Korstogenes hensikt var å befri Det hellige land fra muslimsk okkupasjon. Korsfarerne befant seg dermed i kamp mot muslimske hærførere. Denne artikkelen oppsummerer hvordan de muslimske lederne forholdt seg til korstogene.
De muslimske statsdannelsene viste stor politisk ustabilitet i motsetning til korsfarerstatene som i flere tilfeller varte i århundrer uten skifte i maktstruktur og med et sammenhengende dynasti. To årsaker peker seg ut; Når en hersker døde var det som oftest kamp blant etterkommerne om arven for det første. Når en hærfører gikk på gjentatte nederlag mot inntrengerne vil soldatene anse at han ikke lenger hadde Allahs velsignelse og forlate ham eller utlevere ham til en mektigere emir. De to unntakene til regelen var Rum-sultanatet som, bortsett fra det første sjokkartede møtet mellom korsfarere og muslimer, holdt en avstand til konfliktene, samt Mamelukk-sultanatet som organiserte seg i en form spesielt egnet for å motstå skifte av sultan.
De muslimske statsdannelsene var generelt splittet og rivaliserende. Intern splid hindret dem fra å alliere seg mot korsfarerne, noe som igjen sikret korstogenes relative suksess. I noen tilfeller inngikk til og med muslimske fyrstedømmer allianse med normannerne mot sine muslimske naboer.
Anatolia Denne første kontakten mellom korsfarere og den islamske verden skjedde i Anatolia. Under det første korstoget var Anatolia dominert av to dynastier, seldsjukkene og danishmendene.
Det seldsjukkiske sultanatet Rum
Seldsjukkene er tyrkere som hadde forlatt Turkestan ved slutten av 10. århundre av mangel på beiteland for opphold av en voksende befolkning. De slo seg ned i Iran, underlagt Ghaznavide-sultanene som da kontrollerte kalifatet i Bagdad.
Da Ghaznavidene var opptatt med erobringen av India i 1038, benyttet seldsjukken Toghrül anledningen til opprør. Han slo ghaznavide-sultanen Ma’sûd i slaget ved Dandanakan 1040 og tok selv sultan-tittelen. I 1050 fullførte han erobringen av Iran og i 1055 behersket han kalifatet. Da borgerkriger rystet Østromerriket mellom 1057 og 1081 invaderte seldsjukkene Armenia og tok kontrol over byer og festninger under ledelse av Alp Arslan, andre sultan og nevø av Tughrül Beg. Keiseren Romanos IV Diogenes prøvde å ta tilbake Armenia, men ble slått i slaget ved Manzikert 19. august 1071.
De forskjellene pretendentene til keisertronen benyttet seg av tyrkiske hjelpestyrker, og ga dem rett til å slå seg ned i Anatolia. Slik fikk en ung seldjsukk Suleyman bin Kutalmish seg tildelt land og grunnla Rum-sultanatet i 1073. I 1081 erobret han Nikea, noen få mil fra Bysants, dit han flyttet hovedstaden sin. I 1086 gikk Suleyman til krig mot sin fetter Tutuch som kontrollerte Syria, og ble drept. Denne krigene skapte et varig hat mellom de nære slektene, og selv korstogene kunne ikke lege denne konflikten.
Rum-sultanatet møtte korsfarerne første framstøt, og måtte vike. Nikea ble inntatt slik at sultanen måtte flytte hovedsete til Konya (eller Iconium). Kilij Arslan I prøvde deretter å knekke korsfarerne ved overrumling i slaget ved Dorylaion, men ble slått. Så prøvde han brent jords taktikk, men uten å kunne stoppe korstoget. Flere hjelpekorstog forsøkte å krysse Anatolia i 1100 og i 1101 og ble massakrert av Kilij Arslan. Keiser Alexios I Komnenos benyttet seg av korsfarernes framgang, og tok tilbake den vestlige delen av Rum-sultanatet, men sultanatet fortsatte å være et hinder for korsfarerne. Det andre korstoget, ledet av Konrad III av Det tysk-romerske rike ble grundig slått i slaget ved Dorylaeum 1147, mens det tredje korstoget, ledet av Fredrik Barbarossa tok Konya etter beleiring 20. mai 1190. De neste korstogene foretrakk å reise sjøveien til Det hellige land framfor landeveien gjennom Anatolia. Rum-sultanatet ble latt i fred og varte helt til 1307.
Danishmendene
Dette emiratet ble også dannet av tyrkere som hadde fulgt seldsjukkenes ekspansjon. Kanskje hadde de bidratt til borgerkrigen som raste i Østromerriket mellom 1057 og 1081 og fått tildelt land i det østlige Anatolia av en av tronpretendentene. En annen mulighet er at de fikk land mellom 1086 og 1092, da Rum-sultanatet befant seg uten ledelse etter Suleyman bin Kutalmish' død. De samtidige kildene nevner danishmendene første gang i 1095. De var da den viktigste rivalen til Rum-sultanatet. Da seldsjukk-sultanene Kilij Arslan kom for sent til å redde Nikea fra korsfarerne i 1097, var det fordi han lå i forhandlinger med Danishmend Gazi om byen Malatya. De sluttet fred og kjempet sammen i slaget ved Dorylaion 1097, og deretter i kampen mot hjelpekorstogene 1100, men alliansen ble brutt kort etter. I fortsettelsen var de fjernt fra begivenhetene, var sjelden i kamp med korsfarerne (unntatt med fyrstedømmet Antiokia), men angrep seldsjukkene slik at Alexios Komnenos kunne sikre seg deler av Rum-sultanatet og slik at armenerne kunne slå seg ned i Kilikia. Deres viktigste mål forble Malatya, holdt av Gabriel av Malatya og vasall av Grevskapet Edessa. I 1100 fanget de Bohemond av Tarento, fyrste av Antiokia, som var kommet det beleirede Malatya til unnsetning. De gjeninntok byen i 1103. Danishmenidenes emirat varte til 1168, da de ble beseiret av seldsjukkene.
Egypt Egypterne var korsfarerstatenes nærmeste naboer mot syd, og holdt Jerusalem før korsfarerne inntok byen i 1099. Tre statsdannelser fulgte hverandre i Egypt gjennom de to århundrene korstogene varte: Fatimidene til 1170, Ajjubide-dynastiet fra 1170 til 1250, Mamelukkene fra 1250.
Fatimide-kalifatet
Fatimidene var seldsjukkenes motsetning. Seldsjukkene støttet og beskyttet kalifen i Bagdad, av sunni-tradisjonen og Profetens etterfølger, mens fadimidene av sjia-tradisjon erobret Nord-Afrika fra abbasidene og fikk seg deretter erklært kalifer i opposisjon til abbasidene religiøse hegemoni. I 10. århundre kontrollerte de Syrias middelhavskyst, men seldsjukkene tok det fra dem i løpet av 11. århundre. Senere lå de i strid om Syria. I 1098 benyttet fatimidene seg av at seldsjukkene bekjempet korsfarerne og beleiret Antiokia, til å gjenerobre det vestlige Syria inkludert Jerusalem. De sendte til og med tilbud til korsfarerne om allianse for å gjenerobre Antiokia, men korsfarerne nektet. Korsfarernes mål var Jerusalem, og den byen ville ikke fatimidene oppgi. I tiåret som fulgte nederlaget i 1099 forsøkte egypterne flere ganger å invadere Kongeriket Jerusalem uten å lykkes. Deretter henfalt fatimide-kalifatet til dekadanse, og vesirene gjorde opprør for å ta makten.
Fra 1160 intervenerte både Nur ad-Dins styrker og Kongedømmet Jerusalem i Egypt, til støtte for ulike pretendenter til vesiratet. Normannerne hadde først framgang og kunne underlegge seg Egypt som protektorat, men tapte deretter for et opprør som satte Shirkuh, en av Nur ad-Dins generaler, til vesir. Saladin, hans nevø og etterfølger, avskaffet kalifatet og erklærte seg uavhengig av Nur ad-Din, som døde kort tid etter.
Ajjubide-dynastiet
Maktkampene i fatimide-kalifatet hadde frembragt en intervensjon ved Shirkuh, i tjeneste for Nur ad-Din og normannerne, og gitt ham seieren. Shirkuh døde kort tid etter, og etterlot makten til sin nevø Saladin. Saladin markerte avstand til Nur ad-Din og erklærte seg sultan. Nur ad-Dins død forhindret væpnet konfrontasjon, og Saladin tok på seg oppgaven å forene muslimene. Hans største triumf var slaget ved Hattin og gjenerobringen av Jerusalem i 1187, men etter hans død sloss sønnen hans om arvefølgene. Saladins bror Al-Adel tok makten i Egypt 1198 og fjernet de øvrige arvingene. Ajjubidene holdt Egypt fram til 1250. De hadde en velvillig innstilling til normannerne utenom selve korstogene. I 1250 ble sultanen Turanshah avsatt og kvalt av sin egen mamelukk-garde.
Mamelukk-staten
Det mamelukkiske soldat-fellesskapet myrdet den siste Ajjubide-sultanen. Makten over Egypt benyttet de til å gjenerobre Midtøsten fra normannerne. Den største motstanden møtte de i den mongolske invasjonen fra 1260, men også denne slo de tilbake. I 1291 tok de Akko, korsfarernes siste befestning, og forente Midtøsten under sitt overherredømme.
Syria thumb|right|Syria 1146. Østromerriket fiolett, korsfarerstatene rosa, zengidenes område grønt Aleppo Byen Aleppo var først underlagt Rum-sultanatet, og ble i 1086 erobret av Tutuş, emiren av Damaskus, som deretter erklærte seg seldsjukksik sultan av Syria. Da han døde ble emiratene Damaskus og Aleppo delt mellom to sønner som hatet hverandre. Rivaliseringen mellom de to emiratene varte lenge etter at Tutuş' etterkommere var borte. Alliert med Mosul var emiratet underlagt zengide-dynastiet, ble deretter et maktsenter for Nur ad-Din, før det kom under Saladins kontroll. Etter Saladins død ble Aleppo igjen et selvstendig emirat, noen ganger undelagt Egypt, men til slutt knust av den mongolske invasjonen i 1260.
Antiokia I 1085 var Antiokias guvernør Philaretos Brakhamios, av armensk opprinnelse. Formelt tilhørte byen Østromerriket, men han opptrådte som en uavhengig prins. Byen ble erobret i 1085 av Rum-sultanen Süleyman, men han ble igjen drept året etter av den syriske seldsjukken Tutush, og byen Antiokia ble forlenet fra seldsjukk-sulatnen Malik Shah til en offiser, Yâghî Siyân. Etter Malik Shahs død, manøvrerte Yâghî Siyân slik at han var på vennskapelig fot med Tutush, deretter med sønnen hans, Ridwan av Aleppo. Yâghî Siyân var den første av de syriske emirene som møtte korsfarernes framrykning.
Damaskus Damaskus var forlenet i 1078 fra seldsjukk-sultanen Malik Shah til hans bror Tutuş. Tutuş erobret deretter Aleppo og erklærte seg seldsjukkisk sultan over Syria. Ved hans død ble emiratene hans delt mellom to sønner som hatet hverandre. Rivaliseringen mellom de to emiratene varte lenge etter at Tutuş' etterkommere var borte. Damaskus var lenge alliert med kongedømmet Jerusalem mot zengide-dynastiet, men oppførselen til korsfarerne i det andre korstoget som beleiret Damaskus, snudde holdningen. Byen vendte seg da til Nur ad-Din, og gikk deretter under Saladins kontroll da Nur ad-Din var borte. Etter Saladins død ble Damaskus et eget emirat, av og til underlagt Egypt, men til slutt knust av mongolene i 1260.
Homs Homs var et mindre emirat, en vasallstat av emiratet Aleppo. Emirene av Homs var i begynnelsen av 12. århundre innbitte motstandere av normannerne. Under trusselen av Zengis erobringer underla emiren av Homs seg emiratet Damaskus i 1129. Han døde kort tid etter, og hans mindreårige sønner avsto Homs til Damaskus i bytte mot Palmyra. Mamelukken Mu’în al-Dîn Unur overtok byen og forsvarte den angrep fra Østromerriket, fra prinsene av Antiokia og fra Zengi. Gjennom diplomati ga Zengi opp kravet på byen. Homs fulgte deretter Aleppos skjebne, helt til Saladin sendte en nevø for å innta byen. Denne nevøen førte byen videre til sine etterkommere, fram til mongolenes erobring i 1260. Siden ble Homs integrert i mamelukk-riket.
Jerusalem Gjennom 11. århundre var Jerusalem en del av fatimide-kalifatet. En av seldsjukk-sultanen Alp Arslans generaler erobret byen i 1071. Byen ble deretter overlatt til Artukidene. Fatimidene benyttet seg av seldsjukkenes kamp om Antiokia til å overta Jerusalem, men bare for en kortere periode, da korsfarerne tok byen 15. juli 1099.
Mosul