Додека мнозинството христијански деноминации или го поддржуваат масонството или имаат негативен став во врска со тоа, постојат неколку кои отворено се противат на него, и или ги спречуваат или целосно им забрануваат на нивните членовите да се приклучат на братството. Најголеми од овие се Римокатоличката црква и Јужната баптистичка конвенција.
Католичка црква Поврзано: Папска забрана на масонството
Римокатоличката црква е меѓу најупорните критичари на масонството. Црквата им забранува на своите членови да бидат масони со In Eminenti Apostolatus (папска була) во 1738 г. Оттогаш, Ватикан издал неколку папски були забранувајќи им на католиците да се приклучуваат на масонството под закана на изопштување. Во моментов, како што е потврдено во 1983 г., католиците коишто се запишуваат во масонски здруженија прават сериозен грев и не можат да примат Света причест; казната за изопштување не е објавена во сегашниот кодекс на канонското право, но членството останува забрането. Забраната често се игнорира од страна на католичките масони коишто продолжуваат да ги примаат светите тајни.
Католичката црква тврди дека филозофијата на француското масонство (Големиот ориент, а не доминантната разновидност на масонството или гранката што е активна во англиското говорно подрачје) е спротивна на христијанската доктрина и дека е многупати, на многу места анти-свештеничка во намерата. Католичката енциклопедија од 1913 г. расправа дека некој од церемонијалите во шкотскиот ритуал е анти-католички. Сепак, оваа жалба не била вклучена во понатамошните изданија.
Масонската употреба на библиска сликовитост била забележана во Католичката енциклопедија од 1913 г. направена на таков начин да го одрекува откровението на христијнството. Сепак, оваа жалба не била вклучена во понатамошните изданија.
Католичката забрана за масонството од Вториот ватикански совет Во 1974 г. кардиналот Фрањо Сепер, префект на Конгрегацијата за доктрината на верата, испратил писмо кое што, се чинело дека ќе ја олабави претходната апсолутна забрана за масонството, што предизвикало збунетост и довело до тоа да многу католици станат масони. Во 1981 г., Конгрегацијата го појаснила ваквиот став во писмо до Американската конференција на католичките бискупи, насловено како Појаснување што е поврзано со статусот на католиците кои стануваат масони кое што, како што вели личното писмо од 1974 г., со станувањето јавно, „предизвикало погрешни и пристрасни толкувања“ и потврдува дека забраната против католиците кои се приклучуваат на масонски редови останува. Во 1983 г., црквата го прегледала Кодексот на канонското право така што не го спомнала масонството директно, предизвикувајќи одредени масони да тврдат дека забраната за католиците кои стануваат масони можеби е укината, иако забраната била потврдена во истата година од страна на Ватикан. Во 2000 г., писмо напишано од Отецот Томас Анслоу, судски викар, покажало попопустлив став, иако ова било повлечено од страна на Анслоу во 2002 г., бидејќи „проценката била погрешна.“ Обвинувања за деизам Една од постојаните католички критики за масонството е дека тоа се залага за деизмот или натуралистички поглед кон создавањето. Масонството всушност, не бара од неговите членови да веруваат конкретно во некое врховно суштество, како што деизмот прави, туку едноставно да веруваат во некое врховно суштество.
Истовремено се признава дека масонството не е атеистичко (масоните се прашуваат дали веруваат во Бог пред да бидат примени), неговата употреба на изразот, Врховен архитект на универзумот –термин препишан на протестантскиот теолог Џон Калвин –се гледа од страна на некои христијански критичари како да укажува на деизмот, (иако Калвин не бил деист) верувањето дека Бог го создал универзумот, но не влијаел врз светот потоа. Ова било чест ерес којшто се појавил во Просветителството.
Посебно обвинување направено во Католичката енциклопедија од 1913 г. против масонството е дека воведот во шпекулативното масонство во раниот осумнаесетти век посебно бил насочен кон „дехристијанизација“ на старите оперативни ложи. Сепак, ова обвинение било отфрлено од наредните изданија.
Додека уставите на претходните ложи на оперативното масонство изјавиле дека „Првото обвинение е ова, дека вие треба да бидете верни на Бог и на Светата црква и да не правите грешки, ниту ерес“ во 1723 г. уставот на Големата ложа на Англија:
Масонот е обврзан од неговата позиција, да го почитува моралниот закон; и ако правилно ја разбира уметноста, никогаш нема да биде глупав атеист ниту пак нерелигиозен развратник. Но, иако во старите времиња масоните биле обвинувани во секоја земја дека се дел од религијата во таа земја или нација, што и да било, сега се смета за посоодветно само да ги обврзе за таа религија во која сите луѓе живеат во слога, оставајќи ги нивните различни мислења за себе; односно, да бидат добри и верни луѓе, или чесни и искрени луѓе, со какви било деноминации или убедувања да се разликуваат, при што масонството станува центарот на Унијата, и средство за воспоставување на вистинско пријателство помеѓу личностите кои мораат да останат на постојана оддалеченост. Одвојување на црквата од државата Американските масони се доследни застапници на слободата на религија, како што е напишано во Првиот амандман на американскиот Устав. Идејата дека одредената точка подразбира строго одвојување на црквата од државата, е протолкувано од Католичката црква како прикриен напад на нејзиното место во јавниот живот. Па така, во XIX век, папството продолжило да го брани Божјото барано право да назначува граѓански владетели и да ги симнува од власт. Тоа ја повикало опозицијата на овој принцип „религиозна незаинтересираност“ според кој ниту една религија не била признаена како вистинска или докажана и го видел масонството како водач во причината за популарна независност. Сепак, ова упатување не е присутно во подоцнежните верзии на енциклопедијата. Масоните биле обвинети за планирање на несоодветно оцепување на црквата од државата во неколку одредени области, а тоа биле: ⦁ Задолжителна држава го поддржала световното образование во Италија во 1882 г. кое што наложувало забрана за религиското образование, а и фактот дека „верските куќи [биле] урнати, Боговите на црквата конфискувани, бракови склучени и покрај законите и без ритуалите на црквата“ ⦁Воведувањето на граѓански брак во Мексико во 1857 г. Религиозна индиферентност Католички критичари на масонството забележуваат дека тоа се противи да промовира една вера како супериорна над сите други, додека во исто време исто така, користи ритуали од религиозен вид. Таа комбинација е сфатена како всадување индиферентност кон религијата.
Масонскиот автор Меки го нарекол масонството „наука која што се занимава со потрагата по Божјата вистина“.
Стари обвиненија против еден масон од Андерсон, 1723 г., зборува за масоните, дека тоа е „начин само за да ги обврзат за религијата во која што сите луѓе живеат во слога, оставајќи ги нивните различни мислења за себе“. Масоните одговараат дека необврзувањето на еден член да ја искаже својата религиозна определеност како услов за членство не е еквивалентот на докажувањето дека ниту една религија може да биде над сите. За личните теолошки верувања не се разговара во ложата, и на тој начин се избегнуваат дискусии со оние што имаат различни верувања. Било упатено дека оваа забрана за религиозна дискусија била особено важна во Англија во осумнаесеттиот век, каде што Граѓанската војна, делумно предизвикана заради религиозен конфликт, неодамна завршила. Протестантски цркви Голем дел од мнозинството на протестантски деноминации не им забрануваат или спречуваат нивните членови да се приклучат на масонските ложи и немаат издадено никакви документи за ставови коишто го осудуваат масонството. Одредени цркви, сепак, строго се спротивставиле на масонството и зборувале за проблемите што ги имаат со христијаните кои припаѓаат на масонски ложи.
Во повеќето примери, ова се умерено мали црковни органи коишто се одделиле од главните протестантски деноминации во последните декади, истакнувајќи ја како нивна причина нивната опозиција кон теолошкиот либерализам или разновидност. Најголемите досега од лутеранските, презвитеријанските и методистичките црковни органи во Соединетите Држави не се бореле против масонството, и многу масони се нивни активни членови. Најголемата од англиканските цркви во Соединетите Држави, Епископската црква, не се борела против масонството, ниту пак различните помали Континуирани англикански и независни англикански црковни органи.
Постои голема напнатост помеѓу тие протестантски деноминации кои ги спречуваат нивните верници да се приклучат на масонските ложи. Деноминации кои, на некој начин или на друг, го спречуваат членството на масоните да се вклучи во малиот Eвангелски лутерански синод, до поголемите протестантски црковни органи. Помеѓу протестантите кои се противат на масонството се: Црквата на Назареецот, Менонитите, Северноамериканскиот одбор за претставништво на јужната баптистичка конвенција, Литеранската црква – Синодот на Мисури, Христијанската реформирана црква во Северна Америка, Црквата на браќата, Собранијата на Бог, Здружението на пријатели, Обединетото братство, Слободната методистичка црква, Православната презвитеријанска црква, Слободната црква на Шкотска, Баптистичкиот сојуз на Велика Британија и Ирска, Презвитеријанската црква во Америка и Реформираната презвитеријанска црква на Ирска. Повеќето од овие пресуди резултирале од работата на црковните комитети назначени исклучиво во последните декади. Многу од овие протестантски пресуди никогаш не влегле во сила.
Шкотската црква не им забранила на верниците да станат масони, но во 1989 г. генералното собрание изјавило дека имало „многу реални теолошки потешкотии“ со припадниците на шкотската црква кои биле масони.
Методистичката конференција во 1985 г. во Англија, изјавила дека масонството се натпреварува со христијанските верувања, барајќи методистичките масони да го преиспитаат нивното членство и масонските средби да бидат забранети во методистичите простории. Сепак, таа не ставила забрана на членството, а одредени масонски средби продолжиле да се одржуваат во методистички простории.
Црквата на Исус Христос на Последниот ден на Светителите Главна статија: Мормонизмот и масонството
Црквата на Исус Христос на Последниот ден на Светителите („LDS“ црква) има долгогодишна политика на одржување на неофицијална позиција во масонството. Сепак, одредени луѓе сметаат дека постојат врски меѓу двете движења во практиката, структурата, и симболизмот, кои доаѓаат уште од почетоците на црквата.
Може да се каже дека првото движење на Последниот ден на Светителите и масонството имале пријателски однос. Додека влијанието на масонството во црковната доктрина е предмет на жестока расправа, се знае дека семејството на основачот на црквата и првиот претседател, Џозеф Смит помладиот, бил активен во масонството во 1816 г. Кога седиштето на црквата било во Науво, Илиноис, Смит и неколку негови другари - вклучувајќи ги и првите негови следбеници како претседател на црквата – станале масони. Многу одлики на церемонијата за донација за црковниот храм основана од Смит во паралелните ритуали и церемонии во Науво, биле применувани во масонството. Кога црквата по смртта на Смит се префрлила во Јута во 1840-тите, постоела дури дискусија за создавање „мормонска голема ложа.“ Сепак, оваа замисла била крајно одбиена од страна на претседателот на црквата Бригам Јанг.