UEFA-cupen 1999/2000 ble vunnet av den tyrkiske klubben Galatasaray SK på straffesparkkonkurranse etter 0–0 i finalekampen over den engelske klubben Arsenal FC. Dette var UEFA-cupens 29 sesong, og den første sesongen med kun én finalekamp på nøytral bane samt nok en større omskiftning av kampformatet. Dette var den første sesongen hvor lag kom inn fra både UEFA Intertoto Cup og Mesterligaen. I første runde kom det inn tre vinnende lag fra Intertotocupen samt 16 utslåtte lag fra kvalifiseringen i Mesterligaen. I tredje runde kom det inn åtte lag med tredjeplass fra gruppespillet i Mesterligaen, og finalemotstanderne Galatasaray og Arsenal var blant disse siste.
Turneringens toppscorertittel ble delt mellom Hakan Sükür fra Galatasaray og Darko Kovacevic fra Juventus med ti mål hver.
Kvalifiseringsrunde
SK Sigma Olomouc og Olimpija Ljubljana videre på bortemålsregelen. Kilmarnock FC videre etter ekstraomganger i kamp to.
Første runde
Helsingborgs IF videre på straffesparkkonkurranse. Hapoel Haifa FC videre på bortemålsregelen.
Andre runde
AEK Athen, Panathinaikos og Werder Bremen videre på bortemålsregelen. SL Benfica videre på straffesparkkonkurranse.
Tredje runde
Borussia Dortmund videre på straffesparkkonkurranse. Leeds United og Udinese videre på bortemålsregelen. Parma videre etter ekstraomganger i kamp to.
Fjerde runde
Slavia Praha videre på bortemålsregelen.
Kvartfinaler
Semifinaler
Finale
Eksterne lenker
1999/00 Kategori:Fotball i 1999 Kategori:Fotball i 2000