東京駅の歴史（とうきょうえきのれきし）では、東日本旅客鉄道（JR東日本）・東海旅客鉄道（JR東海）・東京地下鉄（東京メトロ）東京駅の歴史を説明する。
日本の鉄道開業（1872年）から約12年後、東京中心部においてそれまで各方面別に分かれていたターミナル駅を高架線で結び中間点に中央停車場を設置する構想（東京市街高架鉄道構想）から始まり、1914年（大正3年）12月20日に開業し「東京駅」と命名された。東京駅の開業により、日本初の鉄道起点駅であり長らくターミナル駅であった新橋駅（初代）は、30年目にして旅客駅としての役目を終えた。
その後、計画通りに他のターミナル駅とも高架線で繋がり、中央本線の乗り入れ・山手線の環状運転の開始などにより、駅西側（丸の内）は東京の中央ビジネス街として発展し、駅利用客は急増した。
昭和初期にはプラットホームなどの増設工事を始めたが、第二次世界大戦により工事は中断され、戦争末期には空襲を受けて丸の内駅舎を焼失した。
大戦後丸の内駅舎の復旧が行われ、増設工事も再開された。1964年（昭和39年）10月1日には東海道新幹線が開通し、新幹線のターミナルともなった。
さらに地下鉄丸ノ内線の乗り入れ、総武・横須賀線の地下ホームの開業、京葉線の乗り入れと地下にもホームの増設が進んだ。1991年（平成3年）6月20日には東北新幹線が開通し、東北・上越方面へのターミナルともなった。
官営鉄道 東京の鉄道網のはじまり thumb|1904年4月5日、総武鉄道両国橋開業の時点での東京の鉄道網 東京の鉄道網の始まりは、1872年10月14日（旧暦明治5年9月12日）の日本の鉄道開業に際して新橋 - 横浜間が開通したことに始まる。この時の新橋駅は後に貨物駅となった汐留駅で、横浜駅は現在の桜木町駅であった。この際の新橋駅の位置の選定経緯は明確にされていないが、大名屋敷の跡地を入手できて駅や車庫、鉄道工場を建設するために必要なまとまった土地を確保できたこと、市街地を避けて横浜への路線を伸ばせる位置であったこと、当時から繁華街であった銀座にも比較的近かったことなどが理由であろうと推測されている。
その後東京と関西を結ぶ鉄道の建設が検討されたが、東海道と中山道のどちらを経由するかを決定するためには時間がかかった。中山道経由で建設する際の東京における経路としては、お雇い外国人のリチャード・ボイルの調査報告による、新橋から皇居の東側を北上する現行の東京駅経由ルートに近いものや、開拓使の役人松本荘一郎とお雇い外国人ジョゼフ・クロフォードの調査報告による小名木川駅を起点として北上し、既設の官設鉄道（国鉄）線との連絡は品川駅から分岐する線によるものなどがあった。政府は国土開発の観点から、既に開けている東海道よりも内陸の発展を促進する目的で中山道がよいとし、軍部も敵の軍艦による攻撃を受けやすい海岸沿いを避けられる内陸路線を支持したことから、一旦は中山道経由に決定された。
当初国営を原則とした鉄道であったが、西南戦争による政府の財政悪化もあり、民間に建設を認める方向に方針転換した。これを受けて発足した最初の私鉄が日本鉄道で、最初の建設区間として中山道鉄道の一部を構成する東京 - 高崎間の路線を建設することになった。日本鉄道建設に際しては、官設鉄道との連絡から品川を起点とすることも有力視されていたが、距離がやや長くなり東京西部の丘陵地帯を通過する工事に時間がかかると見込まれたこともあり、とりあえず上野駅を起点とする方針となって、1883年（明治16年）7月28日に上野 - 熊谷間が開通した。しかしその後、中山道経由の鉄道の建設の困難さが明らかになったこともあり、1886年（明治19年）に政府の方針が転換し、東海道経由で東西連絡鉄道を建設する方針に変わった。これを受け、当初は中山道経由の東西連絡鉄道に対する支線の位置づけであった新橋 - 横浜間の鉄道から延長する工事が始められ、1889年（明治22年）7月1日に東海道本線新橋 - 神戸間が全通した。一方の日本鉄道は同じ1889年の9月1日に青森までの東北本線を全通させ、さらに1898年（明治31年）8月23日には常磐線も全通した。また上野と秋葉原を結ぶ貨物線も1890年（明治23年）11月1日に開通した。
一方、東京の西に伸びる中央本線は、私鉄の甲武鉄道が建設した。1889年（明治22年）4月11日の新宿 - 立川間を皮切りに順次開通し、新宿より都心側では1895年（明治28年）4月3日に飯田町駅まで開通した。東京の東に延びる総武本線は、やはり私鉄の総武鉄道が建設した。総武鉄道の資金力では隅田川を横断することが難しかったこともあり、隅田川の東側に位置する両国橋駅（後の両国駅）をターミナルとして1904年（明治37年）4月5日に開通した。
官設鉄道と孤立して建設された日本鉄道の資材輸送が問題になったことから建設されたのが山手線で、1885年（明治18年）3月1日に赤羽 - 品川間が開通し、続いて田端 - 池袋間が1903年（明治36年）4月1日に開通した。この開通により官設鉄道線と日本鉄道線が連絡され、特に貨物輸送の面では市街地を荷車で運搬する必要が無くなった。しかし旅客輸送の面では当時山手線はまだ単線で不便であったことから、南北を乗り継ぐ旅客は新橋駅と上野駅の間で徒歩または人力車により連絡するのが普通であった。1882年（明治15年）には新橋と上野の間で馬車鉄道の運行が始まり、1時間に70台もの馬車が出発するほどの大盛況となった。1903年（明治36年）に馬車鉄道は路面電車に置き換えられたが、もともと繁華街の路面に敷かれていたこともあり増大する交通需要に対応しきれず、事故が多いことも問題となっていた。こうしたことから、自然に新橋と上野を結ぶ鉄道路線の計画が生まれることになった。
市区改正事業と東京中央停車場構想 ちょうどこの頃、東京市における道路や運河、上下水道、港などの都市施設の計画についてまとめて議論して、各省庁・機関・地元との調整を行おうとする市区改正と呼ばれる動きがあった。市区改正は現在の都市計画に相当する言葉で、東京においては第7代東京府知事松田道之が提案した総合的な都市計画が端緒となった。さらに松田の後任の芳川顕正は松田の構想を継承しつつも、日本全体のことを考えた道路や鉄道網を構想し、東京府に設置された東京市区改正取調委員局から内務省に対して1884年（明治17年）11月14日に提出された市区改正意見書では、「鉄道ハ新橋上野両停車場ノ線路ヲ接続セシメ、鍛冶橋内及万世橋ノ北ニ停車場ヲ設置スヘキモノトス」とされた。この鍛冶橋に設置を提案された停車場が後の東京駅につながることになる。
この意見書を受けて内務省に市区改正審査会が設置され、官庁や財界からの委員が審議を行った。その結果、新橋と上野を結ぶ高架鉄道を建設し、鍛冶橋付近に中央停車場を設置し旅客用の高架ホームを設けること、地平には貨物取扱設備を設けることなどの原案が固まった。この意見書はしばらく放置されていたが、国の正式な計画とするために元老院へ回され審議された。しかし守旧的であった元老院はその価値を理解せず、国庫に余裕がないとして1888年（明治21年）6月15日に否決してしまった。ところが当時の内務大臣山縣有朋や大蔵大臣松方正義はこれを巻き返し、閣議において元老院決定を一刀両断の上、1888年8月16日に勅令第62号として東京市区改正条例が公布された。
これを受けて、詳細を詰めるための東京市区改正委員会が発足した。そこでさらに議論が行われたのち、原案のように新橋と上野を高架線で結び、この間に中央停車場を設置することが答申された。この報告を受けて内務省は鉄道庁長官に対して1890年（明治23年）9月17日付で、中央停車場より南側を官設鉄道が、北側を日本鉄道が建設する形で、ただちに工事に着手するように訓令した。
中央停車場が計画されたのは、皇居の前にあたる丸の内（当時の町名は永楽町）だった。江戸時代には武家屋敷の建ち並んでいた一帯であり（外濠と内堀との間）、明治維新後には陸軍の兵営や練兵場、警視庁、裁判所、監獄などの政府関連施設が並んでいた。外濠を挟んで繁華街（京橋・日本橋など）に接するとはいえ東京の場末と言ってもよい場所であった。明治政府が安定して皇居の目前で警備を行う必要性も薄れてきたことから、兵営を郊外に移転させてこれらの土地の再開発が検討されることになり、丸の内の広大な敷地が三菱財閥に払い下げられて欧米様式のオフィス街の建設が開始された。馬場先門通りの部分だけは明治末までに煉瓦造りのオフィスビルができあがって「一丁倫敦」（その部分だけロンドンのようであるという意味）と呼ばれたが、それ以外の部分は依然として未開発の野原のままで、「三菱ヶ原」と呼ばれていた。この地に中央停車場が建設されたことが契機で、丸の内は日本のビジネスセンターとなった。
高架線の設計
thumb|right|バルツァー計画の東京の鉄道網の計画 官設鉄道が新橋から中央停車場までの調査を行うように指名したのは、仙石貢であった。しかし鉄道建設の経験豊富な仙石としても、市街地における長い区間の高架線という日本で前例のないプロジェクトにあたっては容易ではなく、外国人技術者の支援を仰ぐことになった。この当時ヨーロッパの大都市でも、各方面から乗り入れてきた鉄道が頭端式のターミナルを形成しており、各方面への鉄道相互間の連絡方法に苦心し、また折り返しで錯綜する列車により線路容量が限られるという問題を同様に抱えていたが、唯一ドイツ帝国の首都ベルリンのみは、市街地を貫通する高架線と環状線の組み合わせによりこの問題を解決していた。このため、東京の鉄道のモデルもベルリンに求められることになった。
ちょうどこの時期、九州における鉄道網を建設した九州鉄道がドイツから招聘したお雇い外国人としてヘルマン・ルムシュッテルが日本に滞在していた。ルムシュッテルはプロイセン邦有鉄道（プロイセン国鉄）の技術者としてまさにベルリン市街線の高架の建設に携わった人物であった。日本鉄道は市街高架線の調査をルムシュッテルに依頼し、ルムシュッテルは自身が携わったベルリン市街線をモデルに、初めて東京市街高架線の具体的な設計案を描き出した。この設計案では、煉瓦積みのアーチ高架橋を連ねて上野から浜松町付近までの高架線を建設することになっており、また東京市街を一周する環状鉄道、後の山手線の提案も含まれていた。一方の官設鉄道では、他の案件で忙しい仙石貢の代わりにその部下の広川広四郎がルムシュッテルの助言を受けながら検討を進め、実際に建設される高架線につながる原設計案ができあがってきた。
こうした設計案を基に日本鉄道は1893年（明治26年）8月5日付で上野 - 新橋間の高架鉄道敷設の免許を申請した本来中央停車場以北を担当するはずであった日本鉄道がなぜ全区間の免許を申請したのかははっきりしない。。申請書に添付の設計書によれば、上野 - 新橋間の建設費は中央停車場の建設費を含めて450万円 - 500万円と見積もられ、途中に秋葉原、白壁町（=神田）、中央停車場、幸橋（=新橋）の停車場を設置し、新銭座町（浜松町付近）において官設鉄道線に合流することとされていた。この頃、鉄道敷設法の制定や日清戦争の勃発などで遅れも生じていたが、官設鉄道の側でも1895年（明治28年）12月9日の第7回鉄道会議において中央停車場関連の予算約350万円を諮詢し、第9回帝国議会に予算案が上程されて1896年（明治29年）2月4日の衆議院本会議において議論され、可決成立した。これにより中央停車場計画に初めて予算的な裏付けが与えられることになった。日本鉄道の申請した免許については、この時期に東京市街へ乗り入れようとしていた他の諸鉄道の案件とともに、鉄道会議や市区改正委員会において審議されたが、結局鉄道国有法によって日本鉄道が国有化されるまでに実現へ向けて動き出すことはなかった。民間の鉄道会社にとってこの高架鉄道への投資負担は耐えられるものではなく、日本鉄道の経営陣が替わるうちに建設への熱意を失ってしまったとの見方がされている。
予算の成立を受けて、1896年（明治29年）4月28日に高架線や中央停車場の工事を担当する部署として新永間建築事務所が発足した。この名称は浜松町付近の旧町名新銭座町（しんせんざちょう、現港区東新橋付近）と中央停車場（東京駅）を建設する旧町名永楽町（えいらくちょう、現千代田区丸の内一丁目付近）との間を結び、また当時は建築と土木の区別がはっきりしていなかったため建築事務所と名付けられた。後のJR東日本東京工事事務所の前身組織である。また任期を終えて1894年（明治27年）に帰国したルムシュッテルに代わり、高架線建設の技術指導を求めてやはりドイツからフランツ・バルツァーが新たに招聘され、1898年（明治31年）に着任した。またルムシュッテルの元で設計に携わっていた広川広四郎は1896年に急死している。
ルムシュッテル在任時に計画された市街高架線のルートは実際に建設されたものにほぼ沿っており、新橋からやや西へカーブを描いて当時まだ残されていた外堀に沿って東京駅へ向かうものであった。これに対してバルツァーは距離を短縮するために汐留の旧新橋駅から直進して東京駅へ向かうルートを提案したが、これは繁華街として発展していた銀座を分断するものであり、現実的にも土地買収費用的にも受け入れられるものではなく、原案通りが採用されることになった。また1891年（明治24年）の濃尾地震で鉄道構造物が被害を受けたこともあり耐震性が懸念された。バルツァーはこのため、鋼製の構造物を採用すべきであると考えていた。鋼製構造物は高価であるが、重い煉瓦構造物は地盤の悪い東京では基礎工事に費用がかかって相殺されるものと考えられた。しかし当時の日本では鋼製構造物はすべて輸入に頼らなければならず資本が国外に流出するのに対して、煉瓦は国内製造業者に発注できるという点や、完成後の保守経費が安いことなどを考慮し、煉瓦製の高架橋を基本とし架道橋の部分のみ桁下の高さを確保するために鋼製構造とされた。結果的にこの高架橋は、関東大震災において大きな被害を受けていない。バルツァーは日本人技術者を指導しながら高架線の設計を行い、バルツァーの帰国後日本人技術者が独自に設計した部分を含めると1904年（明治37年）までかかって設計された。
バルツァーはさらに、東京全体の鉄道網を構想した。ルムシュッテル在任時にすでに東京を一周する環状鉄道の提案は出ていたが、バルツァーはこれに加えて総武鉄道と甲武鉄道を連結して秋葉原で南北の縦貫線と十字に交差させ、その他に双方とも中央停車場へ乗り入れる短絡線を造るという全体構想を描いた。これは1972年（昭和47年）の総武快速線東京駅乗り入れにより、細部は異なるものの結果的にほぼ実現している。
バルツァーによる駅の設計 thumb|バルツァー設計の日本風東京駅舎、乗車口の正面と側面 thumb|上から降車口、電車降車口、皇室口正面と側面 thumb|350px|バルツァー設計の東京駅平面図 バルツァーは、中央停車場そのものの設計にも関与した。駅部分では線路は盛土の上にあり、駅舎はその西側に設けられる計画となっていた。日本建築に関心のあったバルツァーが提案した駅舎は、部分的に切石を用いた煉瓦造のもので、和風の入母屋破風や唐破風を取り入れた屋根を載せるという構造であった。日本の伝統的な城郭や寺社の建築様式を駅という新しい目的に利用することでバルツァーは、自国の文化を一顧だにせず洋風の建築様式の建物が無秩序に建てられていく東京の現状に一石を投じようとした。
バルツァー案の駅舎は5棟に分かれて建てられており、南側に乗車口、北側に降車口、中央に皇室用入口と近距離列車の降車口、この他に郵便局が置かれる構造となっていた。乗車口と降車口を別にするのは乗客動線の混乱を避ける目的で、ドイツなどではよく見られた方式であった。皇室専用口を中央に設けたのは、お召し列車の中央付近に連結される御料車へできるだけ近い位置に皇室専用通路を設けられるようにし、プラットホームに出てからの皇族の移動距離を短縮することで、一般旅客の立ち入り制限の範囲を狭める目的があった。しかし中央に皇室専用口を配置したことで乗車口と降車口が200 m余りも離れた位置に設けられることになり、使い勝手の悪いものとなってしまった。ヨーロッパの駅でも貴賓室が設けられる例は多くあったが、駅を広場の延長と考え一般大衆の利用するパブリックスペースとする思想が根強かったことから、貴賓室は駅の端部に設けて一般客との動線の交錯を避ける設計が一般的であった。乗車口の建物のみ2階建てで、1階に駅長室、出札口、待合室、手荷物扱い所、2階にレストランが設けられる設計であった。これに対して降車口は近距離用・長距離用ともに平屋で、施設も待合室、手荷物扱い所、鉄道公安室などが置かれる程度であった。
旅客用プラットホームは島式のものを3面用意し、駅舎に近い1面を近距離用（電車用）、遠い2面を長距離用（列車用）とする提案であった。ヨーロッパのターミナル駅ではプラットホーム全体を覆うドーム式大屋根を備えているところが多いが、中央停車場ではプラットホームごとに屋根を設ける方式が提案されていた。これは建設費を抑える目的の他に、日本では煤煙の多い石炭が使用されていたため屋根を設けると中が不快となることや、将来の拡張可能性などを考慮したものであった。これらのプラットホームへは乗車口・降車口・電車降車口から結ぶ3本の通路が設けられ、これとは別に皇室用通路や手荷物・郵便物の運搬用通路などが考慮されていた。電車用のプラットホームは列車用のものに比べて短いため、列車用プラットホームと降車口を結ぶ通路のところまで電車用プラットホームは届かない構造であった。このため、駅構内では南側の乗車口から入り乗車用通路からホームに上がり、到着時には北側の降車用通路に降り降車口に出る、南から北への一方通行が想定されていたが、電車と列車の間での乗換客だけは例外的に、南側の乗車用通路を利用する想定となっていた。
さらに当初は中央停車場に貨物施設を設置する計画となっており、バルツァーの設計でも八重洲側に貨物扱いの設備が考慮されていた。貨物扱い施設は、盛土工事の手間を節減し河川水運との連絡を改善する目的で、高架上の本線から下って旅客プラットホームよりは3 mほど低い位置にある盛土上に建設される計画となっていた。船溜を設けて水運との連絡を図る設備を備えることになっていた。
このようにバルツァーは中央停車場の具体的な設計を行ったが、しかしバルツァー案に含まれていた和風の駅舎案は、後に実際に東京駅舎の設計を担当することになる辰野金吾からは「赤毛の島田髷」と酷評された。日本建築に石や煉瓦を用いること自体が容易ではなく、日本を訪れた西洋婦人が物珍しさから、洋服を着ながら日本風に髪を結って日本の履物を履くようなものだとし、日本文化の消化が不十分であるとされた。一方皇室用入口を駅の中央に配置することは当時としても利用者に不便を強いるとして疑問視する声が上がっていたが、バルツァーの提案に対して鉄道作業局の上層部から特に反論はなく、また辰野金吾がこれを名案として自分の設計に取り入れたことから最終的に採用されたものと推測されている。これに加えてプラットホームと通路の配置や駅構内の配線計画など、平面計画はアレンジを加えつつも基本的にバルツァー提案のものが受け継がれて実際に用いられることになった。ただし電車用のプラットホームが1面増えて2面となり、合計4面のプラットホームを備えた形で完成している。また貨物扱い設備については、その後の鉄道国有化により秋葉原駅、飯田町駅、隅田川駅などの私鉄が保有していた貨物駅を国鉄が利用できるようになったこともあり東京駅での設置は見送られ、東京駅は純旅客駅として開業することになった。バルツァーは、将来的に貨物扱い設備を郊外に移転させればそのスペースを別の用途に転用できると示唆していたが、実際にはそこに車両基地を増設して開業することになり、後に東海道新幹線を実現するために重要な役割を果たすことになった。
辰野金吾による駅舎設計 thumb|350px|駅舎設計の第1案 thumb|350px|駅舎設計の第2案 thumb|350px|駅舎設計の第3案 thumb|東京駅丸の内駅舎と比較されることがある、アムステルダム中央駅の駅舎 バルツァーの提案した日本風の駅舎案は、ヨーロッパ崇拝の時代にあった当時の日本にあっては受け入れられるものではなかった。このため改めて駅舎についての設計が行われることになり、当時の建築界の権威であった辰野金吾に依頼されることになった。辰野は自身で、日本銀行本店、中央停車場、国会議事堂の3つを手掛けることを目標としていたこともあり、辰野に依頼するのは当然視されたためか、依頼の経緯についてははっきりしたことがわかっていない結果的に国会議事堂のみ、辰野の設計とはならなかった。。1903年（明治36年）12月に辰野に設計が依頼された。設計に際して辰野が受けた注文は、バルツァー案では建物が5棟並べられていてみすぼらしいので、建物を連続させて見栄えを壮観なものにしてほしい、ということであったとされる。結果的に辰野率いる辰野葛西建築事務所による駅舎設計は足掛け8年にも及ぶものとなった。
まず1904年（明治37年）早々に第1案の設計ができあがってきた。中央に皇室専用口を、両側に乗車口と降車口を配する基本的な構造はバルツァー案と同一で、これらの出入口については3階建て、それらをつなぐ部分は1階建てか2階建ての構造であった。これは、通過式の配線の駅構造に対応するために全長が300 m近いものとならざるを得ないのに、建築予算がわずか42万円と提示されていたため、出入口の間は低い建物でつなぐものとせざるを得なかったためであった。この時点で既に両翼の八角ドームの形態は現れており、ほぼそのまま最終案にまで残っている。さらに辰野はいくらか修正を繰り返しながら設計を進め、第2案が生み出された。規模は第1案とほぼ同じで屋根周りの表情を整えたものであった。しかし予算の限界もあり、この段階ではこの程度の設計であった。
その後国有鉄道を管轄していた鉄道作業局の帝国鉄道庁・鉄道院への改組などもあって設計作業は遅延した。しかし日露戦争における日本の勝利で国民感情が盛り上がったことや、1906年から1908年にかけて実施された鉄道国有化の影響もあり、一挙に駅舎の規模が拡大することになった。それまで予算は65万円と見積もられていたのが一挙に250万円とし、総3階建て構造にする方針が1907年（明治40年）に報じられている。これに関して、「後藤の大風呂敷」と呼ばれる初代鉄道院総裁の後藤新平の意向とする説もあるが、しかし後藤が鉄道院総裁に就任した1908年（明治41年）12月の時点では設計はほぼ完了して基礎工事が開始されていたので、後藤の意向以前に駅舎規模の拡大は決まっていたとする見解もある。
こうして第3案では、両翼に乗車口・降車口を、中央に皇室口を配する基本はそのままに、これらをつなぐ中間の部分を総3階建て構造とし、これにより水平線が通って建物のまとまり感が生み出された。第3案では皇室口の上に小さな塔が残されていたが、この塔を撤去したものが最終案となって建設されることになった。1910年（明治43年）12月、中央停車場の設計作業が最終的に完了した。
設計された駅舎は鉄骨煉瓦造のもので、荷重を煉瓦の壁面だけではなく鉄骨を組んだ柱や梁で支える構造になっている。煉瓦のみで建物の強度を確保していた時代には、壁は肉厚のものとなって内部の面積が狭くなり、窓や扉などの開口部の面積も制約を受けていたが、東京駅では鉄骨が強度を受け持つことによって壁を薄くでき、煉瓦の建物としては大きな室内面積を確保できている。また鉄筋コンクリートの適用が始まる時代の建物であり、それまで煉瓦造の建物では内部の床に木材を使うことが多かったが、東京駅では防火構造の鉄筋コンクリートスラブを床材に使っており、こうした材料の組み合わせによって大きなドームを備えた建物を可能としている。
この辰野金吾設計の駅舎は、設計で1889年に完成したオランダのアムステルダム中央駅を参考にしたと言われることがある。しかし辰野がオランダを訪れた記録はなく、またアムステルダム中央駅を参考にしたと本人が述べた記録もない。さらに建築的に言えば、アムステルダム中央駅は垂直線を強調したゴシック建築を基本としながらルネサンス風を加味した設計であるのに対して、東京駅は帯石により水平線を強調したルネサンス建築という違いがあり、明らかに異なっている。当時のように鉄筋コンクリートの技術が発達していなかった時代には大規模な建物は煉瓦積みか石積みで造るほかなく、またどちらの駅も通過式の配線を前提にその線路の脇に駅舎を配置することから、構成は類似せざるを得ないとの解釈がある。またオランダのゴシック・リヴァイヴァル建築は、辰野と関わりのある歴史主義建築に通底していることもあり、両者が似た印象を持つことはある意味必然であると指摘されている。
建設工事 thumb|市街高架線のアーチ橋の建設工事の様子、内山下町付近 thumb|中央停車場駅舎建設工事、鉄骨が組みあがった状態 thumb|丸の内南口付近の建設工事、背後を山手線の電車（ホデ6100形）が通り抜けている thumb|完成した直後の東京駅プラットホーム、手前が第1プラットホーム
中央停車場以北の建設については日本鉄道側の予算事情などによって先送りされることになり、まず官設鉄道の中央停車場以南の高架線が建設されることになった。この高架橋は複々線（4線）として建設され、そのうち2線を電車線と呼んで山手線と京浜線（後の京浜東北線）用に、もう2線を列車線と呼んで東海道本線と横須賀線用に用いることになった。1899年（明治32年）の地質調査から開始され、翌1900年（明治33年）に5つの工区に分けて着工した。しかし同年の義和団の乱（北清事変）や1904年 - 1905年の日露戦争など、戦乱による工事の中断が相次いだ。日露戦争後工事は再開され、さらに鉄道国有化により東京中心部の主要な鉄道はすべて国の手に帰したことから東京の鉄道網全体を国が責任を持って整備する体制が整った。1907年（明治40年）9月には煉瓦アーチ橋が、さらに1910年（明治41年）9月には架道橋の部分がそれぞれ全面完成した。部分完成した高架線を利用して、山手線の電車が1909年（明治40年）12月16日に品川から烏森（後の新橋）まで、1910年（明治41年）6月25日に有楽町まで、そして全面完成後の9月15日には現在の永代通りに面して建設された仮駅の呉服橋まで開通した。東京駅が完成するまでのおよそ4年間、山手線の電車はその工事中の構内を通り抜けて呉服橋駅に発着していた。
中央停車場については、1902年（明治35年）7月から高架橋の工事がまず始められた。駅舎についても、1908年（明治41年）3月25日に基礎工事が開始された。この時点で駅舎の設計そのものはすべて完了していなかったが、上部構造の概要が固まっていたことや、1912年（明治45年）に東京で万国博覧会「日本大博覧会」を開く計画があったことなどから、当局が工事速成を要望して設計完了前に着工されたものとされている。ただし博覧会については予算の超過や準備の遅延から結局中止となっている。