V・ファーレン長崎（ヴィ・ファーレンながさき。、）は日本の長崎市、諫早市を中心とする長崎県全域をホームタウンとする、日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）に加盟するプロサッカークラブ。
概要 2009年にJリーグ準加盟クラブとして承認され、2012年11月にJリーグへ加盟した。「V・ファーレン」のうち「V」はポルトガル語で勝利を意味する（ヴィトーリア）とオランダ語で平和を意味する（フレーデ）の頭文字、「ファーレン」（）はオランダ語で「航海」を意味している。
ホームスタジアムはPEACE STADIUM Connected by SoftBank、練習場は諫早市の「諫早市サッカー場/なごみクラブハウス」を主に使用している。マスコットはヴィヴィくん。
長らく長崎県内の複数の企業が出資していたが、2017年に経営問題が発覚した際に通信販売大手のジャパネットたかたの持株会社であるジャパネットホールディングス（佐世保市）が第三者割当増資と既存株式を引き受けて完全子会社化している（後述）。現在の代表取締役会長兼社長は髙田旭人。
歴史 前史 2004年、有明町（2006年1月に島原市に編入）で活動していた「有明SC」と長崎県立国見高等学校サッカー部OBを中心に結成された「国見FC」が統合した「有明SC」が前身。2004年、長崎県サッカーリーグ1部で優勝。また、九州各県リーグ決勝大会でも準優勝して九州リーグ昇格を決めた（決勝はFC琉球に敗退）。
2005年 - 2008年（九州リーグ） 2005年 元サッカー日本代表の高木琢也がテクニカル・アドバイザーに就任。また、同年よりチーム名を「V・ファーレン長崎」へ改称した。9月、森貴信が初代事務局長に就任。長崎県の支援もあり運営法人設立の準備が本格的にスタートした。
九州リーグ1年目の挑戦は、13戦5敗（勝ち点37）の3位。有明SCを母体としたのは開幕約1ヶ月前と準備期間は短かったが、試合を重ねながら組織力を高めていった。リーグを通じて守備を重視していて、18試合、大きく崩れることはなかった。一方、課題の多かった攻撃面も徐々に得点パターンを確立。無得点試合はわずか3試合で、FW森本は開幕戦で2ゴールを決めるなどして1人で12得点を挙げるなど活躍した。
2006年 1月、特定非営利活動法人（NPO法人）V・ファーレン長崎スポーツコミュニティ設立。4月より県内最大規模の面積を誇る長崎県立百花台公園の指定管理者となる。6月、株式会社V・ファーレン長崎設立。初代社長には小嶺忠敏が就任。クラブの運営法人を「NPO法人V・ファーレン長崎スポーツコミュニティ」から「株式会社V・ファーレン長崎」へ移行。なお、NPO法人V・ファーレン長崎スポーツコミュニティは、地域振興業務を中心に活動を継続。前年からメンバーを大幅に入れ替えた2年目は14勝2敗（勝ち点43）で九州リーグを初優勝し、全国社会人サッカー選手権大会（以下全社）も優勝した。JFL昇格をかけた全国地域サッカーリーグ決勝大会は福岡からMF大塚ら8人を補強して臨んだが決勝ラウンド3戦3敗の成績で最下位に終わった。なお、10月に元セレッソ大阪監督の小林伸二が強化部長兼アシスタントコーチに就任。
2007年 大渕龍介が監督に就任したが、不適切な言動でチームの信頼関係を乱したとして開幕前の3月24日付で解任。前監督で総監督の岩本文昭が再び監督に就任した。リーグ戦は17勝3敗（勝ち点47）の3位。全国社会人サッカー選手権大会も3位で終え、JFL昇格に届かなかった。なお、運営法人は2005年度、2006年度、2007年度と、難しいとされるクラブ創業期における3期連続黒字を達成した。
2008年
愛媛FCユース元監督の東川昌典が監督に、強化育成部長にアビスパ福岡、元チーム統括グループ副長の中村重和がそれぞれ就任した（前監督の岩本は長崎銀行からの派遣という形でクラブの事業部長兼総務部長に就任）。九州リーグは15勝3敗（勝ち点46）で2位。第32回全国地域サッカーリーグ決勝大会は決勝ラウンド2位（FC町田ゼルビアが優勝）の成績を収めた。12月9日、日本フットボールリーグ（JFL）の評議員会でJFLへの昇格が承認された。
2009年 - 2012年（JFL） 2009年 チームスローガン：「挑戦」 2月、Jリーグ準加盟クラブとして承認された が、ホームスタジアムの長崎県立総合運動公園陸上競技場の改修（2010年7月から3年間、第69回国民体育大会の開催に伴う）時期の代替スタジアムの目処が無いことなどより、2010年度のJリーグ入りを断念した。
JFLリーグ戦は開幕から低迷し、6月4日付で東川を監督より解任。後任の大久保毅も6月30日に辞任したため、岩本文昭が監督代行を務めた後、7月22日に監督に就任したが、JFLリーグ戦は12勝8分け14敗（勝ち点44）で11位の成績に終わった。天皇杯は2回戦で横浜FMに敗退した。
2010年 チームスローガン：「結束」 草津元監督の佐野達が監督に就任。なお、Jリーグ入会予備審査で前年同様の指摘を受けて、2011年度のJリーグ加盟を断念した。運営会社の代表取締役であった小嶺忠敏は2年連続でスタジアム問題等によりJ2参入を逃した責任を取って辞任した。
リーグ戦は15勝8分け11敗（勝ち点53）で5位の成績。目標に掲げていたJ2昇格圏内の4位には届かなかった。天皇杯は2回戦で横浜FMに敗退。
2011年 1月11日、運営会社の代表取締役社長に元長崎銀行支店長の宮田伴之が就任し、小嶺はチームアドバイザーに就任。2011年はJリーグ入会予備審査申請自体を見送った。リーグ戦は15勝11分け7敗（勝ち点56）で5位。FW有光亮太が得点ランキング2位に入る活躍を見せ、ベストイレブンに選ばれた。天皇杯は2回戦で東京Vに敗北。
2012年 リーグ戦は前半戦を首位で折り返して、天皇杯でのJFLシードを獲得。なお、天皇杯は2回戦で千葉に敗退した。また、U-18チームを設立し、U-18監督にOBの原田武男、コーチに竹村栄哉と加藤寿一がそれぞれ就任。
9月、2013年のJリーグクラブライセンスについて、条件付きながらJ2ライセンスが交付された（2013年シーズン開幕までにスタジアムが供用開始できること及びJ2入会審査に合格すること）。
11月11日、JFL初優勝が決定。11月12日のJリーグ臨時理事会で正式にJリーグへの入会が承認され、2013年シーズンからのJ2参加が決定した。20勝7分け5敗（勝ち点67）でシーズンを終えた。シーズン終了後、クラブ側の「監督も含め、もっと県民に親しまれ、愛されるチームをつくるための一つの方策」との方針を理由として佐野が監督を退任した監督の退任でV長崎が会見 長崎新聞ホームページ 2012年11月22日付 。
2013年 - 2017年（J2） 2013年 チームスローガン：「飛翔 -Fly&Run-」 前熊本監督で、2005年にテクニカルアドバイザーであった高木琢也が監督に就任。J2昇格後初年度は12位以内、2年目にJ1昇格プレーオフ圏内となる6位以内、3年目に自動昇格圏となる2位以内を目指すと発表した。
9月、2014年度のJリーグクラブライセンスについて、J1ライセンスが交付された。
リーグ戦は、第4節ホーム富山戦でJ2初勝利。その後、第15節ホーム京都に敗れるまで4連勝1回を含む11試合負けなしで、第13節終了時に2位、その後もプレーオフ圏内の6位以内を維持。第40節終了時にはJ1昇格プレーオフ準決勝のホームゲーム開催権の与えられる4位であったが、第41節および42節と連敗して最終成績は19勝9分け14敗（勝ち点66）で6位（なお、J2創設後に新規加入したクラブとして初年度過去最高の順位）。プレーオフ準決勝は京都と0-0で引き分けたが、規定により決勝進出はかなわなかった。天皇杯は2回戦で東京Vに敗退した。
2014年 チームスローガン：「努力=無限」 高木体制2年目。4月で運営会社の社長に大村市元副市長の内田正次郎が就任した。リーグ戦は第1節、5節から13節で、昇格圏に入るが、怪我人の続出で、第9節から16節と第18節から25節に8試合連続未勝利となる。また後半戦に入ると1度も1桁順位に復帰できず、第40節の東京Vに敗れたことで、プレーオフの可能性が消滅。年間成績は12勝16分け14敗（勝ち点52）で14位。
天皇杯は4回戦で千葉に敗退した。
2015年 チームスローガン：「結心 〜ナガサキをひとつに〜 ALL FOR NAGASAKI」 高木体制3年目。
リーグ戦は、3節以降17節まで昇格圏内の順位をキープ、18節に一度昇格圏内から落ちたが、34節以降プレーオフ圏内に再浮上、最終順位は15勝15分け12敗（勝ち点60）で6位となり、2年ぶり2度目の昇格プレーオフ進出を決めた。昇格プレーオフは、この年プレーオフを制してJ1に昇格する福岡に0-1で敗れ準決勝で敗退した。天皇杯は2回戦で大分に敗れた。
2016年 高木体制4年目。4月、運営会社の社長に池ノ上俊一が就任。内田正二郎前代表取締役社長は取締役会長へ就任した。
深井正樹（相模原）、花井聖（北九州）、黒木聖仁（甲府）、イ・ヨンジェ（京都）、刀根亮輔（期限付き移籍期間満了）ら15名が退団。補強は、上本大海（仙台）、昨年栃木SCへ期限付き移籍していたパク・ヒョンジン（広島）、田中輝希（名古屋）、永井龍（C大阪）、田中裕人（磐田から期限付き移籍）らを補強。昨年期限付き移籍だった梶川諒太が完全移籍に移行。新外国人として、富川FCからロドリゴが加入した。シーズン中には、武内大（契約解除）、植草裕樹（清水へ完全移籍）、ロドリゴ（北九州へ期限付き移籍）がチームを去ったが、元日本代表の坂井達弥と白星東（ともに鳥栖）、碓井鉄平（長野）を期限付き移籍で補強した。また10月12日には甲府から期限付き移籍で加入していた松本大輝が日本サッカー協会選手契約書内第9条1（5）にある「クラブの秩序風紀を乱す行為」があったことを理由に期限付き移籍契約終了となり退団した。
2節のホーム開幕戦で名門清水に0-3で完敗したのを皮切りに11試合連続未勝利という長いトンネルに入る。順位は低迷し一時は最下位にまで転落。上位発進した過去3年とは対照的な滑り出しだった。その後9位にまで順位を上げたが、28節から最終節の42節までで勝ち星を挙げたのは37節の山口戦のみとなるなど苦戦した。その次節のアウェー千葉戦で1-1で引き分け、プレーオフ進出の可能性が消滅した。最終順位は10勝17分け15敗（勝ち点47）で15位。天皇杯は2回戦で横浜FCに敗退した。
2017年 高木体制5年目。永井龍が名古屋へ、大久保択生がFC東京へ、梶川諒太が東京Vへ、佐藤洸一が金沢へそれぞれ完全移籍、岸田翔平が期限付き移籍期間満了となるなど16名が退団。一方で補強は、FC東京から前年山口でプレーしており、2013年に在籍していた幸野志有人、群馬から乾大知、甲府から福田健介、山形から田代真一を完全移籍で、広島から増田卓也をそれぞれ期限付き移籍で獲得。昨年期限付き移籍だった木村裕が完全移籍に移行。新外国人としてUCAMムルシアCFからファンマ、ハート・オブ・ミドロシアンFCに所属していたが、2016年夏からフリーになっていたミゲル・パジャルドが加入した。
シーズン前に経営問題が発覚するものの（後述）、リーグ開幕戦は群馬戦に4-0と大勝。しかし続く2試合で1分1敗となり、第3節終了時には11位まで順位を下げる。しかしこれが年間最低順位となり、直後の第4節から3連勝で一気に3位まで順位を戻し、その後前半戦中盤は混戦となったこともあって3位から9位の間を推移、しかし前半戦終了となる第21節には前節の9位から4位に浮上、10勝5分6敗の勝ち点35、自動昇格圏内の2位とは勝ち点差8で前半戦を終える。
天皇杯では、初戦となる2回戦で山形に延長戦の末0-1で敗れた。
シーズンを通じ、リーグ戦の連敗は第7節からの3連敗と、第24・25節の2連敗のみと大きな連敗がなく公式戦では、天皇杯2回戦とJ2第20節における連敗もある。、後半戦は常にJ1昇格プレーオフ圏内となる6位以上を維持したものの、第27節湘南戦に敗れた際は、同節終了時2位の福岡に勝点差を11にまで広げられる。しかし、第30節京都戦の勝利から、5連勝と3連勝を含む12戦連続負けなしとなった一方、2位の福岡が第28節から6試合連続未勝利となったことなどもあり、第33終了時には、ついに福岡を抜いて、第2節以来となるJ1自動昇格圏内の2位に浮上。その後福岡とのデッドヒートに勝ち星を積み上げた名古屋が絡む三つどもえの展開となる。
3位名古屋・4位福岡と勝ち点差2の2位で迎えた11月11日の第41節、昼の試合で名古屋が敗れて福岡が引き分けに終わり、その日のナイトゲーム・ホーム讃岐戦に勝てば2位確定（J1自動昇格）という状況を迎えた。クラブ史上最多でスタジアムの収容可能人数を超える22,407人の観客を集めたこの試合、唯一JFL時代から在籍する前田悠佑の勝ち越しゴールなどで3-1で勝利。J2昇格から5年目にして初のJ1昇格を成し遂げた。また、初のJ1昇格を受けて「平成29年 長崎県 県民表彰 特別賞」を受賞した。最終成績は24勝8分け10敗（勝ち点80）。
2017年2月に日本プロサッカーリーグからの監査を受けて、同月8日に社長の池ノ上俊一および常勤役員全員が辞任を表明 し、15日には新しい役員人事が発表され、大株主の一社であるチョープロ社長の荒木健治が会長に就任した。
3月、池ノ上がクラブハウス内に開設した鍼灸院において療養費の不適切な保険請求が行われていたこと および、同月1日に開かれた臨時株主総会では、資金不足が深刻化し早ければ4月にも社員への給与未払いが発生する見込みであることが明らかにされた。
3月7日、英会話教室のNOVAホールディングスが出資を打診し、経営陣は3月10日に一旦はNOVAからの出資を受け入れる意向を表明するが経営危機のJ2長崎 NOVA支援受け入れ発表 - 読売新聞・2017年3月11日、同日に当時の筆頭株主であるジャパネットホールディングス（以下「ジャパネット」）がチームを100%子会社化する意向を表明し、翌日にジャパネットの支援を受ける方針を決めたその後、NOVAホールディングスは2019年にいわてグルージャ盛岡（当時J3）の運営に参画し主要株主となっている。。なお、その後NOVA社は2019年にいわてグルージャ盛岡（当時J3）の運営会社の経営権を取得した。
ジャパネットは3月20日に既存株主に対して株式買取について説明を行った。
2017年4月20日時点で第三者割当増資と既存株主からの株式譲渡によりジャパネットがクラブ運営会社の89.5%の株式を取得、4月25日に株主総会と取締役会を開き、同日付でジャパネットの創業者・髙田明が代表取締役社長に就任した。同年5月16日付で全株式を取得した。
新たな経営陣が過去の経営体制の洗い直しを行っていたところ、2015年の開幕節から2017年第6節（4月2日）までのホームゲーム45試合で発表された入場者数について、「広告収入減を避けるため」との理由から入場者実数に運営関連スタッフ等を上乗せして発表していたことが判明。Jリーグに報告の上、2017年7月25日に行われた理事会で譴責と制裁金300万円の処分を受けた。
2018年（J1） 2018年 グローバルスローガン：「正々道々 〜ナガサキから、世界へ〜」 2018年スローガン：「Challenge to the next DREAM」 高木体制6年目。元ナショナルトレセンコーチなどを務めた松田浩が育成部部長に就任、元長崎U-18監督で昨シーズン北九州の監督を務めていた原田武男がトップチームコーチとして復帰、貝﨑佳祐がトップチームテクニカルコーチに就任。村上佑介が現役引退、契約満了等により古部健太（山形へ移籍）、三浦雄也（現役引退）、ミゲル・パジャルド（レアル・ムルシアへ移籍）、期限付き移籍加入していた丸岡満（山口へ期限付き移籍）が退団、ソン・ヨンミンが讃岐に完全移籍、林田隆介がJFL・ヴェルスパ大分に期限付き移籍、前年から沼津に期限付き移籍していた畑潤基の期限付き移籍期間を延長した。一方、FC東京から徳永悠平、新潟から鈴木武蔵（昨季は松本に期限付き移籍）、神戸から徳重健太、福岡から中村北斗、甲府から黒木聖仁、1.FCハイデンハイムからベン・ハロランが完全移籍で加入、札幌（昨季はG大阪へ期限付き移籍）から中原彰吾が期限付き移籍加入、本多琢人（東海学園大学）、新里涼（順天堂大学）、米田隼也（順天堂大学）が新入団した。
リーグ戦では、開幕から6戦未勝利（2分4敗）となり、一時は17位まで順位を落とすが、第7節・清水戦でJ1初勝利を果たすと、そのまま4連勝し第10節終了時には9位まで順位を上げる。直後に3連敗するも、5勝2分8敗、15位でワールドカップによる中断期間に突入した。一方、YBCルヴァンカップでは、グループステージの最初の3節で2勝1分の成績を残し一旦はグループ首位に立ったものの、残る3試合は全敗。グループ3位に順位を落としグループリーグ敗退となった。天皇杯では、2回戦で松江シティFCに0-0の後、延長戦で先制するも追いつかれ、アディショナルタイムのゴールで2-1と辛勝。3回戦では湘南相手に0-0の後、延長戦で先制するもアディショナルタイムに追いつかれ、PK戦で3-4で敗れた。
中断期間中、シドニーFCからヨルディ・バイス、RCDエスパニョールからハイロ・モリージャス、新潟から磯村亮太、徳島から大本祐槻が完全移籍で加入した一方、MFベン・ハロランが家族の事情で双方合意の上契約解除、乾大知、田代真一ら8選手が他クラブに期限付き移籍した。
リーグ再開後の試合を連敗し、中断前から数えて3連敗。第18節・FC東京戦は1-0で勝利したが、翌節からは5連敗含む7試合未勝利と勝ち点を伸ばせず、第23節終了時にシーズン初の最下位に転落。そのまま最下位から抜け出せず、第32節・横浜FM戦に敗れたことで年間17位以下が確定した。この時点ではJ1ライセンス未所持のFC町田ゼルビアのJ2リーグ成績次第で残留の可能性を残していたが町田がJ2リーグで2位以内に入った場合、自動昇格枠が1つになり、J1・17位のクラブがJ1参入プレーオフ参加となるため。、11月17日に行われたJ2最終節の結果、町田の年間順位が4位で確定したことにより、長崎のJ2自動降格が決定した。降格決定2日後の11月19日、高木の同シーズン限りでの監督退任が発表された。第33節、G大阪戦に敗れ、1試合を残してJ1年間最下位が決定した。最終節を引き分け、年間成績は8勝6分20敗の勝ち点30に終わったものの、J1が18チーム体制となった2005年以降の最下位クラブの最多勝ち点を更新した（翌年に磐田が勝ち点31で更新）。
2019年 - 2025年（J2） 2019年 チームスローガン：「NAGASAKI, the ONE! 一つに、唯一に、一番に。」 新監督に、前日本代表コーチ・U-23日本代表監督で、仙台での指揮経験もある手倉森誠を招聘。JFL時代を知る最後の選手となった前田悠佑が現役引退（普及インストラクターに就任）。中村慶太(→清水)、鈴木武蔵(→札幌)、フアンマ(→大宮)、田上大地(→柏)、飯尾竜太朗(→仙台)、乾大知(→横浜FC)、田代真一(→横浜FC)、北谷史孝(→FC岐阜)、木村裕(→長野)、福田健介(→栃木)、奥田達朗(→高知)がそれぞれ完全移籍。平松宗(→新潟)、中原彰吾(→札幌)、増田卓也(→広島)がレンタル期間終了で退団。ヨルディ・バイス(→徳島)、碓井鉄平(群馬→富山)がレンタル移籍した。一方、玉田圭司(名古屋)、長谷川悠(清水)、角田誠(清水)、亀川諒史(柏)、大竹洋平(岡山)、鈴木彩貴(横浜FM)が完全移籍で加入した。古賀貴大(九州総合スポーツカレッジ)、鹿山拓真(東海学園大)、江川湧清(U-18からトップ昇格)が新入団。また吉岡雅和、畑潤基、香川勇気がレンタル期間終了で復帰、イ・サンミン(蔚山現代FC)、イ・ジョンホ(蔚山現代FC)がレンタル移籍加入した。リーグ戦開幕後に呉屋大翔(G大阪)、カイオ・セザール(川崎)、秋野央樹(湘南)、ビクトル・イバルボ(鳥栖)がレンタル移籍加入、チェ・キュベック(→済州ユナイテッドFC)がレンタル移籍した。またハイロ・モリージャスが両者合意のもと契約解除で退団となった。
2月8日、10日にハワイ州のアロハ・スタジアムで開催された「パシフィック・リム・カップ2019」に初出場し、初優勝した。
リーグ戦は、開幕戦で横浜FCに勝利し5位に付けたのがシーズン最高順位となり、7節には20位まで落ちる。その後持ち直し4連勝した16節ではプレーオフ圏内の6位まで戻すがその後勝ちきれず、25節以降は二桁順位から浮上することなく12位でシーズンを終える。呉屋がJ2記録タイの7試合連続ゴールをあげ、得点ランキング3位になるなどの活躍を見せたが、17勝20敗5分（勝ち点56）と負け越したシーズンだった。
YBCルヴァンカップでは2勝2分2敗で札幌に次ぐ2位で初のグループリーグ突破。プレーオフステージではG大阪と対戦し、2ndレグを2-0で勝利するも合計得点3-4で惜敗した。天皇杯では2回戦で高知に延長の末2-1で勝利、3回戦では三重に延長でも決着つかずPK戦で勝利、第4回戦ではJ1仙台に2-1で勝利し初の準々決勝に進出。準々決勝では同じJ2の甲府に2-1で勝利したものの、準決勝でJ1鹿島に2-3で敗れ、国立競技場のこけら落としとなる決勝進出を逃した。
シーズン終了後の2020年1月1日をもってに社長の髙田明が退任し、後任に長女でジャパネットホールディングスの関連会社の社長を務めていた髙田春奈が就任することが発表された。
2020年 チームスローガン ：「PASSION and ACTION 〜感じて動く〜」 手倉森体制2年目。1月2日、髙田春奈が社長に就任した。中村北斗と鈴木彩貴が現役引退、2013年から在籍していた高杉亮太が栃木へ、翁長聖が大宮へ、香川勇気が大分へ、黒木聖仁が京都へ、大本祐槻が新潟へ、碓井鉄平が富山へ、長谷川悠がオーストラリアのウーロンゴンオリンピックFCへ、幸野志有人がニュージーランドのシドニーオリンピックFCへ、徳島に期限付き移籍していたヨルディ・バイスが京都へ完全移籍した。G大阪から期限付き移籍の呉屋大翔が期限付き期間満了で柏へ、蔚山現代から期限付き移籍のイ・ジョンホとイ・サンミンが期限付き期間満了となった。島田譲が新潟へ期限付き移籍した。鳥栖から期限付き移籍したビクトル・イバルボと湘南から期限付き移籍した秋野央樹が完全移籍した。ブラジルのアトレチコ・ミネイロからルアン、湘南からフレイレ、清水から二見宏志、町田から富樫敬真が完全移籍で加入した。川崎からカイオ・セザールが期限付き期間延長、清水から高木和徹、新潟から加藤大が期限付き移籍で加入した。JFAアカデミー福島U-18から加藤聖、植中朝日が、専修大学から氣田亮真、桃山学院大学から毎熊晟矢が加入した。
2月23日、栃木との開幕戦をフレイレのゴールで1-0で勝利した後、新型コロナウイルス感染症拡大によるリーグ戦中断を挟み、開幕4連勝を含む9戦負けなしで、2位大宮に最大勝点差5をつけ首位に立つ。その間、第3節福岡戦でJ2リーグクラブ通算100勝を達成、また第6節岡山戦におけるカイオ・セザールのゴールがクラブ通算300ゴールとなった。しかし8月に入ると第10節徳島戦でシーズン初の敗戦を喫するなど、4戦で1勝1分3敗の勝点4と足踏みし2位以下との差を詰められ、第13節から3連勝するも、9月はJ2リーグ全22チーム中唯一月間8試合勝利なし（5分3敗）となり、第18節アウェー甲府に0-2で6試合ぶりに敗れた際に北九州と入れ替わりで2位に後退、さらに第20節アウェー松本戦では64分時点で2-0とリードしながら追いつかれ引き分け、徳島と入れ替わり、J1昇格圏外の3位に降格、第22節ホーム福岡戦に1-3で敗れ、第16節終了時点では勝点差17をつけていた福岡に勝点で並ばれ、第23節ホーム徳島戦も終了間際に先制を許し0-1で敗れ、シーズン初の連敗を喫すると同時に、同節勝利した福岡に抜かれ4位に後退する。その後第28節に北九州を抜き3位浮上し、一時は2位福岡に勝点差2まで迫ったものの、第41節ホーム甲府戦で先制しながらも引き分け、同節勝利した2位福岡との勝ち点差が残り1試合で4となり年間3位が確定、J1復帰を逃した。最終成績は23勝11分け8敗（勝ち点80）。昇格を逃がすことが決定した直後の12月18日、同シーズン限りで手倉森が監督を退任することが発表された。
2021年 チームスローガン：「全力で光れ 〜Keep on Shining for the Future〜」 前シーズントップチームコーチだった吉田孝行が監督に就任 した。
徳永悠平が引退、新里涼(→水戸)、島田譲(→新潟)、吉岡雅和(→福岡)、古賀貴大(→アルビレックス新潟シンガポール)、氣田亮真(→仙台)、角田誠(→ポルベニル飛鳥)、8月に富樫敬真(→仙台)がそれぞれ完全移籍で、庄司朋乃也(→C大阪)はレンタル終了で退団。畑潤基(→栃木)、7月に鹿山拓真(→富山)がそれぞれ期限付き移籍した。一方、カイオ・セザール(川崎)、加藤大(新潟)、エジガル・ジュニオ(横浜FM)が前年の期限付き移籍から完全移籍に切り替え、山崎亮平(柏)、新里亮(磐田)、都倉賢(C大阪)が完全移籍で、ウェリントン・ハット(ACゴイアニエンセ)、原田岳(横浜F・マリノス)が期限付き移籍で入団した。また鍬先祐弥 (早稲田大学)、五月田星矢(U-18からトップ昇格)が新入団となった。
スタートダッシュに失敗し5節には降格圏の19位まで落ちるなど11節までで4勝2分5敗の11位、またそこまでの全試合で失点するなど奮わず、5月3日に吉田監督の解任が発表された（トップチームのアシスタントコーチに就く）。同時に5月9日の北九州戦よりアカデミーダイレクターの松田浩が監督として指揮を執ることが発表された。松田監督に交代後は息を吹き返し、25節で植中朝日が、その4日後の30節でエジガル・ジュニオがハットトリックを決めるなどの活躍もあり、32節で磐田、京都に続く3位まで上昇。しかし残り2試合となる40節で首位磐田と引き分け、勝ち点7差の2位京都も引き分けたことでJ1昇格の可能性がなくなった。41節のホーム最終戦で岡山に敗れたことで年間4位になることが確定した。最終成績は23勝10分け9敗（勝ち点78）。
天皇杯は4回戦（ベスト16）まで進んだが、鹿島に1-3で敗れた。
この年より開催されたエリートリーグでは、福岡・鹿児島・琉球と同じグループCで戦い4勝2分の無敗でグループ優勝した。
11月11日午前11時11分、背番号11番を背負う玉田圭司が同シーズン限りで現役を引退することが発表された。
2022年 チームスローガン：「100%〜予想以上、理想以上。〜」 松田浩体制2年目。玉田圭司が引退、磯村亮太(→栃木)、毎熊晟矢(→C大阪)、亀川諒史(→横浜FC)、フレイレ(→岐阜)、新里亮(→大宮)、徳重健太(→愛媛)がそれぞれ完全移籍で、ウェリントン・ハット(→アトレチコ・ゴイアニエンセ)はレンタル終了、ルアンは双方合意の上退団した。また、期限付き移籍中だった鹿山拓真がそのまま富山に、栃木に期限付き移籍中だった畑潤基は岐阜に、清水より期限付き移籍中だった高木和徹は契約を満了し東京Vに、それぞれ完全移籍することになった。また名倉巧が仙台に期限付き移籍した。一方、原田岳(横浜FM)が前年の期限付き移籍から完全移籍に切り替え、村松航太(北九州)、クリスティアーノ(柏)、高橋峻希(柏)、奥井諒(清水)、櫛引一紀(大宮)、浅沼優瑠(讃岐)、奥田晃也(水戸)が完全移籍で、笠原昂史(大宮)が期限付き移籍で加入。また笠柳翼(前橋育英高校)が新入団、2020年より2種登録されていた安部大晴はプロ契約を締結した。