thumb|Mastekranen er et av de mest karakteristiske byggverkene på Holmen. Den er tegnet av Philip de Lange og oppført i perioden 1748–1751. Også Planbygningen ved siden av er av de Lange og oppført i 1764. Marinestasjon København (tidligere Marinestasjon Holmen) var fra om lag 1690 til 1990 hovedbase for den danske orlogsflåten, beliggende på det som vanligvis betegnes som Holmen i København. Her hadde flåten alle de viktigste anleggene sine; beddinger, dokker, arsenal og andre lagerbygninger. Området hadde mastekran og egen hovedvakt og ved Flådens Leje, Flåtens red, lå orlogsflåten ankret opp. Det ble bygget skip på Holmen helt frem til 1972 og anlegget var i sin tid Danmarks største arbeidsplass.Om Holmens verft hos Orlogsmuseet Kulturarvsstyrelsen har utpekt Holmen som nasjonalt industriminne.Holmen, København – Kulturarvsstyrelsen
Holmen har opp gjennom årene gått under flere forskjellige navn. Det har blitt kalt Nyholm, selv om dette bare er navnet på én av øyene. Andre navn det har gått under er Orlogsværftet, Flådens Leje og Flådestationen eller Flådestation København. Området har aldri hett Flådestation Holmen, selv om denne betegnelsen har blitt benyttet utenfor Søværnet (marinen).
Fra begynnelsen av 1990–tallet flyttet de fleste av Søværnets institusjoner fra Holmen. Området er åpnet for offentligheten med boligbygging og forskjellige offentlige institusjoner. På Holmen finnes blant annet Kunstakademiets Arkitektskole, Statens Teaterskole, Den Danske Filmskole, Rytmisk Musikkonservatorium og Operaen.
Historie thumb|left|Scene fra Flådens Leje ved Nyholm. Ved Bradbænken under Mastekranen kjølhales et 50-kanoners-skip. Fra en pram er arbeidere fra Holmen i ferd med å foreta reparasjoner under skipets vannlinje, helt ned til kjølen. I bakgrunnen er andre skip med samme antall kanoner, muligens er det orlogsskipene «Fyen» og «Neldebladet»; begge ble sjøsatt i 1746. Tegning av Clemens Mogensen (Clemensen Rønneby) fra 1750-tallet. thumb|Kart over Holmen i dag Erik Menved (1274–1319) var den første kongen som etablerte flåtehavn i København. Under Valdemar Atterdag (1320–1375) ble flåten flyttet til Vordingborg, men Erik av Pommern (1382–1459) flyttet den tilbake til København. Senere opprettet kong Hans (1455–1513) et verft for flåtens skip i byen og kong Hans betraktes i dag som flåtens egentlige grunnlegger.Flådens fødsel hos Flåden 500 år 1510-2010En flådes fødsel, dens første virke og 200 års svenskekrige Det første skipet man vet han fikk bygget på Bremerholm var «Maria», som ble ferdigstilt i 1514, året etter kongens død. Skipet var på ca. 600–800 tonn.
Christian IV (1577–1648) anla en «krigshavn» på Slotsholmen, men havnebassenget er for lengst fylt opp og utgjør nå tomten til Det Kongelige Bibliotek. Et spor av anlegget er de gamle fortøyningsringene. Bygningene rundt havnen var opprinnelig forskjellige magasiner for flåten, blant annet tøyhus (depot), provianthus, galeihus m.m.
Etter hvert som antallet skip øket, ble Christian IVs krigshavn for liten og flåten flyttet til Bremerholm. Her vitner Holmens kirke fortsatt om flåtens tilknytning til området ettersom en del av kirken utgjøres av Bremerholms gamle ankersmie.Holmens kirke – historie
Under Christian VI ble det i 1739 etablert et dokkanlegg på Christianshavn, omtrent der Strandgade ligger. Dette anlegget eksisterte helt frem til 1871 da det ble overtatt av havnevesenet og dokken ble fylt igjen. Navnet Gammel Dok vitner om at en del av flåtens verft lå på stedet.
Nyholm Etter hvert som København vokste var det ikke hensiktsmessig å ha orlogsflåten liggende midt i byen. Skipene utgjorde en stor brannfare ettersom de var bygget av tre. Det var også kutyme at sjømennene om bord i skipene kastet avfallet sitt direkte i havnen, noe som hadde stor negativ innvirkning på helsetilstanden i byen.
thumb|left|«Dannebrog» fra 1850 var et av mange skip som ble bygget på Holmen. «Dannebrog» var Danmarks siste linjeskip og ble hugget opp i 1897–98
I 1680 begynte man derfor å flytte flåten utenfor byen. Ansvarlig for flytteplanene var admiral Niels Juel. Vest for en lav sandgrunne som ble kalt Refshalen begynte man å senke utrangerte skip ved å fylle dem med sten. Arbeidet ble utført av straffanger.Perioden 1687 til 1800 hos Flåden 500 år 1510-2010 Ut fra Christianshavn ble det i 1685 bygget ut et forsvarsanlegg bestående av en voll med syv bastioner. Bastionene eksisterer fremdeles og i Carls Bastion og Wilhems Bastion kan man se de opprinnelige kruttmagasinene, de er blant Holmenområdets eldste bygninger, hhv. fra 1688 og 1690. Den nordligste bastion var Charlotte Amalies Bastion og nord for denne ble det etablert to kanonbatterier, Batteriet Quintus og Batteriet Neptunus. Det siste navnet stammet fra det senkede skipet, som var grunnlaget for batteriet. Dette batteriet ble senere døpt om til Christiani Sixti Batteri, nå kjent som Batteriet Sixtus eller bare Sixtus.
Man fortsatte med å senke utrangerte orlogsskip i området og mellom skipene fylte man opp med mudder fra havnen samt avfall fra gatene i København. På denne måten oppsto den øya som fikk navnet Nyholm. Ved den nordlige enden av Nyholm senket man skipet «Elephanten», søsterskip til «Dronning Juliane Marie», i en 90 graders vinkel på øya. På denne måten ble det skapt en liten øy og samtidig laget beskyttelse for de skipene som lå for anker ved Nyholm. «Øya» Elefanten har i mange år vært landfast med Nyholm og oppfattes i dag som en molo, ikke som en øy. Det store vannarealet mellom Nyholm og Sjælland ble kalt Flådens Leje.
På Nyholm anla man beddinger til bygging av orlogsskip og det første skipet som ble sjøsatt derfra var «Dannebrog» i 1692. Skipet sprang forøvrig i luften den 4. oktober 1710 under kamp mot svenskene i slaget i Køge bukt. Etter hvert flyttet byggingen av alle store skip til Nyholm. På Gammelholm ble det bygget mindre skip, men flåten opprettholdt aktiviteter i området helt frem til midten av 1800-tallet.
Etter 1692 ble det bygget atskillige skip på Nyholm og her så man i 1750 for første gang en dansk konge, Frederik V, i sjøoffisersuniform i forbindelse med sjøsettingen av et nybygget skip. I 1807 ødela engelskmennene tre skip på beddingen på Nyholm, men selv om det var dårlige tider for flåten, ble det fortsatt bygget skip på beddingene. Det siste skipet løp av stabelen i 1918, hvoretter skipsbyggeriet og en rekke andre verksteder ble flyttet fra Nyholm til det sydligere beliggende Frederiksholm. Orlogsværftet ble skilt ut fra flåten og ble en sivil virksomhet med egen direktør.
Nyholm var opprinnelig noe mindre enn i dag. Den strakte seg omtrent fra den nåværende nordlige enden ved Sixtus til der Vestre Gamle Takkeladshus ligger i dag. Senere ble øya utvidet ned til Charlotte Amalies Bastion, den utstrekningen øya har i dag. Denne utvidelsen fant sted mellom 1780 og 1820.
Arsenaløen Holmens sydligste øy er Arsenaløen. På samme tid som man begynte å anlegge Nyholm ble det kjøpt en liten øy som var helt uten forbindelse med både Nyholm og Christianshavn. Øya het opprinnelig Motzmanns Plads og lå rett nord for Christianshavn. Senere ble den døpt om til Christiansholm. En ny øy ble skapt ved oppfylling øst for Christiansholm og på denne øya begynte man i 1742 å bygge et stort arsenal, som først ble ferdigstilt rundt 1770. Den nye øya fikk navnet Arsenaløen. Senere ble øya utvidet mot øst og rundt 1860 hadde den fått den størrelsen som Arsenaløen har nå.
thumb|left|150px|Kongeporten. Porten er restaurert, men ligger fremdeles gjemt bak Christiansholm. Kongeporten er skapt av Philip de Lange og Jacob Fortling i 1744.Fredningssak - bygningene på Holmen På Arsenaløen fantes opprinnelig hovedporten til Nyholm. Adgangen til området foregikk sjøveien. Å seile til Holmen var den eneste muligheten man hadde for å komme dit. En «ferge» seilte til Christiansholm og herfra gikk man over en bro til Arsenaløen. Her kom man så inn til Nyholm gjennom en portal som nå vender ut til en kanal mellom Arsenaløen og Christiansholm. Porten kaltes Kongeporten. Den sees ikke lenger av særlig mange mennesker. Dette skyldes ikke minst at Arsenaløen midt på 1800-tallet ble landfast med Christianshavn, slik at det ble etablert en ny hovedinngang til Holmen, den såkalte Værftsbrovagt. Dermed opphørte fergeturen til Christiansholm og Kongeporten ble ikke lenger benyttet.
Christiansholm er ikke lenger en del av Holmen. Øya brukes blant annet som papirlager av de danske dagsavisene.
Frederiksholm Rundt 1750 begynte man å fylle opp en muddergrunne syd for Nyholm. På denne måten ble det dannet to små øyer, Ballastøen og Ankerøen og en litt større lang og smal øy, som fikk navnet Langøen. Fra Nyholm ble det bygget bro til Ballastøen via Ankerøen til Langøen. I Langøens sydlige ende ble det bygget bro til Arsenaløen. Dette foregikk på siste halvdel av 1700-tallet og alle Holmens øyer var da blitt forbundet med hverandre.
Øst for Langøen fantes en grunne kalt Mudderøen og området mellom Langøen og Mudderøen samt selve Mudderøen ble fylt opp og slik oppsto Frederiksholm. Her var det meningen at det skulle bygges boliger for flåtens personale som erstatning for Nyboder, men planene ble aldri realisert. I stedet ble det ført opp skur til oppbevaring av skipenes master. Det ble også oppført en rekke andre bygninger på øya. Etter «kanonbåtkrigen» ble det oppført skur til oppbevaring av kanonbåtene. Da Nyholm som nevnt var blitt utvidet og var vokst sammen med Ballastøen og Ankerøen til det nåværende Nyholm, anla man en ny Ballastø og en ny Ankerø vest for Frederiksholm. Da man forlot Gammelholm på midten av 1800–tallet, ble de fleste aktivitetene herfra plassert på Frederiksholm og i 1918 etablerte man så Orlogsværftet her samt på Dokøen.
Dokøen Denne øya, som ble fylt opp vest for Langøen, kom til å inkludere såvel Ankerøen som Ballastøen. De to øyene hadde navn etter sitt formål; på Ballastøen kunne skipene laste og losse ballast og Ankerøen ble brukt til opplagring av skipenes ankre. På den nye øya bygget man i 1788 en bygning til oppbevaring av ankerstokker (Stokhuset), men huset ble revet ned allerede i 1925 da Orlogsværftet skulle ha plass til nye verksteder.
I 1858 anla man en stor tørrdokk som avløsning for dokken på Christianshavn på øya, som dermed fikk sitt nåværende navn, Dokøen (Dokk-øya). Øya har siden 1925 vært landfast med Frederiksholm, men beholdt sitt eget navn. Også denne øya var opprinnelig betydelig mindre enn den er i dag, men vokste i årene etter den ble anlagt ved ytterligere oppfylling mot syd, ned mot Christiansholm.
Batteriet Quintus På Batteriet Quintus, bak det nåværende Nyholm og skilt fra denne av Søminegraven, holdt Søværnets Minevæsen til. Her skjedde en stor katastrofe i 1951 da det brøt ut brann i et mineverksted og atskillige miner eksploderte. 2 personer fra marinen ble drept og 14 brannmenn fra Københavns Brandvæsen og Falcks Redningskorps mistet livet da minene eksploderte mens de var i gang med slukkingen. Over 60 mennesker ble såret i ulykken.Holmenkatastrofen – Dansk militærhistorie Etter ulykken flyttet man minedepotene vekk fra Holmen og til ubebygde områder rundt om i landet.
Margretheholm Utenfor vollgraven, bak Charlotte Amalies Bastion, ble det under første verdenskrig bygget en sjøflystasjon og her holdt Søværnets Flyvevæsen til frem til 1950, da tjenesten ble overført til det nyopprettede flyvåpenet. Inn på området flyttet deretter en rekke av marinens skoler. Navnet Margretheholm fikk området etter den daværende tronfølger, nåværende dronning Margrethe.
Holmens status i dag