A cronologia do escândalo do mensalão foi dividida em três partes. A primeira compreende os acontecimentos iniciais do escândalo ocorridos no ano de 2005. A segunda compreende os fatos que tiveram lugar em 2006. Por fim, os demais eventos associados ocorridos posteriormente estão relacionados conjuntamente na última parte.

2005 Maio No dia 14 de maio, é divulgada pela imprensa uma gravação de vídeo na qual o ex-chefe do Departamento de Contratação e Administração de Materiais (DECAM) da Empresa Brasileira de Correios e Telégrafos (ECT), Maurício Marinho, solicitava e recebia vantagem indevida para ilicitamente beneficiar um falso empresário (na realidade o advogado curitibano Joel Santos Filho, o denunciante da corrupção, que para colher prova material do crime, faz-se passar por empresário) interessado em negociar com os Correios, mediante contratações espúrias, das quais resultariam vantagens econômicas tanto para o corruptor quanto para o grupo de servidores e dirigentes dos Correios que o Marinho dizia representar. Na negociação então estabelecida com o falso empresário, Maurício Marinho expôs, com riqueza de detalhes, o esquema de corrupção de agentes públicos existente naquela empresa pública, conforme se depreende da leitura da reportagem divulgada na revista Veja, com a capa "O vídeo da corrupção em Brasília", edição de 18 de maio de 2005, com a matéria "O Homem Chave do PTB", referindo-se a Roberto Jefferson, o homem por trás do esquema naquela estatal. Junho No dia 7 de junho, a denúncia do mensalão pelo Roberto Jefferson repercute pela mídia e é capa em todos os jornais diários do Brasil. No dia 8 de junho (dois dias após a divulgação do mensalão por Jefferson), é instaurada uma CPI para investigar a corrupção nos Correios, que se iniciaria com o depoimento de Roberto Jefferson e que resultaria na investigação da prática do mensalão. No mesmo dia, Delúbio Soares, durante uma entrevista coletiva, nega as denúncias de que pagava o mensalão e se disse disposto a abrir seu sigilo fiscal, bem como o sigilo bancário de suas contas pessoais. No dia 14 de junho, há um novo depoimento de Roberto Jefferson, desta vez ao Conselho de Ética da Câmara dos Deputados. O parlamentar diz que havia comunicado a existência do mensalão aos ministros Aldo Rebelo, Walfrido Mares Guia, Ciro Gomes, Miro Teixeira, José Dirceu e Antônio Palocci. Estes dois últimos negam, mas os quatro primeiros confirmam que haviam tomado conhecimento do esquema. Roberto Jefferson demanda, ainda, que José Dirceu saia do governo "rapidinho". No dia 16 de junho, José Dirceu renuncia ao Ministério da Casa Civil. Dirceu, tido por seus opositores como o Rasputin do Palácio do Planalto, era considerado o homem-forte do governo, o integrante do PT com maior influência sobre o presidente Lula. No dia 17 de junho, Roberto Jefferson se licencia da presidência do Partido Trabalhista Brasileiro (PTB). No dia 22 de junho, a deputada goiana licenciada Raquel Teixeira (PSDB) confirma para o Conselho de Ética e Decoro Parlamentar da Câmara dos Deputados que em 18 de fevereiro de 2004 recebeu do deputado Sandro Mabel (PL-GO) uma proposta de mesada para mudar de partido e apoiar o governo. Segundo Raquel, a oferta era de R$ 30 mil por mês — que poderia ser aumentada para R$ 50 mil — além de R$ 1 milhão de "bônus" concedido no final do ano. Ela disse que na época denunciou o caso para o governador de Goiás, Marconi Perillo (PSDB). No dia 22 de junho, Marconi envia um fax para o Conselho de Ética e Decoro Parlamentar da Câmara dos Deputados do Brasil no qual alega que no dia 5 de março de 2004, durante visita oficial do Presidente Lula àda Perdigão em Rio Verde, avisara-o sobre uma proposta de mesada recebida por Raquel Teixeira. No dia 30 de junho, Roberto Jefferson depõe para a CPI dos Correios. Jefferson está com o olho esquerdo roxo e explica que isto se deve a um acidente doméstico que sofreu quando uma estante caiu por cima dele, quando ele tentou pegar um disco de Lupicínio Rodrigues. O deputado reafirma as denúncias feitas anteriormente. Roberto Jefferson conta que a agência do Banco Rural no nono andar do Brasília Shopping passou a ser usada para sacar o dinheiro do mensalão, depois que a entrega em malas passou a ser arriscada. Julho

No dia 4 de julho, é publicado na imprensa um documento que liga definitivamente Marcos Valério ao Partido dos Trabalhadores (PT): um empréstimo bancário de R$ 2,4 milhões em que Valério é avalista (e chega a pagar do bolso a primeira parcela de R$ 300 mil). O documento estava assinado por Delúbio e pelo presidente do PT, José Genoíno. No mesmo dia, Silvio Pereira, o Silvinho, afasta-se do cargo de secretário-geral do PT, face às acusações de Roberto Jefferson de que era o "gerente do mensalão". No dia 5 de julho, Delúbio Soares licencia-se do cargo de tesoureiro do PT. No mesmo dia, José Borba (líder do PMDB) afirma em documento que Marcos Valério participava diretamente da nomeação de diretores para cargos públicos estratégicos (diretorias de estatais), ainda que ele não tivesse nenhum cargo público. O fato seria posteriormente negado por Marcos Valério. No dia 6 de julho, revela-se que Marcos Valério movimentou mais de R$ 800 milhões em suas contas bancárias, nos últimos três anos. Em 6 de julho, o deputado ("Bispo") Carlos Rodrigues depõe para o Conselho de Ética. Ele diz que não conhece o empresário Marcos Valério, nem o secretário-geral do PT, Silvio Pereira, afirma que não é distribuidor de mensalão, e alega que o mensalão é uma invenção de Roberto Jefferson. Rodrigues também nega ser o "precursor do mensalão", ao tentar implantar um sistema semelhante primeira vez na Assembleia Legislativa do Rio de Janeiro, conforme as declarações feitas por Roberto Jefferson. No mesmo dia, Marcos Valério presta depoimento à CPI, negando as denúncias de que tivesse praticado qualquer ato ilegal. Seu depoimento é considerado pouco convincente pelo meio parlamentar e pelos analistas políticos, sobretudo porque feito sob o amparo de um habeas corpus preventivo concedido pelo Supremo Tribunal Federal (STF), que o eximiu de prestar compromisso de dizer apenas a verdade. No dia 7 de julho, é revelado um empréstimo de R$ 20 milhões do Banco do Brasil (BB) ao PT, sem que o contrato tivesse avalistas ou garantias em bens imóveis. A CPI passa a investigar uma suposta "facilidade" de acesso ao crédito do BB pelo PT, que seria resultante do aparelhamento da diretoria do banco por membros do partido. No mesmo dia, são quebrados os sigilos bancário, postal e telefônico de Roberto Jefferson, Delúbio Soares, José Genoíno e José Dirceu. No dia 8 de julho, José Adalberto Vieira da Silva, assessor de José Nobre Guimarães (que, por sua vez, é irmão de José Genoíno) é preso pela Polícia Federal, no Aeroporto de Cumbica, em Guarulhos/SP, com R$ 200 mil reais em dinheiro numa mala, e US$ 100 mil na cueca. No dia seguinte, José Genoíno pede demissão da presidência do PT e José Adalberto perde o cargo de assessor. O fato vira motivo de piadas, entrando desde logo para o folclore político nacional. No dia 12 de julho, Lula finaliza uma reforma ministerial ampla, que inclui a retirada do status de ministro de Luiz Gushiken, titular da Secretaria de Comunicação de Governo e Gestão Estratégica (Secom) contra quem há suspeitas de relações espúrias com clientes de fundos de pensão sob seu comando. No dia 13 de julho, cai o Diretor-Geral da Abin, Mauro Marcelo, após divulgação de nota em que qualifica a CPI dos Correios de "picadeiro" e chama os integrantes da comissão de "bestas-feras". No mesmo dia, Henrique Pizzolato, diretor de Marketing e Comunicação do Banco do Brasil (BB), pede sua aposentadoria. Alguns dias antes, Fernanda Karina Somaggio, ex-secretária de Marcos Valério, havia acusado o diretor de fazer parte do círculo de contatos que o empresário tinha no governo. Pizzolato já tinha sua imagem manchada por causa do patrocínio do BB a um espetáculo da dupla sertaneja Zezé di Camargo & Luciano na churrascaria Porcão, em Brasília (DF), em julho de 2004, pois a renda do evento foi revertida para a construção de uma nova sede do PT. No dia 15 de julho, Marcos Valério afirma, em entrevista ao Jornal Nacional (Rede Globo), que os recursos e as movimentações suspeitas de suas contas bancárias seriam provenientes de empréstimos que seriam destinados ao PT, caracterizando um "caixa 2" do partido. A oposição suspeitou que esta fosse uma manobra diversionista de Valério e do PT, que estariam tentando reduzir suas irregularidades a crimes eleitorais (cujas penas são mais brandas na legislação brasileira). Alguns integrantes da CPI fazem alusão à chamada "Operação Uruguai" do governo Collor, em que justificavam a origem de grandes somas de dinheiro (incompatíveis com os rendimentos do presidente) como parte de um suposto empréstimo contraído no Uruguai. Posteriormente, descobriu-se que o referido empréstimo era fictício, sendo a Operação Uruguai apenas uma tentativa de lavar dinheiro, conforme elucidado durante a CPI de PC Farias. No dia 20 de julho, o deputado Eduardo Paes (PSDB-RJ) chama a suposta farsa de "Operação Paraguai", por se tratar de uma cópia da original, em alusão ao fato de que muitos produtos pirateados entram no Brasil via Paraguai. Neste mesmo dia o embaixador do Paraguai no Brasil, Luis González Arias, protesta com relação à forma pejorativa como seu país foi mencionado. No dia 17 de julho, Delúbio Soares afirma, em entrevista à Rede Globo, que a única irregularidade que teria cometido foi aquela apontada dois dias antes por Marcos Valério. No mesmo dia e no mesmo canal de televisão, vai ao ar entrevista concedida pelo presidente Lula quando de sua passagem por Paris. Durante a entrevista Lula afirma: “O que o PT fez no ponto de vista eleitoral o que é feito no Brasil sistematicamente por outros partidos”, em uma clara demonstração que caixa dois é normal. Falando a desgraça da mentira diz pensando alto: “A desgraça da mentira é que, ao contar na primeira, você passa a vida inteira contando mentira para justificar a primeira que contou”. Os analistas políticos e a oposição suspeitam que estas duas entrevistas, bem como a de Marcos Valério, exibida anteriormente, teriam sido orquestradas, tendo em vista que o teor de todas elas apontam que o tesoureiro do PT seria o único culpado. Esta seria uma estratégia orientada por advogados para que os supostos crimes fossem tidos como de menor gravidade. No dia 19 de julho, a quebra do sigilo bancário de Marcos Valério e de suas empresas traz à tona depósitos feitos a lideranças de diversos partidos, inclusive do PT: o então presidente da Câmara dos Deputados, João Paulo Cunha (PT-SP) aparece como beneficiado por um saque de R$ 50 mil, em dinheiro, feito pela sua esposa. Até então, João Paulo dizia que ela tinha ido à agência do Banco Rural apenas para pagar uma conta de televisão a cabo. Também são descobertos saques de R$ 320 mil feitos por Anita Leocádia, assessora do líder do PT na Câmara, Paulo Rocha (PT-BA), no valor de R$ 320 mil, bem como diversos outros saques por assessores de líderes do PT e da base aliada.