ゴジラ（Godzilla）は、東宝の映画ゴジラシリーズに登場する架空の怪獣。
概要 大型獣脚類をはじめとする二足歩行恐竜をモデルに創作された、怪獣の代名詞的存在。日本のみならず、世界各国で高い人気を有する。外形は第1作公開当時の恐竜に対する知見を基に、胴体が地面から垂直に立つ姿勢にデザインされている。
最初の異名はで、のちにと呼ばれるのが一般的となった。日本国外ではKing of Monsters。ラドンやモスラと並び、「東宝三大怪獣」と称される。
ゴジラはあくまでも『ゴジラシリーズ』の看板キャラクターであって、必ずしも主人公・主役というわけではなく、むしろ人類の敵として描かれる作品も多い。ミレニアムシリーズなどを手掛けた脚本家の三村渉は、ゴジラを台風や津波のような自然そのものと解釈しており、人間側がゴジラを愛していてもゴジラが襲ってくる時が訪れる理不尽さが魅力であり、完結することのない戦いであると評している。
『広辞苑』にその名が掲載されている唯一の日本怪獣でもある。
登場作品
製作経緯 プロデューサーの田中友幸はアメリカ映画『原子怪獣現わる』をヒントに、恐竜型怪獣が暴れる映画を当初から構想していた。怪獣の描き方について、『キング・コング』に魅了されていた特技監督の円谷英二は同じストップモーション・アニメーションによる撮影に意欲を見せたが、予算の都合や撮影期間の問題で着ぐるみによる撮影に決定した。
名称 名前の「ゴジラ」とは、力強い「ゴリラ」と体の大きな「クジラ」を混合した造語である。企画時には「ゴジラー」と伸ばす案も存在した。
英語名の「GODZILLA」は海外輸出の際に命名されたもので、大戸島（架空の島）の伝承に由来するという第1作の設定から、単なるローマ字表記ではなく「GOD（神）」を冠している。
「ゴジラ」の名は、物語上では大戸島の伝説の海神「呉爾羅」に由来する。劇中ではこの名前の意味についての説明はないが、書籍『ゴジラ徹底研究 GODZILLA GODZILLA60:COMPLETE GUIDE』では「呉」はかつて中国の大国だった呉からの連想で「唐の魔物や猛き者」、「爾」は「汝」、「羅」は「連なるもの、継承するもの」をそれぞれ意味することから、「汝、古の国の力を継承する者」と解釈している。
デザイン 第1作の脚本にもとづき、「水棲爬虫類から陸上哺乳類に進化途中の巨大生物」と設定された。脚本内での描写は、「丸ビルくらいの大きさ」「アフリカ象のような大きな耳」「全身に鋼鉄のようなウロコ」「体をうねらせて這い出る」「全身から光を放って周囲を燃やす」というものであった。
当初、頭部デザインは挿絵漫画家の阿部和助に依頼されたが、彼の画は「キノコ雲のイメージが強すぎて参考程度にしかならなかった」と言われているほか。。その後、美術チーフの渡辺明によってアメリカ合衆国の雑誌『ライフ』の図解からイグアノドン、ティラノサウルス、などの恐竜画を参考にイメージがまとめられ、デザイン画が起こされた。
表皮の質感には「魚のうろこ状」「いぼのような半球状の突起物」などの試行錯誤のすえ、ワニをモチーフにしたうえで火傷によるケロイドをイメージさせる、「畝のあるごつごつ状」が採用された。「背びれ」は粘土原型の時点で、水爆によって骨化したイメージになっている。また、劇中に「服部時計店（銀座和光ビル）にある時計塔の鐘の音に怒り、破壊する」という描写があるため、本来の爬虫類にはない耳介がつけられた。
『ゴジラ2000 ミレニアム』などでデザインを手掛けた西川伸司は、ウロコにも岩にも見える皮膚の表現がゴジラのデザインにおける最大の発明であると評しており、これによって生物か無生物かを曖昧にするとともに既存の生物と似ていない唯一無二の存在としていると述べている。
カラーリング 体色はデザインの変遷やスーツの改修により、登場作品ごとに微妙に異なる。一方、アメリカでは緑色と認知されている。
血色は基本赤色で統一している。
出自などの変遷 1954年公開の第1作『ゴジラ』では、作中に登場する古生物学者の山根恭平博士が「ジュラ紀から白亜紀にかけて生息していた海棲爬虫類から陸上獣類に進化しようとする中間型の生物の末裔が、ビキニ環礁の水素爆弾実験で安住の土地を追われ、出現したのではないのか」と説明する。しかし、以後の作品の多くでは「ビキニ環礁の水爆実験で飛散した放射能を浴びて変貌した」と説明される。また、平成VSシリーズではゴジラの元となった恐竜ゴジラザウルスが登場する（詳細は後述）。
初代ゴジラの身長は50メートル。この設定は、第1作で破壊する服部時計店との対比から決められたもので、1955年公開の第2作『ゴジラの逆襲』から1975年公開の第15作『メカゴジラの逆襲』まで登場した2代目ゴジラでも引き続き用いられた。
1984年公開の第16作『ゴジラ』は第1作の直接的な続編として製作されたが、第1作公開当時と違って都会に高層ビルが多く建ったことを考慮し、ゴジラの身長は80メートルに変更された。1991年公開の第18作『ゴジラvsキングギドラ』では、「南方の孤島・ラゴス島に生息し続けていた恐竜ゴジラザウルスが、ビキニ環礁の水爆実験で飛散した放射能を浴びて変貌した」と設定され、物語後半にこの事実が明らかになったあと、実験当時のラゴス島に生息していたゴジラザウルスは未来人によってベーリング海へ移送され、ここまで語られたゴジラの存在自体が抹消される。その後、ベーリング海にて眠っていたゴジラザウルスは、放射性廃棄物や原子力潜水艦の核エネルギーを浴びて最強・最大である身長100メートルのゴジラに変貌する。以降は平成VSシリーズ最終作である1995年公開の第22作『ゴジラvsデストロイア』まで、そのゴジラが出現する。
1999年公開の第23作『ゴジラ2000 ミレニアム』から2004年公開の第28作『ゴジラ FINAL WARS』までの新世紀シリーズでは第1作を踏襲しつつも、メカゴジラが登場する第26作『ゴジラ×メカゴジラ』と第27作『ゴジラ×モスラ×メカゴジラ 東京SOS』が2部作となっていること以外、各作品が独立した設定となっている。ただし、1954年公開の第1作でゴジラが日本に上陸した設定は踏襲され、作中で日本国民にゴジラの存在が認知されていたという事実は共通している。『ゴジラ2000 ミレニアム』、第25作『ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃』、機龍二部作では第1作の初代ゴジラのあとに現れた別個体だが、第24作『ゴジラ×メガギラス G消滅作戦』では第1作の初代ゴジラが倒されずに生き延びたという設定である。また、『ゴジラ FINAL WARS』では第1作の出来事に多少触れてはいるが、時系列は近未来と設定されており、具体的な関連性は明確になっていない。身長は平成VSシリーズから縮小され、『ゴジラ2000 ミレニアム』、『ゴジラ×メガギラス G消滅作戦』、機龍二部作では55メートル、『ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃』では60メートルとなっているが、『ゴジラ FINAL WARS』ではふたたび100メートルとなっている。
2016年公開の第29作『シン・ゴジラ』では身長118.5メートルのゴジラが、2017年公開の第30作から2018年公開の第32作までのアニメ映画3部作『GODZILLA 怪獣惑星』『GODZILLA 決戦機動増殖都市』『GODZILLA 星を喰う者』では推定身長300メートルのゴジラがそれぞれ登場する。なお、『シン・ゴジラ』に登場するゴジラは、初代ゴジラの特徴や容姿、古代から生息していた生物が放射能を浴びたことで変異を遂げたこと、放射熱線を武器とするなどの要素は踏襲しながらも、それまでの作品とは違って過去作との関連性は無く第1作とは完全に独立しており、正体不明の巨大生物として登場するうえ、姿形も当初の水棲生物から陸棲生物への進化を遂げながら巨大化していくなど、過去作には見られなかった要素が盛り込まれている。アニメ映画3部作に登場するゴジラも、過去作とのつながりは無く2030年に初めて現れた怪獣とされている。ただし、昭和版と同じくアニメ映画3部作に共通する設定として、ゴジラの名前は「大戸島の龍神・呉爾羅」から付けられている。
2023年公開の『ゴジラ-1.0』でも、初代ゴジラの特徴や容姿、変異や武器、正体不明の巨大生物、完全に独立しているなどの要素、「呉爾羅」の名前などはほぼ踏襲されているが、身長は初代ゴジラとほぼ同じの50.1メートルとなっている。
なお、年齢については上記の出自ゆえにどの作品でも漠然とした表現に留まっているが、昭和シリーズでは出自を無視して具体的な年齢が記述されている資料も見られる（『キングコング対ゴジラ』の登場個体など）。 昭和シリーズ 武器：放射能火炎 スーツアクターは中島春雄（『対ガイガン』まで）、手塚勝巳（『三大怪獣 地球最大の決戦』まで）など。
『ゴジラ』（1954年）
『ゴジラの逆襲』以降
vsシリーズ
ミレニアムシリーズ
『シン・ゴジラ』
映画『シン・ゴジラ』（2016年）に登場。
元々は太古の時代から生き残っていた深海棲の海洋生物が60年前に海洋投棄された放射性廃棄物を大量摂取したことによって放射能に耐性が付いただけでなく、その影響で突然変異と異常成長を繰り返して誕生したと推測される巨大不明生物。
アメリカのエネルギー省（DOE）では以前からこの生物の存在を把握しており、同国の生物調査機関に属していた分子細胞生物学者の牧悟郎が中心となって生態の研究が進められ、彼の故郷である大戸島の伝承にある神の化身「呉爾羅（ごじら）」の名から「GODZILLA」という英語名が与えられていた。日本政府には当初は「巨大不明生物」と呼称され、牧の情報を入手して以降は日本語訳した「ゴジラ」の通称も用いられるようになる。
その身体は人間の約8倍という膨大な量の遺伝子情報が内包された完全生命体であり、爬虫類のみならず魚類や鳥類などといった他の種類に属する生物の形質も多数併せ持ち、世代交代を経ない単一の個体であらゆる環境に対する適応進化を行う。必要に応じて自己退化能力も有し、自由に進化・退化が可能であるうえ、細胞分裂による無性生殖も可能であると分析され、このまま放置すれば「自己増殖による無制限の繁殖」「有翼化しての飛行能力の獲得による世界規模のテリトリー拡大」「小型化への変異」といった危険性についても言及される。
体内には、生体原子炉ともいえる「熱核エネルギー変換生体器官」を持つ。それによって生み出されるエネルギーは莫大であり、超高温の体温を保つ表皮の一部からは高熱によって生じた赤い光が漏出する。活動の際には、未知の放射性元素を撒き散らす。それに加え、細胞には元素変換を行える機能を有しており、それを利用して体内に取り込んだ水と空気の反応だけで自身の生存に必要なエネルギーをすべて生成することが可能であり、他の栄養素を摂取する必要が一切ないと推測され、その口は牙が不ぞろいで下顎には舌もなく、生物の捕食には適さない。自然界にはもはや天敵となるものは存在せず、従来の生物的常識を超越した性質は「完全生物」や「霞を食べて生きる仙人」にも例えられ、生物には不可避の「死」という概念すらも克服している可能性も指摘される。熱エネルギーの冷却には血液流による液体冷却と背びれからの放熱を用いているが、後者は補助的なものであり、もし血液の循環に問題が発生した場合は熱の冷却が追いつかず、原子炉スクラムのような状態となってエネルギー生成器官の機能が停止し、そのまま全身が凍結する。矢口蘭堂が率いる日本政府の巨大不明生物災害対策本部（巨災対）はこの特性を利用し、大量の血液凝固剤を直接口から注入することでゴジラを封じ込める「矢口プラン」を提唱し、自衛隊によってこれを実行に移すべく立案された「ヤシオリ作戦」をもってゴジラに臨んだ結果、凍結に成功している。
モーションアクターは野村萬斎。 発生生物学者の道上達男は、劇中でのゴジラの形態変化は生物学的には進化ではなく変態とする方が正しく、ゴジラが突然変異であっても変態能力を獲得する必要はないゆえに元々の生態と考えられ、原種となった生物を既存のカテゴリーに当てはめると有尾両生類が近いものと考察している。また、「人間の8倍の遺伝子情報」という設定については、単純にDNAの長さが8倍あっても複製が非効率になるだけなので、意味のある塩基配列が人間の8倍あるものと解釈している。 東京大学大学院助教の小豆川勝見は、ゴジラから発見された未知の放射性元素について、未発見のものであれば重い元素であり、半減期が20日であることなどから、ゴジラの身体そのものが新元素で構成されているのではなく、体内原子炉で発生した副産物的なものと考察している。
形態（シン・ゴジラ） プロポーションとしては5つの形態が設定されている。
第1形態 東京湾アクアライントンネルでの事故を起こしたあと、初めて人類の前に姿を現した際の状態。 褐色の長い尻尾を持ったオタマジャクシのような状態。劇中では背中と尻尾のみが描かれるだけで全身を見せていない。背中の中心に沿って突起物が生えており尻尾の先はひれのような形をしている。この形態の時点で体温はかなり高温であり、海中に潜行している最中は常時大量の水蒸気が立ちのぼり、その影響で自らの周りの水を赤く変色させている。東京湾にて水柱とともに海面に浮上すると、羽田空港近辺の多摩川河口から大田区の呑川にかけて下記の第2形態に進化しつつ蛇行しながらの逆走を開始し、陸棲生物へと短期間で進化を始める。 2017年発売のガシャポン『シン・ゴジラ2』では当初は「ゴジラ2016第1形態」とされていたが、「巨大不明生物 出現」と発売時に変更されており、書籍によっては尻尾は第2形態であり、第1形態とされる姿は一切登場していないとされている。 下記形態と同様に出現地点に由来した「アクアくん」という名称が一部で用いられていたが定着はしなかった。
第2形態 羽田空港付近の多摩川河口から遡上、東京都大田区（旧・東京市蒲田区）西糀谷2丁目の国道131号に架かる吞川新橋付近に上陸した際の状態。 当初は自重を支えられずに上陸とともに崩壊して死亡するものと思われたが、上陸する過程でカエルのように先に発達させた強靭な後脚によって陸上でも活動できる陸生型に急速に進化しながら川を逆走したため、その見解は大きく外れることとなる。 水棲生物だった第1形態から陸棲生物へ進化する途中経過のような状態となっており、ラブカやウツボに酷似した顔立ちに、瞼が存在しない異様に大きく無表情な眼球や第1形態から引き継いだ先端がヒレのようになっている長大な尻尾や後に腕となる肘を折り畳んで癒着したような状態になっている未発達の突起状の前肢を持ち、全体的にヤモリやトカゲに似た爬虫類と両生類の中間体のような容姿をしている。口腔には舌がなく、細い牙が乱雑な並びで生えている。 首は細く長めで、両脇にある鰓から赤い体液を滴らせながら進撃する。背中には背びれが形成されており、徐々にゴジラとしての容姿が形成されつつある。ヘビのような蛇行運動を行いつつ巨大な後脚と体全体を使い、陸路で進出もし始めてはいるが、未発達であるために直立するまでには至っておらず、地面に胸部を擦り付けながら這いずるように蛇行による移動を補助する役割に留まっている。しかし、進化が始まる直前には直立しようと上体を起こす行動も取り、進化への片鱗を見せる。海底トンネルに衝突したりコンクリートで護岸された川を遡上した結果、胸骨が張り出して衝角のように機能する。 ファンの間での通称は蒲田くん。
第3形態 品川区の北品川あたりで進行を止め、さらなる進化を遂げた状態。 いわゆる「ゴジラ」としての容姿が見え始めた状態であり、北品川で突然移動を停止した後に体を垂直にして直立し、第2形態よりも体色が赤黒くなり、陸生への適応を高める中で骨格が変化して尻尾や後脚が膨張して脚部を獲得したことで立て膝となり、2足歩行でも活動ができるようになるなど、大きく変化を遂げる。しかし、まだ前傾姿勢に近い立ち方であると同時に、まだ脚は全体重を支えきれるほど充分に発達していないため、重心は安定せず足取りはおぼつかず、巨大な尾でサポートしていた模様。それまでは単なる突起状の器官だったものが発達し、前肢が割れて発達して小さいながらも手や腕が形成され、背びれも大きく変化する。 体色は褐色。容姿はティラノサウルスなどの直立した肉食恐竜のような形状をしており、体格も以前の倍近い大きさになったのに加え、首の両脇に着いていた鰓は両生類から陸棲生物への急変態に伴い退化して小さくなって閉じ込んだ形になったため、体液を撒き散らすことはなくなった。頭部の重量を支えるため、首も太くなると同時に呼吸も鰓呼吸から肺呼吸へと移行する。第2形態から顔付きは若干変わり、牙も太く大きくなり、鰓があった黒い外皮や背びれの隙間などが心臓部の生体原子炉の核エネルギーによって内皮が赤く発光し始め、第4形態に近い姿となるが、短期間での急速な身体の構造の進化を遂げて過多な熱を発生させたことに加え、赤黒い膜が左右に付いた口から高温の息を吐くなど、体温の上昇が制御しきれず、体内温度の排熱機構がまだ不完全であり、余熱の冷却処理が追い付かなくなったため地上での活動が短期間しかできず、身体の冷却とさらなる進化のため、一旦は2足歩行から蛇行へと退化を行ってから京浜運河から東京湾へと引き返し姿を消した。 ファンの間での通称は品川くん。
第4形態 第3形態の状態で潜伏した相模湾海中にて身体を冷却しつつ、さらなる進化を遂げて陸生型として完成し、神奈川県鎌倉市の相模湾から出現し、稲村ヶ崎の海岸から再上陸した状態。そのまま、横浜市や川崎市などの神奈川県を縦断し、ふたたび東京都内に侵入する。 第1形態から第3形態にかけては2時間と短期間での進化を遂げていたのに対し、第3形態から第4形態にかけては約4日かけて進化を行っている。変態を繰り返したことで体格と身長は以前の倍近い大きさとなり、体格が大きくなった分、増大した自重を支えられるように足は大きく太く発達し、巨大な下半身は重さに耐え切れず皮膚が垂れ下がった形となり、まだ前傾姿勢だった第3形態から、足が直立に適した骨格に変化したことで完全2足歩行する直立した恐竜然とした姿となった。4本指の足には指の芽や小さな爪のようなものが生えており、踵を上げている。また、尻尾も体高を上回るほど太く長大かつ強靭なものに成長し、その先端の形も何らかの生物の背骨や歯などが埋め込まれたような不気味な形へと変化している。さらにこの長大な尻尾が巨大な体格を支える役割を果たすようになったため、歩行にも覚束なさがなくなっている。体色も黒さが増し、冷えかかった溶岩のような形状となっている。身長や体格が進化前の倍近くにまで成長したのに対し、眼球は成長せずに縮小し、顔の輪郭の肥大化に伴って相対的に小さくなっている。まぶたが存在しない代わりに銀色の金属的な瞬膜のような器官（対閃光防護膜、閃光防御膜）で頭部への危険を察知すると眼球を保護できるようになっており、誘導爆弾の接触時や放射線流（後述）の発射時に使用する。顔付きも第3形態より大きく変わり、顔が肥大化したことに伴い、首も太く発達してやや短くなり、かつて鰓があった部分はさらに縮小した形となる。牙もさらに増えたことで食べ物を噛めるようにはなっていないより乱雑な生え方に変わっている。舌はなく、口内は多重のヒダ状となっている。第3形態で生じた腕は以前より発達しているものの、大柄な体格と比較してあまり成長しておらず、常に固定されたように掌が上向きになっている。身体の赤い発光も背びれだけでなく、黒い外皮と心臓部の生体原子炉で生成する強大なエネルギーで活動し、各部が真っ赤に発光する内皮を持つようになる。休眠状態になると、この赤い発光は消える。全身を覆う表皮は高い柔軟性と耐久力を持ち、多摩川で防衛線を張っていた自衛隊の機関砲、ロケット弾、対戦車ミサイル、120mm滑腔砲、誘導爆弾などの直撃を耐えたが、背びれの辺りに米軍のB-2が投下した大型貫通爆弾「地中貫通型爆弾MOP II」の直撃では負傷している。 負傷した際の対抗手段として「放射線流」と呼ばれる、体内のエネルギー転用による口腔からの熱線放射能力を発現させる。放射の際は、背びれの部分を中心に内部からの赤い光が見える箇所が核エネルギー」の影響で紫色の光を放ち、口を大きく裂けるように開いて下顎をヘビのように左右真っ二つに展開させ、初期段階では黒煙を吐き出し、眼球が瞬膜に覆われると同時に熱焔に変化する。この状態でも、東京の街を広範囲に渡って火の海に変えるほどの威力を有し、これの集束率が高くなると紫色の細い収放射熱線状に変化し、ガスバーナーの要領で標的を焼き切る。この熱線の射程は非常に長く、たとえ自身からの距離が遠く離れている標的でも、易々と届かせることが可能で、以降は背鰭の間の赤く光っている箇所からもレーザー状の熱線を複数放射することが可能になる。熱線は非常に強力である分、一度発射するとコントロールが効かずエネルギーが底を突くまで発射し続けるため、その後は約360時間の休眠状態に移行して完全に停止する。この際、エネルギー量が少なくなると、レーザービームの状態を維持できなくなり、火炎放射状態に戻る。先の米軍のB-2の攻撃以降は空からの攻撃に備え、たとえ休眠時であっても接近してくる飛行物体を身体からの熱線で自動迎撃できるようになる。米国の統合調査団は、フェーズドアレイレーダーに似た生体レーダー器官を持つと推測された。後に背びれからの無数の発射によって生じるエネルギーの過多な消耗を最小限に抑えるために、尻尾の先端部に発達した口からも炎状の放射熱線を放つ能力を得て、自身の背後や高空などの口からの発射だけでは対処しにくい位置にいる敵への攻撃の命中精度の向上を実現させた。 ヤシオリ作戦の際は差し向けられた米軍の無人爆撃機を迎撃し続けた結果、エネルギー量が低下して火炎放射状態に戻り、最終的には一時的に熱線の連続使用が不可能となるが、不完全ではあるものの短時間で再び熱線の発射が出来るようになっており、エネルギー回復の速度は初回の使用時よりも向上している模様。 川崎市の武蔵小杉駅周辺から多摩川の丸子橋付近にかけての自衛隊による総攻撃も受け付けず東京都に至り、米軍の爆撃に対応して発射した放射線流により港区、中央区、千代田区を火の海へと変え高濃度の放射性物質を散布して汚染したのち、東京駅にて休眠状態となる。多国籍軍による熱核攻撃を行う決議が出されるが、最終的にヤシオリ作戦によって無人機の攻撃に反応してエネルギーを使い果たしたところに血液凝固促進剤を注入されて直立姿勢のまま凍結させられ、本体と同形状の背びれを生やした無数の人型の分裂体を尻尾の先端から生成しかけた状態でその活動を停止する。その後、ゴジラが撒き散らした放射性元素の半減期は約20日と非常に短く、2、3年ほどでほぼ無害化することが判明する。 ファンの間での通称は鎌倉さん。 身長設定は、公開時点で歴代最大のものであった。 フリーライターの廣田恵介は、都市の中心で活動を停止し、近づくものを精密に狙撃するという点に、『新世紀エヴァンゲリオン』に登場する第5使徒ラミエルとの共通性を指摘している。
第5形態 極低温となって活動を停止した第4形態の尻尾先端より分裂、小型群体化した新形態。 劇中のラストに登場。背中にはこれまでの形態より引き継がれた同形の背びれと尻尾が生えているが、体格が第4形態と比べ大幅に小型化しているのに加え、背骨を持った人体に近い形状をしている。頭部は眼球に相当する部分が存在せず、鋭い牙を有している。巨災対はゴジラが進化の過程で小型化したり盛んな細胞分裂によって新たな個体が形成されて無限増殖し、人型の群体に複数分化しかけ、飛翔能力を有すると予測し、実際に複数の個体が発生を始めるが、第4形態の時点で完全に分離するまでに凍結させられたため、そのまま活動することなく静止したままとなる。
創作経緯（シン・ゴジラ） 本作品では「徹底したリアリティを追求しつつ、初代ゴジラの衝撃に近づけたい」との意図から、過去の作品をリセットし現代日本にゴジラが初めて出現するというシチュエーションで描かれた。総監督の庵野秀明は、初代の本質的な部分は意識しつつ、映像表現や描写としてはあえてイメージを追っていないとしている。
庵野は、東日本大震災および福島第一原子力発電所事故を日本が経験した以上、現実の日本を描くにあたってそれを外すことは出来ないと考え、これらをメタファーとして取り入れている。東宝側からはセンシティブな問題であるためゴジラから放射能の設定を外すことも提案されたが、庵野はゴジラを題材とする以上、放射性物質の問題を外すわけにはいかないとし、放射性物質の扱いや災害・被災の描写に真摯に向き合う覚悟を決めて描くこととした。ゴジラから発見された未知の放射性物質を半減期の短い設定としたのは、東宝側への配慮から現実感をぼかしたものである。
初期プロットを手掛けた神山健治は、ゴジラに核兵器と原子力発電所のストレートなイメージを取り入れ、最後はチェルノブイリ原子力発電所事故を想起させるゴジラを石棺で封印する物語とした。ゴジラが残り続けるという結末は現代日本の状況をカリカチュアしたものでもある。
庵野は、ゴジラの定義を自然の中にいた生物が人間の手によって悲劇を背負った存在としており、ゴジラが自然発生することは否定しつつも、現代では大気圏内核実験は行われておらず、核廃棄物で自然にゴジラへ育つという設定もリアリティがないと考え、科学者が誕生に関わっていることを示唆することで人間の業や科学の業を背負わせている。庵野によるラフプロットでは、アメリカの実験船事故によりゴジラが誕生するという展開であった。
当初より東京湾からゴジラが初上陸するという想定であったが、プロットを読んだ庵野の友人である出渕裕から浅い東京湾にゴジラがいきなり出現するのは無理があると力説され、それを解消するために4足歩行から2足歩行に形態変化するという設定が生まれた。形態変化の設定が加わったことに伴い、両生類から爬虫類へ進化するというイメージがゴジラに盛り込まれることとなった。
初期案では、庵野は初代ゴジラの再上陸時での進行ルートを逆走する形で隅田川を遡上するという流れを考えていたが、プロデューサー側からゴジラが上陸する理由付けが必要だとの意見が上がり、神山によりゴジラが電波に反応して上陸し東京スカイツリーへ侵攻するという展開が提案された。しかし、諸般の事情によりスカイツリー自体が映画には登場しないこととなった。庵野は、制作が困難な都内の破壊描写を避けつつインパクトも与えるため、ゴジラが隅田川からジャンプして霞が関に着地するという案も出したが、周囲から猛反対を受け不採用に終わった。
ゴジラ像が設置される新宿東宝ビルの竣工にあわせて最終決戦の地を西新宿にするという案もあった。この展開では、ゴジラを誘導するために汚染リスクを覚悟して核廃棄物を運搬するという描写も存在した。
「怪獣」という呼称を用いないことが当初から掲げられ、初期準備稿では「巨大生物」や「巨大生物第1号」などの呼称が用いられていたが、庵野が官僚へ取材した際に実際どう呼ぶか訪ねたところ「巨大不明生物」との回答を受け、これが作品に取り入れられた。「放射線流」の呼称も同様に専門家への取材から出てきた言葉であった。
デザイン（シン・ゴジラ） イメージデザインは前田真宏が担当。庵野が持っていた「原点回帰」というコンセプトと、庵野が描いた初代ゴジラの首が高く伸びて全体が屹立したスケッチなどを手掛かりにしたという。