A arqueologia amazônica, ou arqueologia na Amazônia, busca compreender a história de ocupação humana na região, desde o povoamento antigo que remonta há 12 mil anos. Quando pensam na arqueologia desta região, as pessoas relacionam ao estudo dos “cacos”, estudo dos restos de objetos deixados pelos povos indígenas antes do processo imposto de colonização europeia. Esta arqueologia busca entender como ocorreram as mudanças do modo de vida dos grupos humanos que ocuparam no tempo o território amazônida. Os indígenas deixaram evidências de antigas edificações como: aldeias, cemitérios, monumentos, geoglifos, paliçadas defensivas, elevações de terra e, manejo dos ecossistemas (terra preta, terra mulata e, manejo florestal). Que ajudam a entender a antiga organização social, o surgimento das sociedades complexas (cacicados), a arte indígena e o simbolismo (cerâmica e arte rupestre), a prática funerária, as interações e entre indígenas (Amazônia e Andes, Amazônia e Caribe). A ocupação da Amazônia pré-colonial é dividida em três fases: paleoindígena; arcaica, e; pré-história tardia.

Fase Paleoindígena no Pleistoceno (11200 a.C. a 8500 a.C.): época geológica que coincide com o gradual desfecho das glaciações. Uma fase com pequenos grupos nômades de caçadores-coletores, que habitavam em cavernas. Que dependiam da coleta de frutos, moluscos e, da caça de pequenas espécies da fauna com artefatos em pedra lascada, segundo vestígios na caverna da Pedra Pintada no município paraense de Monte Alegre. Fase Arcaica no Holoceno (7500 a.C. a 1000 a.C): período de transição de nômade para sedentário em sociedade complexa, de uma economia de caça e coleta para a produção de alimentos através da horticultura e domesticação de plantas e animais. O início da produção de cerâmica e uso de artefatos de pedra. Ocupação das margens de rios e diversificação alimentar, início da produção de alimentos à base de raízes como a mandioca. Fase Pré-história Tardia (1000 a.C. a 1000 d.C.) período de consolidação das sociedades organizadas em grandes cacicados hierarquizados com chefia e organização social do trabalho, em aldeias e tesos (aldeia acima do nível da água). Um exemplo é a grande rede de cacicados da civilização Aquiry, florescente nesse período, que foi construtora de obras monumentais de terra (geoglifos do Acre) e estradas e pode ter atingido 3 milhões de habitantes. Produção de cerâmica refinada cerimonial e funerária, como a policromática marajoara e tapajônica. Economia com agricultura em larga escala nas várzeas do rio Amazonas, do rio Orinoco, na costa do Caribe e na região de Marajó.

História Os conhecimentos sobre a Amazônia tiveram seu início com um longo período de observações empíricas por parte dos povos indígenas, em especial tupis e aruaques (Colômbia). Nesta fase, foram identificados os principais padrões florísticos e ecológicos da região, além de selecionadas diversas plantas medicinais e madeiras úteis.Ab'Saber (2002). Nos séculos XVI a XVIII, deu-se a conquista da Amazônia por portugueses e espanhóis, com o arrasamento de populações locais. Tal processo foi atenuado por missões religiosas, que recuperaram parcialmente os conhecimentos indígenas. Nesta época, foram feitas as explorações de Orellana (1540 a 1542) e Pedro Teixeira (1638 a 1639), registradas pelos freis Gaspar de Carvajal e Cristóbal de Acuña, respectivamente. Também ocorreram as expedições de La Condamine (1743) e a "Viagem Filosófica" de Alexandre Rodrigues Ferreira (1783 a 1792).

A floresta amazônica provavelmente surgiu durante o período Eoceno (aproximadamente há 55 milhões de anos antes do presente), após a redução das temperaturas tropicais do Oceano Atlântico, quando alargou-se para proporcionar um clima quente e úmido para a bacia amazônica. A floresta tropical existe no mínimo há 55 milhões de anos e, a maior parte da região teve biomas do tipo savana até a Era do Gelo Atual (aproximadamente há 110 mil anos), quando o clima era mais seco e as savanas generalizadas.

Sobre a presença humana na região da bacia amazônica, especula-se que levas de imigrantes asiáticos chegaram à bacia Amazonica há 14 mil anos. Baseado em uma escavação na Caverna da Pedra Pintada (município brasileiro de Monte Alegre) confirma que os humanos estabeleceram-se na região há no mínimo 11 mil anos, populações de caçadores-colectores, fase paleo-indígena ou ocupação paleo-americana (última glaciação no período Pleistoceno tardio). A população era pequena e nômade, baseada na coleta de frutas, moluscos, na caça e pesca.

Posteriormente veio a fase arcaica no período de 8 mil à 3 mil anos, quando os indígenas residentes próximos ao rio Amazonas começaram a fabricar cerâmica. Usavam técnicas de pintura e incisão para decorar as peças de cerâmica, que possuíam figuras geométricas nas cores vermelha e branca. Em áreas do baixo amazonas nos barrancos do rio Tapajós e próximo a atual cidade de Santarém, na região de Tapeirinha existem sambaquis com exemplares de cerâmica da fase arcaica, que indica que os indígenas amazônidas produziram cerâmica um milênio antes dos povos andinos (cordilheira dos Andes, incas).

O desenvolvimento posterior levou a assentamentos da fase pré-história tardia no período de 3 mil anos a mil anos, assentamentos nas áreas periféricas à floresta em 1250 a.C., o que induziu a alterações na cobertura florestal. Na região do atual estado do Pará, os registros arqueológicos comprovam a presença humana real no arquipélago do Marajó (inicialmente região Marinatambal) e na região de Santarém (inicialmente aldeia de Tapajós) na época de 3 mil a.C..Guías visuales El País - Aguilar: Brasil. Madri. Santillanes Ediciones Generales. 2009. p. 47. E nesta região por volta do ano 1000 a.C. a 1000 d.C. floresceram as sociedades complexas/civilização (caracterizada basicamente por construção de comunidades fixas), desde o Tapajós até a foz do rio Amazonas. Estas sociedades se destacavam pelo alto nível de hierarquia social, produção de cerâmica, os corantes, compostos medicinais naturais, praticavam a coivara (queimadas para limpar a terra) e a agricultura (particularmente a plantação de mandioca).

Durante anos pensou-se que esta região de floresta havia sido pouco povoada na ancestralidade, pois parecia impossível sustentar uma grande população através da agricultura em uma região com sólo pobre. A arqueóloga Betty Meggers alegava que uma densidade populacional de 0,2 habitante por quilômetro quadrado era o máximo que poderia ser sustentado usando apenas a caça, sendo a agricultura necessária para acolher uma população maior. No entanto, recentes descobertas antropológicas mostram que a região foi densamente povoada, afirma o arqueólogo Eduardo Góes Neves, através da observação de fragmentos de artefatos encontrados sob a floresta supostamente virgem, geoglifos e, o uso da terra preta.

Em 2024, a equipe do arqueólogo francês Stéphen Rostain descobriram no Equador um conjunto de antigas assentamentos/cidades ligadas por estradas e canais, que abrigaram cerca de 30 mil pessoas há 2500 anos (no período de 500 a.C. e 300 a 600 d.C.) usando mapeamento com sensor a laser LiDar (hoje estão escondidas debaixo da floresta). Foram identificados em uma área de em 300 km2 no vale do Upano cinco assentamentos grandes e mais dez assentamentos pequenos, cada um com estruturas residenciais e cerimoniais (são 6 mil montes de terra chamados tesos e sambaquis que teriam sido a base dessas construções). Nos assentamentos as ruas corriam entre as casas, as maiores estradas tinham 10 metros de largura e se estendiam por 10 a 20 km. Havia estradas largas e retas ligando os assentamentos, que eram intercaladas por campos agrícolas retangulares e cercadas por terraços nas encostas, onde os habitantes plantavam diferentes itens, como milho, mandioca e batata-doce (itens encontrados em escavações). Até então é considerada a sociedade mais complexa da Amazônia.

O aumento demográfico das populações amazônicas na época da pré-história tardia, combinado a outros fatores, suscitou grandes transformações entre as sociedades indígenas da Amazônia. Segundo arqueólogos, as sociedades que habitavam regiões da bacia amazônica passaram a se organizar de forma cada vez mais elaborada entre e Os arqueólogos definem estas sociedades como Cacicados Complexos; que tornaram-se cada vez mais hierarquizadas (provavelmente contendo nobres, "plebeus" e servos cativos), com a constituição de uma chefia político-social centralizada na figura do cacique, adoção de posturas bélico-expansionistas. O comércio e os indícios arqueológicos apontam uma densidade demográfica de escala urbana nessas civilizações. Acredita-se que a monocultura era praticada, além da caça e da pesca intensivas, a produção intensa de raízes e o armazenamento de alimentos. Segundo a pesquisadora Anna Roosevelt, o desenvolvimento da agricultura intensiva nos tempos pré-históricos parece ter estado correlacionado à rápida expansão das populações das sociedades complexas. No ano de 1500 (período de invasão europeia), cerca de 5 milhões de pessoas viviam na Amazônia, divididos entre densos assentamentos costeiros, como no Marajó, e moradores do interior do continente. Os troncos linguísticos predominantes na região eram: o tupi e o macro-jê, e também havia outras famílias linguísticas não pertencentes a um tronco específico, como as línguas: aruak, karib, pano e, tukano. Em meio a essa diversidade, existem algumas singularidades, como uma língua de sinais, a comunicação por assovios e, línguas tonais onde o tom da diferentes significados à mesma palavra.

Na região do rio Xingu perto da fronteira com o cerrado, existem estruturas antigas de: estradas grandes, diques profundos, paliçadas defensivas e, conjunto de aldeias que abrigaram 50 mil habitantes, unidas na forma de confederação regional.. Além de aspectos que mostram o grande manejo dos rios na prática da pesca em larga escala. Isso em uma região que para muitos brasileiros do século XXI acham ser formada por apenas floresta.

Desde a década de 1970, vários geoglifos (zanjas ou earthworks, são largas valas feitas no solo por humanos) foram descobertos em terras desmatadas datados com idade variável de 1500 a 2500 anos, impulsionando alegações sobre civilizações pré-colombianas, no sudoeste da bacia Amazônica principalmente na região do estado brasileiro do Acre, onde a Universidade Federal do Pará identificou 410 sítios arqueológicos com geoglifos no Acre (2010-2014). Além do Acre, existem também sítios de geoglifos distribuidos de forma descontínua em uma área de 200 mil km² entre os estados brasileiros de Rondônia e Amazonas e, província boliviana do Beni (regiões de Riberalta e Baures).

Alceu Ranzi, geógrafo brasileiro, é creditado pela primeira descoberta de geoglifos enquanto sobrevoava o estado do Acre. As últimas escavações fizeram uma descoberta no município brasileiro de Xapuri: um buraco de esteio (com 25cm de diâmetro e 1,31m de profundidade) em boas condições foi localizado em um geoglifo de formato redondo, reforçando a tese de que os indígenas pré-colombianos teriam usado paliçadas para habitação e segurança. Um conjunto de estacas de madeira fincadas verticalmente no formato de "X".