Holmens kirke ligger ved Holmens Kanal vis-à-vis Christiansborg slott i København. Kirken er sognekirke for både Bremerholmen/Gammelholmen, Slotsholmen og for sjøfolk, herunder Søværnet. Den er også hovedkirken i Holmens prosti.
Bygningen var opprinnelig en ankersmie fra 1563 bygget av Peter de Dunker på oppdrag av Frederik II. Den ble bygget om til kirke i 1619 under Christian IV. Det var blitt reist flere boliger for sjøfolk i området – de såkalte Skipperboderne – og man hadde behov for en kirke til.
I 1641 ble kirken utvidet til den korskirken man ser i dag. Det ble da fjernet et «tårn» fra kirkebygningen. Dette tårnet var reist ved sydvestgavlen for å skjule den for utsikten fra slottet.
Holmens kirke har vært spart for Københavns store branner og store deler av interiøret er det originale fra 1600-tallet; blant annet altertavlen og prekestolen som begge er treskjærerarbeider utført i 1661 av Abel Schrøder d.y. samt orgelfasaden fra 1738 som er Lambert Daniel Kastens verk.
I 1705 ble det føyet til et stort gravkapell til kirken. Kirken har fortsatt mange bevarte gravminner i form av epitafier, sarkofager, gravstener og kisteplater. De mest kjente er Niels Juel, Tordenskiold og C.F. Hansen.
Bakgrunn thumb|left|Bremerholm på et kart fra 1728. Øverst i bildet ligger Nyhavn, til venstre er Kongens Nytorv og i bunnen Børsen. Den røde bygningen nord for Børsen som har form som et kors, er Holmens kirkeI middelalderen lå det en annen øy nord for Slotsholmen i København som ble kalt Bremerholm, i dagligtale bare Holmen.Bremerholm fra Jens Fleischer: Kulturhistorisk opslagsbog På 1500-tallet ble det indre seilløpet fylt igjen slik at området teknisk sett ikke lenger var en øy. En kanal - Holmens Kanal - gikk fra Slotsholmskanalen omtrent fra den nåværende Børsbroen opp til der Det Kongelige Teater ligger nå. Sammen med Nyhavn ga den den ytre delen av området karakter av en halvøy. På denne halvøya anla Christian III et orlogsverft som ble synonymt med navnet Holmen.
Da orlogsverftet flyttet til Nyholm på Christianshavn, flyttet navnet Holmen med og Bremerholm ble deretter kalt Gammelholm, et navn som har gått litt ut av bruk. Holmens Kanal ble fylt opp på 1860–tallet, men navnet lever videre som gatenavn akkurat som Bremerholm gjør.
I årene 1562–63 bygget Frederik II en ankersmie til Holmen, som ble plassert på den andre siden av Holmens Kanal ned mot Slotsholmskanalen. Bygningen fikk en atypisk utformning ettersom det ble tatt hensyn til utsikten fra slottet på Slotsholmen. Den egentlige smien ble skjult bak en høyere utbygning kalt «tårnet». «Tårnet» fikk en gavl i italiensk stil mot slottet, utformet av kongens byggmester Peter de Dunker. Tårnet huset dels Holmens smedmester, dels Mønten (til 1593). I 1617 ble det bygget en ny og større smie et annet sted på Holmen og den gamle ble benyttet som tollbod og navigasjonsskole. Kirkens historie-begynnelsen fra Holmens Kirke
Den første kirken I 1617 hadde Christian IV bygget boliger til orlogsflåtens folk i området mellom Sankt Nikolaj kirke og Holmen, de såkalte Skipperboderne. Befolkningstilveksten i området gjorde det nødvendig med en ny kirke og Christian IV fikk iverksatt at ankersmien ble innredet til kirke.
Ankersmien ble bygget om til kirke uten at det i første omgang medførte endringer i bygningens grunnplan. Kirken ble innviet av biskop Hans Poulsen Resen 5. september 1619.
Bygningen hadde en viss likhet med en landsbykirke med det høyere tårnet som «kirketårn» i den ene enden, men tårnet var ikke en del av kirken og klokkene var plassert i en takrytter på den motsatte siden.
Hvordan den første kirken var innredet er man usikker på. Altertavlen må antakelig ha vært plassert ved veggen inn mot tårnet da det ikke var andre muligheter. Det var en dør i den motsatte enden og en dør ut mot Skipperboderne (dengang Størestræde, nå Holmens Kanal), som kaltes den store kirkedør.
Korskirken thumb|Plan over korskirken. Den opprinnelige tårngavlen blir kalt Vestgavlen selv om den vender nærmest mot sydvest. De andre gavlene blir følgelig kalt Nordgavlen, Østgavlen og Sydgavlen. Kirkens fire armer har også egne navn; Korgangen, Kaptajnsgangen, Skippergangen og Urtegårdsgangen thumb|left|Slotsholmen i 1674 med Københavns slott i midten og Christian IVs børs og krigshavn øverst til høyre i bildet. Litt opp til venstre for slottet sees Holmens kirke ved Holmens Kanal.Utsnitt fra Peder Hansen Resens kart over København fra 1674.Fra Det Kongelige Bibliotek Kirken ble snart for liten og allerede i 1640 ble det besluttet å bygge den ut til en korskirke.Christian IV fra Holmens Kirke Tårnet ble inndratt til kor og resten av bygningen ble bygget opp i samme høyde. De to nye tverrgående armene ble litt kortere enn de langsgående. Leonhard Blasius var byggmester for kirken.
Den opprinnelige tårngavlen blir kalt Vestgavlen selv om den vender nærmest mot sydvest. De andre gavlene blir følgelig kalt Nordgavlen, Østgavlen og Sydgavlen (se planskissen). Kirkens fire armer har også egne navn; Korgangen, Kaptajnsgangen, Skippergangen og Urtegårdsgangen. De tre nye gavlene ble utformet i samme stil som vestgavlen mot slottet, men ikke helt like.
Veggene er av teglsten på et høyt fundament av granittblokker. De nye korsarmene ble bygget i gul mursten, som er mindre enn tårnets munkesten. For å få et ensartet utseende på bygningen, ble muren malt med kalkfarve i gule og røde vannrette striper, og etterpå ble det malt hvite «mørtelstriper» for å få det til å likne mursten. At de vannrette gule og røde stripene tilsvarer oldenborgernes våpen er neppe en tilfeldighet.
Det var innganger i hver av de tre nye gavlene, men dén i nordgavlen var hovedinngangen. Portalen fra 'den store kirkedør' i den første kirken ble flyttet ut i gavlen og forsynt med et større toppstykke. Det opprinnelige utseende av toppstykket er ikke helt klart, da kildene divergerer, men det var større, enn det er i dag.
I de nye korsarmene ble det montert tre vinduer i gavlen og i hver sidemur, med ensartet avstand. Korarmen avviker fra dette mønsteret, antakelig fordi vindusåpningene fra tårnet er bevart. Vinduene var 10 alen høye og 2 alen brede (ca. 6,3 m x 1,25 m), rundbuede og med jernsprosser. Karmene var uten sandstenspynt. I gavlene er det visse avvik fra skjemaet, bl.a. betinget av portalene. I de nye gavlene er det ytterligere tre mindre vinduer i gavltrekanten, med samme bredde og plassert i samme rytme som hovedvinduene.
Taket var opprinnelig skifertekket og midt over korsskjæringen ble det montert et klokkespir i to etasjer med klokkene i den nederste. Dette spiret har gitt anledning til en del problemer i tidens løp ettersom takets trekonstruksjon ikke var sterk nok til å bære vekten. I 1698 og igjen i 1793 ble konstruksjonen forsterket, men først i 1930, da det fikk en jernkonstruksjon, ble sammensynkingen stoppet. Spiret sitter derfor i dag 60 cm lavere enn da det ble bygget.
Senere endringer De store bybrannene i 1728 og 1795 gikk utenom Holmens kirke og bombardementene i henholdsvis 1658 og 1807 tilføyde bygningen minimale skader slik at kirkens grunnleggende form er den samme i dag som da den ble bygget.
I Laurids de Thurahs Den Danske Vitruvius fra 1746 kan man på en tegning av kirkens grunnplan se tre utvendige trappetårn. Ett ved nordsiden av koret, ett i hjørnet mellom Urtegårdsgangen og Skippergangen og ett i hjørnet mellom Kaptajnsgangen og Skippergangen. Det førstnevnte kan fremdeles sees i den formen det fikk ved ombyggingen i 1872. Det antas å stamme fra korskirkens start og har til å begynne med vært kongens private adgang til kongestolen. thumb|Holmens kirke i 1748 sett tvers over kanalen fra kaien ved Børsen. Av Ludvig Both kopi etter Johannes Rach og Hans Heinrich EegbergFra Det Kongelige Bibliotek thumb|Holmens kirke med Holmensbro sett ved Stranden. Ao. 1749 / fec. I. Rach. - kopi etter Johannes Rach og Hans Heinrich EegbergFra Det Kongelige Bibliotek Under Frederik III ble kongestolen flyttet til hjørnet mellom Urtegårdsgangen og Skippergangen og trappetårnet her må deretter ha fungert som kongens private inngang. Det ble revet i 1834.
Da korurtegården ble anlagt i 1660 ble det reist et kapell med to gravkrypter langs korets nordside ut mot kanalen. Kapellet ble også benyttet som sakristi. Bygningen ble fjernet i 1872. I 1660-årene ble det laget et tilbygg utenpå sydportalen som ble kalt det nye kapel. Dette hadde også to gravkrypter, men dette fungerte sannsynligvis primært som vindfang og trappetårn til pulpiturene i Urtegårdsgangen. Bygningen sto frem til 1834.
I 1688 begynte arbeidet med å skifte ut skifertaket med kobber og dette arbeidet ble ferdigstilt i 1701.
I 1697 ble det bygget et kapell til Niels Juel i hjørnet mellom Korgangen og Urtegårdsgangen. Det var tegnet av Ernst Brandenburger. Etter at Juels store gravmæle ble stilt opp i 1709-10 i det store kapellet fra 1705, ble bygningen fjernet.
Det ble foretatt reparasjoner av både fundamentet og taket i 1747 og årene før. Innvendig ble det laget nye pulpiturtrapper og det ble gjort forandringer med stolene.
For å få mer lys inn i kirken ble de øverste vinduene i nord- og sydgavlen forlenget ned gjennom gesimsen i 1756. De ble tilbakeført til sin opprinnelig størrelse i 1872.
I 1763 var det meste av den originale røde og gule kalkfarven vasket av og alle murene inklusiv kapell og gjerdemur ble malt over med perlegrå oljefarve. Dette utseendet sto kirken med til 1872.
I 1770 ble det bygget et nytt sakristi på det stedet hvor Niels Juels gravkapell tidligere sto. Allerede i 1789 var treverket råtnet og bygningen ble revet ned igjen.
Etter bombardementet i 1807 ble det foretatt reparasjoner på tårnur og tak og i 1828-1829 ble det gjort en større reparasjon av kirkens ytre, men det foreligger ingen detaljer om disse arbeidene. Til gjengjeld er hovedreparasjonen i 1834-36 veldokumentert.
Som tidligere nevnt ble trappetårnet i hjørnet mellom Skipper- og Urtegårdsgang fjernet og erstattet av en dør som ga adgang til de nederste herskapsstolene. «Det nye kapel» ble også revet og erstattet av et vindfang med trapper til pulpiturerne i vestsiden. De fire vinduene i korets nordside samt et i Urtegårdsgangens vestside ble gjort mindre ved å heve rennen. Taket som var sunket ned på midten under vekten av spiret, ble hevet. Det medførte endringer både ved gesimsen under takkanten og ved gavltrekantenes volutter. Samtidig ble kobbertekkingen erstattet av sortglassert tegl.
I 1860-årene foretok man en omlegging av gatene rundt kirken og dette medførte endringer i kirkegårdens avgrensning og adgangsforholdene til kirken. Som følge av dette gjennomgikk kirken en større ombygging i 1871-72 under arkitekt Ludvig Fenger. Den gamle kirkegårdsmuren ble fjernet og det ble satt et støpejernsgitter rundt kirken og kirkegården, unntatt korurtegården. I korurtegården ble det bygget en ny større skriftestol langs Slotsholmskanalen forbundet til koret av en mindre bygning med presteværelser m.m. Bygningene ble utført i samme stil som det store kapellet. Korurtegårdens avgrensing mot den nåværende Holmens Kanal ble lukket med en ny mur med hoved- og sideportaler fra den gamle muren. Det ble også bygget et nytt trappetårn i korurtegården.
Murene på både kirke og kapell ble renset for tidligere overflatebehandlinger og kapellet kom til å fremstå i sine opprinnelige farver med rød blankmur og grå pilastre. Selve kirken med dens uensartede murer ble pusset rød med malte hvite furer.