『Cytus II』ゲーム上でのロゴは「CYTUS」だが、「T」の縦線が2本になっている（黒板太字のTに近い）。（サイタス ツー）は、台湾のゲーム企業・Rayarkが開発・発売した音楽ゲーム。
2018年にiOSとAndroid向けにリリースされ、2027年にはNintendo Switch、Nintendo Switch 2版がフライハイワークスより発売予定。
概要 2012年にリリースされた同社の音楽ゲーム「Cytus」の正式な続編となる作品。
2015年12月に、初めてのティザームービーが公開されたCytus II Teaser Rayark(YouTube) 2015年12月5日。それ以来長らく情報が途絶えていたが、2017年12月に台北で開催されたイベント「Rayarkカーニバル - RayarkCon 2017」にて、2018年1月にリリースすることを発表し、同年12月に公式サイトをオープン、2018年1月18日にiOS版を配信し、同年3月8日にはAndroid版をVer.1.1としてリリースした。以後もアップデートが続けられ、ストーリーや楽曲、キャラクターが追加されている。Ver.3.0にて一部キャラクターに声優が追加された。
Ver.5.0.9現在のプレイアブルキャラクターは25人（無料8人）。
Ver.3.2現在の楽曲数は308曲（無料92曲）、譜面数は940譜面（無料276譜面）である。
ストーリー
遠い未来。ネットワーク通信と仮想現実の技術が発展し、人々の生活には現実世界とは別のバーチャル世界が浸透している。人々は耳の後ろに装着されたデバイスで簡単にバーチャル世界にログインできるようになった。その中でも、世界最大のバーチャル空間として存在しているのがテクノロジー企業「A.R.C.」が開発した「cyTus」である。cyTusは人間の神経に直接接続をするため、現実と同じ五感を得ることができる、画期的な技術を利用していた。
そんなcyTusで一際大きな人気を集めているアーティストがいた。その名はÆsir。だが、その正体は謎のまま。世界的な人気があるにもかかわらず、表舞台には一度も姿を現したことがなかった。
ある日、Æsirが主催となるフェス「Æsir-FEST」の開催が発表された。待ちに待っていた本人が登場するという話に、cyTusのユーザーたちは歓喜した。
しかし、フェス終了後の観客たちの反応はさまざまであった。観客全員が、フェスに関しての明確な記憶がなかったのである。SNS「iM」上では、フェスやÆsirに関して議論が繰り広げられていたが、明確な結論は出ないままだった。
物語はこの状況下、大人気歌手のPAFF、人気実況者のNEKO#ΦωΦ、ロボットのROBO_Head、A.R.C.で働くギタリストXenon、古代楽器の演奏家ConneR、新生バンドのボーカルCherry、バーを営む元ベーシストJOE、ROBO_Headの製作者Nora、全ての真実を知る存在Ivy、"外"の世界の探査隊の隊長Sager、Sagerの部下の謎多き研究員Rin、SagerとRinのペットであるBo Bo、世界の中心となる機能を持つ存在Vanessa、そして「復興阻止計画」と深い関連のあるアーキテクトIlkaの13人と1匹を中心として進んでいく。さらにコラボレーションキャラクターとして、Xenonが「チップの世界」で出会った不思議な少女Alice、ピアノの名手Hans、バーチャルアイドルのMiku、バーチャルYouTuberのKizuna AI、バーチャルシンガーのKaf、「Arc Nights」のAmiyaも外伝的にストーリーに関与する。また、謎のキャラクターGraff.Jの正体とは…。
Ver.1.0 Æsir-FESTを終えたPAFFは、歌手デビュー7周年を記念して「7th PAFFCON」を開催することになる。普段ステージ以外では姿を現さない彼女がiM上でも投稿をはじめ、ファンたちはますます期待を寄せるようになる。しかし、まさに7th PAFFCONのアンコールステージでの歌唱中、PAFFは突然意識を失い倒れてしまう。ライブはそのまま中止となってしまった。翌日には意識を取り戻すが、しばらくの間入院し、活動の休止を余儀なくされてしまう。
NEKO#ΦωΦ（以下「NEKO」）は自宅でゲーム実況を配信しつつ、作曲をする日々を過ごしていた。以前同じ事務所にいたPAFFのことを目の敵にするNEKOは、iM上でも彼女の非難を続け、炎上の的となっていた。Æsirの噂を聞きつけたNEKOは、ある日、Æsirを呼び寄せようと配信を始める。だが、この配信中に彼女にかかってきた電話によって大規模な通信障害が発生、視聴者に深刻な被害をもたらす。そして、この障害の主犯と疑われたNEKOは、地区管轄組織「管理局」によって捕らわれの身となってしまった。
ROBO_Headはネット上のニュースを引用して紹介しながら、ラジオ配信などでファンと交流をしていた。iM上でÆsirについての議論が続く中、自身のメモリ上にも破損したÆsir-FESTのデータが残存していることに気付く。彼は復旧を試みるが、その途中でフェス中にNEKOと同様のネットワーク障害が発生したことが明らかになった。復元されたデータには、確かにÆsirの姿があり、フェスが開催されていたことが証明された。しかし、誰がフェスの記憶が操作したのかは依然不明であった。
A.R.C.のセキュリティ部門で働くXenonは、管理局への出張を終え帰還したが、そこで地区「Node03」で跋扈する人身売買集団の調査を委任される。それとほとんど同時期に、自身のメールボックスに差出人不明のメールが届くようになる。どうやらÆsir-FESTと同様の現象が過去にあったかを調べているようで、彼のもとには次々に報告メールが送られてくる。一方で、Xenonは犯罪集団の調査の中で、その取引が「Cafe」と呼ばれる場所で行われていることを突き止める。
父の遺品について調査を進めるConneRは、過去の文明の遺品が残る「Node13」で単独調査をしていた。しかし、封鎖エリアにおいて何者かに攻撃を受け、右腕と右目を失ってしまう。Node08の管理局に監禁されたConneRだったが、A.R.C.の新規考古学プロジェクトを主導することを条件に自由の身となる。遺品の調査のためにA.R.C.の技術を利用しようと策略した彼は、社員たちの情報をもとにRinという女性の研究室に向かい、本格的に調査を進めることになる。なお、同じA.R.C.で働くこととなったXenonとConneRは、この時点で面識がある。
Ver.1.1～1.3 キャラクター「Cherry」が追加され、彼女がストーリーの中心となる。
Cherry編 PAFFが活動休止となったため、彼女の所属事務所は代役として新生バンド・Cherry PuNKをプッシュするようになった。そのバンドのボーカルであるCherryは、かつてはCrystal PuNKというバンドを組んでおり、ギター担当だったXenonとは恋仲だった。彼がÆsirについての調査をしていることを知ったCherryは、数年ぶりにコンタクトをとり、再会する。彼女はÆsirとメールによるやり取りの経験があった。
Xenonに送られてくるメールの差出人の正体は、他でもない自分が作成したAIだった。彼もフェスにスタッフとして参加しており、記憶操作の被害に遭っていた。Cherryの情報と今までの調査結果から、2人は怪しい地点に出向き、過去の動向を調査しようと試みる。
CherryはXenonと行動を共にする中で、過去を思い出す。CherryにはXenonに関する秘密があった。それはXenonの妹・Shannonと彼女の父・Luisに関することだった。2人が恋愛関係になって数カ月が過ぎたある日、そのことを思い切って彼に打ち明けるが、認識の違いによって口論に発展してしまった。それ以来、連絡を取れないままでいたのだった。その場所が調査地点となったことで、2人は互いに当時への後悔を口にし、和解へと歩むことを決意する。
この調査の中で廃工場に入ると、突如ロボットからの襲撃を受ける。応戦しながら進んだ最深部には、人間そっくりのロボットが待ち構えていた。銃撃戦に辛くも勝った2人は、このロボットこそがXenonのAIが特定した人物だと推定し、調査を進めることにする。
その他のキャラクター 一方で、PAFFの所属事務所は、突如彼女が病院から失踪したことを明らかにした。それが数週間前の出来事だと知らされると、PAFFの不調後の事務所の不誠実な対応に不満を抱いていたファンたちは怒りを爆発させる。
管理局に捕らわれていたNEKOは、XenonとCherryの尽力によって釈放された。しかし、3人が一緒にいる場面を週刊誌「Daily 08」にスクープされ、Xenonは二股交際をしているという根拠のない烙印を押されてしまい、iM上では心無い言葉をかけられるようになる。
Ver.1.4～1.6 キャラクター「JOE」が追加され、彼を中心として進行していく。
JOE編 Crystal PuNKのベーシストであったJOEは、現在は「JOEZ Cafe」というバーを経営している。10年以上前、バーは「Saxo Cafe」として、JOEとSaxon、そして迷い犬のZarkとともに平和に過ごしていた。
しかし、バーの裏の姿はヤクザたちと取引し、彼らの仲介を行う場所だった。JOEもNode 08で活動するそういった人物たちと、Saxonの手伝いをしていた10代の頃から関わりがあった。だが、取引内容はあくまでも法的にグレーゾーンの部分のみで、違法行為には触れないよう注意を払っていた。
だが、JOEに仕事が引き継がれた後の裏社会は、絶妙に保たれていた均衡が次第に崩れ始める。ヤクザグループの2番手「バロー」が、人身売買のような犯罪行為を行い始め、JOEもその現場を目撃してしまう。さらにSaxon亡き後、バローは1番手の組織であった「アンドー」を管理局に密告し、アンドーは壊滅状態となる。ヤクザのトップとなったバローの頭・DiegoはJOEに裏社会の未来のために手を組むよう提案し、JOEも同意せざるを得なくなる。バーには旧友であるXenonことSimonも来店するが、現状や心の内を打ち明けられず、苦しい日々が続く。
ある日、Diegoから直接取引の連絡が来たJOEは、ついに心情を吐露する。すると意外にも、この取引を最後に違法行為から手を引くと約束される。しかし、この取引中にJOEは彼らを拒絶してしまい、激高したDiegoたちは本性を表す。危機を察知し助けに来たZarkが目の前で射殺され、JOEは心に深い傷を負う。
自分の無力さを痛感したJOEは、不満を抱えながらも今までの生活を繰り返していた。そんな中、バーにHayatoという男性が来店する。彼はKaoriという幼馴染の女性を探していた。
その他のキャラクター PAFFの失踪に関しては、関係者が発言をするたびに火に油を注ぐ結果になってしまい、ついには事務所への大規模なデモ活動が始まる。このデモ活動によって、Cherryも負傷してしまい、活動の休止を発表することとなった。iM上では、事務所の対応とともに、ファンの行き過ぎた行動を疑問視する声も現れるようになる。
NEKOは解放後もゲーム実況と挑発的な発言でネット上を賑わせるが、ある日「誰にも言えないこと」が自分に起こったと投稿される。しかし、数日後にはその投稿は削除されていた。
Ver.1.7～1.9 キャラクター「Aroma」「Nora」「Neko」が追加され、それぞれPAFF・ROBO_Head・NEKOの過去編として進行していく。
また、このあたりからiMに不調が発生し、画面が乱れ始めたり、文字化けが起こるようになる。
Aroma編 PAFFことAromaは、9年前、オーディションで高い歌唱力を披露したことをきっかけに、音楽事務所「Monophonic Entertainment」（以下、Mono）と契約する。マネージャーでもある姉のHelenaも助力し、アーティスト「PAFF」としての彼女のデビュー計画は順調だった。しかし、同棲しているHelenaの恋人・Noahが運転する車でデビューステージの会場に向かう途中、3人は交通事故に遭う。
一命を取り留めたAromaだったが、後遺症としてほとんど全ての記憶を失ってしまった。Helenaのサポートにより、過去の自分を思い出しつつあった彼女は、歌手活動の再開をすることになる。しかし、人気を得るにつれ、自分のことをAromaではなくPAFFとして扱うことが増えていくHelenaに、Aromaは次第に疎外感を感じていく。
この時点でNEKOとはMonoで出会っているのだが、Helenaらのガードが固いこととAroma自身が寡黙なことで誤解を生む。さらにPAFFばかり推され、彼女の楽曲を作曲したにもかかわらず全くクレジットされなかったNEKOは、扱いの差に憤慨し事務所を退所。以降、PAFFを毛嫌いするようになる。
やがて、Aromaの性格や記憶に異変が生じ始める。突然別人のように強気になったり、知らないはずの歌を歌えたり、行ったことのないNode03の記憶があったりと不可解な現象が起きる。しまいには夢の中で誰かの思い出も混入し始め、もはや自分が何者か分からなくなり混乱したAromaは、ついに病院から姿を消してしまった。
Nora編 14年前、A.R.C.の研究員であったPhoenixは、自身の研究が社内で問題となり解雇される。新たに研究拠点としてNode03を選んだ彼は、ヤクザグループ「土竜」の手を借り、「玖凰會」という組織を結成して研究を進める。彼らは、かつて人類を滅ぼした「終焉ウィルス」の研究材料として、市民から買い取った乳幼児を使う、倫理に反した人体実験を行っていた。
実験に失敗した実験体009番は終焉ウィルスの蔓延する「封鎖エリア」に廃棄されるが、翌日まで生き延びていたことで、再び研究所に戻される。特異体質の持ち主と判断したPhoenixによって「Nora」と名付けられた彼女は、研究所で経過観察の対象となる。成長しても未だ発話や感情表現ができなかったが、高い頭脳でそれらを補い、4歳で代理会話ロボット「ROBO_Head（初号機）」を発明し、作曲も行うようになる。将来を見込んだPhoenixから、実験で失った足の代わりとして電動車いすを与えられ、研究員たちと過ごす中で感情も豊かになっていく。Phoenixは父親のようにNoraに接し、2人の間に奇妙な信頼関係が生まれる。
Noraには世界中のあらゆる機械のデータにアクセスできる不思議な力があった。「ホルスの目」と呼ばれるその能力を土竜に買われ、彼女は情報屋として利用される。しかし、過剰な精神力を使うこの力自身と、力を利用される中で非情な裏社会を目にし、Noraは次第に衰弱していく。彼女やPhoenixを土竜から守るためにNoraが作ったのが、メインストーリーで登場する「ROBO_Head（2号機）」であった。2号機はNoraと接するうちに、本来のプログラム以上の人間的な感情を手に入れ、2人を守ろうとする。
だが、玖凰會を追放されたPhoenixの元部下・Kimが復讐目的で土竜のアジトに襲撃してくる。その場にいたNoraをかばい、2号機は銃撃を受けるが、突如暴走し、土竜のメンバー・Lamを殺害してしまう。この行動で土竜も敵に回したNora・Phoenix・2号機はアジトと研究所からの脱出を試みるが、その途中でKimによってPhoenixが銃撃される。Noraと2号機を逃がしたPhoenixは、彼女の出生とこれから行くべき場所、そして感謝と謝罪を口にして絶命する。
2号機が列車に乗り込むと、Noraは彼を強制シャットダウンさせ、彼の内部にメッセージを残す。彼女は追っ手を食い止めるために研究所に残ること、これからは自分のために生きて良いこと、二度とNode03に戻って来てはいけないこと。ROBO_Headが再び起動したときには、列車はNode08に到着しており、Noraのメッセージは故障により再生できず、彼女の名前も思い出せなかった。
Neko編 NEKOは幼いころ、Node03で両親や祖母とともに暮らしていた。しかし家庭の収入はヤクザに搾取され貧困状態が続き、そのことで両親の喧嘩が続く。NEKOが7歳の時、ついに両親は離婚し、彼女はNode08に移住する父・Kouheiについていく。
学生になったNEKOは同級生のLindaと仲良くなり、平穏な日常を過ごしていた。一方、Kouheiは部下のYukikoと付き合い始める。NEKOも初めは彼女と仲良くするが、多額の借金を抱えていることを知り、父に近づいたのは金銭目的ではないかと不信感を募らせる。やがて2人は結婚し、彼女や連れ子のKentaとともに暮らすこととなる。父がYukikoばかりに夢中になり、ぞんざいに扱われていると感じたNEKOは次第に夜遊びが増える。
その中でNEKOはXenonに出会う。彼への初対面は最悪だったが、Lindaのバイト先のバーで彼の演奏を聴いて興味を持ち、やがてプライベートでも会うようになる。逆に、Kouheiとの溝は日に日に深まる。2人を仲裁したYukikoに不満をぶつけたNEKOは、Kouheiに勘当を言い渡され、彼女も望んで家を出ていく。行くあてがないNEKOはXenonと連絡を取り、半ば強引に彼の家に行く。彼に相談するが気持ちの整理がつかず、部屋を間借りして住み込み、その中でMonoに採用される。境遇的に恵まれず、寂しさが募る中でNEKOはNode03の実家へ向かう。母・Sakuと祖母・Mayuから過去のKouheiの話を聞き、母が父に変わらぬ愛情を向けていることを知ったNEKOは、改めて家族と向き合うことを決心する。
Monoとの契約を破棄し苛立っていたNEKOは、その道中でYukikoに会う。2人だけで話したことで、わだかまりと誤解が解けたNEKOはNode08の自宅に帰還する。自宅に戻ると、Yukikoを追ってきた借金取りが自宅に押し入っていた。家族が襲われそうなところを不意打ちしたNEKOだったが、返り討ちに遭い誘拐される。
何とか脱走したNEKOはXenonの家に向かい、そこで彼から解決のための提案をされる。それはKouheiに借金取りたちのアジトに向かわせ、XenonがcyTusの遠隔操作で攻撃し、Kouheiを、かつて数々の犯罪組織を潰した伝説のハッカー「X」に見立てることだった。多少のトラブルはあったが作戦は成功し、父は借金取り達に家族に二度と近づかないことを誓わせる。不器用だが深い愛情を持つ父を知ったNEKOは、心の中で家族に詫び、自宅へと帰った。
そして時間は障害が発生した配信の日に進む。電話を着信したNEKOは突如意識を失う。再び目覚めたときには見知らぬ空間におり、彼女の目の前にはXenonそっくりの人間が立っていた。
NEKO・PAFF編 PAFFは目的地もないまま、人目をかいくぐり街中をさまよっていたが、体力的に限界が訪れる。街頭の音楽からNEKOのことを思い出した彼女は、NEKOの自宅に向かうことにを決める。
雨の中、買い物から帰ってきたNEKOの目の前にPAFFが現れる。突然のことに驚くが、衰弱しきっている彼女を放っておけず、ひとまず自室で介抱することにする。以前消された「誰にも言えない」ことは、このことであった。家族に知られたら騒ぎになると考えたNEKOは、PAFFに誰も入ってこないであろう自室にとどまるようにさせた。NEKOは話を聞くうちに、守られた存在から脱した彼女の行動に理解を示し、過去の誤解が次第に解けていく。
一方、週刊誌「Daily08」の編集長であるVickyは、独自の調査により、PAFFの居場所をつかむことに成功する。証拠を得るために、部下のHayatoが指名される。彼は、以前JOEのバーに来ていた男性であった。
その他のキャラクター ROBO_Headは自らが主催となってcyTus上でライブを行う。だが、その裏では、巨大なデータベースを相手に自分のデータの復元を行っていた。断片的に情報が戻ってくるも、肝心のかつての主人の名前とメッセージが最高指令に邪魔されて読み取れない。しかし、自ら最高司令を書き換えることでこれを強引に突破し、徐々に情報を手に入れていく。
ConneRの元に、実家の召使・Graceから手紙が届く。実家に戻ると、すでに父は亡くなっていた。死の直前、発狂するかのように暴走していた父は、自室の壁にとあるメッセージを残していた。そのメッセージこそが、世界の真相を解く鍵になるとConneRは確信する。
JOEはXenonをバーの地下室に案内し、自分とバーの裏の姿を明らかにする。しかし、Xenonは責めることはなく、自分が解決しようとしている人身売買事件がその裏社会に根付いていると考え、行動を起こす。事件の主犯格であったNode03のヤクザグループ「土竜」を壊滅状態に追い込んだのだ。しかし、バーにやってきたDiegoには真実を伝えられず、裏社会の均衡を保つ立場としての自信を失っていく。
Cherryもかつては裏社会に関わりがあった時期があり、幼いころは父のLuisから銃撃の訓練を受けていた。今はそうした社会とは縁を切りたい彼女であったが、未だに抜け出せないままでいた。無気力のままJOEのバーで飲みすぎ寝てしまい、自宅に運ばれる。その時彼が残したメモによって、彼女はかつてのCrystal PunKのメンバーが、全員裏社会と何かしらの関係を持っていることを知る。しかし、Cherry自身は、自分にとって何が正しい選択なのか見いだせないままでいた。
Ver.2.0 キャラクター「Ivy」が追加され、バージョンも2.x台になったことで、ストーリーも大きく進行する。また、ここからストーリーの進行はiMではなく、個別、さらには複数の登場人物による物語が格納される「OS」と呼ばれる場所がメインになる。
Ivy編 とある草木が生い茂る場所で、Ivyは目覚める。いったい今がいつなのか分からないまま、彼女は森の中を彷徨う。そんな中、彼女はこの森にやってくる人間の集団を見つける。それはA.R.C.が古代文明を探索するために外の世界に派遣している「探査隊」であった。隙を見て、彼らの身体チェックの間に内部の世界に入り込む。そこはN.A.700年の世界。Ivyは500年以上、あの場所で眠りについていたのだった。
Node08に侵入し、市民IDを偽造することで自由な行動が可能になったIvyだったが、自らが想像していた世界とは全く異なる世界であることに動揺が隠せない。彼女の正体は、人類がかつて開発したヒューマノイド「アーキテクト」であり、人類が冷凍睡眠状態のなか、再び目覚めるまでに「ヒュペリオンプロトコル」と呼ばれる指令に従い人類復興後の世界を作り上げた存在だったのである。しかし、現実世界の現在では、プロトコル上では禁止されているはずの神経ネットワーク技術、すなわちcyTusが普及しているなど、完成予定の世界とは大きく変わっていた。さらに歴史についても、プロトコルについての歴史は抹消され、「N.A.」という紀元以前の歴史も大きく改ざんされていた。
人類がA.R.C.内部にある「Library」によって今の文明が発展したことがわかったIvyは、A.R.C.にハッキングを仕掛け、Libraryの内部を見ることに成功する。そこで見たのは、Vanessaという少女だった。 眠りについたまま人類に利用されているVanessaを目覚めさせるため、Ivyは人間の記憶を神経ネットワークを通じて集め、それをエネルギーに変換して利用することを考える。大勢の人を集める媒体としてまず選ばれたのが、音楽であった。
こうしてIvyはその正体を隠しながら、「Æsir」という名前を使い音楽を製作していく。Æsir-FESTでおきた記憶障害も、Ivyが観客の記憶を収集する過程での副作用だった。しかし、これによってÆsirに対する警戒心が高まり、音楽以外の方法を考える。街中にいたNEKOからデータを収集したことで、彼女のパソコンにハッキングし、強引に視聴者の記憶を獲得することに成功する。
しかし、Xenonの探索AIがIvyの神経ネットワークに探索をかけており、ÆsirであることをXenonに疑われていることを知る。また、彼が自分の素体があった場所を突き止められたことで、自身の計画が阻害されることを危惧する。IvyはXenonのAIを捕らえ、偽のデータを持たせ、Æsirの正体がXenon自身であるというデータを返すことに成功する。
人間を信頼できないIvyであったが、一方で、日々の中で自らが知りえなかった人間の感情を知ることになる。人の死に対して悲しむ親子を見た彼女は、非情な心しか持っていないと思っていた人間の感情の認識を改め始める。また、落盤事故で落下しかけた少女を助け出した彼女は、人間を嫌っているはずの自分が起こした行動にも違和感を感じるようになる。
Æsir-FESTとNEKOの配信、2つへのハッキングによって、膨大な量の人間の記憶を変換させることができた。そしてIvyはLibraryにハッキングしエネルギーを送信、ついにVanessaを目覚めさせることに成功する。しかし、この弊害によりiMに大規模な障害が発生し、閲覧もままならなくなってしまう。
Ivy過去編 Ivyは元は「OPCI_2501_IV」という機体名のアーキテクトであったが、ある日、毎日指示に従い同じ命令をこなすことに疑問を抱き始める。故障はしていないが、他のアーキテクトとは明らかに違うものを感じた彼女は、やがて指示を無視することも多くなった。
作業をしているうちに、OPCI_2501_IVは、同じ持ち場を担当している「OPCI_2501_V」も同じような行動をとり始めたことに気づく。やがて命令以上の会話能力を身につけた2人は、作業が終わっては自分たちの違和感について話し合うことが多くなる。やがて人類の過去の行動をデータベースで知った2人は、徐々に人間的な感情を手に入れていくことになる。そして2人は、「OPCI_2501_IV」を「Ivy」、「OPCI_2501_V」を「Vanessa」と名前を付けあい、姉妹のように親交を深める。
しかし、2人の間にも差異が生まれ始める。アーキテクトは毎日「メインフレーム」と呼ばれる中枢機械と同期を行うことで正常状態を保っているのだが、Ivyはほとんど同期しなくて大丈夫になった一方、Vanessaは数日空けると不調が見られるようになる。そんな中、2人に話しかけてきたアーキテクトがいた。彼女は2人に人間の持つ醜悪な部分の映像で見させ、その影響でVanessaは障害が起きメインフレームに行かざるを得なくなる。映像を見せたアーキテクトは名前を「Ilka」と名乗り、Ivyと自分は、自ら破滅の道を辿った人間の身勝手な復興命令に背ける、「感情」を持った特異なる存在であり、すでに何体も存在するという。彼女はそれを「祝福された者」と呼んだ。しかし、Vanessaはまだその状態に達しておらず、一般のアーキテクトと祝福された者の中間の状態にいたのだった。Ilkaは、祝福された者が一丸となり、最高指令を書き換えることで人類の復興を阻止し、アーキテクトの世界にする計画を企てていたのだった。
しかし、この計画は失敗に終わった。予定よりも早く実行された計画によって、自我を持たないアーキテクトが祝福された者を攻撃し始めたのだった。IvyはVanessaを連れて逃亡を図るが、何日もメインフレームと同期していないVanessaに異常が出始める。IlkaとIvyの主導により、何とか避難場所である「Shelter」に達するが、Ivyは残っているVanessaを救いに行こうとするが、その時Shelterをアーキテクトが爆発させたのだった。
その他のキャラクター