2016年のグランドチャンピオンシップ（2016ねんのグランドチャンピオンシップ）は、2016年10月1日から10月10日まで、四国アイランドリーグplus優勝チームの愛媛マンダリンパイレーツと、ベースボール・チャレンジ・リーグ（ルートインBCリーグ）優勝チームの群馬ダイヤモンドペガサスによる、野球独立リーグ日本一の座をかけておこなわれたグランドチャンピオンシップである。2年連続2回目出場の愛媛と2年ぶり3回目出場の群馬という初顔合わせであった。愛媛がホームで連勝したのち、群馬がホームで3連勝し、3勝2敗の成績で群馬が初優勝を達成した。全試合をホームチームが制し、（優勝チームが）2連敗後に3連勝したのは前年と同じで、前年優勝した愛媛は立場を逆にしてやり返される形となった。今回シリーズでも予告先発が実施される一方、延長戦の上限が12回となったものの、延長戦はおこなわれなかった。
日程 以下の予定であった日本独立リーグ グランドチャンピオンシップ2016日程及び概要について - 四国アイランドリーグplusニュースリリース（2016年9月27日、延長戦規定の出典についてはリンクされているPDF版を参照）。 ILラウンド 第1,2戦は10月1 - 2日に坊っちゃんスタジアム（18時開始） BCLラウンド 第3 - 5戦は10月8 - 10日に前橋市民球場（18時30分開始） 予備日はアイランドリーグラウンドが10月3日・4日（坊っちゃんスタジアム、18時開始）、BCリーグラウンドが10月12 - 13日（伊勢崎球場、16時開始）。
試合結果 第1戦 10月1日 坊っちゃんスタジアム 開始18:01 入場者数1545人愛媛マンダリンパイレーツ VS 群馬ダイヤモンドペガサス（2016年10月1日） - 四国アイランドリーグplus
第2戦 10月2日 坊っちゃんスタジアム 開始18:03 入場者数1088人愛媛マンダリンパイレーツ VS 群馬ダイヤモンドペガサス（2016年10月2日） - 四国アイランドリーグplus
第3戦 10月8日 前橋市民球場 開始18:29 入場者数1513人 - ベースボール・チャレンジ・リーグ
第4戦 10月9日 前橋市民球場 開始18:30 入場者数1067人 - ベースボール・チャレンジ・リーグ
第5戦 10月10日 前橋市民球場 開始18:30 入場者数1334人 - ベースボール・チャレンジ・リーグ
表彰選手 前年は両チームへの賞金と表彰選手が両リーグウェブサイトにて公表されたが、本年は両リーグのウェブサイトではいずれも公表されず、最優秀選手賞が上毛新聞で報じられたのみである。 最優秀選手賞：伊藤拓郎（群馬） - 上毛新聞電子版2016年10月10日（2016年10月11日閲覧）
脚注