Јане Сандански и неговите приврзаници во судбинските денови за македонскиот народ, во текот на Балканските војни, имале специјална позиција и улога. Денес во бугарската историографија улогата на Јане се осветлува, во целост и посебно во времето Балканските војни, од позициите на големобугарската државна политика кон Македонија. Однос кон Балканските војни 320px|мини|лево|Граници пред Првата и после Втората балканска војна Додека балканските сојузници се подготувале да ја освојат и поделат Македонија, кај македонскиот народ нескриено растел стремежот за пресметување со османлиските васти. Оваа расположба уште повеќе се зголемувала поради неподносливиот терор што го спроведувале МладоТурците врз макеоднскиот народ, како реакција на Магарешките атентати организирани од Тодор Александров и неговите приврзаници.
Иако македонскиот народ, en masse со нескриена верба во ослободувањето ја очекувал војната, одделни сили во македонското револуционерно и националноослободително движење имале поинакво стојалиште Јане Сандански и македонското национално ослободително движење, Институт за национална историја, Скопје, 1976, Петар Стојанов - Односот на Јане Сандански кон Првата балканска војна. Додека приврзаниците на бугарската, српската и грчката пропаганда, како и ВМРО на Христо Матов и Александров со полна подвижност на територијата на Македонија ја форсирале војната, Јане Сандански и други македонски револуционети и патриоти отворено се спротивставиле на таа акција .
Серските револуционери на чело со Јане сандански во источна Македонија, како и други македонски револуционерни национални сили, биле против војната, затоашто знаеле дека војната ќе доведе но ново поробување и поделба на Македонија . Ослободувањето на Македонија тие, особено Серчани, го гледале преку извојување на обласна самоуправа на Македонија во демократизирана Османлиско Царство, како и во можноста за создавање на независна македонска држава која можела да влезе во рамките на една балканска федерација . Врз основа на оваа стојалиште, Јане Сандански и неговите приврзаници, како и голем број на други македонски сили, биле против воената интервенција на балканските држави во Македонија и се бореле за зачувување на нејзиниот територијален и национален интегритет . Меѓутоа пред самиот почеток на Балканските војни, Серчани и другите раководни сили на македонското општество кое биле против војната, биле мошне ослабени и потиснати од надворешните фактори и Младотурската власт. Тие не можејќи да ја спречат војната, а при неспостоење, за тоа време, на друг начин за ослободување на Македонија од османлиската власт, биле принудени и сами активно да се вклучат во војната против Империјата . Отука, Јане Сандански и другите македонските револуционери станале субјект, односно конкретен сојузник на српските, грчките и бугарските војски. Веднаш по создавањето на Балканскиот сојуз и првите подготовски за војната против Империјата, Јане Сандански и неговите приврзаници во источна Македонија разбрале дека:
Јане со внимани ги следел настаните во Македонија и околу неа. Од печатот се информирал за српско-бугарските контакти, кои уште од есента 1911 година, во првата половина на 1912 година и почетокот на војната, биле насочени кон постигнување на согласност за заедничка акција против Империјата и договор за поделба на Македонија. Тој ја разбрал целта на официјална Бугарија, која се стремела да ја разгори воената психоза во Македонија . Во таква состојба на работите во Македонија, Јане сознал дека: македонскиот народ се нашол во положба на незаштитена жртва, подгонета од секаде, смртно исплашена, збркана Димитар Митрев, Пиринска Македонија во борбата за национално ослободување, Скопје, 1950. Во такви услови Јане останал верен на македонски народ, доследен на својата револуционерна дејност и достоинство, секогаш готов да биде со народот, да му помогне и да го води, отука тој зазел правилна позиција и решил да учествува во војната за протерување на Османлиите од Балканот, иако имал јасно сознание дека: Тие што ќе дојдат да не ослободат, всушност ќе заробат . Истакнатиот биограф М. Николов забележал дека Јане бил измачуван во својата интима од неизбежноста на учеството во војната и дека размислувал:
Во оваа смисла се искажал и рускиот публицист Василиј Василевич Водовозов, кој говорејќи за неговото учество во Балканската војна, вели: Во 1912 стана она од кое тој (Јане б.н) најмногу се плашеше! Милите пријатели, Бугарите, Србите, Црногорците и Грците, склучија договор за поделба на македонија и се зафатија неа да ја ослободуваа... Што можеше да стори тој? - Сандански, и сега, како и порано, беше убеден дека само целосна и автономна Македонија може без пречки да се развива, но мораше да согледа дека оставарувањето на овој план се покажува невозможно. Му преостануваше од неколкуте зла да го избере најмилото и тој се задржа на Бугарија, која како што изгледаше тогаш, имаше шанси да ја добие цела Македонија, и следствено на тоа, во крајна линија, да ја зачува нејзината целост и единство. В. Водовозов, Јане сандански, предава М. Пандевски под наслов Првата биографија на Јане Санданскиод В. В. Водовозов, сп. Историја, Скопје, бр. 2, 1970, 224. Овие зборови на Водовозов сосема јасно го објаснуваат искажувањето на Јане Сандански за италијанскиот весник Секуло во Тирана, по поделбата на Македонија во 1913 година: Македонските револуционери, кои по долга и жестока борба со турската тиранија доживеаја да го видат својот копнеж-извојување слобода на Татковината, не можат да допуштат таа да попадне под српско и грчко владение. Тие нема да се повлечат и пред најстрашните терористички средства,за да го реализираат најдлабок копнеж - слободна бугарска Македонија , „Идеята за автономия като тактика в програмите на националноосвободителното движение в Македония и Одринско, 1893 -1941“ проф. Димитър Гоцев, Изд. на БАН, София, 1983.. Водовозов заклучил дека Јане ја поткрепувал бугарската армија поради надежта дека Бугарија ќе ја освои цела Македонија, со што би се избегнала нејзината поделба, не откажувајќи се од принципот Македонија на Македонците и не губејќи надеж дека иднината ќе му даде можност да го оствари овој принцип .
Учество во Балканските војни Подготовки мини|лево|230п|Тодор Александров thumb|десно|400px|Доброволци од Македонско-одринското ополчение Македонските доброволци во Првата балканска војна биле организирани во Македонско-одринските доброволни чети и други разни воени формации, дале видлив придонес во напорите за протерување на Османлиското Царство од Балканот. Сите овие макеоднски формции од страна на органот на Македонската колонија во Санкт Петербург - Македонски глас ги именувал како македонска војска и ги третирал како петти сојузник во војната на балканските држави против Империјата .
Македонските доброволци во војната против Османлиите биле организирани во бројни чети на ВМРО, затечени во почетокот на војната на територијата на Македонија или биле создадени надвор од неа, а во почетокот на војната биле префрлени во Македонија. Покрај чети на ВМРО биле организирани и Македонско-одринските доброволни чети во Бугарија. Сите овие вооружени формации биле под команда на врховните воени команди на сојузничките војски на Бугарија, Србија и Грција. За разлика од овие доброволечки единици, еден дел од македонското револуционерно движење, односно т.н Серска група на чело со Јане Сандански, самостојно учествувале во Првата балканска војна против Империјата , не потчинувајќи му се на раководството на Тодор Александров, водачот на ВМРО . Јане и неговите приврзаници во војната против Османлиското Царство настапиле самостојно и отворено го изразиле своето стојалиште за ослободување и создавање на независна Македонија .
Во јуни 1912 година во Солун било одржано советување во кое учествувале Јане, Александар Бујнов, Тодор Паница, Таската Серски и други раководители од Серскиот Округ. Советувањето имало за цел да го определи ставот и односот на Серчани кон војната. На собирот било одлучено тие да земат активно учество во идните воени дејствија и со таа цел заминале во источна Македонија, за да се подготват за престојната војна. Јане и неговите соработници со септември 1912 година спровеле низа мерки и подготовки меѓу населението во Пиринска Македонија. Во првата половина на септември, Јане организирал второ советување. На оваа средба било одлучено Серчани да минат во илегала, како и да се активираат во определени реони и со определени локални војводи да ги подготвуваат другите припадници на идниот одред на Јане Сандански . По заминувањето на реонските раководители, Јане останал во Мелник кој бил определен како центар за водење на акцијата во целиот Серски Округ. Заедно со Ѓорѓи Казепов - околиски војвода во Мелничко Б. Цветков, Во името на Бугарија, Пиринско дело, Благоевград, 1970, 5, Јане вложил напори за што подобра подготовка за престојните борби со Османлиите во Мелничкиот реон. Мелничките доброволци предводени од Јане и Казепов требало да го блокираат реонот на средна Струма и да го исчистат од османлиските сили. Слични задачи добиле и другите реонки раководители со локалните војводи и доброволци во другите реони на Серскиот Округ. Почетокот на Првата балканска војна, Серчани ја дочекале со добро организирани чети, способни за разни видови на воени дејствија. Особено добро бил организиран Мелничкиот реон под водството на Јане Сандански .
По советувањето во Малник, во средината на септември 1912 година, сите селски и реонски раководители добиле од Сандански точни писмени и усни упатства за бројот на доброволците што секое село требало да го даде. Мобилизацијата била задолжителна не само за способните да носат и да се борат со оружје, туку и за сите слови на македонското, влашкото и грчкото население, особено во Мелник, каде што Јане ги имал симпатиите Грците. Манолис Кордополос, грчки трговец, бил идеен сомисленик на Јане Сандански . Организирањето на населението во Серскиот Округ се одвивало во специфични услови, имено во истиот момент се уфрлувале макеоднски чети од Бугарија, кои биле организирани и раководени од Тодор Александров, Александар Протогеров и други. Во текот на префрлањето и покривањето на Македонија со чети, штабот на Тодор Александров во соработка со струмичкиот окружен раководител Христо Чернопеев и војводите Занков, Чаков, Чавдаров и други, се обидел да ја земе инцијативата во свои раце и во Серскиот Округ, каде што Јане Сандански веќе самоиницијативно веќе ги подготвувал своите чети и населението за неизбежната војна . Каков бил односот и тактиката на Јане Сандански кон иницијативата на ВМРО на Александров го дознаваме од едно писмо на Јане од 1 октомври 1912 година, упатено како одговор на писмото на мелничкиот околиски војвода Ѓорѓи Казепов. Според пишувањето на Јане, може да се заклучи дека штабот на Тодор Александров од Софија, преку Христо Чернопеев и Казепов се обидел да контактира со Јане, и по можност да го стави под своја копанда, или пак во најмала рака да ја обезбеди неговата соработка . Јане Сандански на Казепов му пишал: