Existem ou existiram diversos movimentos separatistas no Paquistão, baseados no nacionalismo étnico e regional, que lutaram pela independência e, por vezes, combateram o Estado paquistanês em vários momentos da sua história. Tal como em muitos outros países, a tensão surge da perceção, por parte de grupos étnicos minoritários/menos poderosos, de que outras etnias dominam a política e a economia do país em detrimento daqueles com menos poder e recursos financeiros. O governo do Paquistão tem tentado reprimir estes movimentos separatistas.

A influência e o sucesso dos grupos separatistas têm variado, desde a total, como no caso do Bangladesh, que se separou do Paquistão em 1971.The MQM of Pakistan: Between Political Party and Ethnic Movement, Mohammad Waseem, in Political parties in South Asia, ed. Mitra, Enskat & Spiess, pp185 O movimento separatista no Baluchistão está envolvido numa insurgência de baixa intensidade contra o Governo do Paquistão. Em 2023, era o movimento separatista mais ativo da região.

Bangladesh

O Paquistão foi estabelecido em 1947, a partir da partição, como um Estado para muçulmanos. Sua formação baseou-se no nacionalismo islâmico.

Como parte da Partição da Índia em 1947, Bengala foi dividida entre o Domínio da Índia e o Domínio do Paquistão. A parte paquistanesa de Bengala era conhecida como Bengala Oriental até 1955 e, posteriormente, como Paquistão Oriental, após a implementação do Programa Uma Unidade. No entanto, a corrupção desenfreada nas fileiras governamental e da burocracia paquistanesa, a desigualdade econômica entre as duas partes do país, causada principalmente pela falta de um governo representativo, e a indiferença do governo aos esforços de políticos etnonacionalistas fervorosos, como Sheikh Mujibur Rahman, do Paquistão Oriental, que lutaram pela independência de Bangladesh, resultaram em uma guerra civil no Paquistão e na subsequente separação do Paquistão Oriental, que se tornou a República Popular de Bangladesh. As relações entre as duas partes se deterioraram devido à falta de reconhecimento oficial da língua bengali, à democracia, à autonomia regional, à disparidade entre ambos, à discriminação étnica e aos esforços de ajuda humanitária fracos e ineficientes do governo central após o ciclone de Bhola de 1970, que afetou milhões de pessoas no Paquistão Oriental. Essas queixas levaram a diversas agitações políticas em Bengala Oriental e, por fim, a uma luta pela independência total, que se tornou possível em 1971 com a assistência das forças armadas indianas.

Pashtunistão O movimento Pashtunistão tem suas raízes no movimento Khudai Khidmatgar (Servos de Deus) na Província da Fronteira Noroeste (atual Khyber Pakhtunkhwa), liderado por Abdul Ghaffar Khan. Sete semanas antes da partição da Índia Britânica, uma Loya Jirga foi realizada, da qual participaram Bacha Khan, Abdul Samad Khan Achakzai, os Khudai Khidmatgars, membros da Assembleia Provincial, Mirzali Khan (popularmente conhecido como o Faqir de Ipi) e vários outros líderes tribais pashtuns. A Resolução do Pashtunistão foi adotada em 21 de junho de 1947. A resolução exigia que os pashtuns tivessem a opção de ter um Pashtunistão independente, composto por todo o território pashtun na Índia Britânica, em vez de escolher se juntar aos domínios da Índia ou do Paquistão. Os britânicos recusaram as exigências, o que levou os pashtuns elegíveis para votar (os pashtuns nos estados principescos não eram elegíveis para votar) a boicotar o referendo. Como resultado, o referendo foi boicotado por ser considerado antidemocrático e por não oferecer aos pashtuns a opção de independência ou de se juntarem ao Afeganistão. Após a partição, Bacha Khan e seus associados enfrentaram frequentes prisões, e o movimento Khudai Khidmatgar foi violentamente reprimido. Apesar de anos de repressão estatal, Bacha Khan manteve-se comprometido com a não violência, a identidade pashtun e a busca por direitos dentro de uma estrutura política democrática e federal. Em contraste, Faqir Ipi continuou sua campanha de resistência armada contra o governo paquistanês até morrer de causas naturais em 1960.

Durante as décadas de 1950 e 1960, os apelos por uma independência — uma pátria para os pashtuns — intensificaram-se, especialmente após a política de Unidade Única do Paquistão Ocidental ter fundido províncias menores, minando a autonomia pashtun. Isso alimentou o sentimento nacionalista, que foi ainda mais reforçado pelo Afeganistão. Os sucessivos governos afegãos sob o rei Zahir Shah e, ​​posteriormente, o presidente Mohammad Daoud Khan, estenderam apoio diplomático e moral à causa do Pashtunistão, inclusive permitindo que líderes e ativistas exilados operassem a partir do território afegão.

Nos últimos anos, o Movimento Pashtun Tahafuz (MPT) emergiu como um importante movimento popular pelos direitos civis, defendendo os direitos dos pashtuns no Paquistão. Embora se posicione explicitamente como um movimento não violento e constitucional, focado em justiça, desaparecimentos forçados e responsabilização militar, alguns analistas e críticos sugerem que sua retórica e atividades podem estar alinhadas com sentimentos nacionalistas pashtuns mais amplos. Essa percepção é alimentada pela ênfase do movimento na identidade pashtun, em queixas históricas e em reivindicações por maior autonomia. Em outubro de 2024, o MPT organizou a Jirga Nacional Pashtun, que abordou questões relativas aos direitos políticos, culturais e econômicos dos pashtuns — um evento interpretado por alguns como um eco de elementos do movimento histórico do Pashtunistão. No mesmo mês, o governo do Paquistão proibiu oficialmente o MPT, alegando preocupações com a unidade nacional e acusações de apoio estrangeiro. No entanto, os líderes do MPT negaram repetidamente qualquer agenda separatista, mantendo que as suas reivindicações permanecem dentro do quadro da constituição e da democracia do Paquistão.

Baluchistão

O grupo separatista Frente de Libertação do Baluchistão foi fundado por Jumma Khan Marri em 1964 em Damasco e desempenhou um papel importante na insurgência de 1968-1980 no Baluchistão paquistanês e no Baluchistão iraniano. Mir Hazar Ramkhani, pai de Jumma Khan Marri, assumiu o grupo na década de 1980. No entanto, Jumma Khan Marri encerrou sua oposição e jurou lealdade ao Paquistão em 17 de fevereiro de 2018. Outra organização separatista militante nacionalista balúchi é o Exército de Libertação do Baluchistão (também Exército de Libertação Balúchi), cujos objetivos declarados incluem o estabelecimento de um Estado independente do Baluchistão, separado do Paquistão e do Irã. Seu nome tornou-se público pela primeira vez no verão de 2000, depois que a organização reivindicou a autoria de uma série de ataques bombistas em mercados e linhas férreas. Após a morte de Akbar Bugti, a insurgência se intensificou e a resposta do governo tornou-se muito mais dura, resultando na detenção de um grande número de balúchis por serem nacionalistas ou suspeitos de serem rebeldes, com muitos corpos mutilados encontrados com marcas de tortura. O Exército de Libertação do Baluchistão retaliou com assassinatos seletivos, principalmente de punjabis, bem como de pashtuns e sindis no Baluchistão, além da explosão de gasodutos. Ao mesmo tempo, Brahamdagh Khan Bugti pediu aos separatistas que realizassem uma limpeza étnica de cidadãos não-balúchis da província.

No entanto, a insurgência liderada pelos separatistas balúchis na província passou a enfrentar dificuldades. Os separatistas balúchis têm perdido seus líderes e não conseguem preencher suas fileiras. Atualmente, também há conflitos internos em curso entre os diferentes grupos insurgentes. O último líder insurgente, Balach Marri, conseguiu manter os diferentes grupos insurgentes unidos. No entanto, após sua morte no Afeganistão, eclodiram conflitos internos entre vários grupos insurgentes. Os insurgentes não conseguiram substituí-lo. Além disso, os ataques a líderes pró-governo e políticos dispostos a participar das eleições também contribuíram para o declínio do apelo separatista.

O jornal The News International noticiou em 2012 que uma pesquisa Gallup realizada para o DFID revelou que a maioria dos balúchis não apoia a independência do Paquistão. Apenas 37% dos balúchis eram a favor da independência. Entre a população pashtun do Baluchistão, o apoio à independência era ainda menor, de 12%. No entanto, a maioria (67%) da população do Baluchistão era favorável a uma maior autonomia provincial. A maioria dos balúchis também não apoia grupos separatistas. Eles apoiam partidos políticos que utilizam o legislativo para abordar suas reivindicações. Especialistas também afirmam que a maioria dos nacionalistas da província passou a acreditar que poderia lutar por seus direitos políticos dentro do Paquistão.

Em 2020, os separatistas balúchis estavam "muito enfraquecidos" pelas operações de contra-insurgência do Paquistão, incluindo incentivos para que os militantes depusessem as armas, e pelo cansaço e pelas divisões internas. Além disso, o refúgio dos separatistas no Afeganistão foi eliminado com a vitória do Talibã em 2021. No entanto, em 2021, o número de ataques terroristas perpetrados por separatistas no Baluchistão "quase dobrou" em comparação com o ano anterior.

Sindhudesh O movimento dos partidos nacionalistas sindis para a criação de um Estado que seria independente do Paquistão (o Sindhudesh) está baseado na região de Sindh e foi concebido pelo líder político sindi G. M. Syed. Um movimento literário sindi surgiu em 1967 sob a liderança de Syed e Pir Ali Mohammed Rashdi, em oposição à política de Unidade Única, à imposição do urdu pelo governo central e à presença de um grande número de muhajir (refugiados muçulmanos indianos) estabelecidos na província.

Contudo, nem o partido separatista nem o partido nacionalista conseguiram assumir o protagonismo em Sindh. Os sindis locais apoiam fortemente o Partido Popular do Paquistão (PPP), o que demonstra a preferência dos sindis por um processo político constitucional em detrimento de uma agenda separatista para resolver suas queixas. Da mesma forma, a opinião pública também não é fortemente favorável a esses partidos. Assim, nem os separatistas sindis nem os nacionalistas possuem apoio popular significativo — certamente não o tipo de apoio que os tornaria capazes de alimentar uma insurgência em grande escala. Em 2012, um comício em Sindhudesh foi organizado por um partido nacionalista em Karachi, com uma participação notavelmente baixa. O partido nacionalista havia afirmado que reuniria cerca de um milhão de pessoas para sua marcha de um milhão. No entanto, apenas 3.000 a 4.000 pessoas compareceram ao comício.

Em 2020, o governo paquistanês proibiu vários grupos separatistas, incluindo o grupo Jeay Sindh Qaumi Mahaz - Aresar, o Exército de Libertação de Sindhudesh e o Exército Revolucionário de Sindhudesh.

Azad Caxemira e Gilgit-Baltistão Em 2015, existia um movimento de independência em Gilgit-Baltistão (chamado de "Balawaristão" por seus apoiadores). A Frente Nacional do Balawaristão (Grupo Hameed) (BNF-H), liderada por Abdul Hamid Khan, buscava a independência de Gilgit-Baltistão do Paquistão. No entanto, Abdul Hamid Khan se entregou incondicionalmente às autoridades de segurança paquistanesas em 8 de fevereiro de 2019, depois de ser banido por ter ligações com agências de inteligência indianas. Após sua rendição, mais 14 membros da BNF-H foram presos por suas atividades anti-paquistanesas. Desde então, o destino da BNF-H é desconhecido. Outra organização, a Frente Nacional do Balawaristão, liderada por Nawaz Khan Naji, busca declarar Gilgit-Baltistão uma região autônoma sob a administração do Paquistão até que o plebiscito prometido seja realizado.

No Caxemira administrada pelo Paquistão, nenhum partido político que não concorde com a adesão ao Paquistão pode concorrer às eleições.