miniatyr|Den tyske teologen Martin Luther (1483–1546) utløste reformasjonen i 1517. Reformasjonen var en religiøs omveltning fra katolisisme til protestantisme i deler av Europa på 1500-tallet, utløst av Martin Luther, som utferdiget 95 teser mot sider av avlatshandelen lørdag 31. oktober 1517. Luther understreket betydningen av den individuelle tro på Kristus i forhold til sakramentene som eneste vei til frelse. Han plasserte mennesket mer i direkte relasjon til Gud enn hva man gjorde i den katolske kirke. Reformasjonen spredte seg etter hvert fra Nord-Tyskland til Skandinavia, Sveits og Frankrike. I England oppsto det parallelt en reformasjon basert på politiske hensyn, som etter hvert tok mye av den samme retning som reformasjonen på kontinentet. Ideen ble begjærlig grepet av en rekke nordeuropeiske monarker, da den sammenfalt med ideen om det kongelige enevelde.
Bakgrunnen for reformasjonen var en tidligere reformbevegelse innen den katolske kirke, samt renessansen med sine studier av de gamle tekster og vekt på individet. Utviklingen ble også stimulert av trykkekunstens oppfinnelse, den økende handel og framveksten av en middelklasse. Det hadde også vært tidligere forsøk på å reformere den katolske kirke av blant annet Jan Hus, Pierre Valdes, John Wyclif, og Girolamo Savonarola, men det er Martin Luther som er anerkjent for å startet reformasjonen med sine Nittifem teser. Luther begynte å kritisere salget av avlatsbrev, og videre med å insistere at paven hadde ingen autoritet over skjærsilden, og at den katolske lære om helgenes forbønn hadde intet grunnlag i Bibelen. Den protestantiske reformasjon kom med endringer som innebar en fullstendig tillit til bibellesningen som den eneste kilde til ren tro (sola scriptura, «gjennom skriften alene») og overbevisningen om at troen på Jesus, og ikke gode dyder, er den eneste måten å få Guds tilgivelse for synd (sola fide, «tro alene»). Det var i teologiske spørsmål at reformasjonen sådde tvil om kirkens autoritet. En konsekvens var likevel et klima for tvil på autoritetene også i andre spørsmål, som i filosofi og vitenskap (for eksempel det jordsentrerte verdensbilde). I reformasjonstiden oppsto den evangelisk-lutherske, den reformerte, den anglikanske kirke, døperbevegelsen (anabaptister) og den unitariske (antitrinitarier) kirke.
Den katolske kirke reagerte med en motreformasjon, initiert av konsilet i Trient, og med en ny ordensbevegelse, jesuittene. Sistnevnte ble opprettet i 1541, og som tidvis ble betegnet som «Guds soldater» og med det formål å bekjempe protestanter og kjettere.«Poverty And Chastity For Every Occasion», National Public Radio. Washington, D.C. 5. mars 2010. Nord-Europa, med unntak av Irland, Polen og Litauen, ble preget av protestantismen, mens det sørlige Europa forble katolske. Sentral-Europa ble et område preget av bitter konflikt, noe som kulminerte i Tredveårskrigen.
Historie miniatyr|En av Lucas Cranach den eldres illustrasjoner til Martin Luthers Wider das Papsstum vom Teufel gestiftet fra 1545 karikerer Pavekirkens uhyrligheter. Bakgrunn miniatyr|Henrettelsen av Jan Hus, en betydningsfull forløper til reformasjonen, i 1415. De eldste protestantiske kirkene, slike som de bøhmiske brødre og Brødremenigheten, daterer sin opprinnelse til Jan Hus tidlig på 1400-tallet. Da de ble ledet av et flertall blant adelen i Böhmen, var den husittiske reformasjonen den første «magistratreformasjonen» i Europa, ettersom verdslige autoriteter som fyrster, magistrater og byråd støttet den.McGrath, Alister (1998): Historical Theology, Oxford: Blackwell Publishers, ISBN 0631208437, s. 159 Dette i kontrast til «den radikale reformasjon», dvs gjendøperne, som myndighetene ikke støttet, og som Martin Luther kalte «svermere».Rydh, Sten (10. august 2013): Luther och svärmarna (PDF), Föredrag vid Lutherska Konkordiekyrkans kyrkhelg i Finnåker En del radikale reformister, slik som Thomas Müntzer, var politisk radikale og støttet bøndene; men andre, som ulike døpergrupper var isteden pasifister.Williams, George Huntston (1992): The Radical Reformation. Sixteenth Century Journal Publishers, Kirksville MO, ISBN 0-940474-27-1.
De senere protestantiske kirkene har generelt datert sin adskillelse fra den katolske kirke til 1500-tallet, men protesterende røster lot seg høre før det. Johann Wessel fra Gansfort (1419-1489) hevdet at kirkens enhet avhang av de troendes tilknytning til sitt overhode Kristus, og ikke av underordning under et jordisk overhode. Wessel påpekte at de fleste paver viste seg høyst feilbarlige; likeså konsilene. «Hvis paven fikk sin vilje, ville Kristus være hans stattholder, for det er han som avgjør Kristi dom.» Wessel fordømte avlatssalg og sa at han trodde «ved kirken», ikke «på kirken».Egon Friedell: Vår tids kulturhistorie bind 1, Aschehoug, Oslo 1959 (s. 255) Wessel ble regnet som en av Luthers forgjengere, men stod fast på katolsk grunn med sin tro på viljens frihet og rettferdiggjørelse ikke ved troen alene, men ved gode gjerninger.<ref>[https://en.wikisource.org/wiki/Catholic_Encyclopedia_(1913)/John_Wessel_Goesport «John Wessel Goesport», Catholic Encyclopedia]</ref> I 1521 fikk Luther publisert en samling av Wessels skrifter som vennene hans hadde tatt vare på. Luther sa da at om han (Luther) ikke alt hadde utgitt noe, ville kanskje folk trodd at han hadde stjålet ideene sine fra Wessel.«Wessel, Johan», 1911 Britannica]</ref>
Professor Johann Ruchrath som kalte seg «von Wesel», var derimot en virkelig forgjenger for reformasjonen. Fra 1461 eller 1462 var han predikant i Worms i 17 år.<ref>[https://www.biblicalcyclopedia.com/W/wesel-johann-von.html «Wesel, Johann von», biblicalcyclopedia.com Ruchrath ville avskaffe nattverden, og om den siste olje sa han at den «ikke var mer verd enn den oljen man steker kaker i». Hans mening om fasten var at den var et påfunn av apostelen Peter «for å få avsetning på fisken sin». Om paven sa Ruchrat at han var «en apekatt i purpur».Egon Friedell: Vår tids kulturhistorie bind 1, Aschehoug, Oslo 1959 (s. 255)
Reformasjonen begynte som et forsøk på å bedre og reformere den katolske kirke av prester som motsatte seg det de oppfattet som falsk lære og kirkelige misligheter. De motsatte seg særlig læren om og salget av avlat, og det misbruk dette medførte; og av simoni, praksisen med kjøp og salg av kirkelige stillinger. De som ville reformere kirken, så på disse som bevis på en systematisk korrupsjon i kirkens hierarki, som også inkluderte paven selv.
Uroen over det store skisma i den vestlige kristenhet (1378–1416) førte til krig mellom fyrstene, opprør blant bøndene og utstrakt bekymring over korrupsjonen i kirken. Nye perspektiver kom fra John Wyclif ved Universitetet i Oxford og fra Jan Hus ved Karlsuniversitetet i Praha. Hus protesterte på en del av den katolske kirkes praksis og ønsket føre kirken i Bøhmen og Mähren tilbake til tidligere praksis, det vil si at liturgien i kirken skulle være på morsmålet, det vil si tsjekkisk, la lekfolk motta nattverden i begge former (brød og vin – som på latin er communio sub utraque specie), la prestene gifte seg og fjerne avlat og konseptet med skjærsilden. En del av disse, som bruken av morsmålet i liturgien, var tidligere akseptert av paven så tidlig som 800-tallet.Mahoney, William (2011): The History of the Czech Republic and Slovakia, Santa Barbara, CA: Greenwood. ISBN 978-0-313-36306-1.
I et forsøk på forsoning og få slutt på stridighetene innkalte Sigismund, konge av Ungarn og senere tysk-romersk keiser, til et konsil i Konstanz fra og med 5. november 1414. Jan Hus ble lovet trygghet, men de katolske kirkelederne krevde at han måtte ta avstand fra sine tidligere uttalelser, noe hans samvittighet ikke kunne.Oberman, Heiko Augustinus (2006): Luther: Man Between God and the Devil, Yale University Press, s. 54–55 Kirkemøtet dømte deretter Hus til døden ved brenning på bål. Henrettelsen ble utført den 6. juli 1415.Fudge, Thomas (1998): «Infoelix Hus: The Rehabilitation of a Medieval Heretic» , Fides et Historia. 1 (30), s. 57–73. John Wyclif, som hadde dødd i 1384, ble posthumt dømt som kjetter og hans skrifter skulle brennes, og hans lik skulle graves opp og bli brent. Denne ordren ble bekreftet av pave Martin V.«John Wyclif», Stanford Encyclopedia of Philosophy.Douglas, J.D. (1978): «Wycliffe, John», New International Dictionary of the Christian Church, rev. utg., Grand Rapids, MI: Zondervan Publishing House Konsilet i Konstanz bekreftet og styrket den tradisjonelle middelalderoppfatningen av kirken og det verdslige rike. Konsilet tok ikke opp de nasjonale og regionale uro og de teologiske spenningene som hadde oppstått i løpet av det siste tiåret, og kunne således heller ikke forhindre en skisma (uenighet/splittelse) og den påfølgende husittiske krig.Lützow, František (1911): «Hussites», Chisholm, Hugh: Encyclopædia Britannica. 14 (11. utg.). Cambridge University Press, s. 7–9. Denne krigen, som har navn etter Jan Hus, ble utkjempet mellom opprørske husitter og den kombinerte katolske hærstyrkene til keiser Sigismund, pavedømmet, og ulike europeiske monarker som var lojal til den katolske kirke. Denne krigen (eller flere kriger) varte fra 1419 og fram til rundt 1434.Kaminsky, Howard (2004): A History of the Hussite Revolution. Wipf and Stock. ISBN 978-1-59244-631-5.«Jan Hus (1369-1415) and the Hussite wars (1419-1436)», Virtual Museum of Protestantism/Musée virtuel du Protestantisme
Pave Sixtus IV (1471–1484) etablerte praksisen med å selge avlat med agenter over hele Europa, for således å skape nye inntektskilder for kirken.Patrick, James (2007): Renaissance and Reformation, Marshall Cavendish, s. 1231 Som en reaksjon på pavedømmets korrupsjon, særskilt salget av avlat, skrev Martin Luther sine Nittifem teser i 1517 som utfordret den katolske kirkes nattsverdslære og markerer begynnelsen på den lutherske reformasjon.Luther, Martin (1887): De 95 teser, dansk oversettelse av Kristian Olsen, Wikikilden
Den tidlige reformasjonen i Tyskland miniatyr|upright=1.3|Martin Luther ved riksdagen i Worms, hvor han nektet å tilbakekalle sine verker som deretter ble dømt kjetterske av den katolske kirke. Maleri av Anton von Werner, 1877, Staatsgalerie Stuttgart Reformasjonen er vanligvis datert til 31. oktober 1517 i Wittenberg i den tyske delstaten Sachsen-Anhalt da Martin Luther, en katolsk prest og professor i bibelteologi ved universitetet i Wittenberg, sendte sin teser om avlatshandelen til den stedlige biskop, Hieronymus Schultz av Brandenburg, og til erkebiskop Albrecht av Magdeburg. Tesene konsentrerte seg om misbruket og gikk i begrenset grad inn på dypereliggende teologiske spørsmål. Men da de 95 tesene ble kjent i hele Tyskland, ble det etterhvert klart at en konsekvent refleksjon over Luthers teser også reiste spørsmål ved avlatsteologien, pavens myndighet og kirkens sakramentalteologi i det hele tatt. Luther kom senere, i perioden 1517–1521, til mer radikale og gjennomgripende refleksjoner og skrev verker om den katolske hengivenhet til jomfru Maria, forbønn til og hengivenheten til helgener, sakramentene, påbudt sølibat for prestene, klosterliv, om pavens autoritet, og kirkeloven, sensur og ekskommunikasjon, rollen til sekulære herskere i religiøse saker, forholdet mellom kristenheten og personlig dyd («Å gjøre det som er rett og rettferdig, er mer verdt for Herren enn offer.»)Nettbibelen: Salomos ordspråk 21:3Schofield, John (2010): Martin Luther: A Concise History of His Life & Works, The History Press, s. 122