A temporada 2005–06 foi a 102.ª temporada do Sport Lisboa e Benfica e a 72.ª temporada consecutiva do clube na Primeira Liga, o escalão mais alto do futebol português. O clube participou na Primeira Liga, na Taça de Portugal, na Supertaça Cândido de Oliveira, e na Liga dos Campeões.
Depois de Giovanni Trapattoni ter levado o Benfica ao seu primeiro título de campeão nacional em 11 anos, o mesmo deixou o cargo por motivos pessoais. Para o substituir, o clube contratou Ronald Koeman.
O Benfica iniciou a época com a conquista da sua quarta Supertaça Cândido de Oliveira, ao vencer o Vitória de Setúbal por 1–0. Na Primeira Liga, o Benfica teve um início difícil, registando o seu pior começo de sempre. Os resultados melhoraram após uma vitória europeia sobre o Lille, com o Benfica subindo várias posições na tabela e derrotando o Porto no Clássico. No final de outubro, a equipa teve uma quebra de rendimento, ficando um mês sem vencer. Em dezembro, os resultados do Benfica melhoraram, qualificando-se para a fase eliminatória da Liga dos Campeões pela primeira vez em onze anos e vencendo dez jogos consecutivos, o que permitiu à equipa ficar a apenas três pontos do líder do campeonato.
No último jogo de janeiro, o Benfica perdeu com o Sporting e passou por mais um período de irregularidade, perdendo mais dois jogos do campeonato em fevereiro. Uma vitória em casa frente ao Liverpool motivou a equipa; vencendo o Porto e em seguida eliminando o então campeão em título da Liga dos Campeões. Este sucesso não se repetiu no panorama nacional; em meados de março, o Benfica perdeu ainda mais terreno na Primeira Liga e foi eliminado da Taça de Portugal. A equipa de Koeman, foi eliminada da Liga dos Campeões pelo Barcelona e não conseguiu ultrapassar o Sporting no campeonato, perdendo sete pontos em três jornadas. No final da época, Koeman deixou o clube por acordo mútuo.
Resumo da Temporada Pré-Época Após conduzir o Benfica ao seu primeiro título de campeão em dez temporadas, Giovanni Trapattoni deixou o clube por motivos pessoais. Foram especulados para o cargo Paul Le Guen, Ronald Koeman e Javier Irureta, e após uma tentativa falhada de contratar Le Guen, o Benfica contratou Koeman para ser o próximo treinador. O seu adjunto Tonny Bruins Slot, substituiu Álvaro Magalhães, que deixou o clube após duas temporadas. Ainda nesse mês, Fernando Chalana regressou ao Benfica integrando a equipa técnica de Koeman.
Durante o defeso foram contratados os médios ofensivos Diego Souza, Andrei Karyaka e Giorgos Karagounis. O clube ainda tentou, mas não conseguiu contratar Jon Dahl Tomasson. Acabando por trazer o internacional italiano Fabrizio Miccoli por empréstimo da Juventus. Na defesa, o Benfica ainda trouxe os brasileiros Anderson,, e Léo, mais Nélson que substituiu Miguel, que foi transferido para o Valência.
A pré-época começou a 4 de julho com exames médicos,. A 6 de julho, o Benfica viajou para Nyon para uma digressão de pré-época até 14 de julho. Durante os oito dias na Suíça, o Benfica enfrentou Sion e Étoile Carouge. De regresso a Portugal, o Benfica defrontou dois adversários da Premier League, perdendo com o Chelsea, e vencendo o West Bromwich. Depois, o Benfica jogou contra três equipas portuguesas, vencendo Barreirense e Estoril Praia, e empatando com Vitória de Guimarães. A pré-época terminou com um jogo de apresentação contra a Juventus, a 6 de agosto, com os italianos vencedo por 2–0.
Agosto-Setembro O Benfica começou a época com a disputa da Supertaça, vencendo o troféu pela quarta vez, a 13 de agosto, ao derrotar o Vitória de Setúbal no Estádio do Algarve por 1–0 com um golo de Nuno Gomes. Foi a primeira vitória em 15 anos, desde 1989, ponde fim a uma série de cinco derrotas consecutivas, todas contra o Porto. A 20 de agosto, o Benfica iniciou a defesa do título com um jogo fora no Estádio Cidade de Coimbra, empatando a zeros com a Académica.
No dia 27 de agosto, o Benfica recebeu o Gil Vicente, perdendo por 2–0, e obtendo o pior arranque no campeonato desde 1976–77. Após pausa para seleções de duas semanas, o Benfica regressou à competição a 10 de setembro no Dérbi de Lisboa frente ao Sporting. O Sporting inaugurou o marcador com Luís Loureiro na primeira parte, mas Simão empatou com um livre na segunda parte. Aos 75 minutos, Liédson fez o 2–1 frente a um Benfica com dez jogadores, dando a vitória ao Sporting. Com duas derrotas e um empate em três jornadas, Koeman bateu o recorde do clube de pior arranque da história do clube, ficando a oito pontos do primeiro lugar. Quatro dias depois, o Benfica fez a sua estreia na Liga dos Campeões, frente ao Lille. num jogo disputado, Fabrizio Miccoli marcou o golo da vitória para o Benfica aos 92 minutos.
A 18 de setembro, o Benfica recebeu o União de Leiria, vencendo por 4–0, a maior goleada da época, com Nuno Gomes a marcar um hat-trick. No sábado seguinte, o Benfica jogou fora com o Penafiel, onde venceu por 3–1. A 27 de setembro, o Benfica deslocou-se até ao Old Trafford para jogar contra o Manchester United na segunda jornada da Liga dos Campeões. O United marcou primeiro através de um livre de Ryan Giggs que desviou na barreira, Simão empatou na segunda parte, também de livre, mas a equipa da casa respondeu com o golo da vitória aos 85 minutos marcado por Ruud van Nistelrooy.
Outubro–Novembro Outubro começou com um jogo em casa frente ao Vitória de Guimarães, vencendo por 2–1 e garantindo a terceira vitória consecutiva, o que permitiu reduzir a diferença para o primeiro lugar para quatro pontos. Após a nova pausa para jogos internacionais, o Benfica regressou à competição com o Clássico frente ao Porto. Apesar do Porto ser o favorito, o Benfica venceu por 2–0 com dois golos de Nuno Gomes, conseguindo a primeira vitória em casa ao Porto desde 1990–91, quando César Brito também marcou dois golos. Na quinta-feira seguinte, o Benfica visitou o El Madrigal para jogar com o Villarreal. Aos 30 minutos, o Benfica perdeu o seu guarda-redes Quim por lesão e substituiu-o pelo jovem de 19 anos Rui Nereu. Na segunda parte, o Villarreal marcou de grande penalidade, mas cinco minutos depois, Manuel Fernandes igualou o marcador. O jogo terminou empatado, o que permitiu ao Benfica manter-se no segundo lugar do Grupo D.
A 22 de outubro, o Benfica recebeu o Estrela da Amadora para o campeonato, vencendo por 2–0. Quatro dias depois, o Benfica estreou-se na Taça de Portugal, na quarta eliminatória, disputada no Estádio do Bessa frente ao Leixões, vencendo por 2–1. O mês terminou com um jogo fora contra o Naval, sendo surpreendido pela equipa da casa e perdendo dois pontos num empate a uma bola, o que custou a hipótese de alcançar o segundo lugar.
O Benfica começou novembro com um jogo em casa frente ao Villarreal. Com a possibilidade de assumir a liderança do grupo em caso de vitória, a equipa foi derrotada por 1–0, com o golo do Villarreal aos 81 minutos, marcado por Marcos Senna a 30 metros. No dia 6 de novembro, o Benfica jogou em casa contra o Rio Ave, empatando a duas bolas com dois golos de livre marcados por Petit. Após a terceira paragem para jogos internacionais, o Benfica visitou o Estádio Municipal de Braga a 19 de novembro para jogar frente ao Braga, perdendo por 3–2, com Bevacqua dando a vitória ao Braga nos descontos. Foi o quarto jogo consecutivo sem vencer do Benfica, a pior sequência da época.
Três dias depois, o Benfica jogou fora com o Lille, na quinta jornada da fase de grupos. Koeman surpreendeu com uma equipa extremamente defensiva, composta por quatro centrais, dois médios-defensivos, dois laterais a atuar no meio-campo e apenas dois jogadores ofensivos, Miccoli e Nuno Gomes, empatando num jogo sem golos. No último jogo do mês, o Benfica recebeu o Belenenses, perdendo mais dois pontos num empate sem golos e estendendo a série de jogos sem vitórias para seis jogos, a maior série desde 2001–02.
Dezembro–Janeiro A 3 de dezembro, o Benfica deslocou-se à Madeira para defrontar o Marítimo. O Benfica resistiu aos ataques do Marítimo, respondendo com um golo de Mantorras aos 86 minutos e conquistando a primeira vitória desde 26 de outubro. Quatro dias depois, o Benfica recebeu o Manchester United no último jogo da fase de grupos. Paul Scholes, dos visitantes, inaugurou o marcador, mas dez minutos depois, Geovanni empatou aos 34 minutos, Beto rematou de fora da área e fez o 2–1. Com a vitória o Benfica qualificou-se para a fase a eliminar pela primeira vez desde 1994–95. A 11 de dezembro, o Benfica recebeu o Boavista, vencendo por 1–0.
A 17 de Dezembro, o Benfica continuou a sua sequência de vitórias, ao vencer o Nacional por 1–0 com um golo de Nuno Gomes. O Benfica terminou o ano de 2005 com uma visita ao Estádio do Bonfim, garantindo a vitória apenas aos 90 minutos com um golo de Nuno Gomes. A vitória foi a quinta do Benfica em dezembro, terminando o mês em terceiro lugar.
A competição foi retomada a 8 de janeiro com um jogo em casa frente ao Paços de Ferreira, e vencendo por duas bolas, o que permitiu ao Benfica subir ao segundo lugar, quatro pontos à frente do Sporting, mas a dez do líder Porto. A 11 de janeiro, o Benfica defrontou o Tourizense para a Taça de Portugal, vencendo por duas bolas. Quatro dias depois, o Benfica recebeu a Académica em casa, conseguindo uma vitória tranquila por 3–0. A 20 de janeiro, o Benfica jogou fora com o Gil Vicente, vencendo por 3–1 com todos os seus golos sendo marcados na segunda parte. Foi a sétima vitória consecutiva no campeonato, algo que não ocorria à 11 anos, desde a temporada 1994–95. A 28 de janeiro, o Benfica jogou o segundo Dérbi de Lisboa da época com o Sporting. O Benfica inaugurou o marcador por Simão, mas não conseguiu impedir a vitória da equipa de Paulo Bento por 3–1 no Estádio da Luz.
Fevereiro-Março Ao entrar na fase decisiva da época, e ainda em todas as competições, o primeiro jogo do Benfica em Fevereiro foi uma visita ao Estádio Dr. Magalhães Pessoa para defrontar o União de Leiria, e perdendo por 3–1. A derrota, deu ao Sporting a hipótese de alcançar o Benfica no segundo lugar. A 8 de fevereiro, o Benfica recebeu o Nacional na sexta eliminatória da Taça de Portugal, empate sem golos, mesmo após o prolongamento e apenas vencendo após uma disputa de grandes penalidades. Quatro dias depois, o Benfica voltou a vencer na Primeira Liga ao derrotar o Penafiel por 4–0. A 18 de fevereiro, o Benfica jogou fora com o Vitória de Guimarães,perdendo por 2–0.
A derrota prejudicou a equipa na defesa do título, tendo sido ultrapassada por Sporting e Braga, e permitido que o líder Porto, o seu próximo adversário no campeonato, abrisse uma vantagem de oito pontos. Três dias depois da derrota em Guimarães, o Benfica recebeu o Liverpool para a primeira mão dos oitavos-de-final da Liga dos Campeões. Segundo Adrian Harte, o jogo foi "em grande parte dececionante", mas o Benfica garantiu uma vitória crucial frente ao Liverpool quando Luisão marcou de cabeça aos 84 minutos. O último jogo de fevereiro foi em casa frente ao Porto, no segundo Clássico da época. O jogo foi decidido com um livre de 40 metros cobrado por Laurent Robert o qual Vítor Baía não conseguiu defender. A vitória relançou o Benfica na corrida ao título, ao diminuir vantagem do Porto para cinco pontos. Foi a primeira vez em 29 anos, desde 1976–77, que o Benfica venceu o Porto nos dois jogos para o campeonato, e foi também a primeira vitória em casa sobre o Porto desde 2000–01.