『めだかボックス』は、原作：西尾維新、作画：暁月あきらによる日本の漫画作品。『週刊少年ジャンプ』（集英社）2009年10号に読み切りとして掲載され、同年24号から2013年22・23合併号まで連載された。
概要 「戯言シリーズ」・「〈物語〉シリーズ」などで知られる西尾維新が手がけた初の週刊連載の漫画原作で、西尾原作の漫画作品としては3作目となる。話数カウントは「第○箱」で、各回のタイトルは、その回に出てくるセリフやモノローグからの引用になっている。
あらゆることを完璧にこなす主人公、黒神めだかが学園内で起きた問題を生徒会の仲間たちと共に解決してゆく物語。短編形式での導入後は、人為的に天才を作り出す「フラスコ計画」を主軸に、研究を進める学園側とその阻止を目指す生徒会、過負荷を擁する第三勢力の攻防が描かれる。超人的な能力が存在する作品でありながら、相手を更生させたり成長の手助けをすることを話の主体としている。
登場人物の奇抜な名前や推理要素・言葉遊び・パロディなど、原作者が自身の作品で用いる要素は本作でも健在であり、本作では掲載誌である『週刊少年ジャンプ』に関するメタフィクション的な台詞回しが特に多い傾向にある。
2012年1月時点で累計発行部数は518万部を突破している。
2011年10月にテレビアニメ化が発表された。2012年4月から6月まで全12話が放送され、同年10月から12月まで第2期が全12話（本編全11話+番外編1話）で放送された。また、西尾による書き下ろしの小説版も発売された。
あらすじ 生徒会執行 編【第1箱 - 第21箱】 文武両道・容姿端麗・質実剛健・才色兼備・有言実行……の完璧超人である箱庭学園の1年生、黒神めだか。彼女は入学したてでありながらも、生徒会長選挙で大言壮語を放った結果、98%の支持率を得て箱庭学園第98代生徒会長となる。選挙戦での公約通り「目安箱」を設置し、その投書に書かれた案件を幼馴染の人吉善吉と共に解決していく。学園内で生徒たちのトラブルを解決していくにつれて次第に好評を博した目安箱は、いつしか「めだかボックス」と呼ばれるようになる。最初は2人だけだった生徒会も、案件を解決していくうちに、柔道界のプリンス：阿久根高貴、競泳部の守銭奴・喜界島もがなといった個性豊かなメンバーが揃う。 十三組の十三人 編【第22箱 - 第55箱】 箱庭学園理事長が秘密裏に推し進める「フラスコ計画」なる非人道的な陰謀が発覚。「天才を人為的に生産する」という壮大な目的のもと、「十三組の十三人（サーティン・パーティ）」と呼ばれる異常（アブノーマル）の特待生たちが本格的に活動を始め、彼らの本拠地である時計台地下の施設を視察することとなる。 球磨川事件 編【第56箱 - 第92箱】 生徒会執行部の時計台地下施設視察の直後、理事長の独断により過負荷（マイナス）の転校生により形成されるクラス「-十三組（マイナスじゅうさんくみ）」が新設される。めだかと中学時代から因縁があり、過負荷たちのリーダー格である「負完全」球磨川禊が現生徒会にリコールを宣言したことで生徒会戦挙が勃発する。 黒神めだかの後継者 編【第93箱 - 第140箱】 フラスコ計画の立案者である「悪平等」（ノットイコール）・安心院なじみが転校してきて、めだかが凍結したフラスコ計画をめだかの卒業後に再開することを宣言。それに対抗するため、生徒会執行部主催の次世代育成プログラムを立ち上げ、黒神めだかの後継者を育てることを開始する。後継者育成のさなか、あることがきっかけでめだかと善吉が対立、生徒会選挙にて争うことに。 漆黒の花嫁衣裳 編【第141箱 - 第158箱】 生徒会長の座を退いためだかの前に月氷会の人間が表れ、7つの分家の代表である7人の婚約者からめだかの結婚相手を決める醜悪なる宴「漆黒宴」の開催を告げる。過去の漆黒宴で婚約者候補が全員何者かに殺されていることから、自らが勝利することで漆黒宴を叩き潰そうと、鶴喰家代表の鶴喰鴎と箱庭学園のジョーカーズ、不知火半袖・球磨川禊・安心院なじみ・不知火半纏らを引き連れ、漆黒宴に名乗りを上げる。 不知火知不 編【第159箱 - 第185箱】 漆黒宴終了後、学園に戻っためだかたちだったが、学園内の「不知火半袖が通っていた記録と記憶」が「なかったこと」にされてしまっていた。学園内の誰もが半袖のことを覚えていない中、異変に気付き半袖のことを覚えていためだかは、同じく半袖のことを覚えていた人吉善吉・球磨川禊・安心院なじみと共に不知火家の総本山「不知火の里」へと向かう。そこで5千年前の英雄「獅子目言彦」と遭遇する。 未来へのブーケトス 編【第186箱 - 最終箱】 黒神グループの会長を継ぐために箱庭学園を辞めることになっためだか。その彼女のために、箱庭学園流壮行会「百輪走」が開かれることとなった。 グッドルーザー球磨川【外伝】 球磨川禊が箱庭学園へ転校してくる前にいた「水槽学園」での物語。球磨川が水槽学園に転入してから、生徒会長に就任するまでの経緯が描かれる。 久々原滅私の腑抜けた君臨または啝ノ浦さなぎの足蹴による投票【小説版第1弾 上巻】 黒神めだかが箱庭学園に入学した直後から生徒会選挙へ立候補するまでの物語。 朳理知戯のおしとやかな面従または椋枝閾の杯盤狼籍マニフェスト【小説版第1弾 下巻】 生徒会選挙へ立候補しようとするめだかと、それを阻止しようとする教師たちの物語。 グッドルーザー球磨川 水槽に蠢く脳だらけ【小説版第2弾 上巻】 「グッドルーザー球磨川」の続編。水槽学園の生徒会長となった球磨川を水槽学園から追い出すべく、安心院なじみは自身の端末である鉄砲撃と箞木盟を差し向け、ゲームを始める。 グッドルーザー球磨川 水槽管理のツークツワンク【小説版第2弾 下巻】 「グッドルーザー球磨川」の続編。安心院ゲームの第1ステージをクリアした球磨川は、安心院なじみの端末で新たな刺客、焼石櫛と隠蓑済・既姉妹と対峙する。 グッドルーザー球磨川 完結編【外伝】 「グッドルーザー球磨川」の続編。箱庭学園を卒業後、球磨川はキヲテラエのライブ会場を訪れ、須木奈佐木と対面する。 黒神めだかがいなくても!【テレビアニメ版 第12箱】 西尾維新脚本・暁月あきらキャラクターデザインによる、テレビアニメオリジナルストーリー。 「生徒会執行編」と「十三組の十三人編」の間である、黒神めだかが雲仙冥利との闘いの結果として入院していた時のエピソード。めだかを欠く生徒会が、新たに目安箱に投書された問題を解決するために奮闘する。 グッドルーザー球磨川 『生徒会を死刑執行する』【テレビアニメ版第2期 第マイナス12槽】 西尾維新脚本・暁月あきらキャラクターデザインによる、テレビアニメオリジナルストーリー。 「グッドルーザー球磨川」の続編。時間軸的には小説版よりも後のストーリーになる。とある事情から休学していた生徒・画図町筆が起こす騒動を、水槽学園生徒会長の球磨川は自らのスキルを駆使して解決していく。
登場人物
黒神 めだか（くろかみ めだか） 本作の主人公。箱庭学園の第98・99代生徒会長。 人吉 善吉（ひとよし ぜんきち） 箱庭学園の第98・99代生徒会庶務。第100代生徒会長。
用語 箱庭学園 物語の舞台となるのは創立およそ100年の高校で、元々は「黒箱塾」なる寺子屋であった。現理事長は不知火袴。1学年に付き1組から13組まであるマンモス校。1クラス30人として1260人は在学している。
1-4組は「普通科」、5・7・9組は「体育科」、6・8組は「芸術科」。それより上のクラスは全員が特待生（チームトクタイ）となっており、10組は「特別普通科」、11組は「特別体育科」、12組は「特別芸術科」、さらには全国から集められた異常者（アブノーマル）で構成された13組「特別特別科」 、そして作中にて新設された-13組が存在する。
制服は、男子はブレザー、女子はセーラー服であるが、生徒会役員は黒を基調とした生徒会専用制服（セイトカイコスチューム）の学級鎧（クラスメイル）を着る。その黒を基調とする理由は、「学園の影となり、影に徹して、活動すべきだから」である。風紀委員会は白を基調とした制服と星のマークのついた腕章をつけている。生徒の自主性を何よりも重んじるが故に生徒会の仕事は多岐にわたり、膨大な量となる。部活も活発で、クラブが30以上ある。
生徒会の下部組織として、委員会連合がある。
1-9組の生徒は「通常 / 普通（ノーマル）」、10-12組の生徒は「特例 / 特別（スペシャル）」、13組の生徒は「異常 / 異常者（アブノーマル）」、-13組の生徒は「過負荷（マイナス）」と呼称されている。
生徒会執行部 箱庭学園における生徒会は、会長・副会長・書記・会計・庶務と5つの役職で構成されている。リコールを請求する場合は全校生徒の半数以上の署名が必要で、必要数以上の署名が集まれば即日罷免できる。生徒会長が罷免された場合、次期選挙まで解任請求者が生徒会長を務めなければいけない。 第97代生徒会執行部 会長の日之影空洞が、全校生徒・役員に知られることなく学園を守り続けた代。 第98代生徒会執行部 会長兼副会長、黒神めだか。会計、喜界島もがな。書記、阿久根高貴。庶務、人吉善吉。着任当初はめだかが全ての役職を兼任していたが、善吉を庶務に任命したのを切っ掛けに人数を増やしている。基本的に目安箱（めだかボックス）への投書の解決を中心に活動している。生徒会室は、案件を1つ解決する度に置かれる花で溢れ返っており、その水遣りと目安箱の確認は庶務の仕事となっている。 副会長不在という生徒会則第2条の不備があるため、-十三組に解任要求を宣言され、生徒会戦挙を執り行うこととなった。 第99代生徒会執行部 第98代生徒会執行部が生徒会戦挙に勝利し、不在であった副会長に球磨川禊を任命し、新たに発足した生徒会執行部。「オリエンテーリング」の後、めだかと善吉との間で抗争が勃発し、その決着を第100代生徒会執行部の選挙で決めることになっている。なお抗争の間も、生徒会の業務は滞りなく行われている。 第100代生徒会執行部 会長、人吉善吉。副会長、名瀬夭歌。会計、江迎怒江。書記、鰐塚処理。庶務、虎井砕。第100回の生徒会選挙で現職のめだかに大差をつける支持率62%で善吉が会長に当選。ちなみに投票率は100%。 委員会連合 生徒会執行部の下部組織。風紀、選挙管理、保健、飼育、食育、美化、図書の7つの委員会からなる組織。学園の「日常」を守ることをモットーとして活動しており、委員長クラスはほぼ全員特待生のエリートである。生徒会の下部組織ではあるが、「下につけども従わず」が基本方針であるため、生徒会のために動くことは珍しい。 風紀委員会 学園治安の維持を至上目的とする遊撃部隊。人呼んで学園警察。委員長は雲仙冥利。副委員長は呼子 笛。理事会・職員室を始めとするあらゆる権力から解放された独立特務機関であり何個かの部隊に分けられている。理事会から条件付で武装を許可されている。女子メンバーは「雲仙冥利を愛でる会」で多くを構成している。風紀に対する忠誠心・団結力もすさまじい。 選挙管理委員会 限りなく公平、公正な選挙の進行、正しい審判を目的とする学園組織。基本的に選挙期間のみの職務であり、学園内で最も「仕事をしない」委員会である。自らを日陰の身と言ってそれを表すように、黒子装束を制服とする。委員長は大刀洗斬子、副委員長は長者原融通。AからZまでの班はそれぞれ7人前後の人員で構成され、大きな団結力、遂行力を持つ。 図書委員会 委員長は十二町矢文。 保健委員会 委員長は赤青黄。委員長は代々、安心院なじみの端末である悪平等が務め、箱庭学園の平和を守ってきたため、この学園では過去に死者が1人しか出ていない。 食育委員会 委員長は飯塚食人と米良孤呑。食材に敬意を払う米良と食べる人に敬意を払う飯塚。どちらも正しく、どちらも素晴らしいため、箱庭学園史上初めてのダブル委員長となっている。 飼育委員会 委員長は上無津呂杖。 美化委員会 委員長は廻栖野うずめ。 十三組（ジュウサン） 特待生の中でもさらに選ばれた特待生。皆「異常性（アブノーマル）」と呼ばれる異常な才能を有している。基本的にはそれらの才能のみに特化しており、めだかや冥利のような万能タイプは稀である。100人以上在籍しているが、登校義務さえ免除されているため、ほとんど学校に来ておらず、通常登校し授業に参加しているのは黒神めだか・日之影空洞・雲仙冥利の3名のみである。 十三組の十三人（サーティン・パーティ） フラスコ計画に参加している十三組生の総称。異常性を持つ十三組生の中で計画に必要だとみなされた者だけが加入できる。なお、本来のしきたりとして1年生は参加できない。参加の際には8個のサイコロを同時に振り、どういう結果が出るかを試す「サイコロ占い」という実験を行う（めだかは全てのサイコロがタワー状に積み重なり、冥利は全てのサイコロで6の目が出る）。 表の六人（フロントシックス） 「十三組の十三人」の中でもフラスコ計画や理事長に協力的な6人。十三組の十三人編ではめだかたちと対決。不知火知不編では全員そろって救援に現れた。 裏の六人（プラスシックス） 「十三組の十三人」の中でも技能・人格ともに特に異常度の高い6人。異常性というより過負荷に近い超常的な能力を持ち、-十三組にも関わるとされたが結局ほとんど語られなかった。 -十三組（マイナスじゅうさんくみ） 不知火袴の独断によるフラスコ計画・プランBの開始に伴い、不知火半袖を参考に新設されたクラス。「過負荷（マイナス）」と呼ばれる、欠点にしかならない才能を持った転校生で構成されている。そもそも過負荷は劣等感まみれで馴れ合うこともほぼ不可能であり、クラスにはクラスメイトの携帯電話が置いてあって話し合うという有様で、クラスの体すらなしていない。自分が人並みに幸せになるのではなく、他者が自分と同じくらい不幸になることを望むのは過負荷に多くに見られる性質である。基本的に階級や規律に頓着しない。球磨川によれば大半は週刊少年ジャンプの愛読者であり「ぬるい友情・無駄な努力・むなしい勝利」をクラスのモットーとして掲げる。
悪平等（ノットイコール） 光も闇も、正義も悪も、毒も薬も、勝ちも負けも、強さも弱さも、黒も白も、成功も失敗も、幸せも不幸せも、本当は全部同じもので、人間はみんな平等にくだらないただのカス、という倫理観を持つ、平等なだけの人外「安心院なじみ」とただそこにいるだけの人外「不知火半纏」の2人だけの存在。悪平等（ノットイコール）という名も、安心院によると、異常や過負荷などに合わせて適当に名乗っているだけ。
7億人の悪平等（ぼく） 世界に7億人いる安心院なじみの端末であり末端。人類の10人に1人が安心院なじみの端末。端末とは何かということを言葉で説明することは難しく、逆に簡単な説明でそれを理解できた者は10人に1人の悪平等（ぼく）ということになる。1人で大量の個性を持つこと、というのが端末を作成した理由であり、現在の人数は7億人であるが、一時期は勢い余って地球上の人口の半数以上を端末で埋め尽くしてしまったこともある。端末だからといって、必ずしも安心院に従順というわけではなく、端末それぞれに自我があり、個性があり、意志があり、事情があり、感情があり、過去があり、生活があり、何より自分自身があり、安心院が端末たちに最初に与える使命は「悪平等である前に自分であること」である。そのため、時には自分の意志により安心院へ反旗を翻すこともある。端末の中には安心院からスキルを借り受けている者もおり、「能力所有者（スキルホルダー）」と呼ばれている（中には自分自身のスキルを持つ者もいる）。箱庭学園はフラスコ計画の実験場であるため、観察者効果を出さないためにも悪平等はほとんどいない。 現在、作中で確認されている悪平等（ぼく）は喜々津嬉々、鰐塚処理、財部依真、与次郎次葉、希望が丘水晶、赤青黄、啝ノ浦さなぎ、鉄砲撃、箞木盟、焼石櫛、隠蓑済、隠蓑既の12名（贄波生煮もつかみどころのない態度のため、悪平等ではないかと疑われている。また、水槽学園にも鉄砲・箞木・焼石・隠蓑姉妹以外にも5人の端末が在籍している）。
スキル 「異常者（アブノーマル）」が持つ特異な才能や、「過負荷（マイナス）」が持つ特異な欠点など、魔法のような力を総称して「スキル」と呼ぶ。ほとんどの異常者や過負荷は一人につき一つのスキルしか持たない（「完成」でスキルを体現しているめだか、「改神モード 全吉モデル」と「愚行権(デビルスタイル)」を持つ善吉、一人で二つの過負荷を持つ球磨川や一人で異常性と過負荷を一つずつ持つ名瀬、1京のスキルを持つ安心院など、例外もいる）。これらのスキルを持つ者の大半は成人するあたりで、スキルを喪失している（全員が喪失したわけではなく、半袖や名瀬のように喪失していない者もいる）。善吉はこれを、「苦労しなければ手に入らないものがあるように、満たされることで失う物もある」と推測している。 異常性（アブノーマル） 常人では不可能なことを当然のように行い常に異常な結果を生み出す才能や、異常な精神的性質のこと前者は「完成（ジ エンド）」「反射神経（オートパイロット）」「人心支配」などの人間離れした潜在能力のようなものが、後者は「異常への執着」や「殺人衝動」などが該当する。。 過負荷（マイナス） 欠点にしかならない特異な才能。わかりやすく言えば、害にしかならないような特殊能力。過負荷はいわばマイナスの利点であり、めだかのような能力で完成させても無意味で、むしろ完成させればさせるほど負荷を増大させてしまう。「殺人衝動」のような欠点たり得る異常性との違いは、異常性の持ち主はそのスキルを意志で制御しているのに対し、過負荷の持ち主は制御するつもりがないこと。年月とともに過負荷がマイナス成長を遂げ、過負荷は増大していく。異常性と違い、後天的に発現するスキルなので、環境や状況によって性質が決まる。
言葉使い（スタイルつかい） 異常性（アブノーマル）でも過負荷（マイナス）でもない、新たな戦闘スタイル。能力（スキル）ではなく、「漢字」や「誤変換」など、文字通り「言葉（スタイル）」を武器とする。黒神家の分家の頭首が、それぞれ違った言葉使いであり、舌には使う言葉（スタイル）を表す字が刻まれている。開発者は鶴喰梟。スキルが通用しない獅子目言彦を迎撃するために開発された。共鳴し共振し共感する、コミュニケーションの手段であり、言葉が通じるもの相手ならば効果がある。逆に言えば、言葉が通じない相手（コミュニケーションが取れない赤子）や逆上して「相手の話を聞かない」状態になると効果がなくなる。共感の技術であるため、相手の気持ちを理解しているほど効果がある。それ故に、機先を制する完璧なタイミングでカウンターを放つことができる。また、スタイルは「パターン」であるため、振動として一時的にスタイルを伝授することができる。
フラスコ計画 「天才がなぜ天才なのか」を解明し人為的に天才を創り出すという、安心院曰く、普通の人をめだかのような「主人公」にするための計画。立案者は安心院なじみ。計画に参加できる定員は13名であり、通称「十三組の十三人（サーティン・パーティ）」と呼ばれる。始動したのは数百年前、学園がまだ私塾だった頃でその当時は「試験管計画」と呼ばれていた。歴史は上記のように長く、不知火を代表とする数十の財団から国家軍部に至るまでが出資者となって研究は絶え間なく続けられており、現在では箱庭学園時計塔地下に広がる研究施設で続けられている。
天才を作り出すカリキュラムが完成した暁には箱庭学園に通う全校生徒にそれらを適用すると目論んでおり、王土によると「おそらく被験者（全校生徒）の98%は『壊れる』」とのこと。
生徒会執行部が地下研究施設に視察したことで、王土すらも凌駕するめだかの異常性「完成（ジ エンド）」が浮き彫りになり、十三組の十三人によるプランAは頓挫。フラスコ計画は半ば自動的に-十三組によるプランBへと移行したが、生徒会戦挙で球磨川が敗北したことを受けて、安心院は黒神めだかが卒業するまで計画を凍結することを決めた。一方、めだかは自身の卒業後にフラスコ計画を止められるだけの人材を育てるべく後継者育成を目指すこととなる。
だが、めだかと善吉の決裂を受け、計画は事実上再開。普通（ノーマル）である善吉を実験台に、善吉のアイデアとこれまでのデータを加味して善吉をめだかを超える「主人公」にまでのしあげることを目標とする真・フラスコ計画を発動する。学園のほかの一般生徒を計画の実験台にしないことと引き換えに、善吉は自らがフラスコ計画のモルモットになることを了承、善吉は「主人公化」を果たしている。
第100回の生徒会選挙で善吉が勝利したことにより、めだかの名のもとに計画の凍結を解除。黒神真黒と名瀬夭歌を統括に再任し、生徒会執行部の管理と監査の下、非人道的な実験行為を排除した「健康的フラスコ計画」として再開された。その後、被験者の一人である虎居砕が第100代生徒会庶務に就任した。
地下研究施設 箱庭学園の地下に広がる研究施設。ここでフラスコ計画の研究が日々行われている。地下一階から地下十三階までの13のフロアがある。時計台1階の「拒絶の扉」が唯一の出入り口。
拒絶の扉 フラスコ計画研究施設への入り口を塞ぐ門。電子錠でロックされており、その暗証番号は6桁の数字だが一人通るたびに番号が変更される。通れる確率は百万分の一という超低確率であり、逆に言えばフラスコ計画に参加できる程度に異常な異常者しか通れないということになる。 地下十三階直通エレベーター フラスコ計画の最深部にして最新部である地下十三階まで直通のエレベーター。キーボード入力による漢字かな交じり、文字制限無しの暗号を入力しなければ稼動しない。このエレベーターを動かせるのは現在確認されている中では、「裏の六人」の6人、雲仙冥利、黒神めだかの8名だけである。 地下一階フロア 巨大迷路 高千穂仕種がこの階の住人。フロア全体が巨大な迷路になっており、施設全体が壮大な実験器具となっている。かなり複雑にできているようで、右脳・左脳兄弟は出ることができなかった。 地下二階フロア 日本庭園型ビオトープ 日本家屋や石灯籠、飛び石、池、庭木などが土を敷いた床面に直に配置されている疑似自然空間。フロア全体が広大な日本庭園を模したビオトープとなっており、気圧や光量を調整し屋外を再現している。糸島軍規がこの階の住人だが、庭園の維持管理は宗像形が行っている。 地下三階フロア 実験動物園 古賀いたみがこの階の住人。フロア全体が動物園になっている。このフロアの動物たちは名瀬に改造を施された実験動物で、めだかの「動物避け」がまったく通じない。 地下四階フロア 名瀬夭歌の実験工房 名瀬夭歌がこの階の住人。病院のようなフロアで、改造手術室などがある名瀬の実験工房。 地下五階フロア 駐車場 百町破魔矢がこの階の住人。この階に停めてある車は百町のコレクション。なお、この階は-十三組の襲撃で損壊している。 地下六階フロア 図書館 上峰書子がこの階の住人。 地下七階フロア 温泉 湯前音眼がこの階の住人。 地下八階フロア 大舞台 鶴御崎山海がこの階の住人。 地下九階フロア 墓場 宗像形がこの階の住人。 地下十階フロア 美容院 筑前優鳥がこの階の住人。 地下十一階フロア 球技場 雲仙冥利がこの階の住人だった。現在は空きフロア。 地下十二階フロア ゲームセンター 行橋未造がこの階の住人。最新の科学技術の結集である遊戯施設を用いて行橋の受信感度を磨いている。 地下十三階フロア 都城王土がこの階の住人。13万1313台ものスーパーコンピュータが24時間365日休むことなく並列で動作しており、それらで異常者の解析を行っている。大量のスーパーコンピュータが動作しているため、オーバーヒート予防のために冷房が過剰なまでに効いている。
生徒会戦挙 箱庭学園の前身である黒箱塾時代の塾則第百五十九項に基づき、全校生徒の半数以上の署名を集めて生徒会長にリコールを請求した場合に行われる、現生徒会とリコールした側との決闘。庶務、書記、会計、副会長、会長の順に1対1の決闘を行う。黒箱塾時代は防具をつけず、日本刀のみで5つの役職を奪い合った。
今回は準備期間も兼ねて一週間ごとの開催となっており7月25日から8月22日まで行う。管理は選挙管理副委員長、長者原融通。一般生徒の見学は原則禁止。
決闘法は、子（ね）から亥（い）までの十二支に人を足した13枚の札に振り分けられており、いずれか1枚を選ぶくじ引きによって役職ごとに決定される。札の中身は次の対戦時には全て別の物に差し替えられる。長者原の独断で現代風にアレンジされた箇所を除いて、その大半は黒箱塾時代の文献に基づいた内容。生徒会は絶対的な力を持って君臨すべきとの考えに基づいてルールは挑戦者サイドに有利に作られており、5戦の対戦成績の勝敗が五分（例：2勝2敗1分）の場合は挑戦者サイドの勝利となる。また戦挙中の負傷、死亡は事故として処理される。
庶務戦・巳「毒蛇の巣窟」 人吉善吉 対 球磨川禊 勝者 人吉善吉 庶務戦の13の決闘法の中で一番残虐な内容。グラウンドに開けられた四方および深さが10mの穴の四隅に支柱を立て、柱に四方をはめただけの未固定の金網の上で行われる。底には夥しい数のハブが潜んでおり、時間経過とともに金網が下底の蛇に近づいていく。挑戦者有利のルールを最も色濃く発揮しており、勝利条件は挑戦者が腕章を現職者から奪い取る、あるいは挑戦者に現職者が降参を申告させること。すなわち、現職者は何らかの手段で敗北を認めさせる以外に勝つ方法はない。奪取・守備時の手段に制限はなく時間も無制限。ギブアップ申告も可能。金網が底に着き両者がハブに咬まれて死亡した場合は両者失格。 書記戦・巳「冬眠と脱皮」 名瀬夭歌（阿久根高貴の代理） 対 志布志飛沫 勝者 志布志飛沫 書記戦の13の決闘法の中で一番残虐な内容。学食係所有の巨大冷凍庫内、-48℃の世界が会場。黒箱塾時代は氷室で行われていた。勝利条件は相手の身包みを全て剥ぎ、全裸にすること。零下のステージは冬眠を、身包みの剥ぐことは脱皮を見立てている。剥ぎ取った相手の衣服を自分が纏うことは可能。時間無制限でギブアップ不可。 会計戦・卯「火付卯」 人吉瞳（喜界島もがなの代理）、人吉善吉（サブプレイヤー） 対 江迎怒江、球磨川禊（サブプレイヤー） 勝者 無し（タイムアップのため引き分け） 箱庭学園内の植物園「木漏れ日」が会場。各陣営より、候補者のほかにサブプレイヤーとして1人ずつ参加するタッグ戦。サブプレイヤーの手首に時限爆弾内蔵のブレスレットを装着・施錠し、制限時間1時間以内に候補者が互いに持つブレスレットの鍵を奪いあい、自らのパートナーを助けた方が勝利となる。時限爆弾機能は連動しており、ひとつを解除すれば相手側の爆弾も解除される。鍵の廃棄・破壊・隠匿はいずれも反則負け。制限時間を過ぎた場合、両陣営のサブプレイヤーの時限爆弾が爆発して引き分けとなる。 副会長戦・戌「狂犬落とし」 日之影空洞（着任者無しのため、代理出場） 対 蝶ヶ崎蛾ヶ丸 勝者 日之影空洞 建設中の校舎が会場。建設途中の校舎の鉄骨の上から相手を地面に突き落とした方が勝利となる。参加者の安全を考え、セーフティネットが張ってあるが、そこも地面の一部と見なされる。地面に落ちたとしても自らの下に鉄骨の一部ないしは、相手がいるなど地面やネットに直接触れなければ敗北とはならず、試合は続行される。 会長戦・人「人間比べ」 黒神めだか 対 球磨川禊（不知火半袖の代理） 勝者 黒神めだか 会長戦における「人」のカードは一種のワイルドカードで、生徒会側が自由に勝負方法を決める。めだかが提示した勝負方法は、「会場は箱庭学園全域、時間無制限・どんな武器でも使用可能でルールはただ一つ『負けたと思った方の負け』」（つまりどちらかがギブアップしない限りずっと続く）。
生徒会執行部主催「次世代育成プログラム」