する京都は、東の義輝側の勢力、西の本願寺、つまり東西から挟撃される可能性を帯びた。
三好氏との再戦・和解
弘治3年（1557年）8月18日、義輝は挙兵の兆しを見せた。三好方は警戒して、9月4日に三好長慶自らが上洛したが、六角氏が軍事行動を起こす気配を見せなかったこともあり、義輝はこの時は動かなかった。
弘治4年（永禄元年、1558年）2月26日、美濃の斎藤義龍が義輝の推挙なく、長慶と親しい伊勢貞孝を通じて、朝廷から正式に治部大輔に補任された。大名への栄典授与は将軍の権能であり、それが三好方に奪われつつあることは、義輝にとって悩ましい事態であった。また、全国の諸大名が朝廷の官途に就く際、将軍の推挙を経ない状況が恒常化する可能性もあった。
2月28日、朝廷は正親町天皇の即位のため、年号を永禄に改元した。改元は戦国時代といえど、朝廷と室町幕府の協議の上で行われてきたが、朝廷は朽木にいた義輝に全く知らせず、長慶にのみ清原枝賢を介して相談・連絡し、改元を実施していた。また、弘治改元から4年しかたっていないことを鑑みて、朝廷が自身の財源のみで改元費用を賄うことは不可能であり、この永禄改元の費用は、禁裏の修繕費用や天皇直轄領の回復などを依存していた長慶によって調進されたと考えられる。
朝廷が義輝に諮ることなく改元を断行した背景としては、義輝が改元に極めて消極的で、天文の年号を24年間続かせたことや、天文から弘治への改元執奏や費用負担をしなかったことがあげられる。無論、改元を他者によって知らされることになった義輝は激怒して、この永禄改元を拒絶し、弘治の年号を使い続けた。この一件は義輝にとって、単なる朝廷との一悶着などではなく、面体を傷つけられたに等しかった。
3月13日、義輝は自身の権威を回復するため、また三好政権打倒のため、およそ5年の沈黙を破って朽木で挙兵した。義輝は朽木で挙兵したのち、龍花に向かい、4月には和邇に移った。
5月3日、義輝は六角義賢の支援で晴元とともに坂本に移り、本誓寺に入って、京都の様子を窺った。
5月7日、義輝は朝廷に対し、改元御礼として太刀と銭500疋を進上した。だが、義輝の改元御礼の進上の遅さや、進上されたものが無銘の太刀や前代未聞の少額の銭であったことから、公家の万里小路惟房が憤慨している。
5月21日、義輝は申次の三淵藤英を通して、万里小路惟房から朝廷による改元についての事後報告を受けた。だが、義輝は自身が武家伝奏から改元を伝えられていないこと理由として、弘治の年号を引き続き使い続けた。
6月2日、三好方は義輝の挙兵を受けて、近江から京都に向かう要衝であった将軍山を占拠し、2千の兵を以て布陣させた。対して、義輝は細川晴元や上野信孝らとともに5千の兵で坂本から如意ヶ嶽に移動し、ここに布陣した。
同月7日、三好勢は三好長逸や松永久秀など各地の将兵が集まり、1万5千の兵の大軍となっていた。これを見た将軍山の三好軍が営塁を焼いて、京都の三好本軍に合流したため、義輝は将軍山へと入った。すると、三好軍は義輝が布陣していた如意ヶ嶽に向かい、ここを焼き払った。
同月9日、三好軍が義輝の布陣する将軍山を攻撃し、義輝は京都の東郊外・北白川各所で迎撃した（北白川の戦い）。義輝は寡兵であっために苦戦を強いられ、幕臣70名が討ち取られる被害を受けたが、三好側も多くの死傷者を出して後退した。また、今回の戦いで本願寺の参戦はなかったが、 三好軍は義輝と本願寺の同盟によって、背後を本願寺に突かれるかもしれないという不安もあったため、その動きが鈍った。さらに、毛利元就ら毛利氏が永禄改元に応じず、義輝と同じく弘治の年号を使用して反三好の立場を示し、備讃海峡でにらみ合いを続けたことも三好方を懸念させた。
義輝はこうした三好軍の動きをみて、将軍山に城館を築き、長期の籠城戦を決めた。その後、夏が過ぎ、秋になっても膠着状態が続いたため、義輝と長慶は和睦を考えるようになった。また、9月24日に義輝が改元に従って、永禄の年号で幕府奉行人連署奉書を発給し、半年に及ぶ弘治年号の使用を放棄したことも、長慶に矛を収めさせる理由となった。
11月、六角義賢が義輝と長慶の仲介を務め、和睦を斡旋した。 義輝は長慶との間に和睦が成立したことに伴って、同月27日に将軍山城から相国寺に入ったが、29日にいったん城に戻った。
12月2日（あるいは3日）、義輝は長慶や細川藤賢、伊勢貞孝を従え、将軍山城から京都へと向かい、二条法華堂（妙覚寺）に入り、ここを御座所とした。これにより、5年ぶりの入洛が実現し、義輝は直接的な幕府政治を再開した。同月23日には、伯父の近衛稙家の娘（大陽院）を正室に迎えている。
永禄2年（1559年）7月8日、義輝は上京と下京の2つの町の中間点・勘解由小路烏丸あった三管領の斯波氏の屋敷・武衛陣跡に、新たな御所・二条御所の建築を開始した。この御所は殿舎のみならず、堀などの防衛設備も整えられ、永禄3年（1560年）6月19日にここに移動した。
三好氏への厚遇 義輝は三好長慶と和睦して帰京すると、三好一門を厚遇した。主だった者たちに対しては、栄典を次々に与えた。
まず、長慶は幕府の御相伴衆に加えられ、桐紋の使用を許されたほか、さらに修理大夫への任官を推挙された。長慶の嫡子・孫次郎もまた、義輝から「義」の偏諱を拝領して、義長（後に義興に改名）と名乗り、同様に御相伴衆に加えられた。
そのほか、三好実休や松永久秀なども御供衆に加えられるなど、一門・宿将も破格の待遇を受けた。また、永禄2年11月20日に正親町天皇から楠木氏を赦免するという綸旨が出されたが、これは久秀の配下・楠木正虎が朝敵とされてきた楠木姓を名乗れずに大饗姓を名乗っていたからであり、久秀が義輝と長慶の和解を機として、義輝の了解を得たうえで朝廷に勅許を出させたものであった。
三好一門は義輝から将軍近侍の直臣や有力大名に授与される上位の栄典を得て、社会的な地位を大いに上昇させた。他方、それを知った諸国の大名らは羨望の眼差しを向けると同時に、分不相応だと批判もした。彼らもまた、他国の大名らと争う過程において、社会的地位を上昇させるために高い栄典を望んでいた。特に、「義」の一字拝領に関しては公家からも批判があり、吉田兼右は「末世の故なり」（『兼右卿記』）と嘆いている。とはいえ、三好氏は将軍家との関係を旧主・細川氏よりも深め、畿内・四国を勢力圏とし、長慶のもとで最盛期を迎えた。
その一方、長慶をはじめ三好氏は義輝の臣下として、幕府機構に組み込まれることとなった。義輝が朽木にいた5年間は、三好氏が畿内に君臨し、この期間においては義輝に臣従しておらず、対等な立場にあったとも考えられる。だが、栄典が三好氏に授与されると同時に、三好氏は義輝を主君として認め、臣下の礼を取らざるをえなくなった。例えば、御供衆は単なる称号ではなく、将軍の外出の際にはその行列に付き従って「御供」する必要があり、三好氏がその臣下であるということ目に見える形で内外に明確化された。
無論、長慶も義輝の権威に自らが取り込まれる危険性や、長年対立してきた義輝との和解が難しいことは理解していた/所収:。そのため、永禄3年1月に義興が三好氏代々の官途であった筑前守に任ぜられると、長慶は三好氏の家督と本拠地である摂津の芥川山城を義興に譲って、河内の飯盛山城に移っている。長慶自身は義輝との一定の距離を置きつつ、三好氏の新当主となった義興と義輝の間で新たな関係を構築することで、関係の安定化を図ったとみられている。
将軍親政・三好氏との共闘
永禄元年以降、義輝は帰京したのち、三好長慶ら三好氏を支柱とし、政治的立場を安定させた。義輝の治世は実質的にここから始まり、またそれを補佐したのは上野信孝と進士晴舎であった。また、義輝の生母・慶寿院やその兄弟の近衛稙家、大覚寺義俊、聖護院道増、久我晴通らが補佐した。